被子植物基因组进化分析

论文摘要

在被子植物的基因组内,基因在染色体上的位置和顺序并不是无序的。进化过程中,基因位置的变化存在着一定的规律。比如,一些基因始终保持邻近的位置关系;一些基因之前相邻,后来进化分离;还有一些基因之前并不相邻,而进化后相邻。一些研究表明全基因组加倍事件（WGDs）有力地推动了基因组的进化。但是进化过程中,邻近关系改变的基因与全基因组加倍事件之间是否存在着内在联系,以及它们之间的联系是否能通过一个模型来解释,这些还都有待研究。此外,进化分离的相邻基因之间是否在染色体内部存在着一定的空间上的联系,进化分离的邻近基因对是否会有一些相似性,比如共表达,共修饰等也都不清楚。进化过程中基因对的相邻关系有三种:始终相邻、进化相邻和空间交互。而以上三类相邻关系在基因的共表达、共修饰以及物种保守性方面的贡献都有待研究。这些不同的邻近关系叠加在一起是否能得到一个最强的共表达、共修饰以及物种保守性也是未知的。由于技术的限制,之前我们只能从二维的角度研究基因对之间的关系。随着技术的发展,现在我们可以从三维的角度来对基因的空间关系进行研究。以Hi-C为代表的染色质三维空间构象捕获技术,通过产生高通量测序数据可以获得细胞核内染色质的三维构象。为了研究在进化中这些基因之间的三维空间关系,这就需要对这些大量的生物学信息进行数据统计分析。本文首先介绍了在进化中分离的邻近基因与全基因组加倍事件之间存在紧密的联系。不仅如此,在进化分离的邻近基因、全部的基因以及全基因组加倍事件之间还存在着一个双线性关系。这说明由全基因组加倍事件引起的邻近基因的分离并不是随机的,而是遵循双线性关系。接下来,本文通过之前构建的二元线性模型预测了被子植物近期全基因组加倍事件,模型预测的结果与已知报道作对比,发现结果比较一致,说明二元线性模型构建是比较成功的。然后,通过对拟南芥的染色质三维空间交互数据进行分析,得到一些在拟南芥的染色质中,线性不相邻但空间交互的基因对。接着找到这些基因在其他物种中的同源基因,并对这些线性不相邻但空间交互的基因做进化分析,发现在进化中邻近的基因在它们的邻近关系被打破之后倾向于在染色体内空间交互。通过分析这些有空间交互的进化分离基因的物种数和组蛋白修饰数据发现,分离的邻近基因具有的物种保守性和组蛋白的共修饰可能促进了邻近基因分离之后在染色体内空间交互。接下来,本文介绍了三种基因对的共定位:染色体内空间交互、进化中始终线性相邻和进化中之前不相邻现在相邻。本文通过对不同共定位的数据进行分析发现:（1）不同类型的共定位对于基因对的共表达、组蛋白的共修饰以及物种的保守性有着不同的贡献;（2）染色体内空间交互这一因素会加强邻近基因对的共表达、组蛋白共修饰以及物种的保守性;（3）三种共定位叠加在一起会得到一个最强的组蛋白共修饰和物种保守性结果。

论文目录

文章来源

类型: 硕士论文

作者: 刘天亮

导师: 连帅彬

关键词: 基因顺序,邻近基因,全基因组加倍事件,染色体内空间交互

来源: 信阳师范学院

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学

单位: 信阳师范学院

分类号: Q941

总页数: 54

文件大小: 4531K

下载量: 121

相关论文文献

• [1].我们身体里的“幽灵”基因[J]. 大自然探索 2016(12)
• [2].基因检测:吃药没用?[J]. 消费者报道 2013(03)
• [3].以红色基因为载体培育和践行社会主义核心价值观[J]. 青春岁月 2018(23)
• [4].人类基因组中巢式基因对的系统分析[J]. 遗传 2010(09)
• [5].关于优化高中生物《基因对性状的控制》一课教学的探讨[J]. 考试周刊 2016(73)
• [6].桥本甲状腺炎患者杀伤细胞免疫球蛋白样受体与人类白细胞抗原基因对频率的分析[J]. 中国免疫学杂志 2014(01)
• [7].红色基因融入大学生社会主义核心价值观教育的对策探讨[J]. 吉林广播电视大学学报 2020(08)
• [8].G_0S_2基因在NSCLC中的表观遗传性改变[J]. 医学研究杂志 2018(07)
• [9].基因中隐藏了什么秘密?[J]. 中国经济周刊 2018(49)
• [10].基因可能影响部分人群择偶[J]. 前沿科学 2008(03)
• [11].鸡源AID基因的克隆及其抗新城疫病毒作用[J]. 中国兽医学报 2019(05)
• [12].基因编辑技术及其在中国的研究发展[J]. 遗传 2018(10)
• [13].好基因也扛不住坏睡眠的“折腾”[J]. 幸福家庭 2018(12)
• [14].红色基因融入大学生社会主义核心价值观教育的思考[J]. 延安大学学报(社会科学版) 2019(02)
• [15].RECQL4基因在肺癌组织中表达与预后的关系[J]. 实用医学杂志 2018(22)
• [16].你了解基因兴奋剂吗[J]. 第二课堂(B) 2018(Z1)
• [17].小鼠LSK及DN原代细胞中基因编辑方法的建立[J]. 生物技术通报 2018(05)
• [18].红色基因遐想[J]. 中华魂 2018(03)
• [19].E1A基因对肝癌细胞放疗增敏作用及其机制探讨[J]. 江苏医药 2010(23)
• [20].Lrtm1基因在成肌分化过程中的功能探索[J]. 重庆医科大学学报 2018(10)
• [21].FHL2基因异位表达对肺癌细胞的影响[J]. 湖南师范大学自然科学学报 2019(04)
• [22].人类白细胞抗原基因与Graves病相关性的研究进展[J]. 医学综述 2019(12)
• [23].鸭SCD1基因对PC3细胞脂质性状的效应分析[J]. 基因组学与应用生物学 2016(09)
• [24].红色基因的内涵与功能的思考[J]. 党史博采(下) 2019(08)
• [25].ITIH5基因在肿瘤中的作用及研究进展[J]. 现代肿瘤医学 2018(06)
• [26].网络基因对电视剧的影响[J]. 新闻论坛 2018(02)
• [27].双向启动子遗传调控位点研究[J]. 智能计算机与应用 2014(01)
• [28].LASS2基因对恶性肿瘤转移抑制作用的研究进展[J]. 山东医药 2016(36)
• [29].siRNA沉默HBx基因对HepG2.2.15细胞迁移能力的影响[J]. 基础医学与临床 2014(06)
• [30].红色基因与社会主义核心价值观的关系分析[J]. 广西教育 2019(03)

标签：基因顺序论文;  邻近基因论文;  全基因组加倍事件论文;  染色体内空间交互论文;