导读:本文包含了转录本组图谱论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:转录,胚胎,组图,小鼠,图谱,基因,胚层。
转录本组图谱论文文献综述
馨娅[1]（2019）在《小鼠早期胚胎发育过程中全胚层谱系发生的时空转录组图谱问世》一文中研究指出[本刊讯]中国科学院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾研究组、中国科学院—马普学会计算生物学伙伴研究所韩敬东研究组与中国科学院广州生物医药与健康研究院/广州再生医学与健康广东省实验室彭广敦课题组合作,构建了小鼠早期胚胎发育过程中全胚层谱系发(本文来源于《科学》期刊2019年05期）
赵毅[2]（2019）在《单细胞水平脐带血有核细胞转录组图谱研究》一文中研究指出从脐带血开始被用于骨髓重建到现在用于肿瘤免疫治疗已经有数十年的历史。脐带血是造血干细胞和免疫细胞十分丰富的来源,而且具有采集方便、无侵害性的优点。由于脐带血中的免疫细胞处于免于外界病原侵扰的环境中,因此相对于外周血免疫细胞更加幼稚。这种特性降低了淋巴细胞的同种异体排异反应潜能,在脐带血移植时的移植物抗宿主病风险也更低。脐带血中的免疫细胞也在抗病毒等微生物感染的过程中发挥着重要的作用。虽然脐带血现在被广泛用于重要的临床应用,但我们对其中的细胞组成和分子特征了解尚不完全。随着技术的进步和探索的加深,脐带血细胞也表现出了令人惊奇的异质性,而这些异质性也显着影响着脐带血细胞的临床应用策略。单细胞转录组学测序技术的出现为细致的探索脐带血有核细胞的异质性和推断其功能提供了强有力的工具。本研究从两个脐带血样本中筛选了有核细胞,通过10x Genomics'Chromium System单细胞平台和BGISEQ-500测序仪对脐带血有核细胞进行了单细胞转录组测序。同时还引入了两份用相同平台产生的包含11948个外周血单核细胞的单细胞转录组数据作为脐带血样本的参照。在合并脐带血单细胞数据和外周血单细胞数据后进行了严格的多维度的质量控制和过滤。接着运用多种方法对数据进行了批次效应矫正与评估,确定了最适合本研究的去批次效应方法。然后运用聚类和降维的方法对单细胞数据进行了可视化及细胞类型的定义。最后对于脐带血中的有核红细胞、造血干细胞和细胞毒性细胞进行了更加深入的探究。本研究首次报告了两份脐带血样本中7852个(UCB1)和9785(UCB2)个有核细胞在单细胞水平上的转录组图谱。脐带血中平均每个有核细胞检测到基因数分别为1270和1460,涵盖了包括有核红细胞、T淋巴细胞、造血干细胞在内的12种主要细胞类型。时序分析推测了有核红细胞成熟过程中的线性变化及双极性特征,展示了有核红细胞群体在脐带血内成熟过程中细胞形态的改变、表达谱的重编程以及潜在的转录组程序的激活差异。揭示了脐带血可能是有核红细胞发育成熟的重要场所。首次发现了存在于脐带血中的新祖细胞亚群。这群祖细胞为CD34阴性但仍与CD34阳性祖细胞表达谱相似性非常高。其同时表达粒细胞-单核细胞祖细胞(GMP)、肥大细胞和嗜碱性粒细胞的标志基因。时序分析推断此细胞可能为脐带血中从GMP分化成为肥大细胞和嗜碱性粒细胞中间时期的双能性祖细胞,命名为uIBC(umbilical intermediate bi-potent cells)。单细胞数据揭示了脐带血与外周血中细胞毒性免疫细胞包括NK细胞、NKT细胞和细胞毒性T细胞丰富的异质性。通过颗粒酶K、颗粒酶B以及细胞谱系基因,重新定义出了脐带血和外周血中的五个细胞毒性细胞亚群,其中发现了脐带血中独有GZMB阳性的NKT细胞亚群。GO分析揭示了GZMB阳性NKT细胞在脐带血先天性免疫中发挥的重要作用。差异基因的整合分析与共表达分析,分别揭示了广泛存在的与GZMB和GZMK细胞亚群内的细胞毒性功能核心基因模块。本研究提供了首个脐带血有核细胞单细胞层面的表达图谱,为传统bulk RNA测序及单细胞测序提供了精细的转录组补充和参考。该数据还为后续的祖细胞、免疫细胞和有核红细胞的功能性研究提供了丰富的数据资源。有核红细胞与祖细胞的分析填补了造血系统发育的重要过程,为以后研究指引了新的方向。细胞毒性细胞亚群的研究为提高脐带血细胞过继治疗肿瘤的效果和抵抗微生物感染提供了重要的线索。本研究提供的关键信息无疑将成为促进临床创新、开发更有疗效和更具效益的脐带血治疗方案的最新动力。(本文来源于《华南理工大学》期刊2019-03-25）
[3]（2018）在《中国科学家首次建立人类精子发生过程高精度转录组图谱》一文中研究指出在生殖医学中,精子是人类自身繁育和物种延续的重要保障,承载着将父源基因组遗传信息延续下去的重任。所以全面了解精子的转录组是非常重要的。近日,北京大学BIOPIC中心、北京大学第叁医院和南方医科大学的研究人员联合在国际知名学术期刊(Cell Stem Cell)《细胞干细胞》上发表了重量(本文来源于《中国生殖健康》期刊2018年10期）
张锦锋[4]（2018）在《基于脑网络组图谱的转录组分析软件开发与应用研究》一文中研究指出人类的大脑是由千亿级别数百种不同类型的神经细胞所组成的极为复杂的生物系统,是自然界中所有物种在演化过程中的一个奇迹,探知人类大脑的构造与功能也一直是现代科学领域极具挑战性的难题。从20世纪90年代至今,研究者们开始尝试使用非侵入性磁共振技术对人脑进行无创在体成像,该技术可以以前所未有的高时间和高空间分辨率测量大脑的形态结构,神经纤维走向以及不同通路的功能活动变化。但是这些技术只能从宏观的角度去探索大脑的结构和功能,并没有从微观的角度解释究竟是哪些分子机制驱动了大脑各亚区之间功能活动的异同。研究者通常认为拥有不同功能的大脑不同区域具有一种特定的连接指纹,而这个指纹就是定义这些区域功能的基因表达谱。因此,如果找到了驱动相关功能活动的基因,就能从分子水平上去解释大脑的功能活动以及脑网络组图谱的划分,这也是本文的主要研究内容。本文通过设计并实现了一款基于脑网络组图谱分析转录组数据的软件工具箱,工具箱包括3大功能模块:数据查询、数据预处理和数据分析。数据查询模块主要是帮助研究人员将转录组样本映射到脑网络组图谱中的各亚区,另外还可以查询转录组样本和基因探针的详细注释信息。数据预处理模块提供了一些在进行数据分析前常用的数据预处理方法,包括数据归一化、回归协变量和维数约简。数据分析模块是本工具箱的核心模块,提供了一些分析转录组数据和寻找驱动不同亚区连接模式基因的方法,可以帮助研究人员探索在大脑中哪些基因的表达驱动了脑网络组图谱各亚区之间功能活动的差异。最后,使用该工具箱在脑网络组图谱定义的基底神经节各亚区上进行了转录特征分析,目的是使用转录组数据来预测是否可以将基底神经节组织样本准确地分类到由脑网络组图谱划分的基底神经节亚区中,并找到驱动相应结果产生的特定基因组。然后在这些特定的基因组上执行基因本体论富集分析,寻找到了驱动亚区分割的相关生物过程。通过该应用分析示例可以帮助研究人员了解转录组工具箱的使用和功能,以期帮助研究人员更高效地完成对人脑功能活动的相关研究工作。(本文来源于《电子科技大学》期刊2018-05-01）
[5]（2016）在《上海生科院等建立小鼠早期胚胎空间转录组图谱》一文中研究指出3月22日,国际学术期刊《细胞》子刊《发育细胞》在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾研究组与中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所韩敬东研究组合作的最新研究成果"Spatial Tran-scriptome for the Molecular Annotation of LineageFates and Cell Identity in Mid-Gastrula Mouse Em-(本文来源于《江西饲料》期刊2016年02期）
彭广敦[6]（2016）在《科研人员建立小鼠早期胚胎空间转录组图谱》一文中研究指出2016年3月22日,国际知名学术期刊《细胞》子刊《发育细胞》在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾研究组与中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所韩敬东研究组合作的最新研究成果"Spatial Transcriptome for the Molecular Annotation of Lineage Fates and Cell Identity in Mid-Gastrula Mouse(本文来源于《生命的化学》期刊2016年02期）
胡德荣[7]（2014）在《中美科学家成功绘制大鼠转录组图谱》一文中研究指出本报讯（记者胡德荣）中美科研人员利用高通量序列测定来测序和定量RNA进行转录组分析的方法，对来自幼年、青春期、成年及老年的雌雄且具有正常免疫功能的Fischer344大鼠、涵盖11种器官和4个发育阶段的大鼠320个样本进行了RNA测序，由此构建出了一张综(本文来源于《健康报》期刊2014-02-14）
李博[8]（2009）在《毛白杨与毛新杨转录组图谱构建及若干性状的遗传学联合分析》一文中研究指出长期以来,复杂数量性状遗传学研究一直是遗传学研究的重点和难点,这是因为:一方面,多数的经济性状都属于数量性状,深入揭示这些复杂性状的遗传学机制是对其进行遗传改良的前提;另一方面,复杂数量性状通常由多基因协同调控,其遗传机制相当复杂。QTL作图和分离QTL内主效基因的成功,为开展复杂性状的研究奠定了重要的理论和实践基础。木本植物的遗传连锁作图和QTL定位研究发展较快,许多树种都构建了较高密度的基因组DNA遗传连锁图谱,并且定位了许多重要性状的QTL位点。然而,多年生木本植物的生殖周期较长、遗传背景复杂等特点严重制约了通过图位克隆(positional cloning)分离QTL的发展,长期以来使得木本植物的QTL研究仅限于理论水平。杨树是木本植物遗传学研究的模式物种,也是第一个全基因组测序的木本植物,其遗传学资源十分广泛。本研究通过利用毛白杨(Populus tomentosaCarr.)与毛新杨(P.tomentosa×P.bolleana)的F_1代回交群体,构建了两张特异组织材料的转录组图谱(transcriptome maps),并利用该转录组图谱对包括生长、生理和木材品质在内的28个性状进行了QTL分析。同时借助杨树基因组学和转录组学手段,对QTL区间内的候选基因进行了分析和筛选,显着地缩小了候选基因的筛选范围,为将来分离林木QTL内主效基因奠定了重要基础。主要研究结果如下:(1)利用毛新杨与毛白杨回交子代7年生群体,构建了木本植物首张未成熟木质部转录组图谱,其中毛白杨的转录组图谱包括18个较大的连锁群,全长为1536cM,毛新杨转录组图谱由13个较大的连锁群构成,总长度为1030cM,两者分别覆盖预测基因组长度的72.3%和67.1%。为了进一步改善图谱质量,成功的构建了毛白杨和毛新杨的根萌苗幼化群体,并利用该群体构建了根萌苗转录组图谱。随后,对两组特异组织转录组图谱进行了比较分析和整合研究,整合后形成的图谱在图谱长度、标记密度以及标记平均距离上均得到明显改善。(2)在构建叁组转录组图谱(木质部图谱、根萌苗图谱及整合图谱)基础上,对群体的生长、光合生理以及木材品质等28个性状进行了QTL定位分析,并对各图谱的QTL定位结果进行了比较。利用单标记作图法,共获得402个相关联的标记,其中7个生长性状检测到127个相关联标记,10个光合生理性状检测到166个相关标记,同时检测到109个与11个木材品质性状相关联的标记。利用整合图谱,采用区间作图策略,发现了大量的QTL位点,当LOD＞1时,共检测到118个QTL位点,其中LOD＞3的位点有10个,单个QTL对表型变异的贡献量一般小于10%,但是也检测到了若干个贡献量在30%以上的主效QTL位点。(3)利用QTLs两侧的标记序列,将14个QTLs位点从遗传连锁图谱上转移到杨树基因组上,对QTLs区间内的基因数目、基因频率、基因功能进行了分析。发现所得QTL位点在基因组上的物理距离在500Kb到3500Kb之间,QTLs内基因数目由34到284个不等,表现出在该杂交群体的生殖过程中,基因组不同染色体区域内迥异的交换频率分布。(4)利用杨树芯片数据库(UPSC-BASE)中668张杨树表达芯片数据,构建了杨树基因共表达模型,进而利用该模型对木材形成过程中,可能参与纤维素合成和木质素合成的基因进行了预测。在预测出的可能参与木材形成的基因中,有部分基因已经证明的确参与了木材形成过程,表明该模型具有很好的预测能力。同时利用该模型检测出大量的未知功能基因,这些基因的功能将在后续工作中加以证明。(5)应用上述基因共表达模型,对2个控制纤维素含量和1个控制木质素含量的QTLs内基因进行候选基因筛选,缩小控制QTL内主效基因的筛择范围。利用两个纤维素合成酶PCESA4和PTCESA7,对控制纤维素含量的QTLαCC4内基因进行共表达分析,预测出该QTL内estExt_Genewisel_v1.C_LG_X12954(PU07734)、fgenesh4_pg.C_LG_XI000690(PU05329)和grail3.0062007201(PU01733)最有可能是该QTL的主效基因。根据同样的策略,对QTLαCC5和QTLLC1两个位点内的主效基因进行了预测。(本文来源于《北京林业大学》期刊2009-05-01）
李博,江锡兵,张德强,张志毅[9]（2008）在《毛白杨未成熟木质部转录组图谱构建》一文中研究指出毛白杨是我国重要的乡土树种,作为北方重要的用材林种之一,其遗传改良工作一直深受重视。遗传连锁图谱是进行数量性状定位研究的基础,同时对基因图位克隆和分子辅助育种具有重要的理论和实践意义。毛白杨DNA连锁图谱的构建已经成功定位了包括生长、物候、材性等性状的主效QTLs,为进一步改良这些性状奠定了基础。转录组图谱是通过cDNA-AFLP技术,利用mRNA水平的多态性构建的遗传连锁图谱,由于其标记通常为具有功能性的转录物(或基因)片断,因此能够提供比DNA图谱更多的信息。本研究选取7年生毛新杨×毛白杨((P.tomentosa×P.bolleana)×P.tomentosa)回交F_1代个体132株,利用未成熟木质部组织为试验材料,依据拟测交的作图策略,分别构建了双亲的转录组图谱。其中,毛白杨共获得18个连锁群,最大为239.9cM,最小为19.5cM,平均长度为85.4cM,总图距为1536cM;毛新杨共获得13个连锁群,最大为238.3,最小为16.4,平均长度为76.3cM,总图距为1030cM,两者分别覆盖预测基因组长度的72.3%和67.1%。进一步分析表明,毛白杨各连锁群标记平均距离为8.35cM,标记间最大距离为28.4cM,超过20cM的间隔(gap)仅为13个,适合进行QTL定位研究。对图谱上标记密度分布进行分析表明:毛白杨各连锁群中,除了LG2、LG7和LG17标记密度显着偏离泊松分布以外(P≤0.05),其他连锁群表现正常。毛白杨转录组图谱来源于未成熟木质部基因表达,而该组织所表达的基因应该显着影响材性性状,因此可能会提高材性相关性状的QTLs定位效率。本研究所构建的毛白杨转录组图谱为木本植物中的第一次尝试,文章最后对转录组图谱研究在木本植物上的许多优势进行了评述。(本文来源于《第六届全国林木遗传育种大会论文集》期刊2008-11-01）
潘玉欣,马骏,张桂寅,韩改英,王省芬[10]（2007）在《棉纤维次生壁加厚期cDNA-AFLP表达谱剖析和转录组图谱构建》一文中研究指出棉纤维强度主要由棉纤维次生壁加厚期决定.以陆地棉品种中棉所8号和海岛棉品种Pima90-53建立的包含109个单株的种间杂交F2群体为材料,用cDNA-AFLP对棉纤维发育次生壁加厚期(20~25DPA)基因表达谱进行剖析,并构建了次生壁加厚期转录组图谱.37对AFLP引物组合共检测到138个多态性表达片段(transcript-derived fragments,TDFs),大小在100~722bp之间,其中75个TDFs(53.62%)在亲本和F2单株中均具有多态性.在75个TDFs中,37个和已发表的棉纤维EST同源性较高;9个和已克隆的棉纤维基因,如半胱氨酸蛋白激酶、液泡H+-焦磷酸激酶、液泡H+-ATP催化亚基、半乳糖蛋白、受体蛋白激酶、GIA/RGA-赤霉素应答元件和纤维素合成酶等的编码基因同源性高;其他TDFs可能代表棉纤维发育过程中的新基因片段.在75个TDFs中,有46个集中分布在一个连锁群上.(本文来源于《科学通报》期刊2007年12期）
转录本组图谱论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
从脐带血开始被用于骨髓重建到现在用于肿瘤免疫治疗已经有数十年的历史。脐带血是造血干细胞和免疫细胞十分丰富的来源,而且具有采集方便、无侵害性的优点。由于脐带血中的免疫细胞处于免于外界病原侵扰的环境中,因此相对于外周血免疫细胞更加幼稚。这种特性降低了淋巴细胞的同种异体排异反应潜能,在脐带血移植时的移植物抗宿主病风险也更低。脐带血中的免疫细胞也在抗病毒等微生物感染的过程中发挥着重要的作用。虽然脐带血现在被广泛用于重要的临床应用,但我们对其中的细胞组成和分子特征了解尚不完全。随着技术的进步和探索的加深,脐带血细胞也表现出了令人惊奇的异质性,而这些异质性也显着影响着脐带血细胞的临床应用策略。单细胞转录组学测序技术的出现为细致的探索脐带血有核细胞的异质性和推断其功能提供了强有力的工具。本研究从两个脐带血样本中筛选了有核细胞,通过10x Genomics'Chromium System单细胞平台和BGISEQ-500测序仪对脐带血有核细胞进行了单细胞转录组测序。同时还引入了两份用相同平台产生的包含11948个外周血单核细胞的单细胞转录组数据作为脐带血样本的参照。在合并脐带血单细胞数据和外周血单细胞数据后进行了严格的多维度的质量控制和过滤。接着运用多种方法对数据进行了批次效应矫正与评估,确定了最适合本研究的去批次效应方法。然后运用聚类和降维的方法对单细胞数据进行了可视化及细胞类型的定义。最后对于脐带血中的有核红细胞、造血干细胞和细胞毒性细胞进行了更加深入的探究。本研究首次报告了两份脐带血样本中7852个(UCB1)和9785(UCB2)个有核细胞在单细胞水平上的转录组图谱。脐带血中平均每个有核细胞检测到基因数分别为1270和1460,涵盖了包括有核红细胞、T淋巴细胞、造血干细胞在内的12种主要细胞类型。时序分析推测了有核红细胞成熟过程中的线性变化及双极性特征,展示了有核红细胞群体在脐带血内成熟过程中细胞形态的改变、表达谱的重编程以及潜在的转录组程序的激活差异。揭示了脐带血可能是有核红细胞发育成熟的重要场所。首次发现了存在于脐带血中的新祖细胞亚群。这群祖细胞为CD34阴性但仍与CD34阳性祖细胞表达谱相似性非常高。其同时表达粒细胞-单核细胞祖细胞(GMP)、肥大细胞和嗜碱性粒细胞的标志基因。时序分析推断此细胞可能为脐带血中从GMP分化成为肥大细胞和嗜碱性粒细胞中间时期的双能性祖细胞,命名为uIBC(umbilical intermediate bi-potent cells)。单细胞数据揭示了脐带血与外周血中细胞毒性免疫细胞包括NK细胞、NKT细胞和细胞毒性T细胞丰富的异质性。通过颗粒酶K、颗粒酶B以及细胞谱系基因,重新定义出了脐带血和外周血中的五个细胞毒性细胞亚群,其中发现了脐带血中独有GZMB阳性的NKT细胞亚群。GO分析揭示了GZMB阳性NKT细胞在脐带血先天性免疫中发挥的重要作用。差异基因的整合分析与共表达分析,分别揭示了广泛存在的与GZMB和GZMK细胞亚群内的细胞毒性功能核心基因模块。本研究提供了首个脐带血有核细胞单细胞层面的表达图谱,为传统bulk RNA测序及单细胞测序提供了精细的转录组补充和参考。该数据还为后续的祖细胞、免疫细胞和有核红细胞的功能性研究提供了丰富的数据资源。有核红细胞与祖细胞的分析填补了造血系统发育的重要过程,为以后研究指引了新的方向。细胞毒性细胞亚群的研究为提高脐带血细胞过继治疗肿瘤的效果和抵抗微生物感染提供了重要的线索。本研究提供的关键信息无疑将成为促进临床创新、开发更有疗效和更具效益的脐带血治疗方案的最新动力。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
转录本组图谱论文参考文献
[1].馨娅.小鼠早期胚胎发育过程中全胚层谱系发生的时空转录组图谱问世[J].科学.2019
[2].赵毅.单细胞水平脐带血有核细胞转录组图谱研究[D].华南理工大学.2019
[3]..中国科学家首次建立人类精子发生过程高精度转录组图谱[J].中国生殖健康.2018
[4].张锦锋.基于脑网络组图谱的转录组分析软件开发与应用研究[D].电子科技大学.2018
[5]..上海生科院等建立小鼠早期胚胎空间转录组图谱[J].江西饲料.2016
[6].彭广敦.科研人员建立小鼠早期胚胎空间转录组图谱[J].生命的化学.2016
[7].胡德荣.中美科学家成功绘制大鼠转录组图谱[N].健康报.2014
[8].李博.毛白杨与毛新杨转录组图谱构建及若干性状的遗传学联合分析[D].北京林业大学.2009
[9].李博,江锡兵,张德强,张志毅.毛白杨未成熟木质部转录组图谱构建[C].第六届全国林木遗传育种大会论文集.2008
[10].潘玉欣,马骏,张桂寅,韩改英,王省芬.棉纤维次生壁加厚期cDNA-AFLP表达谱剖析和转录组图谱构建[J].科学通报.2007
论文知识图
