Pseudomonas protegens H78中Crc调控基因突变的转录组学分析

论文摘要

转录后调控子Crc蛋白（Catabolite repression control protein）在防御假单胞菌（Pseudomonas protegens）H78中发挥着重要的代谢调控作用。运用RNA-seq （RNA sequencing）技术,针对H78野生型和H78Δcrc突变株开展比较转录组学研究,利用COG （Clusters of orthologous groups of proteins）、KEGG （Kyoto encyclopedia of genes and genomes）数据库对受到Crc调控的基因进行功能分类。转录组结果显示:Crc突变导致218个基因的转录子水平发生两倍以上的显著变化,其中105个基因表达上调,113个基因表达下调。Crc蛋白对碳、能量、脂肪及氨基酸代谢、抗生素合成等次级代谢具有全局调控作用,比如,脂质转运和代谢的基因簇（H7800275～00283）表达显著下调约2.7～8.1倍,能量生产和转换的cyoA2B2C2D2E1基因簇（H7805248～05252）基因表达显著下调约3.4倍,调控氨基酸转运与代谢的H7804826astAA4DB基因簇（H7804822～04826）基因表达显著上调约4倍,抗真菌剂藤黄绿菌素（pyoluteorin, Plt）的合成基因簇（pltLABCDEFG）、转运基因簇（pltIJKNOP）表达下调平均约3倍,而调控基因簇（pltR, pltM, pltZ）的表达平均下调不足2倍,整体上Plt合成受到Crc的显著正调控。Crc转录组学结果为进一步开展Plt等抗生素合成的分子调控网络与代谢工程研究奠定基础。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张晴晴,王正,刘玉洁,张雪洪,黄显清

关键词: 转录组,藤黄绿菌素

来源: 基因组学与应用生物学 2019年10期

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学

单位: 上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室

基金: 国家自然科学基金(No.31270083,31470196)资助

分类号: Q78

DOI: 10.13417/j.gab.038.004497

页码: 4497-4503

总页数: 7

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