导读:本文包含了簇分析论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因,基因组,次级,语料库,生物,线虫,口语化。
簇分析论文文献综述
杨元媛[1]（2019）在《语料库驱动下的《哈克贝利·费恩历险记》词簇分析》一文中研究指出用语料库软件分析马克·吐温的作品《哈克贝利·费恩历险记》中的高频四词词簇,发现作品在词簇的结构和功能使用上有很多独特之处,如大量使用主动语态动词词簇、说明数量规格的词簇和描述参照地点的词簇,而表明语篇结构的词簇很少出现等。对照Biber (2009)对口语对话和学术文章中的四词词簇的研究,发现《哈克贝利·费恩历险记》的词簇结构和功能特点介于口语对话和学术文章之间,形成了一种富于口语化特征的文学语言。(本文来源于《商丘师范学院学报》期刊2019年10期）
刘婉兵,李妍,杜明秋,王少荣[2]（2019）在《城市负荷空间分布的聚类群簇分析》一文中研究指出城市电力负荷的空间分布提供负荷大小及其空间位置,是配电网现状评价和空间负荷预测的基础和前提条件。提出了一种城市负荷空间分布的聚类群簇分析方法,基于Python爬虫技术利用百度地图收集规划区域用户开源信息,并采用正则匹配识别用户所在的建筑体及其属性,依据建筑体单位面积用电功率估计电力负荷,构建具有时间、空间和负荷功率的负荷空间分布样本集合。采用样本局部密度和样本间距两个指标进行中低压用户负荷的聚类,依据群簇属性计算得到负荷群簇的负荷中心坐标、局部负荷密度大小以及分布半径以分析负荷空间分布特征。针对某城市供电网格算例,对比分析群簇属性与规划数据的一致性,开展变电站配置的合理性分析,说明所提方法的准确有效性。(本文来源于《电力系统自动化》期刊2019年05期）
付加芳,张晶,张严洁,杨纯,曹广祥[3]（2019）在《纳他霉素高产菌株Streptomyces gilvosporeus F607基因组及其生物合成基因簇分析》一文中研究指出【背景】纳他霉素(Natamycin)是一种天然、广谱、高效的多烯大环内酯类抗真菌剂,褐黄孢链霉菌(Streptomyces gilvosporeus)是一种重要的纳他霉素产生菌。目前S. gilvosporeus基因组序列分析还未有报道,限制了该菌中纳他霉素及其他次级代谢产物合成及调控的研究。【目的】解析纳他霉素高产菌株S. gilvosporeus F607的基因组序列信息,挖掘其次级代谢产物基因资源,为深入研究该菌株的纳他霉素高产机理及生物合成调控机制奠定基础。【方法】利用相关软件对F607菌株的基因组序列进行基因预测、功能注释、进化分析和共线性分析,并预测次级代谢产物合成基因簇;对纳他霉素生物合成基因簇进行注释分析,比较分析不同菌种中纳他霉素生物合成基因簇的差异;分析预测S.gilvosporeusF607中纳他霉素生物合成途径。【结果】F607菌株基因组总长度为8482298bp,(G+C)mol%为70.95%,分别在COG、GO、KEGG数据库提取到5 062、4 428、5063个基因的注释信息。同时,antiSMASH软件预测得到29个次级代谢产物合成基因簇,其中纳他霉素基因簇与S.natalensis、S. chattanoogensis等菌株的纳他霉素基因簇相似性分别为81%和77%。除2个参与调控的sngT和sgnH基因和9个未知功能的orf基因有差异外,S. gilvosporeus F607基因簇中其他纳他霉素生物合成基因及其排列顺序与已知的纳他霉素基因簇高度一致。【结论】分析了S. gilvosporeus全基因组信息,预测了S. gilvosporeus F607中纳他霉素生物合成的途径,为从基因组层面上解析S. gilvosporeus F607菌株高产纳他霉素的内在原因提供了基础数据,为揭示纳他霉素高产的机理及工业化生产和未来新药的发现奠定了良好的基础。(本文来源于《微生物学通报》期刊2019年09期）
张志顺,贾明雪,颜廷森[4]（2018）在《基于聚簇分析的任务定价规律模型》一文中研究指出"拍照赚钱"是基于移动互联网的自助式劳务众包平台的一种新的自助服务模式,本文就当前的任务资源的配置现状以及会员的分布情况,建立了合理的数学模型,对任务定价规律进行分析探究。运用聚簇思想对任务、会员的位置分布和任务的完成情况进行分析,得出影响任务定价的因素为每个任务与会员之间的距离和任务附近的会员数、任务附近的任务数。对于任务未完成的原因,通过分析认为任务的定价和与会员之间的距离是影响任务未完成的主要因素,地形因素是影响任务未完成的其他因素。(本文来源于《经贸实践》期刊2018年14期）
罗甜[5]（2018）在《蕈状芽胞杆菌产苯乙烯被秀丽隐杆线虫感知的嗅觉信号通路及基因簇分析》一文中研究指出线虫通常寄生于植物根系,影响作物的生长、结果和产量,给农林产业带来巨大的损失,而土壤中不乏各种各样的细菌,其中有可杀死线虫的菌株。线虫可以通过感知水溶性物质、挥发性物质、温度、pH或是渗透性来感受环境的变化,区分可供其食用的菌株和致病菌,从而产生趋化或驱避等行为。而介导这一系列行为主要依赖于线虫的嗅觉神经,不仅是因为嗅觉神经能够快速有效的检测外界环境的信号,更主要的是由于嗅觉神经能对这些信号快速做出各种反应。我们的前期实验发现蕈状芽胞杆菌R2菌株具有杀线虫的活性,通过分离纯化后鉴定杀线虫的活性物质为苯乙烯,而且也发现苯乙烯对线虫具有驱避作用。本实验重点研究秀丽隐杆线虫感知驱避性信号分子苯乙烯的信号途径,阐述病原微生物与宿主之间的关系及互作的分子机制,为这些驱避物质在生物防治线虫方面的应用奠定理论基础。实验研究的结果如下:1.鉴定出介导线虫感知驱避剂苯乙烯的神经元驱避试验结果显示AWB基因突变株对苯乙烯的感知能力明显减弱,可以确定AWB是介导线虫感知驱避剂苯乙烯的神经元。2.鉴定出介导线虫感知驱避剂苯乙烯的GPCRs(G protein coupled receptor,G蛋白偶联受体)从所筛选GPCRs突变体中发现che-3,dop-3和str-2基因缺陷后,秀丽隐杆线虫感知苯乙烯的能力均出现减弱,而且突变株的虫体活性正常,因此确定CHE-3,DOP-3和STR-2是介导线虫感知驱避剂苯乙烯的GPCRs。3.鉴定出介导线虫感知驱避剂苯乙烯的G蛋白线虫嗅觉通路存在21个G蛋白,逐一筛选发现gpa-3和gpa-7基因突变株的线虫感知苯乙烯能力减弱,而其他突变株或因虫体活性弱无法检测或感知苯乙烯能力与野生型无差异。因此确定GPA-3和GPA-7是介导线虫感知驱避剂苯乙烯的G蛋白。4.鉴定出介导线虫感知驱避剂苯乙烯的细胞内离子通道daf-11、odr-1、tax-4、tax-2、egl-8、plc-1、ocr-2和osm-9等8个线虫突变株跟野生型线虫N2相比驱避值均显着下降。这些突变体所处的离子通路分别是:核苷酸环化酶受体receptor nucleotide cyclase(daf-11,odr-1),环核苷酸控制的离子通道cyclic nucleotide-gated ion channel(tax-2,tax-4),磷脂酶C phospholipase C(egl-8,plc-1),瞬时感受器电位离子通道transient receptor potential vanilloid channel(osm-9,ocr-2)。综上所述,在线虫中有两种离子通道参与感知苯乙烯,其中一个信号通路是cGMP和CNG通道,另一种为PLC和TRPV通道。此外,内质网上的钙离子通道CMK-1和IP_3受体也都参与调节感知苯乙烯。另一种嗅觉通路也可感知苯乙烯,由BAG神经元和toll样受体介导的信号通路。在本研究中,我们发现tol1、trf-1、mom-4、ikb-1和pmk-3突变体都有缺陷,发现其中一些突变体表现出严重的行为缺陷-丧失了对苯乙烯的驱避能力。此外,通过构建蕈状芽胞杆菌R2的cosmid基因文库筛选R2产生杀线虫活性物质的相关基因。(本文来源于《华中农业大学》期刊2018-06-01）
洪虹,岳雪,李大成,王炳全,董惠钧[6]（2018）在《多孔木霉色素的结构鉴定和合成基因簇分析》一文中研究指出为了鉴定多孔木霉色素的化学结构,并对其合成基因簇进行分析。本研究分离纯化环孢菌素A合成菌多孔木霉(Tolypocladium inflatum)培养液中的色素,然后通过光谱学分析初步鉴定色素的结构。在此基础上,采用生物信息学方法对色素合成基因簇进行解析。多孔木霉色素为蒽醌类物质,分子式为C15H10O5,含有3个苯羟基和2个酮基。T.inflatum色素与镰刀菌红素、孢子黄色素的合成基因簇同源性高,合成T.inflatum色素的基因簇共有43个开放阅读框(ORFs),核心基因为聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)合成酶基因。本研究从色素结构和合成基因簇分析入手,为进一步阐明色素的生物合成途径奠定基础。(本文来源于《生物加工过程》期刊2018年03期）
柳樱子,荆晓燕,张彩霞,宋艳芳,刘娣[7]（2018）在《猪microRNA-17-92基因簇分析》一文中研究指出为了分析猪microRNA-17-92基因簇的结构和表达特性,试验采用生物信息学方法分析其序列保守性、PCR产物直接测序的方法检测其在民猪、荷包猪和大白猪中的多态性,并利用荧光定量PCR技术构建其原初转录本和成熟microRNA-18a的组织表达谱。结果表明:microRNA-17-92基因簇各成熟miRNA在猪、人、小鼠、鸡和非洲爪蟾等物种中高度保守;在microRNA-17-92基因簇3'侧翼区发现一个SNP位点,为中度多态,各等位基因在民猪、荷包猪和大白猪群体中具有相似的频率;microRNA-17-92的原初转录本和成熟microRNA-18a普遍表达于所检测的组织中,但表达模式存在差异。说明猪microRNA-17-92基因簇各成熟miRNA受到严格的表达调控。(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2018年07期）
许蒙[8]（2018）在《橘青霉次级代谢产物基因簇分析及其单模块非核糖体多肽(ATRR)产物的探索》一文中研究指出真菌活性次级代谢产物一直是新药开发的重要来源,目前很多真菌来源的化合物及其衍生物已经是市场上销售的药品。橘青霉作为降血脂药物美伐他汀的产生菌,引起了科研人员的广泛关注。目前已从橘青霉中分离得到约200种次级代谢产物,其中包括呋喃酮类、喹啉类、吡咯烷生物碱类等,这表明橘青霉产生次级代谢产物的能力强大。橘青霉的次级代谢产物中不乏生物活性显着的化合物,但目前仅对美伐他汀和橘霉素的生物合成基因簇有详细的分析。对橘青霉进行全基因组测序,解析橘青霉次级代谢产物基因簇,对于靶向地挖掘橘青霉的活性次级代谢产物有重要意义。真菌天然产物中有一类化合物被称为非核糖体肽类化合物。非核糖体多肽类是自然界中经由非核糖体肽合成途径,在非核糖体肽合成酶的作用下合成的一系列结构复杂种类繁多的化合物。非核糖体肽合成酶是一类多功能蛋白复合体,能识别、激活转运氨基酸底物按特定顺序合成非核糖体肽。根据非核糖体肽合成酶的结构可将其分为单模块非核糖体肽合成酶和多模块非核糖体肽合成酶。单模块合成酶的结构较为简单,通常缺失缩合结构域,且在真菌中非常保守。目前已知的真菌单模块非核糖体肽合成酶有两种类型(NRPS:A-T-TE和NRPS:A-T-R),它们的生物合成产物均有一定的生物活性。本课题通过对橘青霉ATCC38065的基因组分析,探索橘青霉ATCC38065中是否存在NRPS:A-T-R-R类型的单模块非核糖体肽合成酶,并通过分子生物学手段挖掘其代谢产物。目的:对橘青霉ATCC38065进行全基因组测序,解析次级代谢产物相关基因簇;建立橘青霉ATCC38065基于原生质体转化的遗传转化体系,对橘青霉ATCC38065单模块非核糖体肽基因产物进行靶向挖掘。方法:1.提取橘青霉ATCC38065基因组,测序后利用软件对序列进行组装并预测基因,将所有基因归类;将全基因组序列上传至fungalSMASH预测其次级代谢产物基因簇,并获取次级代谢相关蛋白序列,通过Blastp解析每个基因簇可能参与次级代谢合成的基因功能。2.挖掘特殊NRPS基因簇;用挖掘到的NRPS:A-T-R-R氨基酸序列,与其他菌株的基因组进行本地Blast对比,考察NRPS:A-T-R-R存在的广泛性并做进化树分析;通过Blast比对确定NRPS:A-T-R-R中A结构域和两个R结构的范围,并作进化树分析。3.通过对孢子萌发时间、溶壁酶配比、酶解时间这叁个重要实验条件的探索,向原生质体中导入抗性质粒,对转化子进行抗性筛选并作基因组验证,建立橘青霉ATCC38065基于原生质体转化的遗传转化体系。4.通过RT-PCR探究橘青霉ATCC38065中NRPS:A-T-R-R所在基因簇中调控基因tf与骨架基因atrr的表达情况;通过构建过表达载体,并对橘青霉ATCC38065进行遗传转化,用潮霉素B进行初筛,以期得到相应的过表达菌株;高效液相检测橘青霉ATCC38065 tf与atrr过表达转化子的次级代谢产物;通过制备液相分离转化子所产生的代谢产物,并利用质谱和核磁检测对其进行结构鉴定;通过基因组验证及RT-qPCR验证橘青霉ATCC38065转化株中tf与atrr的表达情况。5.构建橘青霉ATCC38065 atrr在构巢曲霉中的异源表达质粒,将质粒导入构巢曲霉中并发酵检测产物。结果:1.橘青霉ATCC38065全基因组序列大小为31.34Mb,GC含量为48.26%,共包含17473个基因。橘青霉ATCC38065次级代谢产物基因簇预测确定橘青霉ATCC38065中共含有119个次级代谢产物基因簇,其中有10个非核糖体肽合成基因簇、15个聚酮合成基因簇、6个聚酮与非核糖体肽杂合化合物合成基因簇、4个萜类合成基因簇,84个其他类型的基因簇,并分析得到了各基因簇中次级代谢相关基因的功能。2.在橘青霉ATCC38065基因簇中发现了编码特殊单模块NRPS:A-T-R-R蛋白的基因序列,且此基因也存在于其他青霉或曲霉之中;通过蛋白质序列比对以及进化树分析发现,NRPS:A-T-R-R蛋白序列在本实验室保存的众多青霉属和曲霉属的菌株中均相当保守,NRPS:A-T-R-R中A结构域明显区别于其他单模块非核糖体肽合成酶(NRPS:A-T-TE和NRPS:A-T-R类型)中的A结构域,NRPS:A-T-R-R中第一个R结构域与PKS和PKS-NRPS中R结构域相似度较高,但第二个R结构域与对比的其他R结构域均有明显差异。3.成功构建了橘青霉ATCC38065的原生质体介导的遗传转化体系,确定橘青霉孢子最佳萌发时间为16.5h,在含Lysing enzyme 3mg/mL与Yatalase 2mg/mL酶解液中酶解12h时转化效果最佳。4.提取橘青霉ATCC38065野生型RNA后RT-PCR扩增验证表明tf与atrr有表达;得到橘青霉ATCC38065 tf与atrr过表达的转化子P.citrinum OE::tf、P.citrinum OE::atrr;P.citrinum OE::tf转化子代谢谱与野生型无差异,P.citrinum OE::atrr代谢谱中有一个化合物峰增高,将该化合物命名为化合物A,后鉴定结果确定其为(4E)-4-[(4-羟基-3-甲基-2-丁烯基)氧基]苯甲酸,它的产量是野生型中11.7倍;RT-qPCR验证表明P.citrinum OE::tf中tf与atrr的表达量分别为野生型的4.0倍和7.2倍,P.citrinum OE::atrr中atrr的表达量是野生型的8.8倍;5.获得A.nidulans::P.citrinum atrr转化子,HPLC检测结果表明其代谢谱相较野生型有新的次级代谢产物产生。结论:对橘青霉ATCC38065进行基因组测序,获得橘青霉ATCC38065全基因组序列。橘青霉ATCC38065基因组中中共含有119个次级代谢产物基因簇,其中仅pks10产生已知化合物美伐他汀,大量基因簇的获得为挖掘橘青霉ATCC38065次级代谢产物合成基因簇的生物合成产物提供重要依据。本课题建立了橘青霉ATCC38065 CaCl_2-PEG介导的原生质体转化体系,使得橘青霉ATCC38065的基因操作变得更为便捷,有利于对橘青霉ATCC38065基因组的进一步挖掘。本课题实现了NRPS:A-T-R-R在构巢曲霉中的异源表达,有望获得该基因簇的合成产物结构,丰富真菌次级代谢产物类型。(本文来源于《西南大学》期刊2018-04-10）
苏海峰,陈淼淼,谢素原[9]（2017）在《应用于团簇分析和嗅探检测的质谱技术》一文中研究指出质谱可以明确无误地确定所检测的离子质荷比,可以弥补X射线衍射方法表征金属与非金属团簇时对电子数相近的原子(如C、N、O;Fe、Co、Ni等)难以明确分辨时的不足,在许多情况下,能够成为X射线单晶衍射表征团簇的重要的、必不可少的补充[1]。此外,通过对溶液中团簇合成反应过程的中间产物的表征,可研究和确定合成反应的进程和机理[2],并根据得到的合成反应的成核机理进一步的指导团簇的合成[3]。另一方面,虽然目前可以通过化学或生物传感技术在线检测气态物质,但是这些技术难以避免会出现化学适应性差和传感器易中毒等问题。我们通过对实验室通用质谱的进样系统进行适当改造,例如利用六通阀或文丘里进样的技术,使质谱作为免制样的嗅探传感技术用于痕量物质检测(检测限可低至ppt级),可定量检测挥发性或气溶胶物质、跟踪气体扩散、确定气源位置、描绘气态图像等,将来这种嗅探式质谱可望应用于科学技术研究或日常检测的多方面。(本文来源于《第叁届全国质谱分析学术报告会摘要集》期刊2017-12-09）
方志锴,江红,连云阳[10]（2017）在《Micromonospora chalcea FIM 02-523全基因组及其次级代谢产物Rakicidins的生物合成基因簇分析》一文中研究指出海洋青铜小单孢菌(Micromonospora chalcea,M.chalcea)FIM 02-523是分离自福建莆田海滩土的一株高GC含量的革兰氏阳性放线菌,能够合成Rakicidins等系列化合物。经研究发现,对乏氧肿瘤细胞、肿瘤干细胞具有特异性活性,对多种厌氧菌尤其是艰难梭菌有很好的抑菌活性,是一类非常值得深入研究的化合物。目前,NCBI等数据库上尚未公布Rakicidins的生物合成基因簇及相关调控基因序列,限制了此类化合物的合成途径及代谢改造研究。本研究利用Illumina HiSeq高通量测序平台测定青铜小单孢菌FIM 02-523的全基因组序列,经SOAPdenovo软件拼装得到34个Contigs、17个Scaffold,整个M.chalcea FIM02-523基因组大小约6.74Mb,GC含量72.89%。使用Glimmer软件对拼装结果进行开放性阅读框分析,M.chalcea FIM 02-523编码6167个蛋白。利用在线软件ATISMASH预测基因组中存在19个生物合成基因簇,可能编码包括Diazepinomicin、Sioxanthin等在内的16种不同化合物。通过分析Rakicidins化学结构特点及FIM 02-523包含的4个PKS-NRPS生物合成基因簇特征,找到了Rakicidins的生物合成基因簇。利用PKS-NRPS的生物合成特点,推测了Rakicidins的生物合成途径:脂肪酸侧链作为起始物进入到PKS-NRPS合成中,先后加载甲基丙二酰COA、甲基丙二酰COA、丝氨酸、丙二酰COA、甘氨酸(经NRPS模块修饰甘成为甲基甘氨酸)、天冬酰胺及在硫酯酶的催化下内酯化形成核心环骨架,通过对环化前体侧链的氧化修饰等,最终合成Rakicidins。本研究通过对M.chalcea FIM 02-523进行全基因组测序,分析了基因组的基本特征,注释了可能存在的蛋白编码序列,预测了次级代谢产物生物合成基因簇,探讨了Rakicidins的生物合成途径等,为M.chalcea FIM 02-523的功能基因组学研究和代谢调控提供了理论基础。(本文来源于《第十叁届全国抗生素学术会议论文集》期刊2017-11-22）
簇分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
城市电力负荷的空间分布提供负荷大小及其空间位置,是配电网现状评价和空间负荷预测的基础和前提条件。提出了一种城市负荷空间分布的聚类群簇分析方法,基于Python爬虫技术利用百度地图收集规划区域用户开源信息,并采用正则匹配识别用户所在的建筑体及其属性,依据建筑体单位面积用电功率估计电力负荷,构建具有时间、空间和负荷功率的负荷空间分布样本集合。采用样本局部密度和样本间距两个指标进行中低压用户负荷的聚类,依据群簇属性计算得到负荷群簇的负荷中心坐标、局部负荷密度大小以及分布半径以分析负荷空间分布特征。针对某城市供电网格算例,对比分析群簇属性与规划数据的一致性,开展变电站配置的合理性分析,说明所提方法的准确有效性。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
簇分析论文参考文献
[1].杨元媛.语料库驱动下的《哈克贝利·费恩历险记》词簇分析[J].商丘师范学院学报.2019
[2].刘婉兵,李妍,杜明秋,王少荣.城市负荷空间分布的聚类群簇分析[J].电力系统自动化.2019
[3].付加芳,张晶,张严洁,杨纯,曹广祥.纳他霉素高产菌株StreptomycesgilvosporeusF607基因组及其生物合成基因簇分析[J].微生物学通报.2019
[4].张志顺,贾明雪,颜廷森.基于聚簇分析的任务定价规律模型[J].经贸实践.2018
[5].罗甜.蕈状芽胞杆菌产苯乙烯被秀丽隐杆线虫感知的嗅觉信号通路及基因簇分析[D].华中农业大学.2018
[6].洪虹,岳雪,李大成,王炳全,董惠钧.多孔木霉色素的结构鉴定和合成基因簇分析[J].生物加工过程.2018
[7].柳樱子,荆晓燕,张彩霞,宋艳芳,刘娣.猪microRNA-17-92基因簇分析[J].黑龙江畜牧兽医.2018
[8].许蒙.橘青霉次级代谢产物基因簇分析及其单模块非核糖体多肽(ATRR)产物的探索[D].西南大学.2018
[9].苏海峰,陈淼淼,谢素原.应用于团簇分析和嗅探检测的质谱技术[C].第叁届全国质谱分析学术报告会摘要集.2017
[10].方志锴,江红,连云阳.MicromonosporachalceaFIM02-523全基因组及其次级代谢产物Rakicidins的生物合成基因簇分析[C].第十叁届全国抗生素学术会议论文集.2017
论文知识图
