论文摘要
研究证明长非编码RNA(lncRNA)在多种重大人类复杂疾病中起到重要调控作用,包括癌症的发生、发展与预后。因此,开发生物信息学算法、软件和数据库系统研究癌症风险lncRNA具有重要意义。近年来,我们课题组以癌症lncRNA为中心开展了一系列的生物信息学方法研究:首先,我们开发了一套系统的方法全面识别癌症中具有调控活性的lncRNA-miRNA-mRNA竞争三元组,定义并构建了12种癌症的全局竞争活性谱,发现lncRNA的竞争活性具有高度癌症特异性,发现一个由五个调控子组成的功能性模块(H19、miR-17、miR-20、THBS1、MAP3K12),可以作为乳腺癌诊断风险分子标记物。其次,我们系统揭示了lncRNA在恶性肿瘤中的DNA甲基化调控模式,开发了一种重注释策略将Infinium DNA甲基化芯片的探针重新注释到lncRNA功能位点,构建了20种癌症、4629个肿瘤样本和705个正常样本的DNA甲基化谱,识别出癌症状态特异及预后相关甲基化模式的lncRNA。此外,我们系统研究了人类lncRNA上的SNP分布特征,发现人类lncRNA具有较低的SNP密度,发现lncRNA的进化保守区域上存在疾病风险SNP,疾病风险SNP可以通过改变lncRNA的二级结构导致疾病。课题组还开发了多个非编码RNA研究的数据库:LincSNP和MSDD数据库是查询ncRNA疾病风险SNP的数据库;Lnc2Cancer是国际上最大的癌症风险lncRNA数据库;LncACTdb和miRSponge是研究ceRNA的重要数据库;Lnc2Meth是研究癌症lncRNA甲基化模式的重要数据库。在最新的研究中,我们开发了一个基于多网络融合的生物信息学算法CLING (Cancer LncRNA Identification by Network Grouping),通过分析候选lncRNA与已知的癌症lncRNA在不同分子网络中的关系,在全基因组范围内识别癌症风险lncRNA。本研究首先构建了9个lncRNA相关的功能互作网络,通过整合lncRNA在各个网络中的拓扑性质以及每个网络的优化结果,进而生成每种癌症所有候选lncRNA与该癌症相关性的综合排名。通过验证,我们发现CLING比基于单个lncRNA互作网络的优化方法更有效,并且其AUC得分在10种癌症中在0.8516到0.9413之间。值得注意的是,在膀胱癌、乳腺癌、胃癌、肝癌、前列腺癌,卵巢癌和结肠癌的前10位预测的lncRNA中,我们发现了少数lncRNA已经被最近的生物实验证实为癌症相关的lncRNA。此外,对肝细胞癌进行分析表明,我们的方法可以优化出一些无法被差异表达识别的新型癌症lncRNA,如MIR22HG。此外,基于该算法我们还开发了一个在线的软件平台CLING(访问网址为:http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/cling/),该平台整合了表达谱数据、序列信息、分子互作数据及生物学网络数据,使用者可以在线提交和优化癌症候选lncRNA。我们相信CLING有助于识别和揭示lncRNA在癌症发展中的功能及作用机制。
论文目录
文章来源
类型: 国内会议
作者: 宁尚伟
关键词: 癌症,生物信息学,多网络融合,在线软件平台,计算生物学
来源: 中国生物工程学会第十三届学术年会暨2019年全国生物技术大会 2019-11-09
年度: 2019
分类: 基础科学,医药卫生科技
专业: 生物学,肿瘤学,生物医学工程
单位: 哈尔滨医科大学生物信息学院
分类号: R730.2;Q811.4
DOI: 10.26914/c.cnkihy.2019.026862
页码: 333-334
总页数: 2
文件大小: 183k
下载量: 118
相关论文文献
- [1].非小细胞肺癌中LncRNA表达的研究现状[J]. 中国医药导报 2019(32)
- [2].周围神经损伤后lncRNA的表达谱分析[J]. 徐州医科大学学报 2019(12)
- [3].LncRNA在子宫内膜癌发病中的研究进展[J]. 中国妇产科临床杂志 2020(02)
- [4].信号通路相关的lncRNA与骨肉瘤关系的研究进展[J]. 生命的化学 2020(03)
- [5].miRNA与lncRNA在强直性脊柱炎中的研究进展[J]. 中国免疫学杂志 2020(08)
- [6].基于多个lncRNA表达量的风险模型预测胶质母细胞瘤患者预后的研究[J]. 临床神经外科杂志 2020(02)
- [7].LncRNA调控各类细胞成骨分化的机制研究进展[J]. 安徽医科大学学报 2020(04)
- [8].LncRNA在膀胱癌发生发展中的作用机制及其应用研究进展[J]. 山东医药 2020(16)
- [9].促生细菌挥发性物质通过lncRNA调控拟南芥的关键功能基因表达[J]. 安徽农业大学学报 2020(03)
- [10].LncRNA调控肝脏疾病中信号转导通路的研究进展[J]. 中国药科大学学报 2020(03)
- [11].lncRNA在非小细胞肺癌中的研究[J]. 医学信息 2020(12)
- [12].LncRNA在胃癌中的作用及机制研究进展[J]. 肿瘤预防与治疗 2020(07)
- [13].lncRNA与缺血性脑卒中相关分子机制的研究进展[J]. 中风与神经疾病杂志 2020(08)
- [14].炎症性肠病外周血单个核细胞LncRNA表达谱研究[J]. 免疫学杂志 2020(10)
- [15].LncRNA在类风湿关节炎发病机制的研究进展[J]. 实验与检验医学 2020(04)
- [16].LncRNA在结直肠癌中的调控机制[J]. 肿瘤防治研究 2020(10)
- [17].绝经后骨质疏松症相关的LncRNA研究进展[J]. 中国骨质疏松杂志 2019(11)
- [18].探讨LncRNA遗传多态性及其与结直肠癌风险和预后的相关性[J]. 中国医学创新 2019(32)
- [19].LncRNA与新生儿缺氧缺血性脑病关系的研究进展[J]. 中国妇幼健康研究 2019(11)
- [20].LncRNA与心血管疾病的研究进展[J]. 临床与病理杂志 2016(10)
- [21].子痫前期中lncRNA对滋养细胞的作用及机制研究[J]. 现代妇产科进展 2017(01)
- [22].lncRNA在血管疾病中的作用机制研究进展[J]. 中国普通外科杂志 2016(12)
- [23].子宫内膜异位症中LncRNA的研究进展[J]. 中国优生与遗传杂志 2017(01)
- [24].LncRNA在胃癌中的表达及其预后价值[J]. 消化肿瘤杂志(电子版) 2016(04)
- [25].多种lncRNA可影响黑色素瘤的发生和发展[J]. 中南大学学报(医学版) 2017(02)
- [26].LncRNA在恶性脑胶质瘤中的研究进展[J]. 中华神经外科疾病研究杂志 2017(01)
- [27].lncRNA与精神疾病的相关性研究进展[J]. 国际检验医学杂志 2017(06)
- [28].晚期糖基化终末产物诱导皮肤成纤维细胞中lncRNA表达谱的变化[J]. 岭南现代临床外科 2017(02)
- [29].LncRNA在宫颈癌组织中的表达谱变化及意义[J]. 实用癌症杂志 2017(04)
- [30].lncRNA在免疫细胞及自身免疫性疾病中的研究进展[J]. 中国药科大学学报 2017(03)