导读:本文包含了基因组文库构建论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:鼠疫耶尔森氏菌,基因组文库,BAC文库
基因组文库构建论文文献综述
王照,邵奎东,邴琪,马娜,任瑞冰[1]（2019）在《鼠疫菌EV76株BAC基因组文库的构建》一文中研究指出目的构建鼠疫EV76株基因组BAC文库,为对鼠疫菌的分子变异、活菌疫苗的安全性等方面的研究奠定基础。方法凝胶包埋裂解法获得完整的鼠疫菌基因组,经HindⅢ部分酶切至50 kb～300 kb大小片段,连接载体pCC1BAC后,电转化于E.coli EPI300感受态,经氯霉素抗性、蓝白斑筛选得到阳性克隆,并对文库进行连接转化效率、稳定性、同源性等技术检测。结果所建文库各项指标符合预期,文库构建成功。结论鼠疫菌EV76株文库的成功构建,将为鼠疫的功能研究和疫苗稳定性的检测监控提供有力的依据。(本文来源于《中国地方病防治杂志》期刊2019年01期）
许婉婷,顾江,章金勇[2]（2018）在《铜绿假单胞菌XN-1基因组文库的构建及其在疫苗抗原筛选中的应用研究》一文中研究指出目的 :构建铜绿假单胞菌(pseudomonas aeruginosa, PA)XN-1的全基因组文库,筛选铜绿假单胞菌新的疫苗抗原。方法 :提取我国分离的临床PA XN-1菌株全基因组,Sau3A I酶切成随机片段后经连接至Bam H I酶切后的pMal-C5X载体,转化至X-Blue获得随机重组子。随机重组子经IPTG诱导后使用溶菌酶裂解,收集含有融合的麦芽糖结合蛋白(MBP)的随机重组子的裂解上清,制成含有PA全基因组的蛋白随机文库。通过ELISA方法分别检测单个随机文库蛋白的免疫反应性。将经典的PA强反应抗原PcrV做为参照,分别计算单个随机抗原的相对反应强度并进行比较。提取反应较强的重组子的质粒,测定DNA序列后进行翻译和比对,得到整个强反应性抗原的氨基酸信息。结果 :成功构建PA XN-1的全基因组文库,筛选到强反应性抗原13个,其中4个抗原反应强度超过PcrV,分别为Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase D,Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase(PtsP),Phosphate-starvation-inducible E和Very short patch repair endonuclease。结论:基于高效表达系统的PA全基因组文库成功构建,可用于PA及其它病原的疫苗候选抗原的筛选研究。(本文来源于《第十叁届全国免疫学学术大会摘要汇编》期刊2018-11-07）
杨雨蒙,徐敬国,胡伊旻,史雅凝,辛志宏[3]（2018）在《土壤微生物宏基因组文库构建及聚酮合酶基因的筛选》一文中研究指出土壤中包含丰富的聚酮合酶(PKS)生物合成基因簇,其编码合成的聚酮化合物具有抑菌、抗病毒、抗肿瘤等多种生物活性,在食品、医药、化工等领域具有广泛的应用。为发现新型PKS基因,本研究采用宏基因组技术,以采自大连地区的土壤为研究对象,构建土壤宏基因文库,分别根据Ⅰ型PKS和Ⅱ型PKS结构域保守序列设计探针,PCR靶向筛选到4个含有PKS基因的单克隆,经测序与构建系统发育树分析,发现这4个单克隆的PKS基因分别单独聚为一支,与已知菌株编码的聚酮化合物亲缘关系较远,提示这些单克隆具有合成结构新颖聚酮化合物的潜力。本研究结果拓展了天然产物的开发利用途径,为新型聚酮化合物的发掘以及新药的获得提供了新思路。(本文来源于《土壤通报》期刊2018年04期）
苏俊,律娜,朱宝利,刘维全[4]（2017）在《版纳微型猪近交系清瘦亚系和肥胖亚系猪Fosmid基因组文库的构建》一文中研究指出版纳微型猪(Sus scrofa)近交系是世界上第一个中大型哺乳类实验动物近交系,其基因高度纯合、遗传背景清楚,在遗传育种、功能基因研究、人类疾病模型和异种器官移植等方面有巨大应用潜力。但因高度近交衰退导致后代存活率低,基因资源非常珍贵,对这些遗传信息的保存具有重要科学和实际意义。本研究从染色体低熔点胶预包埋片中提取版纳微型猪近交系清瘦亚系猪和肥胖亚系猪DNA,通过物理方法剪切DNA到合适大小片段(约36~48 kb),使用Copy Control?Fosmid Library Production Kit试剂盒构建了这两个亚系猪的基因组Fosmid文库。随机选取3管文库菌液涂布平板,通过计算单位菌液单克隆数估算文库克隆数,清瘦亚系猪约30万个克隆,肥胖亚系猪约40万个克隆,对基因组的覆盖率分别达到4.4倍和5.9倍。以猪的心肌脂肪酸结合蛋白(heart-type fatty acid-binding protein,H-FABP)基因调控序列为研究对象,从构建的文库中筛选目的基因阳性克隆。设计该基因片段上下游引物,采用"文库菌液PCR——含阳性管菌液稀释——稀释菌液PCR——单克隆菌液PCR"的分级菌液PCR方法进行筛选。逐级将PCR阳性菌液进行稀释,直到含目的基因的阳性管菌液滴度约100~1 000 CFU/10μL时,将阳性管菌液涂布到含氯霉素LB平板37℃过夜培养,之后将单菌落转移到96孔板进行单克隆培养,再通过菌液PCR筛选目的基因单克隆,测序确定。最终从清瘦亚系猪Fosmid文库中筛选到5个目的基因单克隆。利用同样方法可从肥胖亚系猪文库中筛选目的基因克隆。版纳微型猪近交系清瘦亚系猪和肥胖亚系猪全基因组Fosmid文库的构建,对基因组的覆盖率高,理论上筛选到目的基因的概率达99%,为保存版纳微型猪近交系这一特色种质资源基因组以及深入开展分子遗传育种、基因序列功能等研究工作奠定重要基础。(本文来源于《农业生物技术学报》期刊2017年12期）
蔡志欣,陈美元,廖剑华,李洪荣,郭仲杰[5]（2017）在《双孢蘑菇不同交配型同核不育单孢的基因组文库构建》一文中研究指出对24个双孢蘑菇不育单孢进行两两杂交配对,以菌株9608为基准,获得了2种不同交配型的不育单孢菌株A+:9601、9608、9609、9612、AgQG841-1、AgLH830-4、AgLH830-6、AgQL8125-5;A-:9602、9603、9604、9607、Ag2k811-1、M7206-1、M7206-2、M7206-11、M7206-13。将这2种菌株进行DNA提取,并构建DNA文库,对文库进行酶切验证,用SalⅠ酶切,可切出20、14、9kb等3个片段,其中20、9kb为λ载体的左右臂,插入片段为14kb,与预期相符,说明文库的质量较高。(本文来源于《福建农业学报》期刊2017年12期）
丁青[6]（2017）在《菖蒲芋螺DNA基因组文库的构建及α-芋螺毒素基因的克隆》一文中研究指出芋螺是热带海洋中的肉食性软体动物,它们通过分泌毒液来捕食猎物和防御天敌,其毒液的主要成分是各种小分子肽,这类小肽大多富含二硫键,被称作芋螺毒素或芋螺肽(Conotoxins,Conopeptides,CTxs)。芋螺毒素选择性地作用于各种神经递质受体、离子通道以及激肽类受体,可以作为离子通道和膜受体研究的工具。由于其作用靶位广泛且选择性强,已逐渐成为神经科学研究的有力工具以及新药开发的重要来源。本研究通过CTAB法、离心柱法和磁珠吸附法这叁种不同的方法,对菖蒲芋螺毒腺、肌肉和肝胰脏进行基因组DNA的提取。叁种方法均可提取基因组DNA,其中CTAB法和离心柱法提取的毒腺DNA纯度高,产率大,可用于后续实验,而磁珠法产率适中且纯度不高,但离心柱法的DNA片段较小,大多在9 kb以下,而CTAB法提取的DNA片段较大,获得的20 kb以上的大片段量较多。叁种芋螺组织中,肝胰脏产率最高但片段弥散有降解,毒腺DNA片段较大且集中,产率也较高,而肌肉的DNA片段产率最低且片段较小。因此,用CTAB法提取菖蒲芋螺毒腺的DNA更适合构建Fosmid基因组文库。选取高质量的基因组DNA进行分区段回收纯化,将符合要求的目的片段连接至Fosmid质粒载体上,成功构建了菖蒲芋螺的Fosmid基因组文库。该文库插入片段平均长度为36 kb,文库克隆的重组率约为97.5%。对随机挑取的克隆子进行酶切稳定性检测,结果发现克隆培养6天后外源片段也不会发生重排,说明菖蒲芋螺的DNA片段可以在Fosmid文库中稳定保存。该文库的构建对菖蒲芋螺基因资源的保存、保护和可持续利用具有重要的科学意义,也为菖蒲芋螺基因组结构和功能基因组学的研究奠定了基础,同时也为芋螺毒素基因的筛选与克隆提供了有效的物质基础。本研究还利用已知α-芋螺毒素基因中保守的内含子序列及信号肽序列设计了多组引物,对菖蒲芋螺Fosmid文库中的重组质粒及菖蒲芋螺基因组DNA进行了 PCR扩增。共扩增到了 64个α-芋螺毒素基因,其中有2个α 4/4型芋螺毒素,5个α 4/6型,55个α 4/7型芋螺毒素,它们都具有典型的CC-C-C半胱氨酸骨架模式,另外2个是O-超家族芋螺毒素,其半胱氨酸骨架为C-C-CC-C-C。这些α-芋螺毒素基因编码产生的成熟肽序列所含氨基酸个数从16到26不等。两种O-超家族毒素基因编码产生的成熟肽所含的氨基酸个数为32个。(本文来源于《海南大学》期刊2017-05-01）
辛红鸿,张瑜,刘景,吕欣[7]（2016）在《鼠李糖乳杆菌LS8基因组文库的构建》一文中研究指出为通过构建基因组文库方法,探究鼠李糖乳杆菌LS8菌株的细菌素编码基因,采用质粒消除方法证明LS8菌株细菌素编码基因位于基因组DNA。在此基础上,提取LS8菌株基因组DNA,采用同尾酶Sau3A1和Bam H1分别酶切基因组DNA,回收250~1 000 bp的片段,然后采用T4 DNA连接酶将回收片段与已酶切并去磷酸化后的载体(p Bluescript SK)进行连接,采用Ca Cl2处理法转化大肠杆菌(TOP10)。通过蓝白斑和氨苄抗性筛选,得到阳性克隆1 480个,采用菌液PCR对克隆进行检测。将测序并拼接后所得101条序列在NCBI上比对,发现5个可能的细菌素编码基因。分别设计引物对上述序列进行PCR扩增和测序,为细菌素基因的异源表达奠定基础。(本文来源于《中国食品学报》期刊2016年06期）
江绍锋,黄金清,于晓宇,李云飞,陆祖军[8]（2016）在《产酸克雷伯氏菌基因组文库的构建及鉴定》一文中研究指出为了给基因功能研究提供基础,以pWEB~(TM)质粒构建产酸克雷伯氏菌KO108基因组文库,克隆数目为1 329个。通过EcoRⅠ酶切分析随机挑取的20个文库克隆的重组质粒,结果显示所有质粒均有8.2kb载体条带同时含有外源DNA,且外源DNA的带型并不相同,这表明所构建的KO108基因组文库中插入的外源DNA随机性较好。分析外源DNA电泳条带的大小,结果显示克隆的外源DNA片段最小约为25kb,最大约为50kb,平均大小估算为40kb,文库克隆容量约52Mb,证明该基因组文库包含基因组任意一个基因的概率为99.8%,是KO108基因组覆盖率的5倍。该文库的构建为产酸克雷伯氏菌功能基因克隆和比较基因组学研究奠定了基础。(本文来源于《广西师范大学学报(自然科学版)》期刊2016年02期）
李永霞,谭双,刘蕾,赵俊皓,刘金泽[9]（2016）在《禽致病性大肠杆菌O2株跨膜输出蛋白基因组文库的构建与分析》一文中研究指出为构建禽致病性大肠杆菌(APEC)跨膜输出蛋白基因组文库,本研究以APEC O2菌株基因组DNA为模板,采用基因随机片段PCR方法扩增,纯化约250 bp~500 bp的片段构建APEC O2菌株跨膜输出蛋白基因组文库。共获得约1.8×10~5个克隆容量的基因组文库,经氨苄/卡那/阿拉伯糖平板筛选到318个克隆。ORF及Signal P分析显示318个克隆插入片段均含有信号肽序列,其中,78个克隆预测为膜蛋白;启动子分析显示144个克隆含有完整启动子,除去29个能自主表达的克隆,推测其余115个克隆的启动子在实验培养条件下沉默,可能需要特殊条件诱导才能表达;GO功能分析克隆插入片段所对应全长基因的ORF显示,其参与的生物过程主要集中于定位、转运;从分子功能角度分析,其主要集中于催化和结合;从细胞组成角度分析,其主要集中于细胞膜、周间质、外膜等与外壳相关的结构中。本实验将为进一步研究APEC的致病性机理奠定基础。(本文来源于《中国预防兽医学报》期刊2016年05期）
陈玉龙[10]（2015）在《解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株基因组文库的构建和抗菌相关机制研究》一文中研究指出革兰氏阴性细菌导致的植物细菌性病害超过250种,此类细菌性植物病害造成大量的植物减产和经济损失。而柑橘溃疡病(Citrus Bagtedal Canker Disease,CBCD)是其中一种重大植物病害,在超过30个国家广泛分布,该病能够造成重大的柑橘业损失。在疫区,传统的柑橘溃疡病防治方法大多采用铜制剂和农用抗生素,不仅效果不佳,反而造成大量的红蜘蛛泛滥和抗生素与重金属离子的超标;对于严重发病的柑橘溃疡病感染植株,一般只能采取焚烧的方式阻止其扩撒。芽孢杆菌作为一类常用的具有生物防治作用的菌株,对植物病原菌和柑橘溃疡病有良好的防治效果。对其抗菌基因和抗菌物质的筛选和研究,有利于阐述生物防治机制和高效生防菌的筛选应用。本研究以解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株(Bacillus amyloliquefaciens CQBA03)和柑橘溃疡病病原菌(Xanthomonas citrus subsp.citrus.Xcc)为研究对象,通过构建Fosmid文库的方式,构建解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株基因组文库克隆。对其文库进行诱导、定向筛选,获得抗柑橘溃疡病病原菌的克隆。经克隆、测序、生物信息学分析、纯化、表达抗菌基因,揭示了该菌株相关抗菌物质的代谢通路并获得了一种新的分泌型抗菌蛋白。同时以解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株外分泌的D型氨基酸入手,研究了D型氨基酸对柑橘溃疡病病原菌的变形、致死作用,并且测定了实验室条件下,D型氨基酸对柑橘溃疡病的防、治效果。研究为阐述CQBA03菌株抗菌机制和应用提供了理论依据。①解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株基因组Fosmid文库的构建建立了解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株基因组Fosmid文库,共获得约2,3000个文库克隆。文库容量920Mb,本文库容量在CQBA03菌株基因组244~263倍左右,平均容量是解淀粉芽孢杆菌基因组的256倍。随机外源插入片段为36kb~50 kb,平均大小为45 kb,其中约40.8%的插入片段大小在31kb到35kb之间,约36.0%的插入片段在35kb到40kb之间。空载率小于1.5%。②抗溃疡病病菌克隆的获得和分析1)通过在牛奶平板筛选培养基上,4℃条件下诱导,从10,000个文库克隆中,筛选出了66个具有外分泌蛋白酶的文库克隆。从中我们筛选了1株具有最强外分泌蛋白酶功能的抗柑橘溃疡病克隆子进行DNA测序。2)将克隆通过454测序后,得到长度为58,785bp的序列,GC=49.13%。经生物信息学分析,预测到344个开放阅读框。对比后发现,与已知基因相似的ORF有75个,其中25个基因与抗微生物有关,生理生化相关酶类26个,昆虫毒性蛋白1个(insecticidaltoxindomainprotein);其余23个为功能未知的蛋白质,占总已知序列75个的30%。对所得序列进行代谢通路分析得到24条完整的代谢通路,其中与抗菌相关的通路包括酮的合成与降解(synthesisanddegradationofketonebodies),并首次从解淀粉芽孢杆菌基因组获得12、14和16叁种大环内酯类抗生素生物合成(biosynthesisof12、14and16-memberedmacrolides)通路。③抗菌基因的获得、表达、纯化1)通过序列分析,筛选出7个可能与抗菌相关的基因序列,经pcr扩增和连接,克隆于pmd19t载体并进行了抗柑橘溃疡病功能测定。从中筛选出一个抗柑橘溃疡病的小肽基因,该基因长度132bp(登录号bankit1690482),编码一个43aa的小肽:其信号位点27-28aa,分子量(molecularweight)4772da,等电点(pi)6.38。通过比对,该基因与线性短杆菌肽酶的缩合区具很高同源性,此基因目前还未被报道过,为一新功能的基因。2)构建原核表达载体,融合表达了带有his-tag标签的蛋白。通过构建原核表达载体,诱导表达和纯化,成功获得电泳纯的带有his-tag标签的融合蛋白,该融合表达蛋白大小21kd,但是融合蛋白失去其抗菌功能。④d型氨基酸抗菌作用的发现1)通过分析解淀粉芽孢杆菌cqba03菌株外分泌培养液中d型氨基酸的含量,发现解淀粉芽孢杆菌cqba03菌株分泌的一定浓度的d-亮氨酸(d-leucine),对柑橘溃疡病菌有增大菌体,使菌体分裂不正常的现象。2)通过光学显微镜和扫描电镜检测研究,发现7mm的d-leu能够使柑桔溃疡病菌(xcc)菌体形态发生明显改变,干扰xcc细胞分裂,使短杆状的细胞成为长线状。形态变化可以分为4个明显的形态时期①菌体增大期。②链状菌体期,③原生质膨胀期,④空泡期。最终d-亮氨酸导致柑橘溃疡病病菌在24h内死亡。3)通过荧光染料发现,在7mm浓度d-leu处理下xcc菌体在1h内可导致部分菌体急性死亡;未死亡菌株在6h时变为链状,菌体失去运动的能力。在处理10h时,菌体保持长线状,但是细胞膜已经破损死亡。4)论文对多种d型氨基酸对柑橘溃疡病菌的mic(最小抑制值)进行了测试。结果发现,d-leu对柑橘溃疡病菌xcc的mic为7mm、d-phe为18mm,而d-val为15mm。l-leu、l-phe、l-val,在50mm浓度下不影响xcc菌生长和形态。5)测定了d-亮氨酸处理对柑橘溃疡病菌细胞壁氨基酸成分的影响。结果显示,7mm浓度d-leu处理组的柑橘溃疡病细菌细胞壁肽聚糖中,20种氨基酸呈现先上升(3h)后下降(24h)的趋势,其中arg、ser、leu在培养3h后含量比例显着下降,但在24h时含量恢复至原水平或更高;有12种氨基酸在d-亮氨酸处理后显着下降,而cys的含量在处理3h后含量比例由对照的约2%降低到不可检出。6)D型氨基酸在实验室条件下对柑橘溃疡病的防控效果在实验室条件下以离体柑橘叶片接种柑橘溃疡病菌,并以D-亮氨酸处理研究发现,D-亮氨酸处理柑橘叶片后接种溃疡病菌及溃疡病菌接种柑橘叶片马上以D-亮氨酸处理,可以显着降低离体叶片发病率,但接种病原菌1天后以D-亮氨酸处理不能阻止溃疡病症状。说明D-亮氨酸在预防柑橘溃疡病病菌入侵方面效果显着,但是对已经入侵的柑橘溃疡病病菌防治效果不明显。(本文来源于《重庆大学》期刊2015-11-01）
基因组文库构建论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的 :构建铜绿假单胞菌(pseudomonas aeruginosa, PA)XN-1的全基因组文库,筛选铜绿假单胞菌新的疫苗抗原。方法 :提取我国分离的临床PA XN-1菌株全基因组,Sau3A I酶切成随机片段后经连接至Bam H I酶切后的pMal-C5X载体,转化至X-Blue获得随机重组子。随机重组子经IPTG诱导后使用溶菌酶裂解,收集含有融合的麦芽糖结合蛋白(MBP)的随机重组子的裂解上清,制成含有PA全基因组的蛋白随机文库。通过ELISA方法分别检测单个随机文库蛋白的免疫反应性。将经典的PA强反应抗原PcrV做为参照,分别计算单个随机抗原的相对反应强度并进行比较。提取反应较强的重组子的质粒,测定DNA序列后进行翻译和比对,得到整个强反应性抗原的氨基酸信息。结果 :成功构建PA XN-1的全基因组文库,筛选到强反应性抗原13个,其中4个抗原反应强度超过PcrV,分别为Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase D,Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase(PtsP),Phosphate-starvation-inducible E和Very short patch repair endonuclease。结论:基于高效表达系统的PA全基因组文库成功构建,可用于PA及其它病原的疫苗候选抗原的筛选研究。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因组文库构建论文参考文献
[1].王照,邵奎东,邴琪,马娜,任瑞冰.鼠疫菌EV76株BAC基因组文库的构建[J].中国地方病防治杂志.2019
[2].许婉婷,顾江,章金勇.铜绿假单胞菌XN-1基因组文库的构建及其在疫苗抗原筛选中的应用研究[C].第十叁届全国免疫学学术大会摘要汇编.2018
[3].杨雨蒙,徐敬国,胡伊旻,史雅凝,辛志宏.土壤微生物宏基因组文库构建及聚酮合酶基因的筛选[J].土壤通报.2018
[4].苏俊,律娜,朱宝利,刘维全.版纳微型猪近交系清瘦亚系和肥胖亚系猪Fosmid基因组文库的构建[J].农业生物技术学报.2017
[5].蔡志欣,陈美元,廖剑华,李洪荣,郭仲杰.双孢蘑菇不同交配型同核不育单孢的基因组文库构建[J].福建农业学报.2017
[6].丁青.菖蒲芋螺DNA基因组文库的构建及α-芋螺毒素基因的克隆[D].海南大学.2017
[7].辛红鸿,张瑜,刘景,吕欣.鼠李糖乳杆菌LS8基因组文库的构建[J].中国食品学报.2016
[8].江绍锋,黄金清,于晓宇,李云飞,陆祖军.产酸克雷伯氏菌基因组文库的构建及鉴定[J].广西师范大学学报(自然科学版).2016
[9].李永霞,谭双,刘蕾,赵俊皓,刘金泽.禽致病性大肠杆菌O2株跨膜输出蛋白基因组文库的构建与分析[J].中国预防兽医学报.2016
[10].陈玉龙.解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株基因组文库的构建和抗菌相关机制研究[D].重庆大学.2015