导读:本文包含了基因组克隆论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因组,基因,序列,病毒,叶锈病,赤霉病,玉米。
基因组克隆论文文献综述
赵靓,白彩霞,王小朋,杨侃侃,张达[1]（2019）在《猪细小病毒6型全基因组克隆及遗传进化分析》一文中研究指出对猪细小病毒6型(PPV6)安徽分离株PPV6 AH进行全基因组序列克隆,并进行遗传进化树构建及同源性分析。将病毒基因分10段进行PCR扩增并测序,用SeqMan进行拼接,获得全基因组序列。将PPV6 AH株与GenBank中PPV6其他毒株进行遗传进化分析。结果显示,PPV6 AH基因组全长6 180 bp,与其他国内外15株PPV6全基因的核苷酸序列同源性达到97.1%～99.5%。基于PPV6全基因、NS1及Cap基因构建的遗传进化树显示PPV6 AH株与PPV6 BJ、BJ2、SC及JS株有着共同的进化起源。NS1基因第708、996、1 932核苷酸位点发生突变;Cap基因在第1 205、1 211、1 582、1 614核苷酸位点发生突变;Cap蛋白氨基酸在第402和404位点发生突变。本研究首次报道PPV6在安徽省猪群中存在,该研究结果为安徽地区PPV6的分子遗传进化特征提供了一定的参考。(本文来源于《江苏农业学报》期刊2019年05期）
李宁,储昭辉[2]（2019）在《全基因组关联分析克隆玉米纹枯病数量抗病基因》一文中研究指出【研究背景】土传性立枯丝核菌属真菌引起的水稻、玉米纹枯病发病面积和危害程度逐年加重,生产上缺乏高抗的作物种质资源,急需鉴定更多的数量性状基因进行聚合育种;【材料与方法】利用380份重测序的玉米自交系为材料,以接种5天的单叶鞘病斑扩展长度为表型,在总数约55万SNP的分析平台进行关联分析并对相关基因开展功能解析;【结果与分析】获得318份自交系的有效表型数据,通过GWAS定位到5个控制病斑扩展长度的QTLs位点,对其中的两个基因开展了功能分析研究。其中,ZmFBL41编码一个F-box类型蛋白,其编码区的突变与抗病功能相关。水稻中超量表达感病等位基因会增强纹枯病的感病性,而玉米该基因的Mu突变体增强抗病。功能研究表明,感病基因编码蛋白的F-box结构域可以与E3泛素连接酶成员ZmSKP1-1蛋白相互作用,其LRR结构域与木质素合成酶ZmCAD互作并介导靶标的降解;抗病基因编码蛋白LRR区两个氨基酸的替换突变丧失与Zm CAD互作的能力。与靶标蛋白功能相呼应,ZmCAD的Mu突变体和水稻同源基因的基因编辑敲除突变体均比野生型更感纹枯病;在接种纹枯病菌24-48小时,玉米抗病自交系的木质素的含量显着高于感病自交系。从而提出了ZmFBL41通过LRR结构域的突变逃逸降解CAD,促进木质素合成的抗病机制。另一个基因编码b ZIP类转录因子,其编码区突变介导的抗性可能与介导下游基因的转录调控相关,具体机制仍需进一步研究。【结论】利用GWAS策略,首次从玉米中克隆到纹枯病数量性状抗病基因,并揭示木质素合成权的竞争是纹枯病菌与植物相互作用的关键因素之一。(本文来源于《2019年中国作物学会学术年会论文摘要集》期刊2019-10-27）
王宏伟,孙思龙,葛文扬,赵兰飞,吕忠璠[3]（2019）在《长穗偃麦草基因组解析及重要功能基因的克隆与应用》一文中研究指出长穗偃麦草(Elytrigia elongata (Host) Nevisk.=Syn. Thinopyrum ponticum (Podp.) Barkworth and D. R.Dewey)是小麦远缘杂交利用最广泛和成功的小麦近缘物种之一,在小麦育种和生产中作出重大贡献。本课题组综合利用二代加叁代测序、Bionano、Hi-C等技术,组装了高质量的二倍体长穗偃麦草(Thinopyrum elongatum,2n=2x=14, EE)基因组,共将4.63 Gb的拼接序列锚定到了7条染色体上,占预测基因组大小的95%。Contig及Scaffold的N50长度分别为2.15 Mb和73.24 Mb。对基因组进行注释共得到～45,000个高可信度基因,83%的基因组序列被注释为重复序列。比较基因组学分析发现,长穗偃麦草E基因组约500万年前与小麦A、B、D亚基因组分化,但至今仍在染色体结构上保持了较好的共线性,其中约22,000个基因与小麦参考基因组注释基因具有共线性,3,827个为E基因组特异基因。通过抗病基因家族分析发现CC-NBS-LRR基因在E基因组上大量扩张,尤其是在7E染色体长臂末端形成E染色体组特异区段,与小麦B、D亚基因组共线性区域相比发生倒位;并且,连锁遗传分析发现,长穗偃麦草携带的具有重大应用价值的广谱抗叶锈病基因Lr19和主效抗赤霉病基因Fhb7均被定位在此染色体区间。利用中国春ph1b突变体促进部分同源染色体交换,获得了7E-7D倒位交换重组体,单花滴注接种鉴定表明该小麦-长穗偃麦草短片段易位系赤霉病抗性明显提高,为小麦抗赤霉病育种提供了新的优异种质材料。(本文来源于《2019年中国作物学会学术年会论文摘要集》期刊2019-10-27）
王乐,程磊[4]（2019）在《鲫Carassius auratus基因组中多拷贝瘦素基因的克隆与序列分析》一文中研究指出利用同源扩增方法克隆得到鲫Carassius auratus基因组中四个不同拷贝的瘦素基因(Leptin,Lep),依据系统进化分析结果分别命名为Lepa1、Lepa2、Lepb1和Lepb2。鲫Lep基因的四个亚型彼此间序列变异较大,但基因结构十分保守,均只有2个外显子和1个内含子。四个亚型Lep基因翻译产物的氨基酸序列相似性也较低,预测的蛋白质高级结构十分保守。鲫瘦素及编码基因的这些特点与已知的其他脊椎动物一致。分析结果显示,脊椎动物的Lep基因聚为3类,真骨鱼类的Lepa与Lepb各自分别聚类,以四足动物为主的其他脊椎动物Lep基因聚为一类,支持真骨鱼类较四足动物多经历了一轮基因组加倍的观点。鲤Cyprinus carpio和鲫基因组中均具四个Lep基因亚型,且亚型间序列相似性更高,支持鲤、鲫起源于共同的四倍体祖先。本研究可为后续研究鲫多拷贝Lep基因的生物学功能奠定基础。(本文来源于《水产学杂志》期刊2019年05期）
孙文超,汪伟,辛佳亮,张世亨,黄海鑫[5]（2019）在《广西3株牛源PCV2全基因组克隆与序列分析》一文中研究指出为研究广西地区牛源PCV2流行毒株基因组特性和遗传进化情况,运用PCR技术对广西地区采集的210份牛血清进行检测,结果其中35份样品为PCV2阳性。将3份阳性样品进行全基因组克隆与序列分析,分别命名为PCV2/GX-B2(1 769 nt)、PCV2/GX-B131(1 768 nt)、PCV2/GX-B132(1 767 nt)。同源性显示与猪DK1980PMWS-free株同源性最低(94%),与牛源的Buffalo2株同源性最高(98.6%)。遗传进化分析,3株牛源PCV2毒株均属于PCV2d基因型。本研究报道了PCV2在我国广西地区牛群中的感染情况,并发现广西地区牛群中PCV2的主要流行基因亚型为PCV2d。(本文来源于《中国兽医学报》期刊2019年10期）
张虎,景晓雅,孙柳清,崔爱民,张鹏华[6]（2019）在《玉米矮花叶病毒分离物基因组克隆及多样性分析》一文中研究指出玉米是重要的粮食和经济作物,在国民经济中占有重要地位。玉米矮花叶病毒(Sugercan mosaic virus,SCMV)广泛分布在世界各玉米主产区,严重威胁玉米的安全生产。系统研究SCMV的发生危害、遗传结构与进化机制,对病毒病的防治具有重要意义。从山西省4个玉米主产区采集122个玉米叶片样品(2015年62份,2016年60份)。经RT-PCR检测证实36个样品(2015年20个样品,2016年16个样品)为SCMV阳性,且广泛分布于山西省玉米各个产区。从这些阳性样品中分离、测序、克隆得到了一个新的SCMV分离物,该分离物(包括5'-UTR和3'-UTR端)基因组全长9 539 bp,编码3 063个氨基酸。该分离物与26个SCMV分离物(NCBI)进行一致率、系统发育分析表明SCMV存在较大遗传变异,27个分离物被划分为3个与地理位置无明显相关性的不同进化群体。选择压力分析表明,负向选择可能是SCMV遗传变异的原因之一。对变异位点统计分析发现,该结果将为评估SCMV在中国的流行病学特征奠定基础,有助于SCMV的长期可持续防控策略的制定。(本文来源于《中国农业科技导报》期刊2019年09期）
邓清燕,孔忠新,武小霞,马省伟,袁阳[7]（2019）在《小麦基因组重组冷点区基因克隆策略探讨——以小麦脆杆基因TmBr1为例》一文中研究指出小麦是具有庞大基因组富含重复序列的重要粮食作物。在小麦基因组的着丝粒区、异染色质等区域存在一些重要基因,如位于5A着丝粒区域的赤霉病抗性QTL Fhb5、旗叶宽QTL TaFLW1、千粒重QTL QGw.nau-5A和雄性不育基因Ms3。由于这些染色质区域往往难以发生重组,通过传统的图位克隆方法克隆其中的基因十分困难。为了解决这一难题,不同学者提出了扩大定位群体数量和多样性、降低基因组复杂度的重测序如BSR-Seq、利用辐射等突变手段创造片段缺失突变等解决办法。以上方法或效果不一定好、或耗时费力、或存在假阳性。本研究提出以精细定位为基础,通过对RNA-Seq数据中在双亲或池间有多态的表达基因或表达有差异的基因进行与目标基因的电子位置匹配,确定候选基因,我们将其称为MapRseq。在该方法中,由于精细定位信息已知,候选基因目标明确,假阳性少,因此提高了基因克隆的效率。采用这一策略,我们克隆了小麦脆杆基因TmBr1。TmBr1位于5A染色体近着丝粒区域,物理距离与遗传距离的比值高达1.86Gb/cM。MapRseq不仅适用于重组冷点区的基因克隆,也适用于其他位置基因的克隆。(本文来源于《第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集》期刊2019-08-11）
王静,许鑫,李宛玉,王雪雨,吴倩倩[8]（2019）在《3株鸭乙型肝炎病毒全基因组克隆与序列分析》一文中研究指出对河南南阳、安徽亳州、湖北潜江叁地鸭血清样本用PCR进行鸭乙型肝炎病毒(DHBV)检测,并从叁地经检测为DHBV阳性的样本中各挑选1份进行DHBV全基因的扩增、克隆、测序及序列分析。结果显示,河南南阳、安徽亳州、湖北潜江叁地的鸭乙型肝炎自然感染率分别为17.6%、13.6%、16.1%,差异不显着(P>0.05)。河南南阳、安徽亳州、湖北潜江3株DHBV基因组全长分别为3 024、3 027、3 024 bp,均含有编码P、S和C蛋白的3个开放阅读框。通过各开放阅读框氨基酸同源性比较,发现编码P蛋白的区域差异较大。全基因序列分析显示,3株DHBV核苷酸同源性为95.1%～97.4%,与选取的25株参考株同源性为90.3%～96.2%。遗传进化分析及P蛋白关键位点分析结果表明,3株均为类中国基因型,湖北潜江的DHBV毒株P蛋白3位-345位关键氨基酸残基位点与中国毒株基因型相同,在367位-771位关键氨基酸残基位点与西方毒株基因型相同,推测其产生了重组。结果表明,成功克隆了华中地区的3株鸭DHBV全基因序列,为DHBV的分子流行病学调查提供参考。(本文来源于《动物医学进展》期刊2019年08期）
张富军,张振鲁,张蕊芬,王寻,由春香[9]（2019）在《苹果锈果类病毒火焰海棠分离物全基因组克隆及序列分析》一文中研究指出【目的】检测从山东青岛采集的有"花脸"症状的火焰海棠(Malus‘Flame’)果实是否带有苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)。【方法】提取带有"花脸"症状的火焰海棠果皮总RNA,设计ASSVd特异性引物,利用RTPCR方法进行检测。设计基因特异性引物扩增ASSVd基因组全长,并进行克隆、测序,利用CLC RNA Workbench4预测其二级结构。用DANMAN软件比对来自中国不同地区、不同寄主的苹果锈果类病毒分离物基因序列。用MEGA-7软件分析山东火焰海棠ASSVd分离物与来自不同国家、不同寄主ASSVd分离物的遗传关系。【结果】从山东青岛采集的表现"花脸"症状的火焰海棠果皮中检测到ASSVd,推测火焰海棠果皮的"花脸"症状可能由ASSVd引起。利用基因特异性引物克隆4条ASSVd基因组全长序列,其长度为333～334 bp,在GenBank的登录号依次为MK102981-MK102984。ASSVd序列比对结果显示,来源于不同寄主的分离物存在差异。系统进化树显示ASSVd不存在明显的地区专化性,进一步对ASSVd二级结构分析发现不同寄主的ASSVd致病区(P)存在明显的差异。【结论】从山东青岛采集的带有"花脸"症状的火焰海棠果实带有ASSVd。本研究从火焰海棠检测到ASSVd,明确其为自然寄主之一,且火焰海棠果实的"花脸"症状形成可能与ASSVd侵染有关。(本文来源于《果树学报》期刊2019年08期）
董亚青,朱爱萍,郭广富,朱文斗,于敏[10]（2019）在《6株猪圆环病毒2型全基因组克隆和序列分析》一文中研究指出为了研究猪圆环病毒2型(PCV-2)不同毒株间的基因序列,试验采用PCR方法对有断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)典型症状发病猪的脾脏、淋巴结和肺脏等6份病料(TZ1～TZ6)进行分段扩增PCV-2全基因序列,测序后与GenBank中已知序列进行比对,并用DNAStar软件进行同源性分析及系统进化树的构建。结果表明:测序结果经与GenBank中已知PCV-2序列比较鉴定,确认PCR扩增的6个序列均为PCV-2序列,其长度均为1 767 bp。所得序列与国内毒株JX982227、 KX814348序列的同源性相对较高,为97.7%～99.0%;与国外毒株DQ915584、HQ231328、EF394779、AY424405序列的同源性相对要低一些,为95.8%～96.5%。6株毒株间的同源性较高,为99.1%～100%;TZ3和TZ5与JX982227亲缘关系最密切,6株毒株序列与KX814348的亲缘关系也较近,而与AY424405、HQ231328、EF394779、DQ915584的亲缘关系相对较远。(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2019年13期）
基因组克隆论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
【研究背景】土传性立枯丝核菌属真菌引起的水稻、玉米纹枯病发病面积和危害程度逐年加重,生产上缺乏高抗的作物种质资源,急需鉴定更多的数量性状基因进行聚合育种;【材料与方法】利用380份重测序的玉米自交系为材料,以接种5天的单叶鞘病斑扩展长度为表型,在总数约55万SNP的分析平台进行关联分析并对相关基因开展功能解析;【结果与分析】获得318份自交系的有效表型数据,通过GWAS定位到5个控制病斑扩展长度的QTLs位点,对其中的两个基因开展了功能分析研究。其中,ZmFBL41编码一个F-box类型蛋白,其编码区的突变与抗病功能相关。水稻中超量表达感病等位基因会增强纹枯病的感病性,而玉米该基因的Mu突变体增强抗病。功能研究表明,感病基因编码蛋白的F-box结构域可以与E3泛素连接酶成员ZmSKP1-1蛋白相互作用,其LRR结构域与木质素合成酶ZmCAD互作并介导靶标的降解;抗病基因编码蛋白LRR区两个氨基酸的替换突变丧失与Zm CAD互作的能力。与靶标蛋白功能相呼应,ZmCAD的Mu突变体和水稻同源基因的基因编辑敲除突变体均比野生型更感纹枯病;在接种纹枯病菌24-48小时,玉米抗病自交系的木质素的含量显着高于感病自交系。从而提出了ZmFBL41通过LRR结构域的突变逃逸降解CAD,促进木质素合成的抗病机制。另一个基因编码b ZIP类转录因子,其编码区突变介导的抗性可能与介导下游基因的转录调控相关,具体机制仍需进一步研究。【结论】利用GWAS策略,首次从玉米中克隆到纹枯病数量性状抗病基因,并揭示木质素合成权的竞争是纹枯病菌与植物相互作用的关键因素之一。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因组克隆论文参考文献
[1].赵靓,白彩霞,王小朋,杨侃侃,张达.猪细小病毒6型全基因组克隆及遗传进化分析[J].江苏农业学报.2019
[2].李宁,储昭辉.全基因组关联分析克隆玉米纹枯病数量抗病基因[C].2019年中国作物学会学术年会论文摘要集.2019
[3].王宏伟,孙思龙,葛文扬,赵兰飞,吕忠璠.长穗偃麦草基因组解析及重要功能基因的克隆与应用[C].2019年中国作物学会学术年会论文摘要集.2019
[4].王乐,程磊.鲫Carassiusauratus基因组中多拷贝瘦素基因的克隆与序列分析[J].水产学杂志.2019
[5].孙文超,汪伟,辛佳亮,张世亨,黄海鑫.广西3株牛源PCV2全基因组克隆与序列分析[J].中国兽医学报.2019
[6].张虎,景晓雅,孙柳清,崔爱民,张鹏华.玉米矮花叶病毒分离物基因组克隆及多样性分析[J].中国农业科技导报.2019
[7].邓清燕,孔忠新,武小霞,马省伟,袁阳.小麦基因组重组冷点区基因克隆策略探讨——以小麦脆杆基因TmBr1为例[C].第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集.2019
[8].王静,许鑫,李宛玉,王雪雨,吴倩倩.3株鸭乙型肝炎病毒全基因组克隆与序列分析[J].动物医学进展.2019
[9].张富军,张振鲁,张蕊芬,王寻,由春香.苹果锈果类病毒火焰海棠分离物全基因组克隆及序列分析[J].果树学报.2019
[10].董亚青,朱爱萍,郭广富,朱文斗,于敏.6株猪圆环病毒2型全基因组克隆和序列分析[J].黑龙江畜牧兽医.2019
论文知识图
