大肠杆菌小分子RNA突变库构建与Spot 42调控腐胺代谢的机制研究

大肠杆菌小分子RNA突变库构建与Spot 42调控腐胺代谢的机制研究

论文摘要

非编码小分子RNA(Small non-coding RNA,sRNA)是广泛存在于微生物体内的一类重要调控因子,参与了许多生理过程与物质代谢的调控。腐胺是细菌中存在的主要多胺类化合物,不仅可在细胞膜上与生物分子发生相互作用,参与各种生理功能,还可在特定条件下,作为非主要碳氮源被微生物代谢。大肠杆菌可通过PuuDRCBE组成的谷氨酰胺化腐胺途径,将腐胺降解为琥珀酸,供细胞生长,抵抗环境压力。但是,有关小分子RNA是否参与了腐胺的代谢调控,尚不清楚。本研究以大肠杆菌为研究对象,构建了大肠杆菌小分子RNA的敲除突变菌库,筛选和预测了不同小分子RNA的潜在靶标与途径;鉴定了调控腐胺代谢途径的小分子RNA,Spot 42,确定了其作用靶标基因,解析了其作用分子机制。通过生物信息学预测,我们确定了大肠杆菌DY329菌株中含有的49种小分子RNAs的序列,并预测了可能的靶标基因。利用同源重组系统对其敲除,成功获得了含有28种小分子RNAs单敲除突变株的大肠杆菌小分子RNA敲除突变库。通过菌株的温度耐受性、生物膜产量、氧化胁迫耐受性等性状筛选和荧光定量PCR检测,确定了多个调控不同性状的小分子RNA。大肠杆菌DY329菌株中的小分子RNA Spot 42,由长度为109个碱基的spf基因编码,序列比对与二级结构预测等分析显示Spot 42高度保守,且特异性存在于γ-变形菌门,含有5个loop区。CopraRNA软件预测Spot 42与大肠杆菌谷氨酰胺化腐胺代谢途径中的基因puuE的上游非编码区存在碱基互补配对,可能参与puuE的表达调控。荧光定量PCR显示,葡萄糖可诱导spf基因的转录,葡萄糖缺乏会抑制其转录;腐胺则可诱导puuDRCBE基因和spf基因的转录。敲除回补等实验显示,PuuR作为主要的转录调控因子,直接调控了puuDCBE等基因的转录,但不调控spf基因的转录;Spot 42不会在转录水平上对puuE进行调控。针对spf与puuE可能的结合位点我们构建了一系列突变Spot 42突变体。荧光蛋白报告系统结果显示,过量转录的Spot 42可显著抑制puuE的表达水平;在Spot 42的50-57nt(UAAUCGGA)进行突变,可解除该抑制作用,推测该位点可能是Spot 42与puuE的5’非翻译区发生直接碱基互补配对的关键位点。Spot 42可通过该反义调节机制调控puuE的表达,实现腐胺代谢调控与主次碳源的切换。综上所述,本工作构建了大肠杆菌小分子RNA敲除突变库,明确了Spot 42可通过碱基互补配对抑制PuuE的翻译,直接参与腐胺代谢调控。本工作不仅为大肠杆菌小分子RNA研究搭建了技术平台,还完善了腐胺的代谢调控网络,阐明了Spot 42在主次碳源利用及碳氮源切换中的重要作用。

论文目录

  • 摘要
  • abstract
  • 主要缩写符号对照表
  • 第一章 前言
  •   1.1 sRNA概述
  •     1.1.1 sRNA的定义与预测方法
  •     1.1.2 sRNA的功能
  •     1.1.3 sRNA的调控模式
  •   1.2 腐胺与其代谢
  •     1.2.1 腐胺及其功能
  •     1.2.2 腐胺代谢途径
  •     1.2.3 葡萄糖代谢与腐胺代谢的关系
  •   1.3 sRNA与碳源代谢的关系
  •   1.4 研究内容与意义
  • 第二章 实验材料与方法
  •   2.1 菌株与质粒
  •   2.2 常用试剂和仪器
  •     2.2.1 试剂
  •     2.2.2 实验仪器
  •   2.3 培养基和缓冲液
  •   2.4 实验方法
  •     2.4.1 菌株培养
  •     2.4.2常规DNA实验
  •     2.4.3 总RNA提取与RT-qPCR
  •     2.4.4 同源重组敲除基因
  •     2.4.5 生物信息学分析
  •     2.4.6 性状筛选
  •     2.4.7 过表达质粒构建
  •     2.4.8 突变质粒构建
  •     2.4.9 荧光蛋白报告质粒构建与基因表达水平检测
  • 第三章 大肠杆菌sRNA敲除菌株库的构建与筛选
  •   3.1 引言
  •   3.2 同源重组构建大肠杆菌sRNA敲除菌株库
  •   3.3 sRNA敲除突变菌株的性状检测
  •     3.3.1 sRNA突变菌株的氧化胁迫耐受性检测
  •     3.3.2 sRNA突变菌株的温度耐受性检测
  •     3.3.3 sRNA突变菌株的生物膜产量检测
  •   3.4 生物信息学预测sRNA的目标基因
  •   3.5 sRNA敲除对潜在目标基因的转录影响检测
  •   3.6 本章小结
  • 第四章 小分子RNA Spot42 调控大肠杆菌腐胺代谢的机制
  •   4.1 引言
  •   4.2 sRNA Spot42 高度保守,包含结合puuE的特异序列
  •   4.3 Spot42对puuE基因转录的调控作用不显著
  •     4.3.1 不同碳源对spf和 puuDRCBE基因转录的作用不同
  •     4.3.2 Spot42 不在转录水平上调控PuuE
  •     4.3.3 转录因子PuuR不调控spf基因的转录
  •   4.4 Spot42 抑制puuE基因的翻译
  •   4.5 本章小结
  • 第五章 总结与展望
  •   5.1 全文总结
  •   5.2 后续工作展望
  • 参考文献
  • 附录1 主要缓冲液及配制方法
  • 附录2 引物列表
  • 附录3 大肠杆菌DY329的sRNA列表
  • 附录4 温度耐受性筛选图
  • 附录5 Copra RNA目标基因预测结果
  • 致谢
  • 攻读硕士期间已发表或录用的论文
  • 文章来源

    类型: 硕士论文

    作者: 孙欣

    导师: 梁如冰

    关键词: 小分子,腐胺代谢,碳源代谢抑制

    来源: 上海交通大学

    年度: 2019

    分类: 基础科学

    专业: 生物学

    单位: 上海交通大学

    分类号: Q78

    DOI: 10.27307/d.cnki.gsjtu.2019.002858

    总页数: 88

    文件大小: 3178K

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