导读:本文包含了基因组甲基化论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:香菇,高温胁迫,DNA甲基化
基因组甲基化论文文献综述
宋爽,刘宇,高琪,赵爽,王守现[1]（2019）在《高温胁迫下香菇基因组甲基化差异分析》一文中研究指出高温是香菇生长发育过程中经常遇到的逆境因子。通过以香菇耐热菌株和热敏感菌株为研究对象,利用MSAP技术分析了两者在高温胁迫后基因组DNA甲基化水平和甲基化模式变化。结果表明,2个香菇菌株在热处理后基因组甲基化水平都表现为上升,但耐热菌株甲基化水平变化大于热敏感菌株;2个菌株DNA同时发生了甲基化和去甲基化现象,但变化模式存在差异。耐热菌株主要发生甲基化,而热敏感菌株主要发生去甲基化。(本文来源于《中国食用菌》期刊2019年10期）
王浩,杨瑛,梁华[2]（2019）在《p73和DAPK基因启动子区CpG岛在不同类型白血病细胞基因组中存在特异甲基化位点的临床研究》一文中研究指出目的探讨死亡相关蛋白激酶(DAPK)与肿瘤抑制基因p73基因启动子区Cp G岛在不同类型白血病细胞基因组中存在特异甲基化位点的情况。方法通过亚硫酸氢盐测序法,研究DAPK与p73基因启动子区Cp G岛在单核细胞系白血病细胞株U937、淋巴细胞系Jurkat、粒细胞系HL-60和正常人白细胞基因组中的甲基化状态,收集测序结果,并对不同Cp G位点甲基化率进行计算;对上述4种细胞来源基因组中的DAPK与p73基因Cp G岛甲基化模式图进行绘制,并对其特异甲基化位点组合进行筛选。在40例正常对照、82例白血病患者外周血标本和白血病细胞株中,采用甲基化特异性PCR法对基因异常甲基化模式的诊断价值进行验证。结果测序含有亚硫酸氢盐测序法产物转化质粒的菌株共106个,且成功绘制DAPK与p73基因Cp G岛甲基化模式图。白血病细胞株DAPK与p73基因去甲基化程度较正常细胞基因组明显升高。在白血病粒细胞系HL-60中,DAPK基因与其它白血病细胞株甲基化状态明显不同。在白血病细胞株和正常细胞中,p73基因甲基化状态完全相反。DAPK基因甲基化检测可有效鉴别粒细胞系与淋巴细胞系白血病,其对急性非淋巴细胞白血病临床诊断的敏感度为68. 57%(24/35),特异度为100. 00%(27/27),准确性为82. 26%(51/62); p73基因甲基化检测可有效鉴别白血病细胞与正常细胞,其对白血病的临床诊断敏感度为29. 03%(18/62),特异度为100. 00%(40/40),准确性为56. 86%(58/102)。结论在不同临床分型的白血病细胞基因组中,DAPK与p73基因启动子区Cp G岛具有特异性的甲基化位点,可用于初步评估白血病不同分型,因此可作为临床重要的潜在肿瘤标志物,能够为后期探究白血病肿瘤甲基化标志物提供可行的检测方法和良好的实验基础。(本文来源于《临床和实验医学杂志》期刊2019年19期）
王倩,潘维浙,余盛南,贾晋,仇玉兰[3]（2019）在《氯乙烯职业暴露工人外周血全基因组DNA甲基化改变的研究》一文中研究指出目的通过全基因组中亚硫酸盐测序技术(Whole genome bisulfite sequencing,WGBS)技术对人外周血DNA进行测序,绘制全基因组DNA差异甲基化谱,筛选出差异甲基化基因,探索氯乙烯致癌的早期生物标志物及其表观遗传机制。材料与方法收集山东某石化公司氯碱厂(暴露组)及山东淄博电厂(对照组)职工体检资料及职业接触资料,采集肘部外周血5ml。根据累积接触剂量及微核试验结果,在暴露组与对照组各选择3个研究对象,通过WGBS对外周血DNA进行测序,并进行KEGG,GO分析,通过甲基化特异性PCR(Methylation specific PCR,MSP)、琼脂糖凝胶电泳技术对筛选出的差异甲基化基因在暴露组与对照组(各50)中加以验证。结果暴露组与对照组相比,WGBS技术在全基因组总共查找到9534个差异甲基化区域(Different methylation region,DMR),其中,4816个DMR处于低甲基化状态,4718个DMR处于高甲基化状态。涉及到的基因包括ATP5G3,ATG2A,IGF2,MTCL1,DNAI2,KIT,MCEMP1,SYNPR,C15orf41,MPI,FKSG61,SLFN5,TEX14,AMOTL2,TNFSF13,ARAF,ZC2HC1C,TPRKB,CDKN2A等,细胞凋亡相关基因BCL2,MADD,TJP2,AEN,TAOK1,BNIP1等,细胞周期、损伤修复相关基因LIPI,LIPH,ATM,GRPEL2,PFKFB3等。KEGG及GO分析结果也显示,以上基因富集到细胞死亡及其调节,程序性细胞死亡及其调节,细胞增殖的调节,蛋白激酶活性等生物功能,富集到癌症等通路。MSP及琼脂糖电泳技术对WGBS技术筛选出的基因(细胞凋亡基因BCL2,细胞周期、损伤修复基因LIPI,LIPH,ATM,GRPEL2,PFKFB3)甲基化水平进行验证,与WGBS结果一致。结论氯乙烯暴露引起全基因组不同程度的甲基化改变,筛选出的基因可为氯乙烯暴露早期生物标志物的筛选提供依据。(本文来源于《中国毒理学会第九次全国毒理学大会论文集》期刊2019-09-17）
王晓伟,马高祥,刘晗婷,储海燕,王美林[4]（2019）在《全基因组DNA甲基化区域遗传变异与胃癌发病风险的关联性及其机制研究》一文中研究指出目的既往的全基因组关联性研究(genome-wide association study,GWAS)已经确定多个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与胃癌(gastric cancer,GC)发病风险相关。然而,因GWAS的多重统计比较而设定的严格显着性阈值可能会拒绝一些具有潜在生物学功能的SNP位点。本研究中我们探讨SNPs可能影响本身或附近CpG位点的甲基化状态从而干扰下游基因的转录调控,进而影响胃癌的发生或进展。材料和方法该研究通过DNA元素百科全书(encyclopedia of DNA elements,ENCODE)注释了基因组中所有CpG岛的基因组位置。结合胃癌GWAS数据,采用Illumina 660W Quad芯片对区域中的所有SNPs进行基因分型,其他独立人群队列进一步验证SNPs与胃癌风险的关联性。此外,通过一系列分子生物学方法探索其可能的分子机制。结果计算CpG岛内SNPs的OR值和95%可信区间(95%CI)。经Bonferroni校正后发现,位于假基因GBAP1启动子区的SNP rs2990245与胃癌发病风险显着相关。独立人群队列(包括1275名胃癌患者和1424名对照)证实:在共显性模型中,携带rs2990245 CC基因型的个体相较于TT基因型个体,罹患胃癌的风险降低了62%(OR=0.38,95%CI=0.23-0.63,P=2.01×10~(-4))。另外,在显性模型和隐性模型中也观察到rs2990245与胃癌发病风险显着关联。综合胃癌GWAS和独立人群队列的分析结果表明,rs2990245与胃癌风险降低显着相关(OR=0.72,95%CI=0.66-0.79,P=5.59×10~(-12))。进一步的分子生物学结果显示,rs2990245可以通过影响GBAP1启动子区的甲基化状态来调节GBAP1的表达。GBAP1可作为竞争性内源RNA(ceRNA),通过竞争性结合miRNA-212-3p,从而促进GBA表达,影响胃癌的进展。结论该研究发现位于假基因GBAP1启动子区的SNP位点rs2990245与胃癌风险的降低显着相关。多态性位点rs2990245可影响GBAP1启动子区内的甲基化水平从而调控GBAP1表达,而GBAP1可发挥ceRNA的作用,竞争性结合miR-212-3p从而促进GBA表达,影响胃癌进展。(本文来源于《中国毒理学会第九次全国毒理学大会论文集》期刊2019-09-17）
杨金荣,阮经艳,曾云,武坤,聂波[5]（2019）在《DNMT3A在IDH1致急性髓系白血病基因组高甲基化中的作用》一文中研究指出目的探讨DNMT3A水平高低对IDH1致急性髓系白血病基因组高甲基化的影响。方法利用人AML细胞株HL60和THP-1,通过转染IDH1、DNMT3A突变表达质粒,研究DNMT3A表达水平高低对IDH1致基因组高甲基化的影响。结果 (1)在IDH1突变的原代AML细胞以及转染IDH1突变表达质粒的人AML细胞株HL60或THP-1中,2-HG和5-甲基胞嘧啶(5-mC)的含量增高;与此同时,DNMT3A的mR NA水平及其蛋白质酶活性也发生了增加(P <0.05);(2)在转染IDH1突变表达质粒的人AML细胞株HL60或THP-1中,抑制DNMT3A的表达水平可以降低5-mC的含量(P <0.05),但并不影响2-HG的表达水平(P=0.989);(3)与单独转染IDH1突变(IDH1 R132H)表达质粒的HL60细胞相比,同时转染IDH1突变(IDH1 R132H)和DNMT3A突变(DNMT3A R882H)表达质粒会使其细胞内5-mC的含量降低(P <0.05);但并不影响2-HG的表达水平(p=1.294)。结论 DNMT3A参与介导IDH1/2突变所致的基因组高甲基化。(本文来源于《昆明医科大学学报》期刊2019年09期）
刘雪梅,楚淑芳,李惠林,刘德亮,赵恒侠[6]（2019）在《荷芪散对痰瘀互结证2型糖尿患者基因组DNA甲基化的影响》一文中研究指出目的观察荷芪散对2型糖尿病患者糖脂代谢的影响,并检测基因组DNA甲基化的变化。方法选择符合入组条件的2型糖尿病痰瘀互结证患者60例,随机分成两组各30例。对照组给予常规治疗,荷芪散组在常规治疗基础上加服荷芪散。观察两组患者在治疗前后的糖代谢指标空腹血糖(FPG)、餐后2小时血糖(2hPG)、空腹胰岛素(FINS)、糖化血红蛋白(HbA1c)和脂代谢指标甘油叁酯(TG)、总胆固醇(TC)、低密度脂蛋白(LDL-C)。从对照组和荷芪散组随机选取治疗后的患者各3例,取外周血,应用甲基化芯片检测启动子区基因组甲基化水平,筛选两组间差异化甲基化位点,并采用GO和KEGG分析甲基化差异的基因。结果两组病例治疗后,与本组治疗前相比,血糖指标FPG、2hPG、FINS、HbAlc和血脂指标TG、TC和LDL-C均明显下降(P<0.01);与对照组相比,荷芪散组病例各血糖指标下降程度更为显着(P<0.05)。甲基化芯片结果显示:共682个基因启动子区CPG差异甲基化区域,其中高CpG密度启动子区426个;甲基化差异基因主要与高分子定位、蛋白质分解代谢有关,主要涉及AMP活化蛋白激酶、胰岛素、萜类生物合成、肾素分泌等信号通路。结论荷芪散能够明显改善2型糖尿病痰瘀互结证患者糖脂代谢指标,其机制可能是通过调节AMPK、胰岛素、萜类生物合成和肾素分泌等信号通路分子的甲基化。(本文来源于《第十二次全国中西医结合内分泌代谢病学术大会暨糖尿病、甲状腺疾病高峰论坛论文资料汇编》期刊2019-09-06）
王静宇,陈晓慧,申序,徐小萍,张梓浩[7]（2019）在《龙眼体胚发生过程中RNA甲基化相关基因全基因组鉴定及表达分析》一文中研究指出为了解龙眼RNA甲基化相关基因的生物学功能,本研究基于基因组和转录组数据,采用生物信息学分析方法,进行龙眼基因组RNA甲基化相关基因成员鉴定,蛋白结构域及特性分析,分子进化树分析,体胚发生过程和组织器官基因表达水平分析以及ABA处理下的定量表达分析。结果显示:龙眼中有7个参与RNA甲基化过程中的关键基因,包括5个RNA甲基转移酶基因和2个去RNA甲基化酶基因;各成员内含子数量差别较大,为4～28个不等;进化树分析显示,龙眼RNA甲基转移酶和去甲基化酶蛋白与甜橙亲缘关系最近;蛋白结构域分析显示,RNA甲基化相关酶具有保守的蛋白结构域;龙眼RNA甲基化相关基因启动子区域中主要含有光响应功能元件、激素响应功能元件、胁迫响应功能元件和分生组织表达响应元件,推测RNA甲基化相关基因可能对植物的生长发育和适应不良环境有一定调节作用;RNA甲基化相关基因部分成员在龙眼体胚不同发生阶段和不同组织器官中的表达有明显区别,推测龙眼RNA甲基化相关基因可能参与不同体胚发育阶段和组织器官形态建成;不同浓度ABA处理下,龙眼EC中RNA甲基化相关基因的表达情况各异,其中DlVIR、DlALKBH10B和DlMTB的相对表达量受到一定的抑制作用,而DlFIP37则呈现上调表达,暗示龙眼RNA甲基化相关基因参与激素响应途径。本研究表明,龙眼RNA甲基化相关基因除了可能在叶的形成、花的发育和植株的形态建成等方面发挥重要的作用外,还可能参与调控胚胎发育和响应非生物胁迫,推测龙眼RNA甲基化相关基因成员在功能上具有差异性和多样性。(本文来源于《热带作物学报》期刊2019年10期）
吴思,孙峥嵘[8]（2019）在《HPV16基因组甲基化对宫颈病变的影响》一文中研究指出人乳头瘤病毒(HPV)导致的生殖道感染是宫颈癌及癌前病变的主要诱因。高致病性HPV16亚型感染可增加宫颈癌的患病风险,但多为自限性感染,仅部分患者发生宫颈癌变,故仍需对HPV携带者的癌变风险进行精确的检测和判断。HPV DNA甲基化与癌症发生发展密切相关,HPV DNA甲基化与病毒载量、复制转录以及病毒致瘤性具有相关性。准确鉴定HPV相关的甲基化模式对宫颈上皮内瘤变具有较好的诊断价值,将有助于改善宫颈癌癌前病变患者的筛查、临床诊断及治疗。(本文来源于《医学综述》期刊2019年16期）
周敏,严超超,岳碧松,范振鑫[9]（2019）在《普通猕猴青年与老年个体间的全基因组差异甲基化》一文中研究指出猕猴属(Macaca)是非人灵长类中分布最广的类群,普通猕猴(M.mulatta)作为人类近缘的模式生物,在生物医学研究中具有独特优势。DNA水平的研究并不能完全解答普通猕猴间的遗传差异,因此需要结合其他水平的数据。表观遗传能够在不改变DNA序列的情况下,引起基因功能的改变。DNA甲基化是表观遗传修饰的主要方式之一。全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)能从单碱基分辨率水平上研究生物的DNA甲基化图谱。本项目通过高通量测序获得两只青年猴(5岁、9岁)和两只老年猴(15岁、18岁)的血液甲基化组数据,对青年和老年组进行了差异甲基化分析。我们分别得到了44×、41×、45×、49×(126.02G、117.78G、128.66G、141.22G)的甲基化测序数据,基因组胞嘧啶覆盖率分别为92.75%、95.42%、95.64%、96.10%。其中甲基化的C(mC)分别占4.17%、4.06%、4.08%、4.23%,并主要以mCG形式存在(分别占87.49%、82.25%、83.31%、84.78%)。从全基因组甲基化水平分布来看,老年组的要略低于青年组。通过构建统计模型并检验,鉴定出了青年组和老年组中存在9,708个差异甲基化区域(DMR),主要分布于内含子55.82%、基因间区30.33%和启动子6.43%,共覆盖7,411个基因。在青年组中高甲基化的DMR有8,050个(82.9%),在老年组中高甲基化的DMR有1,658个(17.1%)。用DMR覆盖的7,411基因进行GO和KEGG注释后发现这些基因显着富集在免疫调节、生长激素、神经调控、血糖代谢等通路中,如Lysosome (KEGG:04142),Phagosome (KEGG:04145),Thyroid hormone synthesis (KEGG:04918),Insulin secretion (KEGG:04911),Dopaminergic synapse(KEGG:04728)。本研究展示了普通猕猴的青年个体与老年个体在全基因组水平的甲基化差异,会结合实验室已经收集产生的年龄相关转录组数据进行甲基化调控-基因表达之间的关联性分析,更深入的研究猕猴基因调控和表达。(本文来源于《第八届中国西部动物学学术研讨会会议摘要汇编》期刊2019-07-18）
赵亚涵,郝海生,杜卫华,庞云渭,闫长亮[10]（2019）在《新鲜、玻璃化冷冻牛卵母细胞体外受精囊胚全基因组甲基化模式初探》一文中研究指出旨在初步分析新鲜及玻璃化冷冻牛卵母细胞体外受精囊胚全基因组甲基化模式。本研究采用单细胞全基因组甲基化测序技术(scWGMS)检测新鲜、玻璃化冷冻牛卵母细胞体外受精囊胚全基因组甲基化水平和差异甲基化区域(DMR),探讨两者之间DNA甲基化水平上的差异。结果表明,新鲜卵母细胞体外受精囊胚的整体甲基化水平显着高于玻璃化冷冻卵母细胞体外受精囊胚的整体甲基化水平(P<0.05)。采用基因本体分析(GO)和相关信号通路(KEGG)对143个DMRs分析,发现生物学过程主要显着富集在新陈代谢、生长发育、细胞定位、细胞刺激反应等,通路主要富集在生长发育、核酸结合及组蛋白乙酰化上,并筛选出几个与之相关的候选基因(FARP2、PI4KA、FAM3D、NCOR2、ZNF827等)。本研究初步发现,玻璃化冷冻牛卵母细胞体外受精囊胚的全基因组甲基化水平显着降低,且DMR区域主要集中在ATP结合、生长发育及组蛋白乙酰化,为提高玻璃化冷冻卵母细胞体外受精囊胚质量提供信息参考。(本文来源于《畜牧兽医学报》期刊2019年06期）
基因组甲基化论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的探讨死亡相关蛋白激酶(DAPK)与肿瘤抑制基因p73基因启动子区Cp G岛在不同类型白血病细胞基因组中存在特异甲基化位点的情况。方法通过亚硫酸氢盐测序法,研究DAPK与p73基因启动子区Cp G岛在单核细胞系白血病细胞株U937、淋巴细胞系Jurkat、粒细胞系HL-60和正常人白细胞基因组中的甲基化状态,收集测序结果,并对不同Cp G位点甲基化率进行计算;对上述4种细胞来源基因组中的DAPK与p73基因Cp G岛甲基化模式图进行绘制,并对其特异甲基化位点组合进行筛选。在40例正常对照、82例白血病患者外周血标本和白血病细胞株中,采用甲基化特异性PCR法对基因异常甲基化模式的诊断价值进行验证。结果测序含有亚硫酸氢盐测序法产物转化质粒的菌株共106个,且成功绘制DAPK与p73基因Cp G岛甲基化模式图。白血病细胞株DAPK与p73基因去甲基化程度较正常细胞基因组明显升高。在白血病粒细胞系HL-60中,DAPK基因与其它白血病细胞株甲基化状态明显不同。在白血病细胞株和正常细胞中,p73基因甲基化状态完全相反。DAPK基因甲基化检测可有效鉴别粒细胞系与淋巴细胞系白血病,其对急性非淋巴细胞白血病临床诊断的敏感度为68. 57%(24/35),特异度为100. 00%(27/27),准确性为82. 26%(51/62); p73基因甲基化检测可有效鉴别白血病细胞与正常细胞,其对白血病的临床诊断敏感度为29. 03%(18/62),特异度为100. 00%(40/40),准确性为56. 86%(58/102)。结论在不同临床分型的白血病细胞基因组中,DAPK与p73基因启动子区Cp G岛具有特异性的甲基化位点,可用于初步评估白血病不同分型,因此可作为临床重要的潜在肿瘤标志物,能够为后期探究白血病肿瘤甲基化标志物提供可行的检测方法和良好的实验基础。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因组甲基化论文参考文献
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[2].王浩,杨瑛,梁华.p73和DAPK基因启动子区CpG岛在不同类型白血病细胞基因组中存在特异甲基化位点的临床研究[J].临床和实验医学杂志.2019
[3].王倩,潘维浙,余盛南,贾晋,仇玉兰.氯乙烯职业暴露工人外周血全基因组DNA甲基化改变的研究[C].中国毒理学会第九次全国毒理学大会论文集.2019
[4].王晓伟,马高祥,刘晗婷,储海燕,王美林.全基因组DNA甲基化区域遗传变异与胃癌发病风险的关联性及其机制研究[C].中国毒理学会第九次全国毒理学大会论文集.2019
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[6].刘雪梅,楚淑芳,李惠林,刘德亮,赵恒侠.荷芪散对痰瘀互结证2型糖尿患者基因组DNA甲基化的影响[C].第十二次全国中西医结合内分泌代谢病学术大会暨糖尿病、甲状腺疾病高峰论坛论文资料汇编.2019
[7].王静宇,陈晓慧,申序,徐小萍,张梓浩.龙眼体胚发生过程中RNA甲基化相关基因全基因组鉴定及表达分析[J].热带作物学报.2019
[8].吴思,孙峥嵘.HPV16基因组甲基化对宫颈病变的影响[J].医学综述.2019
[9].周敏,严超超,岳碧松,范振鑫.普通猕猴青年与老年个体间的全基因组差异甲基化[C].第八届中国西部动物学学术研讨会会议摘要汇编.2019
[10].赵亚涵,郝海生,杜卫华,庞云渭,闫长亮.新鲜、玻璃化冷冻牛卵母细胞体外受精囊胚全基因组甲基化模式初探[J].畜牧兽医学报.2019