导读:本文包含了序列和同源性分析论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:序列,杆菌,基因,同源性,耐药性,间隔,弧菌。
序列和同源性分析论文文献综述
王妍,郭萌,杜小燕,李长龙,路静[1]（2019）在《长爪沙鼠CST3序列同源性分析及蛋白体外表达》一文中研究指出目的分析长爪沙鼠半胱氨酸蛋白酶抑制剂C (Cystatin C,CST3)cDNA序列同源性,并建立CST3蛋白原核表达体系,为长爪沙鼠CST3抗体制备和后续基因功能研究奠定基础。方法对长爪沙鼠Cst3 cDNA序列进行克隆、同源性分析及密码子优化;将优化后序列酶切连接到pET28a载体,完成重组CST3蛋白表达载体构建;将该载体转化到感受态细胞中,通过异丙基硫代半乳糖苷(Isopropylβ-D-Thiogalactoside,IPTG)诱导实现CST3蛋白的原核表达,并用SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和蛋白质印迹法(Western blotting)验证。结果长爪沙鼠Cst3基因与人和小鼠Cst3基因的序列同源性较低。密码子优化后的长爪沙鼠Cst3表达序列插入到pET28a质粒中,获得了CST3蛋白表达载体。经1 mmol/L IPTG 37℃诱导12 h,可获得大量CST3蛋白。结论成功地构建了长爪沙鼠CST3蛋白的体外表达体系。(本文来源于《实验动物科学》期刊2019年02期）
尹姣姣,何敏,翟晶晶,韩丽娟,牛露露[2]（2019）在《晋中地区鸡致病性大肠杆菌分离株的鉴定及其16S rDNA序列的同源性分析》一文中研究指出为了鉴定晋中地区鸡致病性大肠杆菌,利用传统细菌鉴定方法及16S rDNA序列分析,对分离自晋中地区养殖场送检的30只病死鸡肝中的疑似大肠杆菌菌株进行鉴定及遗传进化分析。结果表明:分离出8株致病性不同的大肠杆菌;鉴定出O78、O2、O11共3种血清型;8株菌均为多药耐药菌,其中对5种及5种以上抗菌药物耐药的菌株达到总分离菌株的87.5%;将8株菌株的16S rDNA基因序列与GenBank中登录的大肠杆菌参考株的16S rDNA基因序列进行比对,同源率均达到99%。经MEGA6.0软件分析后,其位于不同的分支上。本研究结果为进一步研究致病性大肠杆菌的耐药性和对晋中地区大肠杆菌病的有效防治奠定了一定基础。(本文来源于《中国兽医科学》期刊2019年03期）
龚琪,曹金璇,芦天亮[3]（2018）在《基于序列比对的勒索病毒同源性分析》一文中研究指出勒索病毒近年来数量呈爆发式增长,但其中真正的新型家族并不多,多数为已有家族变种。通过研究恶意代码行为特征,提出一种基于序列比对的同源性分析方法。使用沙箱提取勒索病毒动态行为特征,抽取API调用类别,并进行编码、去重,结合序列比对算法计算不同恶意代码之间的相似性,从而分析同源性。数据集选取6类勒索家族及其变种。实验结果表明该方法能较好地分析勒索病毒同源性,并能很好地区分正常软件和勒索病毒。(本文来源于《计算机与现代化》期刊2018年02期）
蒋增海,邓同炜,赵攀登,陈益,卢建洲[4]（2017）在《猪源奇异变形杆菌分离与鉴定及16S rRNA基因序列同源性分析》一文中研究指出为了解奇异变形杆菌在猪群中感染情况,2016年9-12月从河南省规模化猪场采集病料,进行奇异变形杆菌的分离、鉴定及药敏试验;将分离菌株16SrRNA基因序列与GenBlank中其他不同来源且同源性匹配较高的奇异变形杆菌菌株构建系统发育树。结果表明:从河南省规模化猪场18起病例中,共分离3株奇异变形杆菌,分别命名为Ly、Ymh和Hbqx;与其他12株奇异变形杆菌的同源性分别为99.1%~99.4%、99.4%~99.8%和99.4%~99.9%,Ly、Ymh和HbqX间同源性为99.3%~99.4%。其中,Ly与KF051776(中国深圳株)、KC456539(中国云南株)同源性最高,为99.4%;Ymh与HQ259932(中国河北株)同源性最高,为99.8%;Hbqx与KC456539(中国云南株)同源性最高,为99.9%。3株奇异变形杆菌对青霉素、氨苄西林、卡那霉素、阿莫西林、多西环素、恩诺沙星、多粘菌素、氯霉素、萘啶酸和磺胺异恶唑均耐药,对其他药物耐药性不同。(本文来源于《贵州农业科学》期刊2017年12期）
张金金,孙宏虎,司徒潮满,莫浩联,刘小敏[5]（2016）在《多位点序列分型技术在深圳副溶血弧菌同源性分析中的应用研究》一文中研究指出目的了解副溶血弧菌临床分离株的毒力基因、血清型及基因分型特征,探讨多位点序列分型(MLST)分型技术对其同源性分析的应用价值。方法收集深圳地区2007-2014年食物中毒及医院散发病例来源的68株副溶血弧菌菌株,对其进行血清型、毒力基因分析。选择副溶血弧菌MLST数据库提供的7个管家基因,PCR扩增测序后采用Bio Edit、e BURST等软件,对本次研究的68株副溶血弧菌进行MLST同源性分析。结果 68株副溶血弧菌共得到7种不同的血清型,优势血清型为O3∶K6(47/68),其余血清型分别为O4∶K8、O5∶K68、O4∶K13等。副溶血弧菌临床分离株94%为tdh+trh-。MIST分型将68株副溶血弧菌分为5个序列型(ST型),ST3为优势序列型(55/68),其余4种ST型中的ST189与ST345构成一个同源复合体CC345,且ST189为ST345的单位点变异型。结论深圳地区副溶血弧菌所致的腹泻病暴发疫情,其流行菌株ST型别多样化,疾病控制中需警惕非主流ST型别引起暴发可能。(本文来源于《现代预防医学》期刊2016年19期）
陆笑,刘少娟,章锦才,林珊,刘芹[6]（2015）在《多药耐药草绿色链球菌16S rDNA序列同源性分析》一文中研究指出目的对临床分离多药耐药草绿色链球菌进行种间鉴定。方法生理、生化试验;16S r DNA序列同源性分析:提取待鉴定细菌基因组DNA,多聚酶链式反应(PCR)扩增16S r DNA,测序后上传至美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库与已知序列进行比较。结果应用16S r DNA序列同源性分析方法可对因受抗菌药治疗影响,培养困难,糖发酵特征发生改变而无法通过生化试验进行鉴定的菌株做出准确鉴定。结论在无法通过生化试验方法对细菌作出准确鉴定时,16S r DNA序列同源性分析是一种可靠的鉴定方法。(本文来源于《中国临床药理学杂志》期刊2015年23期）
闻海丰,秦瑾,于文静,冯彦蕊,冯忠军[7]（2015）在《应用肠杆菌科基因间重复序列聚合酶链反应对鲍曼不动杆菌进行同源性分析》一文中研究指出目的了解临床不同来源的鲍曼不动杆菌是否存在同源性,判断其是否存在耐药菌株的克隆播散,追踪其在医院交叉感染的可能途径,以便有效防控鲍曼不动杆菌在医院中传播。方法收集2012年10月至2013年6月临床分离的73株多重耐药鲍曼不动杆菌,用肠杆菌科基因间重复序列-聚合酶链反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction,ERIC-PCR)对菌株进行同源性分析。结果 73株多重耐药鲍曼不动杆菌经ERIC-PCR分型分为8个基因型,分别用A、B、C、D、E、F、G、H表示,其中A型31株,B型15株,C型12株,D型8株,E型3株,F型2株,G和H型各为1株。A型为主要的流行株,分布在多个不同的科室。重症监护室(intensive care unit,ICU)分离的菌株存在6个基因型;骨科系统病区存在4个基因型;急诊科有5个基因型;内科发现有6个基因型;外科发现3个基因型。ICU病房环境物体表面共分离出4株鲍曼不动杆菌,其中9号和10号菌株来自于不同患者的床旁,12号和13号来自于护理站电脑键盘。结论临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌存在多个基因型。多重耐药鲍曼不动杆菌存在时间和空间的聚集性。(本文来源于《分子诊断与治疗杂志》期刊2015年04期）
崔照琼,郤翠仙,周玉照,柴俊,刘旭川[8]（2015）在《乳扇制品中乳酸杆菌的分离鉴定及16S rRNA序列同源性分析》一文中研究指出目的乳扇是云南大理白族的一种传统乳制品,明确大理乳扇制品中乳杆菌的多样性及优势种群分布,为科学利用奠定基础。方法采用表型鉴定及16S r RNA鉴定方法,对10个家庭作坊的大理乳扇制品中的乳杆菌进行了分离鉴定。结果共分离到50株乳杆菌,通过表型鉴定为8个种,包括植物乳杆菌10株、德氏乳杆菌7株、发酵乳杆菌6株、干酪乳杆菌6株、棒状乳杆菌4株、鼠乳杆菌2株、弯曲乳杆菌3株和食果糖乳杆菌2株;06422和06430两株表型鉴定未能定种,进一步通过16S r RNA鉴定为植物乳杆菌和马酒乳杆菌,06422株与植物乳杆菌L.arizonensin、L.pentosus和L.plantarum P158的同源性分别是100%、100%和99.9%,与乳杆菌属其它种的同源性为83.4%(L.gallinarum)至93.5%(L.brevis),06430株与L.kefiranofaciens.subsp.Kefirgranum的16S r RNA同源性是99.9%,与乳杆菌属其它种的同源性为83.7%(L.plantarum P158)至96.3%(L.acidophilus)。结论大理乳扇制品中有9种乳杆菌,其优势种群为植物乳杆菌、德氏乳杆菌、发酵乳杆菌和干酪乳杆菌等四种。(本文来源于《中国微生态学杂志》期刊2015年04期）
王鹏飞,王颖芳,段广才,王琳琳,郭向娇[9]（2015）在《志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列的检测及同源性分析》一文中研究指出目的:检测志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR),并与GenBank全基因组中志贺菌重复序列和间隔序列对比,分析其结构特征及同源性。方法:利用PCR法扩增获得志贺菌CRISPR,采用生物信息学方法对重复序列及间隔序列进行同源性分析;运用多序列比对分析间隔序列特点及其与侧翼序列间的联系;BLAST分析间隔序列与质粒和噬菌体的同源性;weblogo分析重复序列碱基频率及RNAfold预测其RNA二级结构;重复序列的同源聚类分析并用BLAST分析重复序列与其他细菌的同源性。结果:被测3株临床志贺菌及9株全基因组志贺菌中均含有不同数量CRISPR;同一个CRISPR中,间隔序列有的相似、有的完全不同,某些CRISPR间隔序列的部分序列与CRISPR侧翼序列存在同源性,某些间隔序列可能是信息基因和操纵基因的拼接重组;重复序列保守性不一致,可能与细菌进化存在一定的联系,重复序列碱基的差异影响茎的长度,从而影响二级结构的稳定性及CRISPR的功能。重复序列与个别远缘菌种具有较高的同源性。结论:志贺菌存在多样的CRISPR结构,不同CRISPR的重复序列保守性不同。某些间隔序列部分与CRISPR侧翼序列同源,某些间隔序列是多基因拼接而成。(本文来源于《吉林大学学报(医学版)》期刊2015年02期）
涂海健,俞柳敏,李励军,陈智伟[10]（2013）在《人乳头状瘤病毒58型L1基因序列测定及同源性分析》一文中研究指出目的了解莆田地区人乳头状瘤病毒(HPV)58型L1基因结构特点和变异规律,为临床治疗和预防提供理论依据。方法采用核酸分子快速导流杂交基因分型芯片(HybriMax)进行HPV基因分型,随机选4例HPV 58型阳性标本,进行基因克隆测序;进一步用DNAstar,clustalx 2.0和Mega5.0软件对测序结果与GenBank中发布的其他国家及国内的32株HPV 58型病毒株L1基因核苷酸和氨基酸序列建立同源性矩阵并分析,同时进行进化树构建。结果 4株HPV 58型病毒株之间的核苷酸同源性为96%~98%,氨基酸同源性为92%~98%;1986年法国株之间的核苷酸同源性为83%~86%,氨基酸同源性为84%~89%;1987年英国株之间的核苷酸同源性为53%~54%,氨基酸同源性为39%~42%;国内2010年香港分离株、2004年江苏分离株之间核苷酸的同源性为96%~100%,氨基酸同源性为92%~99%。从构建系统进化树图可以看出,4株本地区HPV 58型病毒株分别与上海和香港EV999963、DQ057326、HM639611病毒株基因背景最紧密。结论本地区HPV 58型L1基因具有一定的区域性特点。(本文来源于《检验医学与临床》期刊2013年23期）
序列和同源性分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
为了鉴定晋中地区鸡致病性大肠杆菌,利用传统细菌鉴定方法及16S rDNA序列分析,对分离自晋中地区养殖场送检的30只病死鸡肝中的疑似大肠杆菌菌株进行鉴定及遗传进化分析。结果表明:分离出8株致病性不同的大肠杆菌;鉴定出O78、O2、O11共3种血清型;8株菌均为多药耐药菌,其中对5种及5种以上抗菌药物耐药的菌株达到总分离菌株的87.5%;将8株菌株的16S rDNA基因序列与GenBank中登录的大肠杆菌参考株的16S rDNA基因序列进行比对,同源率均达到99%。经MEGA6.0软件分析后,其位于不同的分支上。本研究结果为进一步研究致病性大肠杆菌的耐药性和对晋中地区大肠杆菌病的有效防治奠定了一定基础。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
序列和同源性分析论文参考文献
[1].王妍,郭萌,杜小燕,李长龙,路静.长爪沙鼠CST3序列同源性分析及蛋白体外表达[J].实验动物科学.2019
[2].尹姣姣,何敏,翟晶晶,韩丽娟,牛露露.晋中地区鸡致病性大肠杆菌分离株的鉴定及其16SrDNA序列的同源性分析[J].中国兽医科学.2019
[3].龚琪,曹金璇,芦天亮.基于序列比对的勒索病毒同源性分析[J].计算机与现代化.2018
[4].蒋增海,邓同炜,赵攀登,陈益,卢建洲.猪源奇异变形杆菌分离与鉴定及16SrRNA基因序列同源性分析[J].贵州农业科学.2017
[5].张金金,孙宏虎,司徒潮满,莫浩联,刘小敏.多位点序列分型技术在深圳副溶血弧菌同源性分析中的应用研究[J].现代预防医学.2016
[6].陆笑,刘少娟,章锦才,林珊,刘芹.多药耐药草绿色链球菌16SrDNA序列同源性分析[J].中国临床药理学杂志.2015
[7].闻海丰,秦瑾,于文静,冯彦蕊,冯忠军.应用肠杆菌科基因间重复序列聚合酶链反应对鲍曼不动杆菌进行同源性分析[J].分子诊断与治疗杂志.2015
[8].崔照琼,郤翠仙,周玉照,柴俊,刘旭川.乳扇制品中乳酸杆菌的分离鉴定及16SrRNA序列同源性分析[J].中国微生态学杂志.2015
[9].王鹏飞,王颖芳,段广才,王琳琳,郭向娇.志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列的检测及同源性分析[J].吉林大学学报(医学版).2015
[10].涂海健,俞柳敏,李励军,陈智伟.人乳头状瘤病毒58型L1基因序列测定及同源性分析[J].检验医学与临床.2013
论文知识图
