导读:本文包含了密码子偏好论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:密码子,基因,叶绿体,碱基,基因组,蛋白,康德。
密码子偏好论文文献综述
吴福平[1]（2019）在《文化基因RNA和密码子表》一文中研究指出近年以来，“文化基因”日渐成为热门词、热搜词。那么，文化基因如何解码？如何提炼出习总书记指示的中华民族“有别于其他民族的独特标识”？如何对中华民族文化基因开展分门别类的标识？这已经是摆在从事文化理论和实践工作者面前亟待解决的问题。文化基因究竟是什(本文来源于《台州日报》期刊2019-12-18）
赵春丽,彭丽云,王晓,陈家兰,王乐[2]（2019）在《苋菜AtGAI基因密码子偏好性与进化分析》一文中研究指出为明确苋菜AtGAI基因密码子的使用特性,采用CodonW、SPSS软件及EMBOSS在线程序分析苋菜AtGAI基因密码子的偏好性,通过中性绘图、ENc绘图和偏倚分析GAI基因密码子偏好性形成的可能原因。结果表明:1)苋菜AtGAI基因的有效密码子数(ENc)、密码子适应指数(CAI)和GC含量分别为50.75、0.195和41.91%,表明其密码子偏好性较弱,偏好使用A/T结尾的密码子;2)CDS序列及RSCU聚类分析表明,苋菜AtGAI基因与双子叶植物中石竹目含甜菜色素的植物偏好性最相近;3)密码子碱基成分和相关性分析发现,GAI基因的密码子偏好性主要受碱基突变的影响;4)密码子使用频率比较分析发现,酵母真核表达系统更适合苋菜AtGAI异源表达,模式植物拟南芥、烟草、番茄和甜菜均可做为苋菜AtGAI基因的遗传转化受体,其中甜菜是其最理想的遗传转化受体。突变压力是GAI基因密码子偏好性形成的主要因素,苋菜AtGAI基因外源表达和遗传转化时需要根据宿主基因偏好性进行密码子优化和改造。(本文来源于《中国农业大学学报》期刊2019年12期）
胡晓艳,许艳秋,韩有志,杜淑辉[3]（2019）在《酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性分析》一文中研究指出通过分析枣属植物酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性,探讨影响其密码子使用偏性形成的主要因素。结果表明:酸枣叶绿体基因组有效密码子数(N_(ec))为47.72,密码子使用偏性较弱;中性绘图分析和使用的有效密码子数绘图分析(N_(ec)-plot绘图分析)结果表明,酸枣叶绿体基因组密码子使用保守性较高,选择压力对密码子使用的影响较大;最优密码子分析确定UUU、GUA、UCA、ACA、AAU、AGA、GGG等7个密码子为最优密码子;奇偶偏差分析表明,密码子第3位碱基的使用存在偏好性,嘌呤的使用比嘧啶更频繁;基于同义密码子相对使用度的对应性分析表明,酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性的影响因素中GC含量影响最大,其他因素也有一定影响。酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性的影响因素中,来自外界的选择压力起主要作用,核苷酸组成和其他因素也发挥一定的作用。(本文来源于《森林与环境学报》期刊2019年06期）
郭一星,杨银龙,马玥,岳盈盈,宋楠楠[4]（2019）在《鼠疫耶尔森菌YopJ蛋白的基因密码子优化及异源表达纯化》一文中研究指出目的优化鼠疫耶尔森菌YopJ蛋白基因密码子并在大肠埃希菌中进行异源表达纯化。方法依据大肠埃希菌密码子偏好性对鼠疫耶尔森菌YopJ基因进行全基因序列优化,并设计引物。分别以密码子优化前后的鼠疫耶尔森菌YopJ蛋白的基因为模板,将包含YopJ(22aa-288aa)和YopJ(22aa-250aa)的基因片段连接到载体pGI01中。重组质粒转化到大肠埃希菌BL21菌株中,扩大培养后,IPTG诱导目的蛋白表达。提取大肠埃希菌表达蛋白并使用镍离子柱进行纯化。结果鼠疫耶尔森菌YopJ密码子优化前YopJ(22aa-288aa)及YopJ(22aa-250aa)在大肠埃希菌内表达水平较低,密码子优化后YopJ(22aa-288aa)及YopJ(22aa-250aa)在大肠埃希菌内大量表达可溶性YopJ蛋白。结论对鼠疫耶尔森菌YopJ蛋白进行基因密码子优化能够提高其在大肠埃希菌内的表达量。获得的鼠疫耶尔森菌YopJ蛋白具有可溶性,为进一步研究其结构和功能奠定了基础。(本文来源于《中国病原生物学杂志》期刊2019年09期）
郭静,韩冰,侯鸾鸾,冯方波[5]（2019）在《精神分裂症患者MBL基因ExonI 54位密码子点突变频率与血清水平的研究》一文中研究指出目的探讨精神分裂症患者血清MBL水平与基因突变的相关性,了解MBL在患者免疫病理机制中的作用。方法应用ELISA法检测血清MBL水平;利用PCR产物直接测序的方法检测MBL基因外显子Ⅰ第54位密码子(MBL-54)的点突变频率。结果精神分裂症患者血清MBL水平(1367.218±1277.429ng/mL)明显低于对照组(1987.781±976.748ng/mL)(t=2.888,P=0.047)。MBL-54基因型GGC/GGC突变频率(55.77%)低于对照组(69.23%)(χ~2=2.010,P=0.224);GGC/GAC型突变频率(42.31%)高于对照组的(28.85%)(χ~2=2.298,P=0.315);GGC/GAC型的患者血清MBL水平(1034.52±529.72ng/mL)明显低于对照组(2195.81±1275.38ng/mL)(t=3.336,P=0.0039)。结论精神分裂症患者血清低水平的MBL可能与MBL-54基因型GGC/GGC突变率减低,GGC/GAC突变率升高的综合作用相关,MBL可能是患者体内CIC滞留或清除障碍的分子机制之一。(本文来源于《标记免疫分析与临床》期刊2019年09期）
冯书燕,陈辉龙,李强,王丽霞,张伟萌[6]（2019）在《甘蓝型油菜NBS-LRR基因家族的鉴定及密码子偏好性分析》一文中研究指出NBS-LRR(nucleotide binding site and leucine rich repeat)是庞大且复杂的基因家族,对植物的抗病性具有非常重要的作用。为深入了解甘蓝型油菜NBS-LRR基因家族,合理开发利用基因资源,对甘蓝型油菜(Brassica napus L.)及相关物种的NBS-LRR基因进行了生物信息学分析,包括基因家族鉴定、系统进化分析、保守基序、基因结构、染色体定位以及密码子偏好性分析等。以拟南芥为参考,在甘蓝型油菜中鉴定到463个NBS-LRR基因家族成员,根据结构域将其分成TIR-NBS-LRR和CC-NBS-LRR两类,再分别细分为4和8个亚组。19条染色体均有NBS-LRR基因,其中ChrC09上分布最多,达到53个;NBS-LRR基因以基因簇形式存在居多,可推测抗病基因NBSLRR发生了大规模片段复制。分析5个物种(甘蓝、白菜、甘蓝型油菜、水稻和拟南芥)的NBS-LRR家族基因密码子偏好性,结果发现,甘蓝型油菜抗病基因有效密码子数范围与甘蓝(B. oleracea L.)更加相近。然后进一步对甘蓝型油菜和白菜(B. rapa L.)与甘蓝的共线直系同源关系进行偏好性分析,并获得相同发现,推测甘蓝型油菜可能和甘蓝在抗病基因密码子的使用偏好上更为相似。(本文来源于《中国油料作物学报》期刊2019年06期）
杨云彭,马晓焉,霍毅欣[7]（2019）在《密码子优化策略在异源蛋白表达中的应用》一文中研究指出酶在医疗和生物药物方面有着广泛的应用,不仅可以用来治疗各种疾病,还在临床诊断和人体健康等方面有着重要的影响。利用微生物来表达异源蛋白已经成为获取酶最简单快速的方法。为获得高浓度和高质量的异源蛋白,常用的方法是对基因序列进行密码子优化。传统的密码子优化策略主要基于密码子偏好性和GC含量,忽略了翻译动力学和代谢水平等复杂多样的变化因素。文中从基因水平、转录水平、翻译水平、翻译后水平以及代谢水平等多方面考虑出发,提供了一个较为全面的密码子优化策略,主要包括密码子偏好性、密码子协调性、密码子敏感性、调整基因序列结构以及一些其他影响因素。同时对每种策略的内容、理论支持以及应用范围等方面作了全面的总结,并将各策略的优缺点进行了系统的比较,为异源蛋白表达提供了全方位、多层次、多选择的优化策略,也为酶工业和生物药物等方面提供参考。(本文来源于《生物工程学报》期刊2019年12期）
胡振民,万青,李欢,李荣林,王枫[8]（2019）在《茶树CsNRT1.1基因密码子使用特性分析》一文中研究指出运用CUSP、Condow等程序对茶树CsNRT1.1基因、茶树基因组及不同物种NRT1.1基因进行密码子使用特性分析,并比较了CsNRT1.1基因与不同模式物种密码子使用偏好性差异。结果显示,茶树CsNRT1.1基因编码区偏好使用A/U,密码子结尾偏好使用G/C,RSCU值>1的偏好性密码子有26个,其中偏好性较强的只有AGG(RSCU>2),并偏好以G/C结尾;CsNRT1.1基因和茶树基因组中密码子偏好性存在差异,共计25个密码子使用偏好性存在明显差异,5个氨基酸密码子偏好性完全一致;CsNRT1.1等少数NRT1.1基因的ENc值较高,CAI、CBI值较低,说明其密码子使用偏好性较低,同时基因表达水平可能较低;CsNRT1.1基因与双子叶植物拟南芥、烟草及酵母菌密码子偏好性差异较小;对NRT1.1基因基于编码基因序列(CDS)组成和基于密码子偏性的聚类分析结果存在一定差异,但在一定程度上都能反映物种间的亲缘关系。(本文来源于《江苏农业学报》期刊2019年04期）
曹广勇,张志勇,张志伟,陈淑吟,祝斐[9]（2019）在《黑鲷、真鲷及其杂交子代基因编码区微卫星序列及密码子偏好性分析》一文中研究指出本研究采用生物信息学方法分析比较了黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区(Coding sequence.CDS)中微卫星序列(简单重复序列.SSR)的分布规律及密码子偏好性。结果表明:(1)黑鲷、真鲷及其两种杂交子代微卫星序列均以叁碱基重复类型为主,其次为二碱基重复,片段长度大多数在12—20bp之间。(2)黑鲷与反交(黑鲷♀×真鲷♂)在叁、五碱基中优势基元类型相同,真鲷与正交(真鲷♀×黑鲷♂)在叁碱基中优势基元类型相同,而黑鲷与正交在四碱基中优势基元类型相同。(3) UUC、UAC等28个密码子为黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区的偏好性密码子,偏爱使用以C或G结尾的密码子,且第叁位密码子碱基的GC含量(GC3s)均高于基因编码区平均GC含量。(4)真鲷与正交的密码子使用的偏好性相似,一定程度上说明黑鲷、真鲷杂交子代偏母系遗传。分析结果将为研究鲷科鱼类微卫星标记、研究其群体遗传多样性、构建转基因表达系统和开展分子遗传育种提供理论基础。(本文来源于《海洋与湖沼》期刊2019年05期）
王婧,王天翼,王罗云,张建国,曾艳飞[10]（2019）在《沙枣叶绿体全基因组序列及其使用密码子偏性分析》一文中研究指出该研究以2株野生沙枣(Elaeagnus angustifolia Linn.)嫩枝经温室水培后的嫩叶为材料,采用CTAB法分别提取总DNA,并利用第二代测序技术进行总DNA从头测序,组装后得到2株沙枣叶绿体基因组全序列,并详细分析了其蛋白质编码基因密码子使用的偏好性及其原因,为沙枣叶绿体基因工程和分子系统进化等研究奠定基础。结果显示:(1)组装得到沙枣叶绿体基因组序列全长150 546 bp,由长度为81 113 bp的长单拷贝(LSC)区域和25 494 bp的短单拷贝(SSC)区域,以及1对分隔开它们的长18 445 bp的反向重复序列(IRS)组成;注释共得到132个基因,包括86个蛋白编码基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因。(2)沙枣叶绿体基因组蛋白编码基因密码子的第叁位碱基GC含量(GC_3)为28.47%,明显低于整个叶绿体基因组GC含量(37%),也低于第一位(GC_1)和第二位(GC_2)碱基的GC含量,说明密码子对AT碱基结尾有偏好性;其中, UCU、CCU、UGU、GCU、CUU、GAU、UCA和UAA为最优密码子。(3)同义密码子相对使用频率(RSCU)分析发现,影响密码子使用模式的因素并不单一,密码子的偏好性受到突变、选择及其他因素的共同影响,并且自然选择表达引起的序列差异比突变对密码子偏好性的影响要显着;中性绘图分析、有效密码子数(ENC-plot)分析和奇偶偏好性(PR2-plot)分析表明,沙枣叶绿体基因组使用密码子的偏性受选择的影响更大。(4)通过最大似然法、最大简约法和贝叶斯方法对胡颓子科6个物种和1个枣的叶绿体基因序列构建系统发育树,与它们使用密码子偏性聚类的结果一致,表明叶绿体基因组使用密码子偏性与物种的亲缘关系相关。(本文来源于《西北植物学报》期刊2019年09期）
密码子偏好论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
为明确苋菜AtGAI基因密码子的使用特性,采用CodonW、SPSS软件及EMBOSS在线程序分析苋菜AtGAI基因密码子的偏好性,通过中性绘图、ENc绘图和偏倚分析GAI基因密码子偏好性形成的可能原因。结果表明:1)苋菜AtGAI基因的有效密码子数(ENc)、密码子适应指数(CAI)和GC含量分别为50.75、0.195和41.91%,表明其密码子偏好性较弱,偏好使用A/T结尾的密码子;2)CDS序列及RSCU聚类分析表明,苋菜AtGAI基因与双子叶植物中石竹目含甜菜色素的植物偏好性最相近;3)密码子碱基成分和相关性分析发现,GAI基因的密码子偏好性主要受碱基突变的影响;4)密码子使用频率比较分析发现,酵母真核表达系统更适合苋菜AtGAI异源表达,模式植物拟南芥、烟草、番茄和甜菜均可做为苋菜AtGAI基因的遗传转化受体,其中甜菜是其最理想的遗传转化受体。突变压力是GAI基因密码子偏好性形成的主要因素,苋菜AtGAI基因外源表达和遗传转化时需要根据宿主基因偏好性进行密码子优化和改造。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
密码子偏好论文参考文献
[1].吴福平.文化基因RNA和密码子表[N].台州日报.2019
[2].赵春丽,彭丽云,王晓,陈家兰,王乐.苋菜AtGAI基因密码子偏好性与进化分析[J].中国农业大学学报.2019
[3].胡晓艳,许艳秋,韩有志,杜淑辉.酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性分析[J].森林与环境学报.2019
[4].郭一星,杨银龙,马玥,岳盈盈,宋楠楠.鼠疫耶尔森菌YopJ蛋白的基因密码子优化及异源表达纯化[J].中国病原生物学杂志.2019
[5].郭静,韩冰,侯鸾鸾,冯方波.精神分裂症患者MBL基因ExonI54位密码子点突变频率与血清水平的研究[J].标记免疫分析与临床.2019
[6].冯书燕,陈辉龙,李强,王丽霞,张伟萌.甘蓝型油菜NBS-LRR基因家族的鉴定及密码子偏好性分析[J].中国油料作物学报.2019
[7].杨云彭,马晓焉,霍毅欣.密码子优化策略在异源蛋白表达中的应用[J].生物工程学报.2019
[8].胡振民,万青,李欢,李荣林,王枫.茶树CsNRT1.1基因密码子使用特性分析[J].江苏农业学报.2019
[9].曹广勇,张志勇,张志伟,陈淑吟,祝斐.黑鲷、真鲷及其杂交子代基因编码区微卫星序列及密码子偏好性分析[J].海洋与湖沼.2019
[10].王婧,王天翼,王罗云,张建国,曾艳飞.沙枣叶绿体全基因组序列及其使用密码子偏性分析[J].西北植物学报.2019
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