导读:本文包含了转录因子结合部位论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:生长阻滞和DNA损伤基因45(Gadd45),激活转录因子3(ATF3),荧光素酶报告质粒,启动子活性
转录因子结合部位论文文献综述
周梦雅,何风霞,张婧,刘玉,虞天一[1]（2016）在《转录因子ATF3对大鼠Gadd45β/γ基因启动活性的影响及其可能的结合部位》一文中研究指出目的 :构建大鼠生长阻滞及DNA损伤诱导基因45(growth arrest and DNA-damage-inducible gene 45,Gadd45)β/γ启动子(全长和截短)荧光素酶报告质粒,并观察在大鼠肾小球系膜细胞(glomerular messangial cells,GMCs)中过表达激活转录因子3(activating transcription factor 3,ATF3)后分别对大鼠Gadd45β/γ基因启动活性的影响。同时筛选其可能的ATF3结合位点。方法:采用PCR技术,将扩增出的大鼠Gadd45β基因启动子全长(-1 105~+236 nt)和Gadd45γ基因启动子全长(-913~+72nt)分别插入到荧光素酶报告基因载体p GL3-basic中,获得Gadd45β/γ基因启动子全长荧光素酶报告质粒(p GL3-Gadd45β/γ-FL),再将p GL3-Gadd45β/γ-FL分别与课题组前期构建的大鼠野生型ATF3过表达质粒(p IRES2/ATF3)共转染GMCs,检测其荧光素酶活性,以确定ATF3对Gadd45β/γ基因的启动作用。另用生物信息学软件预测Gadd45β/γ基因启动子上ATF3潜在的结合位点,并据此构建4个Gadd45β和3个Gadd45γ基因启动子截短片段的荧光素酶报告质粒。将Gadd45β/γ基因启动子全长和各截短片段的荧光素酶报告质粒与p IRES2/ATF3共转染GMCs,再行荧光素酶活性测定,以筛选ATF3的结合位点。结果:菌液PCR及核酸测序证实,大鼠Gadd45β/γ基因启动子(全长和截短)的荧光素酶报告质粒均构建成功。将p GL3-Gadd45β/γ-FL分别和p IRES2/ATF3共转染GMCs发现,Gadd45β/γ基因启动子活性均显著增加。而将Gadd45β启动子全长及4个截短质粒分别与p IRES2/ATF3共转染GMCs后显示,p GL3-Gadd45β-4的启动活性显着低于p GL3-Gadd45β-FL、p GL3-Gadd45β-1、p GL3-Gadd45β-2和p GL3-Gadd45β-3。提示ATF3可能结合在Gadd45β基因启动子的(-146~+23 nt)区域。同样,将Gadd45γ启动子全长及3个截短质粒分别与p IRES2/ATF3共转染GMCs后显示,p GL3-Gadd45γ-2、p GL3-Gadd45γ-3的启动活性显着低于p GL3-Gadd45γ-FL和p GL3-Gadd45γ-1。提示ATF3可能结合在Gadd45γ基因启动子的(-456~-61 nt)区域,且这段区域可能包含1个以上ATF3结合位点。结论:成功构建了大鼠Gadd45β/γ基因启动子全长及各截短片段荧光素酶报告质粒,并初步确定了ATF3在Gadd45β/γ基因启动子上的结合区域。(本文来源于《南京医科大学学报(自然科学版)》期刊2016年01期）
刘玉,虞天一,张婧,何风霞,卢燕来[2]（2015）在《转录因子KLF6对大鼠趋化因子CCL5基因启动子活性的影响及其可能的结合部位》一文中研究指出目的:构建大鼠趋化因子CCL5基因启动子(全长和截短)荧光素酶报告质粒,检测大鼠肾小球系膜细胞(glomerular mesangial cell,GMC)中过表达Kruppel样转录因子6(Kruppel-like factor 6,KLF6)对CCL5基因启动子活性的影响。同时,筛选KLF6与CCL5基因启动子区的结合位点。方法:采用PCR技术,将扩增出的大鼠CCL5基因启动子全长序列(-1744nt~-14nt)插入荧光素酶报告基因载体p GL3-basic中,获得CCL5基因启动子全长荧光素酶报告质粒(p GL3-CCL5-FL)。然后,将p GL3-CCL5-FL与大鼠野生型KLF6表达质粒(p IRES2/KLF6)共转染GMC,测定其荧光素酶活性。另用生物信息学软件预测CCL5基因启动子上KLF6潜在的结合位点,并据此构建出4个CCL5基因启动子截短的荧光素酶报告质粒(即p GL3-CCL5-1~4)。将上述CCL5基因启动子全长和各截短的荧光素酶报告质粒分别与KLF6过表达质粒共转染GMC,再行荧光素酶活性的测定,初筛KLF6可能的结合部位。结果:菌液PCR以及核酸测序结果证实,上述所有启动子荧光素酶报告质粒均构建成功。p GL3-CCL5-FL和p IRES2/KLF6共转染GMC结果显示,CCL5基因启动子的活性显着增强。p GL3-CCL5-FL、p GL3-CCL5-1~4分别与p IRES2/KLF6共转染GMC后发现,p GL3-CCL5-4的启动活性显着降低。提示KLF6可能结合在CCL5基因启动子的-343nt~-191nt区域。结论:本实验成功构建了大鼠CCL5基因启动子全长及截短荧光素酶报告质粒,并初步筛查出KLF6在CCL5基因启动子上可能的结合部位在-343nt~-191nt区域。(本文来源于《江苏大学学报(医学版)》期刊2015年06期）
王璐璐,何风霞,赵聃,虞天一,张婧[3]（2015）在《转录因子MZF1对大鼠RGC32基因启动活性的影响及可能的结合部位》一文中研究指出目的 :构建大鼠补体应答基因32(response gene to complement,RGC32)启动子(全长和截短)荧光素酶报告质粒,并观察人胚肾细胞(HEK293)过表达髓锌指基因1(myeloid zinc finger gene1,MZF1)对大鼠RGC32基因启动活性的影响。同时,筛选其可能的MZF1结合位点。方法:将RGC32基因启动子全长(-686~-1 nt)插入到荧光素酶报告基因载体p GL3-basic中,获得RGC32基因启动子全长荧光素酶报告质粒(p GL3-RGC32-FL)后,再将p GL3-RGC32-FL与本课题组前期构建的大鼠野生型MZF1表达质粒(p IRES2-EGFP-MZF1)共转染HEK293细胞,检测其荧光素酶活性,以确定MZF1对RGC32基因的启动作用。另用生物信息学软件预测RGC32基因启动子上转录因子MZF1潜在的结合位点,并据此构建3个RGC32基因启动子截短的荧光素酶报告质粒(即p GL3-RGC32-1、p GL3-RGC32-2和p GL3-RGC32-3)。将上述RGC32基因启动子全长和各截短的荧光素酶报告质粒与MZF1过表达质粒共转染HEK293细胞,再行荧光素酶活性测定,以筛选MZF1的结合位点。结果:菌液PCR及核酸测序证实,大鼠RGC32基因启动子(全长和各截短)的荧光素酶报告质粒均构建成功。将p GL3-RGC32-FL和p IRES2-EGFPMZF1共转染HEK293细胞发现,RGC32基因启动子活性显着增加。而将p GL3-RGC32-FL、p GL3-RGC32-1、p GL3-RGC32-2和p GL3-RGC32-3分别与p IRES2-EGFP-MZF1共转染HEK293细胞后显示,p GL3-RGC32-3的启动活性显着低于p GL3-RGC32-FL、p GL3-RGC32-1和p GL3-RGC32-2。提示MZF1可能结合在RGC32基因启动子的-286~-86 nt区域。结论 :成功构建了大鼠RGC32基因启动子全长及截短荧光素酶报告质粒,证实过表达MZF1可促进RGC32基因的启动,并初步筛查出转录因子MZF1在RGC32基因启动子上可能的结合区域。(本文来源于《南京医科大学学报(自然科学版)》期刊2015年02期）
蒋余圣,钱羽力,余应年[4]（2006）在《哺乳动物细胞POLK、POLH、POLI基因对甲基硝基亚硝基胍的应答反应及其启动子区转录因子结合部位的生物信息学分析》一文中研究指出目的:观察甲基硝基亚硝基胍(MNNG)对培养细胞DNA聚合酶κ、η、ι编码基因表达的影响并用生物信息学方法预测它们的启动子区和启动子区中的转录因子结合部位。方法:利用半定量RT-PCR观察POLK、POLH、POLI基因表达改变。利用在线生物信息学软件,确定它们的启动子区,然后,用转录因子预测软件并结合进化足迹法检出包括启动子区在内的3000bp碱基上游序列中的转录因子结合部位。结果:0.2μmol·L-1MNNG导致细胞POLH和POLI表达水平在处理后6-24h间逐渐上升,升高约1倍;而POLK则呈下降;通过转录因子预测软件分析,在POLK、H和I启动子区分别检出了384个、413个和689个推断的转录因子结合部位;通过进化足迹法分析有效地降低了假阳性率,推断的转录因子结合部位分别下降到158个、80个和40个。结论:低浓度MNNG导致POLH、POLI表达水平升高,而POLK表达水平降低;通过在线软件,我们成功地在POLK,POLH,POLI启动子区分别检出。158、80和40个推断的转录因子结合部位;进化足迹法分析能够有效降低预测软件的假阳性率。(本文来源于《中国病理生理杂志》期刊2006年07期）
蒋余圣[5]（2006）在《POLH、POLI、POLK启动子区转录因子结合部位的生物信息学分析及其重组质粒的构建》一文中研究指出烷化剂尤其是N-亚硝基类烷化剂广泛存在于环境中,引起DNA烷基化。其中单功能烷化剂N-甲基-N'-硝基-N-亚硝基胍(MNNG)是最常用于研究的化学诱变剂和致癌剂,它能和DNA及蛋白质等生物大分子形成加合物(adduct),这些加合物最终可导致染色体异常,点突变和细胞死亡。其引起的与突变有关的主要DNA损伤类型是O~6-甲基鸟嘌呤,这种损伤与肿瘤尤其是胃癌的发生密切相关。 我们实验室曾用一特殊的突变检测系统,直接证明DNA损伤剂可在哺乳动物细胞诱发非定标性突变:首先用低浓度(0.2 M)的短寿烷化剂MNNG(半寿期为1.1h)处理细胞2.5h后,继续培养24h,将重组有用作突变检测的靶基因supFtRNA基因的穿梭质粒pZ189转入细胞复制,发现在未受致癌物直接攻击的穿梭质粒中有较自发突变率高5倍以上的靶基因突变。这种突变并非在接受MNNG攻击以后立刻出现,而是具有时相依存性,在致癌物攻击后其发生率逐渐升高,在12h达最高峰,以后逐渐下降。且突变谱明显不同于由MNNG直接攻击引起的定标性突变,有其突变好发部位的序列特异性。 我们曾发现低浓度DNA损伤剂甲基硝基亚硝基胍(MNNG)在培养细胞中诱发DNA复制保真度下降和X家族聚合酶POL B和B家族聚合酶POL Z(REV3)基因表达上调。我们正在发表的数据也表明,经MNNG处理细胞之POLH和POLI表达水平在处理后6-24h间逐渐上升,升高约1倍;(本文来源于《浙江大学》期刊2006-05-01）
刘天婵,余应年[6]（2004）在《N-甲基-N’-硝基-N-亚硝基胍诱导共表达的蛋白基因启动子区的转录因子结合部位分析》一文中研究指出目的 :分析甲基硝基亚硝基胍 (MNNG)诱导的共表达蛋白的编码基因启动子区的转录因子结合部位。方法 :用进化足迹法 ,结合转录因子数据库的搜索 ,预测共表达蛋白编码基因启动子区共有的转录因子结合部位。凝胶阻滞试验验证对于预测出的转录因子结合部位 ,在MNNG处理细胞中是否确实有相关转录因子的反应。结果 :预测出 11个共同存在于这些蛋白编码基因启动子区的转录因子结合部位 ,其中除已知转录因子激活蛋白 1(activatorprotein 1,AP1)在MNNG处理后被激活外 ,用凝胶阻滞试验又发现在MNNG处理细胞的核提取液中有 2个转录因子—核因子Y(nuclearfactor,NFY)和GATA结合因子 (GATAbindingfactor,GATA)的活性升高。结论 :进化足迹法可以有效地降低转录因子结合部位预测结果中的假阳性率。NFY和GATA转录因子结合部位可能参与对MNNG诱导的共表达蛋白的共调控。(本文来源于《中国病理生理杂志》期刊2004年11期）
刘天婵[7]（2004）在《低剂量MNNG诱导共表达的蛋白基因启动子区的转录因子结合部位分析》一文中研究指出单功能烷化剂N-甲基-N′-硝基-N-亚硝基胍(N-methyl-N'-nitro-N-nitrosoguanidine，MNNG)是一种在环境中广泛存在的化学诱变剂和致癌剂，它能和DNA及蛋白质等生物大分子形成加合物(adduct)。碱基的甲基化损伤，最重要的是O~6-甲基鸟嘌呤导致基因突变形成，后者即发生在损伤碱基的部位。但是环境诱变剂引起的突变也可发生在非DNA损伤部位，它被称之为非定标性突变(nontargeted mutagenesis)。这种突变除了可能由DNA损伤触发的途径外，已证明还有非核起源的信号触发的外遗传(epigenetic)途径介入，激活细胞信号转导通路，引起一系列基因表达的改变而最终导致突变的形成。 我们实验室的研究证明低剂量MNNG处理后的哺乳动物细胞中也存在非定标突变，并且哺乳动物细胞非定标突变的发生机制依赖于细胞信号转导通路介导的基因表达改变。我们发现，低剂量MNNG处理后的人羊膜FL细胞有广泛的细胞反应，并有多个信号转导通路的激活和基因表达的改变。例如DNA复制保真度下降，DNA聚合酶谱发生改变，应用报告基因技术和底物磷酸化检出技术证明细胞一系列转录因子如AP1、CREB、NFκB等被激活，细胞表面受体如表皮生长因子受体、肿瘤坏死因子受体发生聚簇，细胞信号转导通路cAMP-PKA-CREB和JNK／SAPK被激活。更值得注意的是这些有关信号转导通路的激活有的并不依赖于细胞核中的DNA损伤，因为在除去细胞核的细胞中有些细胞通路的激活仍可被诱发。应用蛋白质组学技术发现受低剂量MNNG攻击的FL细胞中蛋白质谱发生了广泛的变化，有60多个蛋白斑点在MNNG处理后发生了显着的变化。鉴定出的蛋白包括多个与转录调控相关的锌指蛋白，如锌指蛋白198、263、14、224、zf6、转录抑制因子cTcF样蛋白、幻肚pple样锌指蛋白等:两个含金属蛋白酶结构域和整合素结合结构域的家族成员ADAM28和ADAM17;两个整合素家族成员pZ整合素和含十个EGF样结构域的整合素(TIED);与细胞信号转导通路有关的蛋白;与细胞周期调控有关的蛋白;与染色体重塑和基因转录抑制有关的蛋白;细胞骨架蛋白以及其他功能未明的蛋白等。 蛋白质表达可以在多个水平受到调控，但是最重要的调控发生于转录起始阶段。本研究对我们实验室前述的蛋白质组学研究结果进行了进一步分析，对表达上调的八个蛋白质的编码基因启动子区进行转录因子结合部位预测，以了解这些蛋白质之间是否存在共同的转录调控通路。我们首先获得这些蛋白质的编码基因，再通过基因组间比较得到它们在小鼠中的同源基因及其启动子。为降低假阳性率，提高预测可靠性，采用进化足迹方法(phylogenetic footPriniing)，获取同源基因启动子的保守区，搜索TRANsFAC转录因子结合部位(transeription faetor bindingsites)位置权重矩阵(position weight matriees，pwM)数据库，筛选出在这些基因启动子保守区中共同存在的转录因子结合部位。并用凝胶阻滞试验进行验证，确定有关转录因子是否在MNNG处理的细胞中发生反应。 在人和小鼠间建立同源基因关系 通过质谱鉴定得到的8个MNNG诱导表达的蛋白质，其编码基因一ZNF 198、ITGBLI、ADAM17、KNG、ITGBZ、PRKCBPI、Fg、ADAM28一的mRNA从GenBank数据库中获取。为减少冗余，仅选取Re份eq的mRNA参考序列来建立人与小鼠的同源基因对。每个mRNA用BLASTN程序与GenBank数据库中的小鼠核酸序列进行比对，找出与其匹配程度最高的mRNA序列，将该序列重新用BLASTN程序与数据库中人的核酸序列比对，如果其中匹配程度最高的序列与最初输入的人mRNA序列一致，则将小鼠中这条序列的编码基因作为人类该基因的同源基因。 转录物定位并建立同源启动子对 为保证进行转录物定位的mRNA其夕端尽量接近转录起始点，每个基因相关的mRNA都用Clustalw进行比较，确定夕端最完整的mRNA，并用MegaBLAST将cDNA与基因组序列比对，确定其5’端位置(见p43，附录2)。选取第一外显少子上游5000bP的序列为包含启动子的转录调控区。人基因的启动子位置进一步用启动子预测软件Fir此F、promoterlnspeetor等进行初步验证(见pl7，表6). 启动子中转录因子结合部位的比较分析 用DBA程序，默认设置，获取每一对同源启动子对的保守区域(见P47，附录3)。分别选取各个基因5’端上游l000bP，用MATCH程序搜索TRANSFAC的PwM中脊椎动物转录因子结合部位数据库，参数矩阵相似性(matrix sirnilarity)的域值定为0.8。矩阵相似性参数的范围是0.0一1.0，0.8的相似性已经非常高。将MATCH的输出结果保存于Excel表格中(见p54，附录4)。再将每对基因所得的结果进行比较，选取位于保守区内，人和小鼠都含有的转录因子结合部位，作为该基因转录因子结合部位的最终输出结果。对这些共表达蛋白启动子区的转录因子结合部位进行横向比较，找到它们共有的转录因子结合部位。 这8个基因在小鼠基因组中都找到了其对应的同源基因(见P15，表3一表4)。由于人和小鼠的ITGBZ基因启动子间用DBA程序没有发现明显的保守区(p50，附录3)，在下一步转录因子结合部位的比较分析时舍(本文来源于《浙江大学》期刊2004-05-01）
转录因子结合部位论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的:构建大鼠趋化因子CCL5基因启动子(全长和截短)荧光素酶报告质粒,检测大鼠肾小球系膜细胞(glomerular mesangial cell,GMC)中过表达Kruppel样转录因子6(Kruppel-like factor 6,KLF6)对CCL5基因启动子活性的影响。同时,筛选KLF6与CCL5基因启动子区的结合位点。方法:采用PCR技术,将扩增出的大鼠CCL5基因启动子全长序列(-1744nt~-14nt)插入荧光素酶报告基因载体p GL3-basic中,获得CCL5基因启动子全长荧光素酶报告质粒(p GL3-CCL5-FL)。然后,将p GL3-CCL5-FL与大鼠野生型KLF6表达质粒(p IRES2/KLF6)共转染GMC,测定其荧光素酶活性。另用生物信息学软件预测CCL5基因启动子上KLF6潜在的结合位点,并据此构建出4个CCL5基因启动子截短的荧光素酶报告质粒(即p GL3-CCL5-1~4)。将上述CCL5基因启动子全长和各截短的荧光素酶报告质粒分别与KLF6过表达质粒共转染GMC,再行荧光素酶活性的测定,初筛KLF6可能的结合部位。结果:菌液PCR以及核酸测序结果证实,上述所有启动子荧光素酶报告质粒均构建成功。p GL3-CCL5-FL和p IRES2/KLF6共转染GMC结果显示,CCL5基因启动子的活性显着增强。p GL3-CCL5-FL、p GL3-CCL5-1~4分别与p IRES2/KLF6共转染GMC后发现,p GL3-CCL5-4的启动活性显着降低。提示KLF6可能结合在CCL5基因启动子的-343nt~-191nt区域。结论:本实验成功构建了大鼠CCL5基因启动子全长及截短荧光素酶报告质粒,并初步筛查出KLF6在CCL5基因启动子上可能的结合部位在-343nt~-191nt区域。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
转录因子结合部位论文参考文献
[1].周梦雅,何风霞,张婧,刘玉,虞天一.转录因子ATF3对大鼠Gadd45β/γ基因启动活性的影响及其可能的结合部位[J].南京医科大学学报(自然科学版).2016
[2].刘玉,虞天一,张婧,何风霞,卢燕来.转录因子KLF6对大鼠趋化因子CCL5基因启动子活性的影响及其可能的结合部位[J].江苏大学学报(医学版).2015
[3].王璐璐,何风霞,赵聃,虞天一,张婧.转录因子MZF1对大鼠RGC32基因启动活性的影响及可能的结合部位[J].南京医科大学学报(自然科学版).2015
[4].蒋余圣,钱羽力,余应年.哺乳动物细胞POLK、POLH、POLI基因对甲基硝基亚硝基胍的应答反应及其启动子区转录因子结合部位的生物信息学分析[J].中国病理生理杂志.2006
[5].蒋余圣.POLH、POLI、POLK启动子区转录因子结合部位的生物信息学分析及其重组质粒的构建[D].浙江大学.2006
[6].刘天婵,余应年.N-甲基-N’-硝基-N-亚硝基胍诱导共表达的蛋白基因启动子区的转录因子结合部位分析[J].中国病理生理杂志.2004
[7].刘天婵.低剂量MNNG诱导共表达的蛋白基因启动子区的转录因子结合部位分析[D].浙江大学.2004