导读:本文包含了剪接异构体论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译,主要关键词:异构体,脆性,基因,核蛋白,家蚕,丝氨酸,病毒。
剪接异构体论文文献综述
肖源,刘畅,陈芳,谢小薰,罗彬[1](2019)在《OY-TES-1剪接异构体的表达及临床意义》一文中研究指出前期研究发现癌-睾丸抗原OY-TES-1高表达于肿瘤,为探讨OY-TES-1是否存在剪接异构体及其表达情况,我们利用公共数据库TCGA SpliceSeq查找OY-TES-1剪接异构体并设计合成其特异性引物;通过RT-PCR法检测胶质瘤及结肠癌组织中OY-TES-1剪接异构体的表达及其与临床病理参数间的关系。结果显示,OY-TES-1基因存在一个截短异构体OY-TES-1 V1;在(本文来源于《中国解剖学会2019年年会论文文摘汇编》期刊2019-08-18)
郑葆龙[2](2019)在《恶性脑肿瘤中ACRBP剪接异构体的表达和临床意义分析》一文中研究指出目的:检测和明确肿瘤-睾丸相关抗原ACRBP ORF的选择性剪接区mRNA的存在,检测此剪接异构体在不同类型的恶性脑肿瘤组织中的表达情况,探讨ACRBP的剪接异构体的表达与恶性脑肿瘤类型、ACRBP基因的相关性。方法:(1)临床肿瘤标本收集:2013年-2018年住院并手术的脑肿瘤患者胶质瘤63例(星形细胞瘤33例,胶质母细胞瘤30例),髓母细胞瘤29例。(2)细胞培养:选择实验室稳定传代的细胞株SHG-44(人胶质瘤细胞)、Hep G2(肝癌细胞)、SMMC7721(人肝癌细胞)进行细胞培养。(3)通过选择性剪接相关数据库(Alternative Splicing Database,ASD)对ACRBP基因可能存在的选择性剪接异构体进行预测。针对预测结果,使用Primer Premier 5.0和Oligo 6.0软件设计目标选择性剪接异构体的PCR引物,使用RT-PCR技术检测预测剪接异构体在脑肿瘤样本和细胞株中的表达情况。对表达结果阳性的细胞株样本的PCR扩增产物送公司测序。应用计算机软件对测序结果进行序列的比对分析,经过验证从细胞株样本中提取的mRNA序列与生物信息学预测的序列一致,确定为新的剪接异构体后,对表达结果阳性的脑肿瘤样本采用实时定量PCR反应,检测目标剪接异构体在脑肿瘤组织中的表达情况,分析ACRBP的剪接异构体与临床参数的相关性。结果:(1)TA克隆测序证实了RT-PCR扩增产物为目的基因;(2)成功设计了ACRBP-V5a的特异性引物;(3)从预测的选择性剪接异构体中筛选并证实了一种新型的人类ACRBP基因的剪接异构体——V5a的存在;(4)Hep G2(肝癌细胞),SMMC7721(人肝癌细胞)表达ACRBP-V5a剪接异构体;(5)不同类型的脑肿瘤组织中,该剪接异构体表达阳性率,结果如下:星形细胞瘤30.3%(10/33),胶质母细胞瘤33.3%(10/30),髓母细胞瘤48.3%(14/29),总阳性率37.0%(34/92);在不同类型的脑肿瘤组织中,ACRBP-V5a的表达情况不存在差异(P>0.05);(6)在不同性别患者的脑肿瘤组织中,ACRBP-V5a剪接异构体的表达无明显差异(P>0.05);在高年龄组与低年龄组患者的脑肿瘤组织中,V5a剪接异构体的表达无明显差异(P>0.05);在KPS评分≥70和KPS评分<70患者的脑肿瘤组织中,ACRBP-V5a剪接异构体的表达无明显差异(P>0.05);高级别与低级别脑肿瘤组织中ACRBP-V5a的表达无明显差异(P>0.05);(7)在不同等级和不同类型的ACRBP-V5a阳性脑肿瘤组织中,ACRBP-V5a剪接变体的相对表达水平在年龄、肿瘤分级和肿瘤类型中存在统计学差异(P<0.05),而在性别和卡氏功能状态评分标准(KPS)等方面没有统计学差异(P>0.05)。结论:ACRBP-V5a为一种新型的选择性剪接异构体,可表达于多种类型的人类脑肿瘤和肝癌中。该剪接异构体的表达与脑肿瘤类型及其发生、发展可能有关。(本文来源于《广西医科大学》期刊2019-05-01)
张静,李书琪,黄波,闵清华,姜钰环[3](2019)在《反义寡核苷酸处理伊马替尼耐药慢粒细胞后Bcl-x剪接异构体的变化》一文中研究指出目的探讨反义寡核苷酸Vivo-Morpholinos(vMO)处理对伊马替尼(Imatinib,IM)耐药慢性粒细胞白血病(chronic myeloid leukemia,CML)细胞中Bcl-x基因选择性剪接的影响。方法将IM(1μM)组、荧光标记的vMO、IM联合vMO组(IM+vMO)、空白对照组分别与IM耐药CML细胞株K562/G01细胞进行共培养48h,通过RT-PCR和Western Blot分别检测K562/G01细胞胞内Bcl-x剪接异构体Bcl-xL/Bcl-xS mRNA和蛋白比值变化。结果分别与IM组和vMO组处理K562/G01细胞相比,IM+vMO组的Bcl-xL mRNA和蛋白表达量显着降低,同时Bcl-xS mRNA和蛋白表达量明显升高,而对照组中Bcl-x剪接异构体变化不明显。结论 K562/G01细胞在vMO处理后Bcl-xL/Bcl-xS mRNA和蛋白比值显着下调。(本文来源于《实验与检验医学》期刊2019年02期)
王可尧[4](2019)在《基于RNA-seq数据的可变剪接异构体功能预测方法研究》一文中研究指出蛋白质是构成生命体内细胞和组织的重要成分,其通常由成熟mRNA(可变剪接异构体—isoform)经过翻译后产生。生命体内的绝大多数生命活动都需要蛋白质的参与,因此准确地预测蛋白质的功能能够帮助人类更好地了解生命活动的本质,探索疾病的机理和研究新药物。现有的蛋白质功能预测研究往往都是在基因层面展开的,即预测某个基因具有何种功能。然而单个基因在转录翻译的过程中受可变剪接的影响通常会产生多种不同的蛋白质变种,导致基因层面的功能标注并不能直接对应到每个蛋白质变种上。因此,isoform作为产生蛋白质变种的载体,如何预测isoform功能成为了蛋白质功能预测研究的新方向。然而,isoform层面的数据缺失和其自身真实功能标记的缺失限制了其功能预测研究。高通量转录组测序(RNA-Seq)技术的高速发展与广泛应用产生了大量转录组序列数据,为区分不同isoform提供了高分辨率的数据资源。基于RNA-seq数据的isoform功能预测算法近几年成为研究热点,此类算法都是在RNA-seq数据的基础上,结合已知的基因功能标记和基因-isoform关联关系完成功能预测任务。但是这些方法忽略了基因层面的有益数据,例如基因互相作用数据和基因本体结构数据。此外,现有的isoform功能预测方法还存在两方面的问题待解决:(i)均假设已知的基因功能标记是完整的,但已知的基因功能标记并不完整,存在缺失;(ii)仅将基因功能标记分配至其isoform上,并没有考虑功能标记从isoform到基因的反向聚合。本文针对当前isoform功能预测算法存在的不足,以有效结合基因互作数据和基因本体结构知识数据为抓手,以提升当前isoform功能预测准确率为目标,以多标记多示例学习框架为模型基础,对isoform功能预测问题展开研究,提出两个计算方法。本文的主要贡献包括:(1)针对现有方法仅将基因功能标记单向传递至其isoform和忽视了基因互作数据等问题,本文提出了一种基于异构网络的双随机游走isoform功能预测算法—IsoFun。IsoFun首先基于由多个RNA-seq数据集收集的isoform表达特征数据构建isoform功能关联网络,并将基因的所有功能标记分配给其isoform。然后,IsoFun构建由isoform,基因和GO术语组成的异构网络,以编码基因和isoform之间的从属关系,GO功能术语之间的层次关系和isoform之间的功能关联。这种异构网络可以协同利用基因水平的互作数据,已知的基因GO功能注释以及基因和isoform之间的关系,从而减少不完整单一数据的影响。在此基础上,IsoFun在构建的异构网络上引入了基于双随机游走的标签传播策略预测isoform功能。为了确保基因的已知功能标记被该基因的isoform继承,IsoFun在每次随机游走的迭代中将已知基因功能标记回溯到其最“负责”的isoform上。在人类RNA-seq数据集上的实验结果表明,IsoFun的性能相比现有的isoform功能预测算法的性能有明显提升,通过与自身变种算法的对比,进一步证实了功能标记信息的动态双向传播的优势,基因层面互作数据和基因本体结构数据在isoform功能预测中的辅助作用。此外,在两个isoform功能标记已知的基因ADAM15和BCL2L1的预测结果中,IsoFun能够有效地区分这些基因各自isoform的功能。(2)已知的基因功能标记是不完整的,随着时间的迁移,新的基因功能标记会被加入,但是现有的isoform功能预测算法假设已知的基因功能标记是完整的。针对此问题,本文提出了一种基于协同矩阵分解的isoform功能预测算法—DisoFun。DisoFun假设基因的功能标记是由关键isoform功能标记汇聚获取的。首先,DisoFun对isoform表达特征数据进行聚类分析得到k个关键isoform以及其它isoform与关键isoform的关联关系,再利用isoform与关键isoform的关联将关键isoform的功能标记扩展到全部isoform。其次利用基因与isoform的关联关系将所有isoform的功能标记分别聚合到对应的基因上。在此基础上,整合上述目标,并最大化聚合得到的功能标记与已知的基因功能标记的一致性,将基因功能标记反向推回到关键isoform上,以协调关键isoform的识别和功能预测。鉴于基因相互作用数据和基因本体结构数据在基因功能预测中的重要性,以及基因功能标记的不完整。DisoFun分别利用基因互相作用网络和基因本体层次结构数据构建两个流形正则项来指导基因功能标记的补充,基因-关键isoform关联关系的发现和关键isoform功能标记的预测。实验结果表明,DisoFun相比现有的isoform功能预测方法在预测精度上有着显着的提升,结合基因互相作用网络和基因本体层次性有效地补充了基因和关键isoform的功能标记,进一步提高了isoform功能预测精度。本文还进一步研究了isoform水平功能已知的几个基因(LMNA,BCL2L1和CFLAR),DisoFun能够准确地区分这些基因各自isoform的特有功能。(本文来源于《西南大学》期刊2019-03-25)
曹璐,武小曼,聂品,昌鸣先[5](2018)在《斑马鱼NLRC5剪接异构体在抗菌与抗病毒反应中的功能研究》一文中研究指出NLRC5是胞浆内模式识别受体NOD样受体家族中的一个重要成员,它除了与其他NLR样受体一样参与天然免疫反应的调控,也被证明可作为MHC-I类基因的转录激活因子,调控MHC-I类基因的表达。尽管有关NLRC5参与调控抗病毒、抗菌免疫反应及诱导I型干扰素的功能逐渐被知晓,但是有关NLRC5剪接异构体在天然免疫中的作用还未有过报道。目前,我们对克隆得到斑马鱼zf NLRC5a和zf NLRC5d两种不同的剪接异构体研究发现:zfNLRC5a和zf NLRC5d均由"外显子跳跃"的剪接方式产生;并且两种zfNLRC5剪接异构体均可被病毒和细菌感染所诱导。对NLRC5剪接异构体的功能探究发现,在SVCV病毒感染实验中,体内体外过表达zf NLRC5d提高宿主抗病毒感染能力,而过表达zf NLRC5a对宿主抗病毒感染能力无影响。细菌感染实验的结果表明:体内体外过表达zfNLRC5a和zfNLRC5d有利于细菌的增殖。总之,zfNLRC5a和zf NLRC5d均参与宿主抗病毒和抗细菌免疫反应的调控,但是两者在功能上存在一定的相似性和差异性。(本文来源于《2018年中国水产学会学术年会论文摘要集》期刊2018-11-15)
邱萍,严爱贞,兰风华[6](2018)在《人外周血FMR1基因新型剪接异构体的检测及其初步功能研究》一文中研究指出目的检测人外周血脆性X智力障碍1基因(FMR1基因)新型可变剪接异构体,对其功能进行初步研究。方法采用RT-PCR及T克隆-测序技术,检测正常人外周血白细胞各可变剪接产物类型及丰度,通过免疫印迹技术鉴定其中一类新型异型体(ISO51-ISO53)编码蛋白质的表达水平。通过服务器构建了人FMRP全长蛋白及新型剪接产物ISO51-ISO53编码蛋白质的结构模型,并运用分子克隆技术构建了含编码区全长序列的全长型真核表达载体和含新型可变剪接产物ISO51的真核表达载体,分别对其部分功能进行了研究。结果从505个PCR产物-T载体重组质粒中共鉴定出50种FMR1基因可变剪接产物,其中包括27种未报道过的新型可变剪接产物。FMR1基因可变剪接产物中表达丰度最高的为ISO 17和ISO 7,其次为ISO1和ISO13,其余各类剪接产物出现频率皆不高于5.0%。检测出的新型可变剪接异构体分别涉及外显子3、4、11的跳跃,来自内含子7中30bp、87bp片段及内含子9中46bp、140bp片段的插入。免疫印迹结果显示含来自内含子9的大小为140bp插入片段的新型转录本编码的蛋白在6例成人外周血中均有可检测的表达。构建的含新型可变剪接产物ISO51编码的蛋白结构模型显示其所编码的FMRP截短蛋白在细胞内定位发生了改变。结论该研究丰富了对FMR1基因可变剪接复杂性和多样性的认识,而且为探讨可变剪接对FMRP功能影响、探索FXS发病机制奠定基础。(本文来源于《第十一届全国遗传病诊断与产前诊断学术交流会暨第二届海峡两岸医药卫生交流协会遗传与生殖专业委员会年会论文集》期刊2018-08-03)
刘迪[7](2018)在《IGF-1 Ⅰ类剪接异构体基因敲除兔的构建》一文中研究指出胰岛素样生长因子-1(insulin-like growth factor-1),简称IGF-1,是一种多功能的细胞增殖调控因子。IGF-1基因含有6个外显子,通过其不同转录起始位点和终止位点的可变剪接,能够产生多种不同的mRNA剪接变异体。根据不同的转录起始位点可将IGF-1分为两大类:IGF-1Ⅰ类剪接异构体(起始位点位于1号外显子上)和IGF-1 Ⅱ类剪接异构体(起始位点位于2号外显子上)。IGF-1具有多种生物学功能,主要包括:(1)与生长激素(growth hormone,GH)协同作用,调节机体生长发育;(2)对骨有直接的促生长作用,能够促进成骨细胞发育增殖、长骨生长和骨密度增加;(3)调节体内糖类、蛋白质、脂肪和矿物质代谢,进而影响人体组分的分布,包括肌肉比重、脂肪和体重等;(4)延缓动物认知能力下降的速度,延长多种生物的寿命。研究发现,IGF-1的多种生物学功能与其多种可变剪接异构体密不可分,不同的IGF-1剪接异构体对机体生长发育的功能各不相同。其中IGF-1Ⅰ类剪接异构体在生物体中更为重要,占总IGF-1的70%以上,而IGF-1 Ⅱ类剪接异构体所占比例只有20%左右。本实验中,我们利用CRISPR/Cas9基因编辑技术靶向兔体内IGF-1Ⅰ类剪接异构体,通过Cas9 mRNA/sgRNA注射法获得IGF-1基因敲除兔。结果表明,与正常兔相比,IGF-1基因敲除兔中,IGF-1Ⅰ类剪接异构体mRNA不表达,IGF-1Ⅱ类剪接异构体mRNA表达量基本不变,IGF-1蛋白表达量明显降低。同时,我们对IGF-1Ⅰ类剪接异构体基因敲除兔的表型进行了分析。结果表明,与正常兔相比,IGF-1Ⅰ类剪接异构体基因敲除兔具有个体较小,生长发育迟缓等特征。此外我们还发现基因敲除兔具有糖、脂代谢异常,骨骼肌肌纤维变细等症状。综上所述,本研究利用CRISPR/Cas9技术,成功构建了IGF-1Ⅰ类剪接异构体基因敲除兔,为研究IGF-1不同剪接异构体在动物机体中的不同生物学功能提供理论基础。(本文来源于《吉林大学》期刊2018-06-01)
王方[8](2018)在《SVCV N蛋白单克隆抗体的制备与Viperin及其剪接异构体抗SVCV功能研究》一文中研究指出鲤春病毒血症病毒(Spring Viremia of Carp Virus,SVCV)为单股负链RNA病毒,可引起鲤发生大规模死亡,给渔业带来巨大经济损失。SVCV基因组编码5种结构蛋白,即核蛋白N(Nueleoprotein)、磷酸化蛋白P(Phosphoprotein)、基质蛋白M(Marxprotein)、糖蛋白G(Glycoprotein)和RNA聚合酶L(Polymerase)。其中核蛋白N是组成核衣壳结构的关键蛋白,且表达量最大,在病毒的基因转录及调控中具有重要作用。哺乳动物Viperin具有抗病毒功能,鱼类Viperin在抗病毒过程中也具有重要作用,但其潜在机制尚不清晰。本实验制备了SVCV核蛋白N的单克隆抗体,为探究SVCV N蛋白的功能及病毒检测提供了有效工具;同时围绕SVCV对Viperin及其剪接异构体有何影响,Viperin及其剪接异构体如何影响SVCV感染展开深入研究,以期从天然免疫的角度揭示Viperin的选择性剪接与SVCV的关系,为解析SVCV的免疫与致病机制、防控产品的开发提供科学依据。主要内容如下:1.SVCV N单克隆抗体的制备以含有SVCV N的质粒N-RFP为模板,扩增N基因(1254 bp),并将该基因连接至p GEX-KG载体,构建原核表达质粒。将重组蛋白在感受态BL21中诱导表达及纯化,并将其作为抗原免疫BALB/c小鼠,将血清中抗体效价较高的小鼠免疫B细胞与骨髓瘤细胞SP2/0融合。通过ELISA方法检测,筛选出杂交瘤细胞并命名为N-2。将杂交瘤细胞注射至BALB/c小鼠腹腔内制备大量单抗。间接免疫荧光(IFA)和免疫印记(Western blot)实验结果表明,制备的抗体可特异性识别SVCV N蛋白,且该抗体识别的靶点位于SVCV N的第227~336位氨基酸之间。2.Viperin及其剪接异构体抗SVCV功能研究选择性剪接是真核基因转录后的修饰的过程,存在于大多数免疫相关基因中。本研究在感染了SVCV的胖头鱥肌肉细胞系(Fathead minnow muscle cell,FHM)中发现了一种Viperin的剪接异构体,命名为Viperin_sv1。实验表明SVCV可以诱导Viperin及Viperin_sv1 m RNA的产生,Poly(I:C)对Viperin具有诱导作用但对Viperin_sv1无明显影响。通过IFA实验发现,Viperin及Viperin_sv1部分定位在线粒体,且两者在FHM细胞质中具有共定位的现象。Viperin在SVCV感染早期对病毒具有抑制作用,但随着病毒不断的复制,其抗SVCV作用显着减弱。Viperin_sv1在FHM细胞感染SVCV的不同时间均发挥抗病毒的功能。Viperin_sv1可显着诱导IFN及ISG分子(包括Mxb和PKR)的m RNA产生,而Viperin无此作用。进一步实验发现,Viperin_sv1可以显着诱导IFN上游的RIG-I,IRF3及IRF7的产生,而对NF-κB无明显影响。这表明鱼类Viperin_sv1而非Viperin可通过IRF3/7通路激活IFN进而抑制SVCV的复制。尽管SVCV可诱导Viperin_sv1 m RNA表达,但可以下调其蛋白水平。蛋白酶抑制剂MG132可以保护SVCV引起的Viperin_sv1蛋白水平降解,且可以拯救Viperin_sv1的抗病毒功能。这表明SVCV可调控Viperin_sv1通过蛋白酶体途径降解进而抵消其部分抗病毒作用。(本文来源于《华中农业大学》期刊2018-06-01)
黄心怡[9](2018)在《家蚕BmSpatzle4新剪接异构体的发现及其在体壁中对不同微生物的免疫响应》一文中研究指出在本研究中,我们克隆了1567bp的BmSpatzle4(BmSpz4)cDNA,其中包含一个完整的1386 bp开放阅读框,编码461个氨基酸,克隆所得序列其ORF比家蚕基因组数据库中预测的BmSpz4(BGIBMGA008841-TA)的ORF长108 bp,在5’端多编码36个氨基酸,其前19个氨基酸为信号肽。信号肽是一种存在于大部分的新合成的蛋白质的N端的短肽,信号肽引导新合成的蛋白质向分泌通路转移,在分泌蛋白质的过程中起着非常重要的作用。BmSpz4基因位于3号染色体的Bm_scaf174上,在基因组中只有1个拷贝。BmSpz4基因共有6个外显子、5个内含子,BmSpz4包含了一个Spatzle域。ExPASy预测BmSpz4蛋白的分子量为53.19 kDa,等电点为5.56。ProtScale氨基酸序列的疏水性分析表明,BmSpz4蛋白的最大疏水性为3.333,最小值为-3.011,蛋白质序列的疏水和亲水区交错。BmSpz4的氨基酸序列与冈比亚按蚊、大蜜蜂、果蝇、丽蝇蛹集金小蜂、赤拟谷盗Spz有着较近的亲缘关系。从初步的研究结果判断BmSpz4存在着两种可变剪接体。以5龄3天家蚕幼虫的各组织RNA进行半定量反转录PCR结果显示,BmSpz4基因在家蚕幼虫表皮、头、马氏管、卵巢和精巢中有表达,其中头部表达量最高,在表皮中的表达量次之。向5龄3天的家蚕幼虫体腔分别注射磷酸缓冲液、枯草芽孢杆菌(革兰氏阳性菌)、大肠杆菌(革兰氏阴性菌)以及酿酒酵母(真菌),注射微生物24小时后取家蚕体壁组织,提取总RNA进行半定量反转录PCR,结果显示BmSpz4基因在体壁中的表达量在革兰氏阳性菌和真菌的诱导下有所上调,而革兰氏阴性菌则不能通过诱导使BmSpz4基因的表达量上调,该现象与果蝇中报道的属于Toll信号通路的微生物诱导先天免疫响应的结果相同。此外,BmSpz4的双链RNA干涉的结果也证明对酵母及芽孢杆菌诱导后的体壁抗菌肽的表达有相应的干扰作用。综上所述,BmSpz4基因作为家蚕先天免疫中的一个重要组成部分,在家蚕抗微生物感染中起着十分重要的作用。(本文来源于《江苏科技大学》期刊2018-04-25)
马春霞,陈香玲,李明阳,杨渊,刘淑媛[10](2018)在《剪接因子SRSF7新mRNA剪接异构体在顺铂处理细胞中的变化》一文中研究指出目的:探讨不同梯度浓度顺铂(CDDP)处理不同肺癌细胞后新发现的剪接因子SRSF7 m RNA异构体在同浓度CDDP处理后不同的细胞中的水平变化。方法:采用梯度浓度的CDDP处理肺癌细胞A549(8、18、24、32、40、48及56μmol/L)和H1299(12、24、36、48、60、72及84μmol/L),处理24 h后提取总RNA,进行RT-PCR检测SRSF7 m RNA剪接异构体,并选取NCBI中未确定的异构体进行TA克隆后测序并分析鉴定异构体类型;用56μmol/L的CDDP处理人胚肾细胞293FT,宫颈癌细胞Ca Ski、Si Ha、C33A细胞24 h,提取总RNA后验证新发现的SRSF7 m RNA剪切异构体是否存在这些细胞中。结果:发现3种新的SRSF7 m RNA剪接异构体(分别标记为New1、New2及New3),在肺癌细胞A549、H1299,人胚肾细胞293FT,宫颈癌细胞Ca Ski、Si Ha、C33A细胞等多种肿瘤细胞中均存在,根据NCBI的预测New1,New2,New3异构体均为非编码蛋白的m RNA异构体,随着处理CDDP浓度的增加,其比例明显上升;而编码蛋白的m RNA异构体a和(或)b所占比例明显下降;同时SRSF7的总m RNA水平逐渐降低。结论:新发现的3种非编码的m RNA异构体的变化揭示细胞可能通过SRSF7自身的m RNA选择性剪接来应对DNA损伤。(本文来源于《贵州医科大学学报》期刊2018年02期)
剪接异构体论文开题报告
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
目的:检测和明确肿瘤-睾丸相关抗原ACRBP ORF的选择性剪接区mRNA的存在,检测此剪接异构体在不同类型的恶性脑肿瘤组织中的表达情况,探讨ACRBP的剪接异构体的表达与恶性脑肿瘤类型、ACRBP基因的相关性。方法:(1)临床肿瘤标本收集:2013年-2018年住院并手术的脑肿瘤患者胶质瘤63例(星形细胞瘤33例,胶质母细胞瘤30例),髓母细胞瘤29例。(2)细胞培养:选择实验室稳定传代的细胞株SHG-44(人胶质瘤细胞)、Hep G2(肝癌细胞)、SMMC7721(人肝癌细胞)进行细胞培养。(3)通过选择性剪接相关数据库(Alternative Splicing Database,ASD)对ACRBP基因可能存在的选择性剪接异构体进行预测。针对预测结果,使用Primer Premier 5.0和Oligo 6.0软件设计目标选择性剪接异构体的PCR引物,使用RT-PCR技术检测预测剪接异构体在脑肿瘤样本和细胞株中的表达情况。对表达结果阳性的细胞株样本的PCR扩增产物送公司测序。应用计算机软件对测序结果进行序列的比对分析,经过验证从细胞株样本中提取的mRNA序列与生物信息学预测的序列一致,确定为新的剪接异构体后,对表达结果阳性的脑肿瘤样本采用实时定量PCR反应,检测目标剪接异构体在脑肿瘤组织中的表达情况,分析ACRBP的剪接异构体与临床参数的相关性。结果:(1)TA克隆测序证实了RT-PCR扩增产物为目的基因;(2)成功设计了ACRBP-V5a的特异性引物;(3)从预测的选择性剪接异构体中筛选并证实了一种新型的人类ACRBP基因的剪接异构体——V5a的存在;(4)Hep G2(肝癌细胞),SMMC7721(人肝癌细胞)表达ACRBP-V5a剪接异构体;(5)不同类型的脑肿瘤组织中,该剪接异构体表达阳性率,结果如下:星形细胞瘤30.3%(10/33),胶质母细胞瘤33.3%(10/30),髓母细胞瘤48.3%(14/29),总阳性率37.0%(34/92);在不同类型的脑肿瘤组织中,ACRBP-V5a的表达情况不存在差异(P>0.05);(6)在不同性别患者的脑肿瘤组织中,ACRBP-V5a剪接异构体的表达无明显差异(P>0.05);在高年龄组与低年龄组患者的脑肿瘤组织中,V5a剪接异构体的表达无明显差异(P>0.05);在KPS评分≥70和KPS评分<70患者的脑肿瘤组织中,ACRBP-V5a剪接异构体的表达无明显差异(P>0.05);高级别与低级别脑肿瘤组织中ACRBP-V5a的表达无明显差异(P>0.05);(7)在不同等级和不同类型的ACRBP-V5a阳性脑肿瘤组织中,ACRBP-V5a剪接变体的相对表达水平在年龄、肿瘤分级和肿瘤类型中存在统计学差异(P<0.05),而在性别和卡氏功能状态评分标准(KPS)等方面没有统计学差异(P>0.05)。结论:ACRBP-V5a为一种新型的选择性剪接异构体,可表达于多种类型的人类脑肿瘤和肝癌中。该剪接异构体的表达与脑肿瘤类型及其发生、发展可能有关。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
剪接异构体论文参考文献
[1].肖源,刘畅,陈芳,谢小薰,罗彬.OY-TES-1剪接异构体的表达及临床意义[C].中国解剖学会2019年年会论文文摘汇编.2019
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[5].曹璐,武小曼,聂品,昌鸣先.斑马鱼NLRC5剪接异构体在抗菌与抗病毒反应中的功能研究[C].2018年中国水产学会学术年会论文摘要集.2018
[6].邱萍,严爱贞,兰风华.人外周血FMR1基因新型剪接异构体的检测及其初步功能研究[C].第十一届全国遗传病诊断与产前诊断学术交流会暨第二届海峡两岸医药卫生交流协会遗传与生殖专业委员会年会论文集.2018
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