肠杆菌及临近种属的多位点序列分析

论文摘要

目的为建立适宜的分子分型方法,以弥补16S rDNA在肠杆菌种属聚类分析上的不足,为后续类似菌株鉴定提供参考。方法以肠杆菌属内各个种的模式菌株为研究对象,选择16S rDNA及rpoB、infB、gyrB和atpD基因序列,采用CLUSTALX软件和BioEdit软件进行序列比对和拼接;16S rDNA的相似性通过EzBioCloud数据库在线比对,拼接后的序列经MegAlign软件分析相似性;采用MEGA 7.0软件对序列多态性及系统发育关系进行分析。结果肠杆菌属部分种间的16S rDNA序列高度相似(>99%),且与Lelliottia、Klebsiella及Kosakonia等属的部分种也有98%以上的相似性,其系统发育树的聚类分析显示属内成员并没有完全聚于一簇;16S rDNA序列的变异位点占比为6.44%(74/1 149),rpoB、infB、gyrB和atpD基因串联后的变异位点占比为14.44%(380/2 630)。结论在16S rDNA高度同源的部分种属间,多位点序列分析较清晰地将肠杆菌属与其临近种属区分开,更能真实、准确地反映其生物分类学地位。

论文目录

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张德著,米飞,万永虎,向婧姝,周倩,周藜,杨桃梅

关键词: 肠杆菌属,系统发育分析

来源: 现代预防医学 2019年21期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学

单位: 贵州省疾病预防控制中心,昆明医科大学,贵阳中医药大学

基金: 贵州省疾病预防控制中心青年基金(No:2018-E-1青)

分类号: Q93-33

页码: 3949-3955

总页数: 7

文件大小: 2052K

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