巨桉叶绿体基因组密码子偏好性分析

论文摘要

该文针对巨桉叶绿体基因组序列,选取其中长于300 nt且以AUG为起始密码子的43个非重复基因作为研究对象,采用CodonW1.4.2软件分析巨桉叶绿体基因组的密码子使用偏好性。结果表明:第3位密码子的平均GC含量为27.97%; ENC的变化范围为39.49～61.00,平均为47.04; RSCU>1的密码子有31个,其中29个以A/U结尾;中性分析显示,GC12与GC3无显著相关;回归分析未达到显著性水平; ENCplot分析发现,大部分基因落在曲线上或附近;对应分析表明第1轴的贡献率为17.68%,第2轴的贡献率为11.49%,第3轴、第4轴的贡献率分别为8.00%和5.76%,前4轴累计贡献率达42.93%,第1轴与GC、ENC、CAI达到极显著相关。上述分析结果表明,巨桉叶绿体基因组的密码子偏好较弱,密码子第3位偏好以A或U结尾,选择和突变在巨桉叶绿体基因组密码子偏好中起相对均衡的作用,最终确定UUG、CUU、GUU、UCC、UCA、ACA、UAU、UAA、CAU、AAU、AGA和GGA 12个高频高表达密码子为最优密码子。这为转化叶绿体基因密码子优化,提高表达效率和改良巨桉目标性状奠定了坚实基础。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 王鹏良,吴双成,杨利平,王华宇,陈乃明,张照远

关键词: 巨桉,叶绿体,基因组,密码子偏好性

来源: 广西植物 2019年12期

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 林业

单位: 广西优良用材林资源培育重点实验室广西壮族自治区林业科学研究院,广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室北部湾大学,钦州市植物生物技术重点实验室广西钦州市林业科学研究所

基金: 广西科技重大专项项目(桂科AA17204087-3),广西主要用材林资源高效培育与利用人才小高地专项项目(桂财社函[2018]112号),广西优良用材林资源培育重点实验室自主项目(14-A-03-01),广西优良用材林资源培育重点实验室开发课题(12A0301),钦州市科学研究与技术开发项目(20137003)~~

分类号: S792.39

页码: 1583-1592

总页数: 10

文件大小: 155K

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