邓呈逊[1]2005年在《利用微卫星标记对六个湖北省地方鸡群遗传多样性的研究》文中研究说明畜禽遗传资源及其多样性是畜牧业可持续发展的种质基础,是满足未来市场需求的重要基因库。我国家禽品种资源丰富,但近年来受到外来引进鸡种的冲击,加上人们对地方鸡种资源的保护意识淡薄,导致我国地方鸡种遗传资源日益贫乏。对家禽遗传资源多样性的研究有助于弄清品种资源的现状和特色,为品种资源的保护和合理开发利用打下良好基础。联合国粮农组织(FAO)将微卫星标记列为进行动物遗传资源研究的首选标记,本研究参照AVIANDIV PROJECT推荐的26个微卫星位点对6个湖北地方鸡群体的遗传多样性进行研究,目的是了解它们的分子种质特性,为湖北地方品种鸡保种和开发利用积累基础数据。主要研究结果如下: 1.计算了26个微卫星位点中各位点在不同鸡群中的等位基因频率,共检测到352个等位基因,每个座位平均13.5385个。在6个湖北地方鸡群体中各位点等位基因数目和频率不同程度的显示出差异。 2.计算了各群体的杂合度、多态信息含量和有效等位基因数叁个参数,比较了各群体内的遗传差异。6个湖北地方鸡群体的平均群体杂合度为0.5307(0.4624-0.5753),有效等位基因数范围在5.6647-6.7738之间,平均多态信息含量范围为0.7806-0.8240,群体内的遗传变异从大到小排序为:郧阳大鸡、洪山鸡、郧阳白羽乌鸡、双莲鸡、江汉鸡、荆门黑羽绿壳蛋鸡。 3.计算了总群体杂合度(H_T)、亚群体杂合度和遗传分化系数(G_(ST)),结果表明群体间的遗传变异不大(群体间的差异仅为3%),群体遗传变异主要来自于群体内。 4.计算了各群体间的Nei氏遗传距离,荆门黑羽绿壳蛋鸡与双莲鸡的遗传距离最大,郧阳乌鸡与江汉鸡的遗传距离最小,遗传距离范围在0.1445—0.3220之间。 5.根据Nei氏遗传距离进行了UPGMA聚类,6个鸡群被聚为2:Ⅰ类为郧阳大鸡与双莲鸡聚为一类;Ⅱ类为郧阳乌鸡、江汉鸡先聚在一起,然后又与洪山鸡聚在一起,最后再与荆门黑羽壳蛋鸡聚为一类。
沈见成[2]2004年在《利用微卫星标记研究9个地方鸡种的遗传多样性》文中研究指明利用20个微卫星标记对9个地方鸡种进行遗传多样性分析，根据等位基因频率、多态信息含量、杂合度、有效等位基因数、遗传距离和聚类结果，评估各品种内的遗传变异和各品种间的遗传相关。结果表明如下： 9个地方鸡种在20个微卫星座位中共检测到168个等位基因，其中43个等位基因为所有品种共有，19个稀有等位基因为品种所特有。在位点中，不同座位上的等位基因数在6～12之间。平均每个座位上等位基因数为8.4个。在品种中，品种拥有的等位基因数在85～121，平均每个品种的等位基因为99.4个。 20个微卫星座位在9个地方鸡种中的平均多态信息含量为0.6049(0.4294～0.7282)，其中MCW32的平均多态信息含量最高为0.7282，ADL123最低为0.4294。各位点平均有效等位基因数的范围为2.2-4.8。 9个地方鸡种在20个微卫星座位中的平均基因杂合度为0.6695(0.6388～0.6980)，其中溧阳鸡的平均杂合度最高为0.6980，狼山鸡的最低为0.6388。 9个地方鸡种间的平均遗传距离为0.4319(0.1418～0.5687)，其中淮北麻鸡和淮南叁黄鸡之间的遗传距离最近为0.1418，漳州斗鸡和淮南叁黄鸡之间的遗传距离最远为0.5687。 9个地方鸡种被聚为4类，1类：淮南叁黄鸡、淮北麻鸡、桃源鸡和大骨鸡聚为一类；2类：寿光鸡、溧阳鸡和狼山鸡聚为一类；3类：丝羽乌骨鸡独自为一类；4类：漳州斗鸡独自为一类。 本研究结果可为我国地方鸡种的种质特性研究提供基础数据，为地方鸡种资源的合理保护和利用提供科学依据。
张跟喜[3]2010年在《边鸡遗传多样性及Myostatin基因对生长和繁殖性状的遗传效应研究》文中研究说明本研究利用29个微卫星标记研究边鸡0世代群体的遗传多样性,并与2个对照品种(京海黄鸡和尤溪麻鸡)的遗传多样性进行比较;选择0世代边鸡群体中等位基因数在4个以上的21个微卫星标记研究1世代边鸡群体的遗传多样性,并与0世代边鸡群体的遗传多样性进行比较以了解边鸡群体的保种效果;采用PCR-SSCP技术检测边鸡及3个对照品种(京海黄鸡、尤溪麻鸡和AA鸡)肌肉生长抑制素基因(Myostatin)的单核苷酸多态性,并与边鸡的生长和繁殖性状进行相关分析,为边鸡群体的标记辅助选择提供依据;运用荧光定量PCR技术分析边鸡Myostatin基因G2283A位点形成的3种基因型在胸肌、腿肌和卵巢中表达量的差异,以探讨这一位点对边鸡的生长性状和繁殖性状具有显着效应的分子机理,同时分析边鸡Myostatin基因在胸肌、腿肌和卵巢中表达量的差异。主要研究结果如下:1.利用29个微卫星标记在3个鸡品种(边鸡、京海黄鸡和尤溪麻鸡)中总共检测到166个等位基因,其中32个等位基因为某一品种所特有。边鸡拥有的特有等位基因最多,为15个(46.9%),京海黄鸡次之,为12个(37.5%)。边鸡的平均多态信息含量(0.5168)和平均期望杂合度(0.5750)最高,京海黄鸡的平均多态信息含量(0.4915)和平均期望杂合度最低(0.5505)。在29个微卫星位点中,边鸡群体有15位点为高度多态位点,其余14个位点为中度多态位点。京海黄鸡和尤溪麻鸡的高度多态位点数分别为17和14个。在3个品种中一些位点显着的偏离哈代-温伯格平衡,杂合子缺失的水平也很高。通过固定指数(Fst)估计品种间的遗传分化为6.7%(P<0.001)。群体内的杂合子缺失(Fis)为22.2%(P<0.001)。边鸡的近交系数最高(0.249),京海黄鸡的最低(0.159)。这些研究结果可为边鸡、京海黄鸡以及尤溪麻鸡的遗传特征研究和保种提供初步依据。2.选用的等位基因数在4个以上的21个微卫星标记在2个世代的边鸡群体中共检测到122个等位基因,其中102个为两个世代所共有,19个为0世代所特有。0世代和1世代的边鸡群体的平均多态信息含量(PIC)分别为0.5473和0.5437;平均期望杂合度分别(He)为0.5967和0.6009;近交系数(Fis)分别为0.233和0.134。经过一个世代的繁育,PIC和He两个指标维持在原有水平,而群体的近交系数有所下降,说明采用的保种方法很好的保存了边鸡的遗传多样性,同时避免了近交程度过高而导致群体出现近交衰退。3.在4个鸡品种Myostatin基因中总共检测到17个突变,其中10个突变(A326G、C334G、G673A、G985C、G1085A、A1278T、C1346T、G1375A、A1473G和G1491A)位于5′调控区,4个突变(G2100A、G2109A、C2244G和G2283A)位于外显子1,3个突变(C7552T,C7638T和T7661A)位于外显子3。编码区的突变都未导致氨基酸的改变。4.边鸡、京海黄鸡、尤溪麻鸡和AA鸡Myostatin基因中分别有7、9、9和5个位点表现出多态。边鸡MYOE1-2位点为高度多态位点,MYO1和MYOE1-3位点为中度多态位点,其余4个位点为低度多态位点。京海黄鸡、尤溪麻鸡和AA鸡中高度多态位点数分别为1、2、0个,中度多态位点数都为4个。5.通过在线软件预测发现4个鸡品种Myostatin基因5′调控区的突变总共导致10个转录因子结合位点(E2F、CRE-BP、CREB、HFH-2、NKx-2、CdxA、Oct-1、V-Maf、Tst-1和C/EBPα)发生了改变。6.边鸡Myostatin基因5′调控区MYO1、MYO6和MYO7位点以及外显子区MYOE1-2、MYOE1-3位点对边鸡的生长性状具有显着或极显着的影响(P<0.05或P<0.01),推测Myostatin基因可能是影响边鸡生长性状的主效基因或与主效基因相连锁的一个标记。MYOE1-3位点DE和EE基因型的6-18周龄体重都显着或极显着的高于EE基因型(P<0.05或P<0.01),并且具有EE基因型的体重>DE基因型>EE基因型的规律,MYOE1-3位点在边鸡生长性状的标记辅助选择方面具有很大的应用潜力。7.边鸡Myostatin基因5′调控区MYO1、MYO6和MYO7位点对边鸡的开产体重有显着的影响(P<0.05),外显子区MYOE1-2、MYOE1-3、MYOE3-2和MYOE3-3位点对边鸡的开产日龄和300日龄产蛋数具有显着或极显着的影响(P<0.05或P<0.01),推测Myostatin基因可能是影响边鸡繁殖性状的的主效基因或与主效基因相连锁的一个标记。MYOE1-3位点DE基因型的开产日龄显着的早于DD基因型(P<0.05),EE基因型的开产日龄极显着的早于DD基因型(P<0.01);MYOE1-3位点DE基因型的300日龄产蛋数显着的高于DD基因型(P<0.05),EE基因型的300日龄产蛋数极显着的高于DD基因型(P<0.01),MYOE1-3位点在边鸡300日龄产蛋数的标记辅助选择方面具有很大的应用潜力。8.边鸡Myostatin基因7个多态位点两两组合对边鸡的生长性状和繁殖性状的互作效应达到显着(P<0.05)或极显着(P<0.01)的水平。9.通过荧光定量PCR技术发现Myostatin基因G2283A位点形成的3种基因型(DD、DE和EE)在胸肌、腿肌中的表达量存在差异,在卵巢中的表达量没有差异。在胸肌中,野生型(DD)的表达量是突变杂合型(DE)的表达量的1.40倍,是突变纯合型(EE)的4.66倍。在腿肌中,野生型的表达量是突变杂合型的表达量的1.27倍,是突变纯合型的8倍。研究结果还表明Myostatin基因主要在胸肌和腿肌中表达,在卵巢中只有微量表达,胸肌中的表达量是卵巢中的471.1倍,腿肌中表达量是卵巢中的501.5倍。
尚嵩洋[4]2016年在《庄河大骨鸡群体遗传多样性分析》文中认为庄河大骨鸡是我国着名的肉蛋兼用型良种,主要产于大连市庄河境内。2006年被国家工商总局认定为地理标志证明商标,同年又被农业部列入“国家级畜禽遗传资源保护名录”。但是,该种群在经济开发获得了长足进步的同时,忽略了相关基础研究,距离上一次针对庄河大骨鸡的生产性能测定和基础数据收集已经过去二十余年。在此期间,虽然有多个大骨鸡保种场(庄河大骨鸡繁育中心、辽宁庄河大骨鸡原种场有限公司和大连毕伟牧业科技有限公司)对该鸡种开展了长期的优化选育,但是始终没能建立起对其发展至关重要的遗传数据库,直接导致目前该品种基础数据尤其是遗传数据匮乏。为探索当前叁个庄河大骨鸡保种群体的遗传多样性、近交程度和遗传分化水平,本研究利用20个微卫星标记构建了微卫星荧光多重PCR体系,对叁个保种大骨鸡群体共90个个体的遗传多样性进行了分析,其结果为今后该品种的选育、生产和开发利用提供了理论依据。实验结果如下：1.成功构建了7组微卫星荧光多重PCR体系,其中4组为双重体系,其他3组为叁重体系,使用微卫星多重PCR技术用于本研究将实验效率提高了一倍。2.二十个微卫星位点都表现出良好的多态性,共发现了167个等位基因,平均杂合度为0.6111,平均多态性信息含量为0.6683,Fis、Fst和Fit的平均值分别为0.1431、0.0185和0.1269。实验结果表明,叁个庄河大骨鸡保种场的大骨鸡群体具有着丰富的遗传多样性,没有出现近交情况,也不存在明显的遗传分化,表明多年来对庄河大骨鸡的保种工作进行的很成功。
陈红菊[5]2002年在《利用微卫星标记分析山东地方鸡品种的遗传多样性》文中进行了进一步梳理本文分别用变性PAGE与非变性PAEG分析鸡微卫星DNA。结果发现：在变性胶上纯合个体为一条带，杂合个体为两条带；而在非变性胶上，纯合个体为两条带，杂合个体为叁或四条带，据分析原因可能与电压、温度及双链的构象有关；在判读DNA时，一般读取前面的带，纯合个体读前面一条，杂合个体读前面两条带。再根据里德伍克的分子量计算公式，算出的目的带分子量与测序结果完全相同。因此本文认为在检测微卫星时可以用非变性胶进行电泳，再结合测序与分子量计算公式是完全可行的。 选用5个多态性较好的微卫星标记，检测了山东省仅存的5个地方鸡种；日照麻鸡、寿光鸡、莱芜黑鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡，以及一个外来鸡种——安卡黄鸡(原产地为以色列)和一个外省地方鸡种——广西黄鸡的遗传多样性。共检测到40多个等位基因，其中以ADL136的等位基因数最多(10个)；而ADL146的等位基因数最少(5个)；其他位点等位基因数为8、9个不等。根据测试结果计算了每个等位基因的频率，并以基因频率为基础分析了品种内的遗传变异，得到了各品种的平均杂合度，从大到小依次为：莱芜黑鸡、日照麻鸡、安卡、广西黄鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡、寿光鸡。计算了Nei氏标准遗传距离(Ds)和D_A遗传距离，发现日照麻鸡与济宁百日鸡的距离最近，而鲁西斗鸡与其他鸡种距离都较远。根据两种遗传距离分别进行了NJ法和UPGMA法聚类，并用bootstrap重抽样技术对各系统发生树的可靠性进行检验，结果表明：D_A遗传距离的UPGMA聚类图比较可靠。在此图中，日照麻鸡与济宁百日鸡距离最近，首先聚在一起，bootstrap值为92％；安卡和广西黄鸡聚为一类，bootstrap值为80％；而鲁西斗鸡由于生产目的与培育方式的不同与其它肉用型、蛋用型的品种距离较远，单独为一类；最后叁类在较远的距离相聚。在(D_A NJ)图中也发现安卡与广西黄鸡聚为一类，bootstrap值高达97％。根据Nei氏标准遗传距离得到的两张聚类图可靠性均较差。 每个微卫星位点选出1～2个等位基因进行测序，测序结果与分子量的计算结果是完全相同的。
吴萍[6]2003年在《利用微卫星标记分析不同鸡种的遗传变异》文中提出本研究分析了9个地方鸡种(仙居鸡，白耳鸡，萧山鸡，固始鸡，泰和乌骨鸡，茶花鸡，大骨鸡，北京油鸡，尤溪麻鸡)和一个外国品种(矮脚黄鸡)在8个微卫星座位上的遗传变异。计算了杂合度，有效等位基因数，多态信息含量。利用叁种遗传距离(D_S、D_A、D_C)分别构建了10个鸡种的系统聚类图。结果表明： 本研究在8个微卫星座位上共检测到了54个等位基因，每个座位的平均等位基因为6.75，各座位上的等位基因数为6-14，其中MCW135座位上的等位基因数最多为14，MCW5座位上的最少为6。各位点平均多态信息含量在0.5071-0.7437，均大于0.5，表现为高度多态性。 各群体平均杂合度为0.5564(矮脚黄鸡)～0.7135(仙居鸡)，地方鸡种具有比国外鸡种更丰富的遗传多样性。地方鸡种的遗传一致性较差，需进一步纯繁选育。 叁种遗传距离(D_S、D_A、D_C)存在极显着的相关性，绘制的系统聚类图较为相似：外国鸡种与地方鸡种间的亲缘关系均较远。地方鸡种中，仙居鸡，白耳鸡，泰和鸡，北京油鸡，大骨鸡，萧山鸡亲缘关系较近。茶花鸡与固始鸡存在某种联系，尤溪麻鸡与其它鸡种的距离相对较远。地方鸡种在起源，进化，遗传背景上与国外鸡种存在显着差异，在漫长的进化和选择过程中，形成了具本品种特征的遗传特性。 本文的聚类结果与品种的历史起源、地理位置、形态特征等基本吻合。说明了这叁种估算遗传距离的方法结合微卫星标记构建系统发生树是可行的。本研究的结果可为正确评价各品种遗传多样性的资源价值，制定合理可行的保种方案，预测杂种优势提供理论依据。
包文斌[7]2007年在《中国家鸡和红色原鸡遗传多样性及亲缘关系分析》文中提出本试验使用多重PCR结合全自动电泳技术,利用29对国际通用的微卫星引物对仙居鸡、茶花鸡、鹿苑鸡、白耳鸡、藏鸡、固始鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、泰和乌骨鸡、萧山鸡、北京油鸡、淮南麻黄鸡和皖南叁黄鸡等14个中国家鸡品种以及红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种和Gallus gallus gallus亚种的570个个体进行扫描,讨论样本量、性别和微卫星座位数对微卫星分析中群体遗传多样性指标的影响以及近缘物种间微卫星引物的适用性,同时对中国家鸡和红色原鸡的256个个体mtDNA D-loop序列进行系统分析,利用微卫星DNA和mtDNA共同评估群体的遗传结构和遗传关系,分析群体间和群体内的遗传变异,探讨中国家鸡和红色原鸡的亲缘关系。主要研究结果如下:1.利用29对微卫星标记对16个群体内和群体间的遗传多样性进行分析,共检测到286个等位基因,平均值为9.86±6.36,所有群体的期望杂合度为0.6708±0.0251,PIC值为0.52,29个微卫星位点均具有较高的多态性。单个位点偏离Hardy-Weinberg平衡的群体数从0到7不等。群体间平均遗传分化为16.7%(P <0.001),所有的位点都极显着地贡献于这一结果(P <0.001);杂合子缺失的水平很高,为0.015(P <0.01);中国家鸡和红色原鸡16个群体间存在着极显着的遗传分化。群体间的Reynolds'遗传距离从0.036(萧山鸡-鹿苑鸡)到0.371(泰国红色原鸡-河南斗鸡)不等,而Nm值变异范围从0.583(泰国红色原鸡-河南斗鸡)到5.833(萧山鸡-鹿苑鸡)。2.利用29对微卫星标记对16个群体的亲缘关系进行分析,NJ系统发生树及Structure程序运行结果显示, 16个群体可以分成轻体型的鸡种(包括8个群体:泰国红色原鸡、中国红色原鸡、茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡、白耳鸡和泰和乌骨鸡)和重体型的鸡种(包括8个群体:皖南叁黄鸡、淮南麻黄鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡)两大类。藏鸡、皖南叁黄鸡和淮南麻黄鸡遗传基础非常复杂,鹿苑鸡和萧山鸡彼此之间遗传基础十分类似。茶花鸡和藏鸡与中国红色原鸡存在着较近的亲缘关系,与泰国红色原鸡亲缘关系相对较远。中国家鸡和红色原鸡两个亚种的亲缘关系从近到远的排序是:进化型品种-原始型品种(茶花鸡与藏鸡)-中国红色原鸡(Gallus gallus spadiceus亚种)-泰国红色原鸡(Gallus gallus gallus亚种)。3.利用微卫星DNA和mtDNA遗传标记分析15个中国鸡种遗传距离与地理距离的关联性,对于特定的群体而言,微卫星DNA和mtDNA遗传距离与地理距离表现出相当程度的关联性,但15个鸡种间遗传距离和地理距离回归公式:FST/(1-FST) =–1.0283–0.0407ln(d)以及Mantel’s检验的结果(P=0.596)并不能为遗传距离与地理距离之间的显着联系提供足够的证据。线粒体D-loop序列的差异与群体间的地理分布也没有相关。中国地方鸡种的形成过程中,各自的地理分布可能并不是影响其群体遗传结构的决定因素。4.以实际测定的29个微卫星座位的基因频率为基础,分析样本量、性别和微卫星座位数对微卫星分析中群体遗传多样性指标的影响。结果表明:当样本量超过20后,期望杂合度值趋于稳定,样本量以20-25较为适宜,样本量与期望杂合度无显着相关,而与平均等位基因数呈正相关;微卫星位点多态性的高低直接影响到检测所需的样本量,在使用平均等位基因数分析群体遗传多样性时,应该充分考虑样本量对检测结果的影响;期望杂合度受样本量变动的影响较小,可作为度量群体遗传多样性的一个最适参数;在微卫星分析中性别对群体遗传多样性指标不表现出显着影响;随着微卫星数目的增多,遗传距离估测精确度精度也随着升高。5.对近缘物种间微卫星引物的适用性进行尝试,利用29对鸡微卫星标记对孔雀基因组DNA进行种间扩增,发现14对引物能扩增出特异性条带,每对引物扩增的平均等位基因数为1.71,有7对引物具有较丰富的多态性,其中MCW0080和MCW0098最为理想。蓝孔雀和绿孔雀群体间和群体内的遗传分析结果表明,绿孔雀和蓝孔雀两个群体的期望杂合度分别为0.7422和0.6943,群体间的遗传分化系数为0.078,Reynolds'遗传距离和基因流分别为0.0603和3.896,结果显示这两个孔雀群体的杂合度和遗传多样性水平都很低,且有相互混杂的趋势。6.对中国家鸡和红色原鸡的256个个体mtDNA D-loop序列进行系统分析,测定16个群体线粒体D-loop部分序列大小约为560bp,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为25.00%、37.40%、4.40%和33.20%。A+T含量58.20%,G+C含量41.80%, A+T含量高于G+C含量;共发现44个变异位点,约占分析位点总数的7.86%,没有观测到插入/缺失,颠换和转换之比为0.13;共具有32种单倍型,9种为共享单倍型,其它23个单倍型均为各群体所特有;16个群体内单倍型多样度差异很大,从0到0.964,单倍型变异度总体为0.909±0.014,固始鸡的核苷酸多样度最低,淮南麻黄鸡和皖南叁黄鸡的核苷酸多样度较高,红色原鸡两个亚种和14个中国地方鸡种整体的平均核苷酸差异数为7.276,核苷酸多样度为1.851%。16个群体表现出较高水平的遗传多态性。群体间核苷酸分歧度(Dxy)在0.747%～3.125%之间变化,核苷酸净遗传距离(Da)为-0.015%～2.633%,核苷酸分歧度(Dxy)和核苷酸净遗传距离差异均较大。红色原鸡2个亚种和14个中国地方鸡种间kimura双参数距离变异范围为0.007～0.031。mtDNA D-loop环序列群体间(Va)的方差组分占总变异的23.83%,Fst=0.38155,差异显着(P<0.05)。红色原鸡两个亚种和14个中国地方鸡种间表现出显着的遗传分化。7.对16个群体mtDNA D-loop单倍型进行分子系统树和网络关系分析,以日本鹌鹑(Coturnix japonica)为外群(Genbank登录号:D82924),16个鸡种mtDNA D-loop区32种单倍型的NJ、ME和UPGMA分子系统树均分为明显的4个类群,单倍型类群A中包含有泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种的单倍型;单倍型类群B和单倍型类群C中包含有中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种的单倍型;单倍型类群D中同时含有这两个红色原鸡的单倍型。单倍型网络关系图中序列明显也聚为4个聚类簇,与单倍型系统发生树的结果完全一致。利用Kimura双参数模型构建D-loop区的分子系统树中,固始鸡、仙居鸡始终与泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种聚在一起,茶花鸡、藏鸡、泰和乌骨鸡、河南斗鸡和白耳鸡也始终出现在一个类群。8.对中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种与泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种微卫星DNA和mtDNA的多态性进行分析,中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种与泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种的微卫星DNA遗传距离为0.167,Nm值为1.040。没有表现出较近的遗传距离和较大的基因流动,群体的遗传分化系数为0.194(P<0.01),所有位点都极显着地贡献于这一结果(P<0.01)。红色原鸡两个亚种没有共享单倍型,它们各自具有不同的单倍型,群体间mtDNA D-loop Fst值差异显着(P=0.0360)。Gallus gallus spadiceus亚种和Gallus gallus gallus亚种群体具有不同的群体遗传结构,群体之间存在明显的遗传分化,本研究支持这两个亚种并非实际上是同一个亚种的观点。9.综合分析中国家鸡和红色原鸡微卫星DNA和mtDNA多态性和亲缘关系的结果,推测泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种被驯化后,有部分群体演化形成了一些中国家鸡的群体如固始鸡和仙居鸡,而中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种被驯化后,也演化形成了一些中国家鸡的群体如茶花鸡和藏鸡等。泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种中性检验的Tajima's D值为-1.79995(P< 0.05),不符合中性突变。在泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种群体一段时间内的群体扩张过程中,对一些在中国本地起源的家鸡群体中的一些亚群产生了影响,因此在一些中国地方鸡种同时具有这两种红色原鸡的遗传贡献。本研究认为中国家鸡起源于泰国或单纯起源于中国的观点都是不全面的,支持红色原鸡的驯化是多次、多地、长期的人类活动的结果这一观点。
杜文兴[8]2011年在《中国地方鹅种遗传资源多样性与分类地位的研究》文中研究说明我国地方鹅品种资源丰富,品种间体型外貌,生产性能及遗传特性差异较大。为全面了解中国家鹅遗传资源现状、遗传多样性及遗传关系,本研究通过原产地调查并采集了来自中国不同地区的11个中国家鹅品种及7个江苏省内品种(类群),2个引进的欧洲家鹅品种和来自2个动物园的灰雁、鸿雁,利用双重抑制PCR技术获得的10对鹅微卫星引物对437个鹅个体基因组DNA进行分析。分析了等位基因频率、群体杂合度(H)、有效等位基因数、多态信息含量、群体间的Nei氏标准遗传距离(DS)和DA遗传距离,采用UPGMA法、主成分分析(FCA)和群体遗传结构分析等方法,对11个中国家鹅品种及7个江苏省内地方品种的群体内的遗传变异进行了分析。基于线粒体DNA COI基因序列中的681bp片段对13个品种79个个体和GenBank中相关序列的分析进行了中国鹅品种分类地位探讨。其研究结果如下：1.经双重抑制PCR技术分离得到鹅的微卫星引物12对,其中仅一对不能完全扩增出微卫星片段,其余均能扩出,且退火温度变化范围较大,很容易进行PCR扩增反应。有一对引物扩增后在所有品种上都呈单态,其余10对引物均具多态性。从微卫星引物扩增出的片段中选择两个相对较小且清晰的等位基因片段A和B,A等位基因为11个(CA/TG)重复,B为14个重复。结果显示,在鹅的基因组中可能存在大量的(TG)n重复序列。2.从上述获得的微卫星引物中筛选出10对具有较好多态性的引物,对13个国内外的鹅种基因组DNA进行PCR扩增和基因型判断；由Fstat软件计算结果显示,13个品种中共检测到61个等位基因；每个座位的等位基因数为4～11个。61个等位基因中仅有7个在13个鹅品种中出现；有12个在11个中国鹅群体中出现,中国鹅中共有等位基因数占总等位基因数的19.56%。但有些特有的等位基因仅在某一群体中出现,如溆浦鹅、豁眼鹅、太湖鹅、狮头鹅分别在四个不同位点出现稀有的等位基因。除G08的143 bp位点在狮头鹅中出现较高的等位基因频率外(0.868),其余叁个稀有等位基因均只有较低的频率。同时还发现,个别品种存在个别位点等位基因缺失现象,如伊犁鹅中在G01的143bp位点上出现等位基因缺失。3.10个微卫星在13个中外鹅品种中的平均群体杂合度(H)为0.545；除G04、G09和G12位点平均杂合度低于0.5外,其余7个位点的平均杂合度都超过0.5。我国11个地方鹅品种的群体杂合度较高,最高的长乐鹅(0.605),最低的东北籽鹅(0.488),两个外来品种莱茵鹅和朗德鹅的群体杂合度较低,分别为0.470和0.421；表明我国地方鹅品种的遗传变异相对较大；外来鹅种遗传变异相对较小、品种比较纯、选育程度较高。13个品种所有基因座的平均多态信息含量(PIC)为0.485,仍以中国鹅种较高,外来鹅种较低；表明我国地方鹅品种内的遗传基因丰富,外来鹅种遗传基因相对较纯。10个微卫星在13个品种的平均等位基因观察数为3.53、平均有效等位基因数为2.539；中国鹅种普遍高于外来鹅种。品种间的遗传变异分析表明：10个微卫星在13个鹅种的FST(群体分化系数即遗传分化系数)为21.39%(p<0.001),所有位点都出现极显着分化(p<0.001)。13个鹅品种的F(>)(总近交系数)值为23.7%,达到极显着水平(p<0.001)；其中G04、G06、G08、G09、G10和G12位点的Frr值偏离Hardy-Weinberg期望,达极显着水平(p<0.001)。13个鹅品种的FIs(鹅种间的近交系数)值为2.98%,达到显着水平(p<0.05)；其中G04、G08、G09、G10的FIs值偏离Hardy-Weinberg期望,达极显着水平(p<0.001)。Nm(基因流值)变化范围从G04的0.3863到G10的1.7854,平均值为0.8890。从FST和Nm值可知,FST值越大、Nm值越小,也即群体(品种间)分化程度越大、基因流值越小。通过分子方差分析得出我国新疆伊犁鹅与我国其它10个地方鹅品种间的FST值差异达到显着水平(P<0.05)。欧洲的莱茵鹅、朗德鹅与我国地方10个鹅品种(伊犁鹅除外)间的FST值差异达到极显着水平(P<0.01)。我国地方大型鹅品种与中、小型鹅之间的FST值差异达到显着水平(P<0.05)。从基因流值来看,皖西白鹅和雁鹅之间基因流值最大(Nm=9.554)；四川白鹅和雁鹅之间次之(Nm=7.947)；而朗德鹅和东北籽鹅之间基因流值最小(Nm=0.325)。莱茵鹅和朗德鹅两品种间遗传分化系数较小(FST=0.072);皖西白鹅和雁鹅间遗传分化程度最小(FST=0.026)。但总体来说,中国地方鹅品种间(除伊犁鹅外)群体遗传分化系数较小,说明中国家鹅的起源均受到了同一祖先的影响；中国鹅品种间的基因流值大于与外来鹅种间的基因流值,说明中国鹅种间相互迁移率更高。4.UPGMA和NJ法聚类均能把13个鹅群体在总体上分为两大类：中国鹅种(伊犁鹅除外)聚为一类,外来2个鹅种先聚后再与伊犁鹅聚为第二类。用Structure程序对13个鹅种的遗传结构进行分析,当K=2时,13个鹅种分成二类,其中伊犁鹅和欧洲鹅聚在一类；当K=3时,伊犁鹅仍和欧洲鹅聚在一类；中国其他鹅种中的浙东白鹅、长乐鹅、太湖鹅、皖西白鹅聚为一类,其除中国鹅聚为一类；当K=4、5时,浙东白鹅、长乐鹅、太湖鹅聚为一类,豁眼鹅、东北籽鹅、皖西白鹅聚为一类,四川鹅、雁鹅、溆浦鹅聚为一类,狮头鹅单独一类；当K=6时,伊犁鹅从欧洲鹅中分离出来,其除中国鹅种间聚类基本不变。此结果与UPGMA和NJ法聚类结果基本一致。5.选择11个品种79个个体的线粒体DNA COI基因序列中的681bp片段进行分析。结果表明：11个群体的Hd(单培型多样度)为0.6219±0.036；Pi(核苷酸多样度)为0.00120±0.00011；11个群体共有6种单倍型,且以H2和H3为主体单倍型,两者频率分别为51.9%和31.65%；而H4、H5和H6单倍型仅为一个个体的少数单倍型。采用Mega4软件进行多序列比对后发现,其中保守位点677个,可变位点4个,简约信息位点4个,单信息位点2个。群体内单倍型多样度(Hd)以莱茵鹅最高(0.8100±0.0169),其次为灰雁(0.7140±0.0151),伊犁鹅品种Hd为0。将中国地方家鹅品种间的Hd进行比较,皖西白鹅明显高于其它鹅品种。群体内核苷酸多样度(Dx/Dy)以菜茵鹅最高(0.00168),伊犁鹅最低为0。群体间核苷酸分歧度(Dxy)以鸿雁与中国鹅(伊犁鹅除外)间、灰雁与欧洲鹅及伊犁鹅间较小。群体间遗传分化指数(GST),以中国伊犁鹅与鸿雁的GsT遗传分化大于与灰雁的遗传分化程度；除伊犁鹅之外,中国地方鹅种群体间的GST相对较小,表明除伊犁鹅外的中国鹅间遗传关系更一致。6.对雁亚科32条COI基因序列的统计分析发现,4种碱基(T、C、A、G)的平均含量分别为23.8%、34.6%、24.9%、16.7%,嘌呤平均含量与嘧啶平均含量相近,说明序列碱基不存在明显的偏向性。31条雁亚科mtDNACoI基因序列中共检测到24种单倍型,作为外群的鹊雁亚科(Anseranatinae)的鹊鹅(magpie goose)形成一个独立的单倍型,所有物种Hd为0.9819；其中中国家鹅、鸿雁与下载鸿雁序列共享同一单倍型,伊犁鹅、欧洲鹅与灰雁共享同一单倍型。7.基于10对鹅微卫星引物分析结果显示：鸿雁与莱茵鹅的遗传分化程度最高,为0.386；莱茵鹅与朗德鹅、伊犁鹅的遗传距离较近,分别为0.1484和0.2099,还与灰雁的距离相对较近,分别为0.2850和0.3031；中国家鹅(除伊犁鹅外)与鸿雁的遗传距离较近,为0.1768。鸿雁、中国家鹅与朗德鹅间的遗传距离最大,分别为0.855和0.854；相应地,它们之间的品种分化时间也最早,达到了777.2年和776.1年。中国家鹅(除伊犁鹅外)与上述集合中的所有群体的遗传距离均较远,伊犁鹅与欧洲鹅的分化时间较晚于与中国家鹅的分化时间。聚类分析结果发现：鸿雁与中国家鹅聚为一类,莱茵鹅与朗德鹅先聚,再分别与伊犁鹅、灰雁聚为一类。每个分枝上都获得较高的支持率。综合研究结果表明：中国家鹅(除伊犁鹅外)起源于鸿雁,欧洲鹅(包括伊犁鹅)起源于灰雁。8.基于10对鹅微卫星引物对江苏省鹅种遗传基因研究结果表明,江苏省内鹅品种资源可以分为四大类型。一类是太湖鹅：包括苏州种鹅场的太湖鹅、南农大种鹅场的太湖鹅、以及盐城建湖的太湖鹅。第二类是四季鹅：包括句容和溧水二地的四季鹅,以及含有浙东白鹅和皖西白鹅血缘的洪泽鹅。第叁类是四川鹅：主要是引进饲养推广的四川白鹅,实际上常熟饲养的不是太湖鹅,而是引入的四川白鹅。第四类是扬州鹅：由于扬州鹅是通过引入四川白鹅等品种与太湖鹅杂交后选育的鹅种,所以遗传基因丰富,可以自成一体进行继续选育和推广。而豁眼鹅和狮头鹅至今仍游离于江苏养鹅业外。
张福平[9]2006年在《贵州四品系（群）矮脚鸡遗传多样性的研究》文中提出本研究采用6个蛋白(酶)位点和10个微卫星座位对100日龄贵州兴义矮脚黄羽、麻羽、黑羽和矮脚黄鸡四品系矮脚鸡(各50只)的遗传多样性进行研究，研究结果表明： (1) 所研究的6个蛋白(酶)位点，除Pa在矮脚黄鸡中为单态，在兴义矮脚鸡各群体为多态外，其余各位点在各群体中均表现多态，分别受2—3个等位基因控制。 (2) 四品系(群)矮脚鸡在10个微卫星座位上共检测到71个等位基因，各座位上等位基因数为5—10个，平均为7.100个。各群体在各座位上的等位基因频率变化范围为：0.0100—0.8085。其中，微卫星座位ADL0201的等位基因f、g和ADL0210上的e基因为dy群体所特有，而MCW0294座位上的a基因和MCW0104座位上的f基因为兴义矮脚鸡各群体所特有。 (3) 四品系(群)矮脚鸡均具有丰富的遗传多样性，尤其是兴义矮脚鸡虽经过多代选育，仍有较大的选择空间。 (4) 利用6个蛋白(酶)位点和10个微卫星位点所计算的四品系矮脚鸡群体的聚类图一致。 本研究丰富了我国地方鸡种基因库，同时为矮小型鸡的品种资源保护和开发利用提供了分子基础。
李显耀[10]2003年在《微卫星标记在蛋鸡品系鉴定中的应用研究》文中进行了进一步梳理本研究选用20个微卫星标记对上海X场、北京Y场2001年和2002年引进的H蛋鸡配套系祖代的各品系进行分析。通过计算遗传杂合度、多态信息含量、有效等位基因数、NEI氏遗传距离、采用非加权类平均法聚类和品系分配方法等方法，分析了品系内和品系间的遗传变异。结果显示： 各微卫星标记均表现不同程度的多态性，观察杂合度在ADL136的0.057到LEI228的0.662之间变动；同一标记在不同品系的等位基因数不完全相同，如LEI94在YA2001中有2个等位基因，在YC2002中有4个等位基因；各位点等位基因数在2-6之间变动；等位基因数相同的标记其等位基因频率也是不同的，如ADL136在YA2001和YB2001中有2个等位基因，每个品系每个等位基因的基因频率分别是0.315、0.685、0.259和0.741。标记MCW183、MCW67、ADL181、LEI94和ADL176的等位基因具有不同程度的品系特异性(特定的等位基因只出现在特定的品系)。 各品系的平均多态信息含量在XA2002的0.320到YD2002的0.389之间，各品系的观察杂合度的分布范围在YB2002的0.298到YD2002的0.417之间。C、D系具有比A、B系高的杂合度，A、B、C、D四系的平均杂合度分别为0.327、0.318、0.335、0.372。计算各品系间的遗传距离和遗传相似系数，A、B两品系之间的遗传距离小于0.04，遗传相似系数大于0.95；C、D两品系之间的遗传距离为0.01-0.2，只有少数大于0.2，遗传相似系数为0.8左右；A、B与C、D的遗传距离大于0.3，遗传相似系数小于0.75。A、B与C、D能够明显分开。利用分配方法对品系间的相似性进行分析，最高的分配率达到95.6％。 结果发现该四系配套的蛋鸡生产体系实为叁系配套，A、B应为一个品系，C、D应是两个不同的品系。A、B两品系间的遗传距离小于C、D两品系间的遗传距离。两祖代场两年引进的C、D系之间存有较大差异。 对用于品系鉴定的微卫星标记数目进行优化，最后选择杂合度高于平均杂合度的6个标记ADL172、ADL267、LEI194、MCW295、MCW34和LEI228即可达到品系鉴定的目的。
参考文献：
[1]. 利用微卫星标记对六个湖北省地方鸡群遗传多样性的研究[D]. 邓呈逊. 华中农业大学. 2005
[2]. 利用微卫星标记研究9个地方鸡种的遗传多样性[D]. 沈见成. 扬州大学. 2004
[3]. 边鸡遗传多样性及Myostatin基因对生长和繁殖性状的遗传效应研究[D]. 张跟喜. 扬州大学. 2010
[4]. 庄河大骨鸡群体遗传多样性分析[D]. 尚嵩洋. 沈阳农业大学. 2016
[5]. 利用微卫星标记分析山东地方鸡品种的遗传多样性[D]. 陈红菊. 山东农业大学. 2002
[6]. 利用微卫星标记分析不同鸡种的遗传变异[D]. 吴萍. 扬州大学. 2003
[7]. 中国家鸡和红色原鸡遗传多样性及亲缘关系分析[D]. 包文斌. 扬州大学. 2007
[8]. 中国地方鹅种遗传资源多样性与分类地位的研究[D]. 杜文兴. 南京农业大学. 2011
[9]. 贵州四品系（群）矮脚鸡遗传多样性的研究[D]. 张福平. 贵州大学. 2006
[10]. 微卫星标记在蛋鸡品系鉴定中的应用研究[D]. 李显耀. 中国农业大学. 2003
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