一种新型抗菌肽基因决定簇的克隆与序列结构特征

一种新型抗菌肽基因决定簇的克隆与序列结构特征

论文摘要

侧孢短芽孢杆菌(Brevibacillus laterosporus)S62-9菌株产生的抗菌肽BBL属于非核糖体合成肽,其生物合成涉及到一系列相关基因。为了获得完整的抗菌肽BBL基因决定簇,本研究基于部分已知的NRPS-A结构域基因序列,以S62-9菌株质粒DNA为模板,采用TAIL-PCR技术对NRPS-A结构域的上游进行扩增,得到一个大小为2.74kb的序列,该序列包含NRPS-A的5′末端序列、pp-binding序列以及1个ABC转运蛋白基因。该序列进一步与已知序列进行序列拼接及软件分析比对,最终获得一个大小为22.2kb的基因簇,该基因簇包含13个Bbl功能结构域,根据功能该基因簇分为3类功能相关基因:一类是编码转运相关蛋白,BblE包含3个ABC转运蛋白,负责抗菌肽向胞外渗透运输;二是催化短肽合成基因,Bbl F包含了pp-binding结构域和NRPS-A结构域,与氨基酸的装载和缩合有关,负责短肽的合成;三是肽链修饰相关基因,Bbl D、Bbl E、Bbl M、Bbl K等基因负责肽的修饰。

论文目录

  • 1 材料与方法
  •   1.1 菌株与试剂
  •   1.2 方法
  •     1.2.1 S62-9菌株质粒DNA的提取
  •     1.2.2 TALL-PCR的引物序列
  •     1.2.3 TALL-PCR扩增
  •     1.2.4 基因克隆测序
  •     1.2.5 序列和结构功能分析
  • 2 结果与分析
  •   2.1 TAIL-PCR扩增5′端序列
  •   2.2 基因决定簇序列拼接与结构分析
  •     2.2.1 抗菌肽跨膜转运相关基因
  •     2.2.2抗菌肽合成相关基因
  •     2.2.3 抗菌肽修饰相关基因
  • 3 讨论与结论
  • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 刘洋,柯晓静,于宏伟,郭润芳

    关键词: 非核糖体肽合成酶,交错式热不对称,克隆,结构特征

    来源: 河北农业大学学报 2019年01期

    年度: 2019

    分类: 农业科技,基础科学

    专业: 生物学

    单位: 河北农业大学食品科技学院

    基金: 国家科技支撑计划(2013BAD10B03),河北省自然科学基金(C2019204043)

    分类号: Q78

    DOI: 10.13320/j.cnki.jauh.2019.0011

    页码: 65-70

    总页数: 6

    文件大小: 423K

    下载量: 129

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