基于叶绿体全基因组和核糖体编码基因的新木姜子属植物（樟科）的进化差异

论文摘要

热带的植物往往有复杂多样、分布广泛的特点,所以在研究他们的基因组进化和生物地理学时往往会受到很多技术方面的阻碍。樟科植物广泛分布在热带和亚热带地区,是热带雨林的重要组成物种。全世界大约有3000多种樟科植物。但是今年国际自然保护联盟红色名单中樟科植物数量逐年增长,面临灭绝的风险,同时由于樟科植物之间缺乏关键性状特征难以辨认,对樟科植物了解甚少,给保护的研究增加了一定的困难。新木姜子属植物是樟科的一个属,全世界大概有100多种,其中有五十多种分布在中国。目前对于新木姜子属的内部亲缘关系及其在科中的进化位置的研究非常少,在总结前人的分子学研究和形态学研究基础上,我们对新木姜子属的系统进化位置进行了探索。在我们的研究中,我们第一次提出利用全叶绿体基因去讨论新木姜子属的属内属间亲缘关系,在研究中一共使用16个新木姜子属植物和7个樟科其他属的植物,使用Mig-seq和下一代侧序的方法得到的全叶绿体基因、核糖体基因、蛋白编码序列和长单拷贝序列。我们用Orgasm,Geneniou,OGDraw等进行生物学分析,并构建了基于最大似然法的SH-like 系统发育树。结构数据表明N.chuii,N.sericea,N.dealbata,N,ovatifolia,N.cambodiana,N.aurata,N.chuii 在同一个分支A里面,而N.pinninervis,N.zeylanica,N.longipedicellata,N.shingningensis则被归为分支B里面。另一方面,用蛋白编码序列,长单拷贝序列构建的系统发育树被证明不能成功的反映出新木姜子属属内的系统学关系,但基于全叶绿体基因与核糖体基因结合的数据可以较准确的反映出新木姜子属内系统发育关系,同时为新木姜子属是个单系类群提供了有力证据。在综合几种数据方法的使用后,正如我们的研究所证明的那样,全叶绿体基因和核糖体核蛋白编码基因的结合数据开辟了令人兴奋的前景。研究新木姜子属内系统发育对我们研究起源和全球气候变化有一定的意义,并扩充了樟科的基因库。未来我们会加入更多的物种数据进行分析,新木姜子属内进化研究也有待继续完善。

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类型: 硕士论文

作者: 梁熙健

导师: Joeri S.Strijk

关键词: 樟科,全叶绿体基因,新木姜子属,核糖体核蛋白编码基因,系统发育,进化,系统基因组学,分类

来源: 广西大学

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学,生物学

单位: 广西大学

分类号: Q943.2

总页数: 101

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标签：樟科论文;  全叶绿体基因论文;  新木姜子属论文;  核糖体核蛋白编码基因论文;  系统发育论文;  进化论文;  系统基因组学论文;  分类论文;