导读:本文包含了淋巴细胞文库论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:淋巴细胞,文库,泰勒,酵母,卡拉,宏基,基因。
淋巴细胞文库论文文献综述
度尧,谢德胜,陈云天[1]（2018）在《自身免疫性肝炎患者外周血淋巴细胞全长cDNA文库的构建》一文中研究指出目的成功构建自身免疫性肝炎患者外周血淋巴细胞cDNA文库,同时进行文库的鉴定。方法分离自身免疫性肝炎患者外周血淋巴细胞并提取总RNA,利用SMART技术构建全长cDNA文库并进行文库质量的鉴定,最后扩增文库并随机挑取10个噬菌斑鉴定插入片段大小。结果构建的cDNA文库滴度为3.4×108 pfu/mL,重组率>97%,文库经过扩增后滴度达6.6×10~(11)pfu/mL,插入片段长度在0.5～2.0kb之间,平均长度为1.25kb。结论本文构建的自身免疫性肝炎患者外周血淋巴细胞cDNA文库符合建库要求,为进一步筛选、克隆其发病相关基因、探索发病机制奠定基础。(本文来源于《贵州医药》期刊2018年11期）
周晨[2]（2018）在《一、强直性脊柱炎患者肠道菌群特征的宏基因组学研究 二、类风湿关节炎中CD4+ T淋巴细胞亚群TCRβ文库特征研究》一文中研究指出强直性脊柱炎是一种常见的慢性、系统性、炎症性疾病,属于血清阴性脊柱关节病的一种。这类疾病具有类似的临床症状和病理机制,但又具有各自的特点。强直性脊柱炎以中轴和外周关节炎症、起止点炎症为主要特征。我国汉族人群中发病率在0.2-0.45%。强直性脊柱炎好发于20-30岁的青壮年男性,疾病造成的关节局部疼痛和关节活动能力下降,是直接导致患者社会工作能力减退和生活质量降低的原因,给患者及其家庭带来巨大经济和生活负担。用于治疗强直性脊柱炎的长期药物存在一定的毒副作用,部分药物(如生物制剂类)的昂贵价格更是增加了患者的生活成本和负担。目前,针对强直性脊柱炎发病机制研究证实这是一种由遗传、免疫和环境共同作用的复杂疾病,其具体的发病机制尚不明确。近年来,肠道菌群被认为是人类免疫系统稳定的重要参与成员。肠道菌群的异常在多种人类疾病中被发现与疾病的发生发展具有密切关系,如2型糖尿病、炎症性肠病及动脉粥样硬化等。近期的研究也发现,肠道菌群的异常可能与强直性脊柱炎的发生存在关联。已有研究发现某些特定的菌种被证实参与了疾病的发生。然而,仅有少量研究对强直性脊柱炎肠道菌群的异常进行系统的描述。本研究利用宏基因组学的技术,对符合入组标准的85名初治的强直性脊柱炎患者和63名健康对照人群的粪便样本进行了高通量测序,通过对测序序列进行基因比对和分析,从物种和功能两个方面对强直性脊柱炎患者和健康对照的肠道菌群进行了解析,系统的描述了强直性脊柱炎患者肠道菌群的特征,比较了患者和健康对照间的差异,对其可能参与疾病的机制进行了剖析。我们的研究发现,强直性脊柱炎患者的肠道菌群呈显出与健康对照不同的物种组成模式。在基因的多态性和基因丰度上,强直性脊柱炎患者较健康对照明显降低。对物种组成的分析发现,强直性脊柱炎患者在门、科、种水平的富集状态均与健康对照存在差异。强直性脊柱炎患者主要富集在拟杆菌门,而健康对照则表现出相对丰富的多样性,富集在放线菌门(Actinobacteria);厚壁菌门(Firmicutes);梭杆菌门(Clostridia);变形菌门(Proteobacteria)。在科水平和种水平上,两者的富集模式也与门水平类似,患者集中在类杆菌科(Bacteroidaceae);瘤胃球菌科(Ruminococcaceae);紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)3个科中。通过对KEGG通路和模块的分析,我们发现强直性脊柱炎和健康对照在功能基因的分布模式上也存在差异。患者主要功能基因富集于代谢相关通路,而健康对照则相对更为多样。同时,尽管两者的功能基因均在代谢通路上富集,但患者和健康人间再代谢通路的选择上也存在差异,患者富集于脂多糖合成、氨基酸、维生素和辅因子的代谢,而健康对照富集于磷酸戊糖途径相关通路及其他碳水化合物代谢。此外,我们还利用本研究得到的患者和健康对照mOTU信息,建立了一种基于宏基因组学数据的分类诊断模型。我们从富集的mOTU标记中挑选出13个mOTU标记,根据他们在模型中的重要程度对分类器进行调整和检验,最终得到了一个敏感度和特异度都相对可靠的分类器,可以将强直性脊柱炎与健康对照区分开来。综上所述,我们的研究系统分析和描述了强直性脊柱炎患者肠道菌群结构和功能的异常情况。我们的实验结果不但揭示了肠道菌群的失调与强直性脊柱炎疾病间的重要关系,还表明这种异常的菌群分布特征可以作为诊断的辅助工具之一。我们的研究成果为解析疾病的发病机制,开发新型诊断手段提供了新的思路和方法,同时也为基于菌群的干预治疗提供了理论基础。类风湿关节炎(RA)是一种严重破坏关节并导致关节畸形的慢性炎症性自身免疫性疾病。该疾病的病理特点包括血清中自身抗体的出现和关节滑膜局部T淋巴细胞和B淋巴细胞的浸润。其中,CD4+T细胞是RA发病机制中最重要的细胞亚群之一。CD4+ T细胞是适应性免疫中的重要组成部分。适应性免疫中最重要的步骤之一就是TCR与抗原的相互识别。人体的免疫系统通过多种方式来对TCR基因的表达进行调控,从而产生足够的具有识别众多外界抗原的多样性的免疫组库。外周血中α β T细胞是主要识别MHC分子提呈的抗原的细胞亚型,这些T细胞的多样性主要由TCR中的第叁互补决定区(CDR3)所产生。CDR3基因由V、D、J叁个互相分割基因片段构成,他们的重组和排列,是构成CDR3多样性的最重要机制。通过对TCR,尤其是CDR3区域序列的分析,我们可以了解TCR的对抗原识别的情况,尤其是寻找那些可能针对的疾病相关自身抗原TCR克隆。本研究对类风湿关节炎患者和健康对照外周血中CD4+T细胞各种不同亚群TCRβ链进行了测序和分析。我们对在CDR3的长度和多样性上是否存在差异进行了检测,同时分析了了不同亚群细胞中V-J基因的利用率和克隆亚型。通过对细胞亚群间相似指数的计算,我们分析了亚群间是否存在克隆相似性,并通过Circos图进行展示。最后,我们还对细胞间是否存在公共克隆进行了分析。我们的研究发现类风湿关节炎患者TCR克隆与健康对照间存在一定差异,尽管我们没有在患者和健康对照间CDR3的多样性上发现明显的差异,但我们观测到在RA患者中出现了 Tem和Treg细胞多样性的下降趋势,以及Naive T细胞的多样性升高趋势。对V-J基因利用情况的分析发现RA患者Th17细胞V-J基因多样性的明显降低。进一步分析发现RA患者中特异的高表达TRBV28 and TRBV3-1克隆亚型。此外我们还发现在细胞亚群TCR克隆的重迭性上,RA患者Th17/Treg表现为与Tem存在明显的相似性,而健康人则表现为与Tcm更为相似。我们还鉴定了一些在Tem细胞和Th17、Treg细胞中共同表达,特异存在于不同患者而非健康人中的TCR克隆,这些克隆的TCR可能识别疾病相关自身抗原的TCR克隆。通过对TCR与临床指标的相关分析,我们发现病程短于2年的患者的TCR克隆表现出与健康人更大的差异,而长病程患者则与健康人相对一致。综上所述,我们的研究发现类风湿关节炎患者外周血中CD4+ T细胞TCR克隆与健康人间存在一定差异。患者中Th17细胞与Tem亚群的相似性可能是类风湿关节炎外周血中高炎症环境的形成的愿意之一。患者间不同细胞亚群中存在的公共克隆提示了疾病中存在一群具有自身反应性TCR克隆的T细胞。我们的研究首次对多种不同CD4+ T细胞亚群的TCR组库进行了分析和描述,为进一步解析疾病的发病机制提供了一个新的思路。(本文来源于《北京协和医学院》期刊2018-05-01）
高凯丽,李维娜,薛晓畅,张存,郝强[3]（2017）在《T7噬菌体展示人肝癌cDNA文库筛选人CD8~+T淋巴细胞特异结合分子》一文中研究指出目的:利用噬菌体表面展示技术从人肝癌T7 cDNA文库中筛选出能与人CD8~+T淋巴细胞特异结合的蛋白分子。方法:以人CD8~+T淋巴细胞为筛选靶标,对人肝癌T7 cDNA噬菌体肽库进行4轮"吸附-洗脱-扩增"生物淘选与富集,ELISA鉴定特异结合的噬菌体单克隆;对获得的阳性克隆裂解液进行PCR扩增及DNA测序,然后进行生物信息学分析,确定所编码的结合蛋白。结果:经过4轮筛选,结合人CD8~+T淋巴细胞的噬菌体克隆得到富集,通过测序与同源性比对分析获得17个特异性结合的多肽序列;生物信息学分析发现阳性噬菌体克隆的同源蛋白中,可能与肝癌免疫逃逸相关的分子有Unc-51样自噬活化激酶1(ULK1)、一般受体磷酸肌醇相关支架蛋白1(GRASP)、中间α球蛋白抑制因子H1(ITIH1)、富含亮氨酸重复8家族成员D(LRRC8D)和CD164等。结论:从人肝癌T7 cDNA噬菌体肽库中筛选获得了能与人CD8~+T淋巴细胞特异结合的分子,为阐明人肝癌发生发展过程中肿瘤免疫逃逸相关机制奠定了基础。(本文来源于《生物技术通讯》期刊2017年03期）
张泽彪,赵玉华,周文婷,汪宇峰,赵晨琼[4]（2017）在《优秀单板U型场地滑雪运动员外周血淋巴细胞cDNA文库构建及ESTs分析》一文中研究指出构建一个优秀单板U型场地滑雪运动员血液的cDNA文库,经测序从中获取大量的表达序列标签(Expressed Sequence Tags)ESTs,用于基因筛选和功能预测。方法:通过对多名优秀冰雪运动员血液样品的总RNA进行提取、混合总RNA,合成双链cDNA、蛋白酶K消化、Sfi1酶切并连接载体、λ噬菌体的包装,经扩增最终获得优秀冰雪运动员cDNA文库;随后从文库中随机挑选500个克隆提交至北京诺赛基因组研究中心有限公司进行测序,测序结果利用Chromas软件去低质量样品,使用Gen Bank中的BLAST功能对所获序列进行比对获取相关信息,将获得的ESTs信息提交PAN THR和GO(Gene O ntology)生物信息数据库进行基本归类分析,从中获取运动员c DN A文库中所涵盖的重要遗传信息。结果:得到滴度分别为1.32×106 pfu/m L和1.65×1010 pfu/m L的未扩增文库和扩增后文库,扩增后文库的重组率为90.6%;得到长度在300~1 100 bp序列360个,平均长度606 bp;通过BLAST比对得出201条具有注释的基因信息,利用PANTHER数据库基本分析发现这些基因分布在27个pathway上,其中TXN、MDH1、AR L1、AR PC3、ACTG1等基因分别分布在参与新陈代谢、氧化应激反应、心血管系统机能等相关联的信号通路上,推测其可能与运动能力存在关联。通过GO分析对所测序列进行归类得到在该数据库中具有功能注释的基因143个,参与31项不同功能,主要包括细胞组分、分子功能和生物过程。结论:构建了一个全长的运动员cDNA文库,其质量符合构建cDNA文库的标准。(本文来源于《首都体育学院学报》期刊2017年03期）
秦鸽鸽,关贵全,刘军龙,刘爱红,谢俊仁[5]（2015）在《羊外周淋巴细胞酵母双杂交文库构建》一文中研究指出目的:据报道,Tl SP蛋白具有较强的免疫原性和抗原保护性。因此,对此蛋白的深入研究具有重要意义。本实验通过研究吕氏泰勒虫裂殖体与羊淋巴细胞之间的相互作用,来研究Tl SP蛋白在泰勒虫入侵宿主过程中的作用。方法:以密度梯度离心分离出未感染泰勒虫羊淋巴细胞,提取总RNA,经反转录合成单链c DNA,通过LD-PCR合成ds c DNA。层析柱剔除250 bp以下的小片段c DNA;将双链c DNA与文库质粒p GADT7-Rec一起转入到酵母Y187感受态细胞内,双链c DNA与文库质粒通过同源重组形成重组质粒,通过抗性筛选即可得到酵母双杂交c DNA文库。结果:对文库进行评定,文库滴度达1.088×108 CFU,细胞密度为1.075×109 cell/ml,并随机挑取36个文库菌落进行PCR,核酸电泳显示插入片段长度在250~3000 bp之间,重组率为92%。结论:各项数据显示文库达到酵母双杂交调取相互作用蛋白的要求。(本文来源于《中国动物学会寄生虫学专业委员会第十五次全国学术会议暨第六次国际寄生虫学学术研讨会论文摘要集》期刊2015-08-12）
秦鸽鸽,关贵全,刘军龙,刘爱红,谢俊仁[6]（2015）在《羊外周淋巴细胞酵母双杂交文库构建》一文中研究指出羊泰勒虫病(ovine and caprine theileriosis)是由蜱传播的寄生于绵羊和山羊巨噬细胞、淋巴细胞和红细胞内的泰勒科泰勒属的原虫所引起疾病的总称。该病在我国大部分地区都有分布,但在我国北方地区危害最为严重,主要呈地方性流行,能引起绵羊和山羊的大批死亡,因而给养羊业造成重大的经济损失。已报道我国的羊的泰勒虫有3个种,尤氏泰勒虫(Theileria uilenbergi)、吕氏泰勒虫(T.luwenshuni)和绵羊泰勒虫(T.ovis)。其中尤氏泰勒虫和吕氏泰勒虫致病力最强,绵羊泰勒虫致病力很弱或没有致病性。T1SP是吕氏泰勒虫的一种表面膜蛋白。有研究表明,T1SP是吕氏泰勒虫在子孢子、裂殖体及裂殖子叁个阶段均有表达,其重组蛋白不仅与吕氏泰勒虫阳性血清发生反应,还与环形泰勒虫、尤氏泰勒虫及绵羊泰勒虫等的阳性血清也能发生反应。据报道,T1SP蛋白具有较强的免疫原性和抗原保护性。因此,对此蛋白的深入研究具有重要意义。本实验通过研究吕氏泰勒虫裂殖体与羊淋巴细胞之间的相互作用,来研究T1SP蛋白在泰勒虫入侵宿主过程中的作用。实验以羊外周淋巴细胞为材料,构建羊淋巴细胞酵母双杂交的cDNA文库。首先,以密度梯度离心分离出未感染泰勒虫羊淋巴细胞,提取总RNA,经反转录合成单链cDNA,通过LD-PCR合成ds cDNA。层析柱剔除250 bp以下的小片段cDNA;将双链cDNA与文库质粒pGADT7-Rec一起转入到酵母Y187感受态细胞内,双链cDNA与文库质粒通过同源重组形成重组质粒,通过抗性筛选即可得到酵母双杂交cDNA文库。对文库进行评定,文库滴度达1.088×10~8 CFU,细胞密度为1.075×10~9 cell/ml,并随机挑取36个文库菌落进行PCR,核酸电泳显示插入片段长度在250~3000 bp之间,重组率为92%,达到酵母双杂交调取相互作用蛋白的要求。(本文来源于《中国畜牧兽医学会兽医寄生虫学分会第十叁次学术研讨会论文集》期刊2015-07-25）
陈玉明,高玉龙,张礼洲,王念,高立[7]（2014）在《鸡法氏囊B淋巴细胞cDNA酵母表达文库的构建与鉴定》一文中研究指出为了研究传染性法氏囊病病毒(IBDV)与宿主B淋巴细胞作用机制,构建鸡法氏囊B淋巴细胞酵母表达文库,试验从3周龄SPF鸡中摘取法氏囊,分离制备B淋巴细胞,从中提取细胞总RNA,使用SMART和LD-PCR技术合成双链cDNA,并进一步与线性化载体pGADT7-Rec共同转化Y187酵母感受态细胞,通过同源重组构建酵母表达文库。结果表明:所构建cDNA文库的效价为9.5×107cfu/mL,重组率为100%,可以用于酵母双杂交试验。(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2014年19期）
岑双庆,李有全,刘志杰,陈泽,杨吉飞[8]（2014）在《感染环形泰勒虫裂殖体的牛淋巴细胞酵母双杂交文库的构建》一文中研究指出为研究环形泰勒虫裂殖体与牛淋巴细胞之间的相互作用,以感染了环形泰勒虫裂殖体的淋巴细胞系为材料,构建了感染环形泰勒虫裂殖体的牛淋巴细胞系的酵母双杂交cDNA文库。首先,提取纯化细胞系的mRNA,经反转录合成第一条链cDNA,通过LD-PCR合成双链cDNA。柱层析剔除250bp以下的小片段;将双链cDNA与经SmaⅠ处理过的文库质粒pGADT7-Rec一起转入到酵母Y187感受态细胞内,双链cDNA与文库质粒会发生同源重组,经过抗性筛选即可得到酵母双杂交cDNA文库。文库构建结果显示,该文库库容量达2.4×107 CFU,插入片段的平均长度在1 000bp左右,达到试剂盒建库要求。(本文来源于《中国兽医科学》期刊2014年07期）
潘伊微[9]（2014）在《新疆多浪羊外周血淋巴细胞cDNA文库的构建及IL-8相关基因的筛选》一文中研究指出本文以多浪羊外周血淋巴细胞为实验材料,采用SMART技术,构建了多浪羊外周血淋巴细胞的cDNA文库,用地高辛标记的IL-8探针与构建的文库进行核酸杂交筛选,并对筛选结果进行了初步分析。首先,从多浪羊外周血中分离淋巴细胞,用Trizol提取多浪羊外周血淋巴细胞的总RNA,逆转录合成了第一链cDNA,LDPCR扩增后获得双链DNA,采用蛋白酶K和Sfi I消化,产生的接头和cDNA片段经CHROMA SPIN-400柱离心分离,收集400bp以上的cDNA片段,然后将这些外源片段与λTriplEx2 Vector载体连接后转染噬菌体,测定初始文库滴度,之后进行文库扩增。结果表明,构建的cDNA文库初始滴度为5.6×107pfu/mL,克隆文库滴度为1.5×10pfu/mL。由此结论说明所构建的多浪羊外周血淋巴细胞cDNA文库容量符合文库构建的标准,该cDNA文库可以方便地从中筛选所需的目的基因,更为重要的是可以用于分离全长基因,为更进一步开展基因功能研究奠定基础。以地高辛标记的IL-8基因为探针,在多浪羊外周血淋巴细胞cDNA文库中进行非特异性筛选免疫应答相关基因,经2轮筛选挑取阳性克隆菌送测序,获得了 7个与多浪羊IL-8免疫相关基因。经DNAtools软件分析筛选到的阳性克隆核酸序列,并登陆NCBI BLAST分别对筛选所得基因进行核酸同源性检索与蛋白质相似性比较,登录Expasy tools分析氨基酸序列,经分析说明筛选得到的基因分别是葡萄糖磷酸异构酶(GPI)、辅酶Q-细胞色素C还原酶(UCR)、泛素、EF手钙结合基序(EFh)、血红素蛋白(Globin)、核糖体(Riboso-mal),均为协助IL-8基因的合成或发挥其免疫应答有关的基因。(本文来源于《塔里木大学》期刊2014-06-01）
贾山岭[10]（2014）在《新疆卡拉库尔羊外周血淋巴细胞cDNA文库的构建及TNF-α相关基因的筛选》一文中研究指出为了研究卡拉库尔羊外周血淋巴细胞与TNF-α相关基因的结构、功能,本研究成功提取了卡拉库尔羊外周血淋巴细胞总RNA并鉴定了 RNA的完整性,利用Smart cDNA文库构建试剂盒成功构建了卡拉库尔羊的外周血淋巴细胞cDNA文库。用地高辛标记的TNF-α探针从cDNA文库中筛选与TNF-α相关的基因,并对筛选结果进行了分析。首先,采取健康卡羊的外周血,分离淋巴细胞,提取总RNA,鉴定总RNA的质量和测定总RNA的浓度后,经逆转录合成cDNA的第一链和第二链DNA后,用蛋白酶K和cDNA片段用C HROMA SPIN-400柱离心分离纯化,与λTriplEx2 Vector载体连接后用包装蛋白Gigapack III Go 1d Packing Extract对连接产物进行包装,构建cDNA文库,测定初始文库滴度和扩增文库滴度。结果表明:正常卡拉库尔羊外周血淋巴细胞cDNA文库的原始库容量为1.67×106pfu/ml,扩增文库的滴度为3.3×109pfu/ml,实验结果表明本实验所构建的cDNA文库容量符合文库构建的标准。其次,采用地高辛标记试剂盒标记了 TNF-α探针,并对探针的标记效率进行检测。本实验制备的TNF-α探钊在20μL体系中的总质量为234ng,将标记的TNF-α探针加入20mL标准杂交液中的浓度为11.7ng/mL,符合后续实验要求。最后,以标记好的的TNF-α基因探针从卡拉库尔羊羊外周血淋巴细胞cDNA文库中筛选与TNF-α相关的基因,成功地从卡拉库尔羊cDNA文库中筛选出与TNF-α基因相关的微管相互作用和分子运输家族基因、胸腺素家族基因、翻译因子基因、核糖体-L37ae基因、延伸因子基因,并对这些基因的结构和功能做了初步分析,为深入研究各基因在免疫应答中的作用奠定了基础。(本文来源于《塔里木大学》期刊2014-06-01）
淋巴细胞文库论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
强直性脊柱炎是一种常见的慢性、系统性、炎症性疾病,属于血清阴性脊柱关节病的一种。这类疾病具有类似的临床症状和病理机制,但又具有各自的特点。强直性脊柱炎以中轴和外周关节炎症、起止点炎症为主要特征。我国汉族人群中发病率在0.2-0.45%。强直性脊柱炎好发于20-30岁的青壮年男性,疾病造成的关节局部疼痛和关节活动能力下降,是直接导致患者社会工作能力减退和生活质量降低的原因,给患者及其家庭带来巨大经济和生活负担。用于治疗强直性脊柱炎的长期药物存在一定的毒副作用,部分药物(如生物制剂类)的昂贵价格更是增加了患者的生活成本和负担。目前,针对强直性脊柱炎发病机制研究证实这是一种由遗传、免疫和环境共同作用的复杂疾病,其具体的发病机制尚不明确。近年来,肠道菌群被认为是人类免疫系统稳定的重要参与成员。肠道菌群的异常在多种人类疾病中被发现与疾病的发生发展具有密切关系,如2型糖尿病、炎症性肠病及动脉粥样硬化等。近期的研究也发现,肠道菌群的异常可能与强直性脊柱炎的发生存在关联。已有研究发现某些特定的菌种被证实参与了疾病的发生。然而,仅有少量研究对强直性脊柱炎肠道菌群的异常进行系统的描述。本研究利用宏基因组学的技术,对符合入组标准的85名初治的强直性脊柱炎患者和63名健康对照人群的粪便样本进行了高通量测序,通过对测序序列进行基因比对和分析,从物种和功能两个方面对强直性脊柱炎患者和健康对照的肠道菌群进行了解析,系统的描述了强直性脊柱炎患者肠道菌群的特征,比较了患者和健康对照间的差异,对其可能参与疾病的机制进行了剖析。我们的研究发现,强直性脊柱炎患者的肠道菌群呈显出与健康对照不同的物种组成模式。在基因的多态性和基因丰度上,强直性脊柱炎患者较健康对照明显降低。对物种组成的分析发现,强直性脊柱炎患者在门、科、种水平的富集状态均与健康对照存在差异。强直性脊柱炎患者主要富集在拟杆菌门,而健康对照则表现出相对丰富的多样性,富集在放线菌门(Actinobacteria);厚壁菌门(Firmicutes);梭杆菌门(Clostridia);变形菌门(Proteobacteria)。在科水平和种水平上,两者的富集模式也与门水平类似,患者集中在类杆菌科(Bacteroidaceae);瘤胃球菌科(Ruminococcaceae);紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)3个科中。通过对KEGG通路和模块的分析,我们发现强直性脊柱炎和健康对照在功能基因的分布模式上也存在差异。患者主要功能基因富集于代谢相关通路,而健康对照则相对更为多样。同时,尽管两者的功能基因均在代谢通路上富集,但患者和健康人间再代谢通路的选择上也存在差异,患者富集于脂多糖合成、氨基酸、维生素和辅因子的代谢,而健康对照富集于磷酸戊糖途径相关通路及其他碳水化合物代谢。此外,我们还利用本研究得到的患者和健康对照mOTU信息,建立了一种基于宏基因组学数据的分类诊断模型。我们从富集的mOTU标记中挑选出13个mOTU标记,根据他们在模型中的重要程度对分类器进行调整和检验,最终得到了一个敏感度和特异度都相对可靠的分类器,可以将强直性脊柱炎与健康对照区分开来。综上所述,我们的研究系统分析和描述了强直性脊柱炎患者肠道菌群结构和功能的异常情况。我们的实验结果不但揭示了肠道菌群的失调与强直性脊柱炎疾病间的重要关系,还表明这种异常的菌群分布特征可以作为诊断的辅助工具之一。我们的研究成果为解析疾病的发病机制,开发新型诊断手段提供了新的思路和方法,同时也为基于菌群的干预治疗提供了理论基础。类风湿关节炎(RA)是一种严重破坏关节并导致关节畸形的慢性炎症性自身免疫性疾病。该疾病的病理特点包括血清中自身抗体的出现和关节滑膜局部T淋巴细胞和B淋巴细胞的浸润。其中,CD4+T细胞是RA发病机制中最重要的细胞亚群之一。CD4+ T细胞是适应性免疫中的重要组成部分。适应性免疫中最重要的步骤之一就是TCR与抗原的相互识别。人体的免疫系统通过多种方式来对TCR基因的表达进行调控,从而产生足够的具有识别众多外界抗原的多样性的免疫组库。外周血中α β T细胞是主要识别MHC分子提呈的抗原的细胞亚型,这些T细胞的多样性主要由TCR中的第叁互补决定区(CDR3)所产生。CDR3基因由V、D、J叁个互相分割基因片段构成,他们的重组和排列,是构成CDR3多样性的最重要机制。通过对TCR,尤其是CDR3区域序列的分析,我们可以了解TCR的对抗原识别的情况,尤其是寻找那些可能针对的疾病相关自身抗原TCR克隆。本研究对类风湿关节炎患者和健康对照外周血中CD4+T细胞各种不同亚群TCRβ链进行了测序和分析。我们对在CDR3的长度和多样性上是否存在差异进行了检测,同时分析了了不同亚群细胞中V-J基因的利用率和克隆亚型。通过对细胞亚群间相似指数的计算,我们分析了亚群间是否存在克隆相似性,并通过Circos图进行展示。最后,我们还对细胞间是否存在公共克隆进行了分析。我们的研究发现类风湿关节炎患者TCR克隆与健康对照间存在一定差异,尽管我们没有在患者和健康对照间CDR3的多样性上发现明显的差异,但我们观测到在RA患者中出现了 Tem和Treg细胞多样性的下降趋势,以及Naive T细胞的多样性升高趋势。对V-J基因利用情况的分析发现RA患者Th17细胞V-J基因多样性的明显降低。进一步分析发现RA患者中特异的高表达TRBV28 and TRBV3-1克隆亚型。此外我们还发现在细胞亚群TCR克隆的重迭性上,RA患者Th17/Treg表现为与Tem存在明显的相似性,而健康人则表现为与Tcm更为相似。我们还鉴定了一些在Tem细胞和Th17、Treg细胞中共同表达,特异存在于不同患者而非健康人中的TCR克隆,这些克隆的TCR可能识别疾病相关自身抗原的TCR克隆。通过对TCR与临床指标的相关分析,我们发现病程短于2年的患者的TCR克隆表现出与健康人更大的差异,而长病程患者则与健康人相对一致。综上所述,我们的研究发现类风湿关节炎患者外周血中CD4+ T细胞TCR克隆与健康人间存在一定差异。患者中Th17细胞与Tem亚群的相似性可能是类风湿关节炎外周血中高炎症环境的形成的愿意之一。患者间不同细胞亚群中存在的公共克隆提示了疾病中存在一群具有自身反应性TCR克隆的T细胞。我们的研究首次对多种不同CD4+ T细胞亚群的TCR组库进行了分析和描述,为进一步解析疾病的发病机制提供了一个新的思路。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
淋巴细胞文库论文参考文献
[1].度尧,谢德胜,陈云天.自身免疫性肝炎患者外周血淋巴细胞全长cDNA文库的构建[J].贵州医药.2018
[2].周晨.一、强直性脊柱炎患者肠道菌群特征的宏基因组学研究二、类风湿关节炎中CD4+T淋巴细胞亚群TCRβ文库特征研究[D].北京协和医学院.2018
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