苹果Trihelix转录因子家族生物信息学鉴定与基因表达分析

论文摘要

利用生物信息学方法在苹果全基因组中鉴定了Trihelix转录因子基因,对基因结构、染色体的定位,以及其对应蛋白的理化性质、保守基序和进化关系等进行了分析;同时基于基因芯片表达数据和q RT-PCR分析,明确了苹果Trihelix在不同组织和逆境胁迫下的差异表达情况。通过分析,共鉴定得到了39个苹果Trihelix转录因子,其蛋白质的大小介于227～917 aa,分子量介于25.751～101.294 k D,等电点介于4.78～9.80。根据进化关系将其分为5个亚族,分别为GT-1、GT-2、GTγ、SIP1和SH4,亚族内部分成员的基因结构相似。基于MEME程序分析苹果Trihelix转录因子家族的保守基序与聚类分析结果具有较高的一致性。启动子上游1kb区域顺式作用元件分析表明Md Trihelix1、Md Trihelix19在CGTCA-motif上,Md Trihelix6、Md Trihelix13在ABRE上,Md Trihelix2、Md Trihelix7、Md Trihelix14和Md Trihelix16在GT1-motif上的响应均较高。基因芯片表达发现,Trihelix38、Trihelix14、Trihelix9和Trihelix11在花、果实、叶、茎、根、种子和幼苗中几乎不表达,其余35个基因在多种组织中均存在一定水平的表达,对花和果实表达上调的基因中除Trihelix36属于GT-1亚家族外,其余都属于GT-2亚家族和SIP1亚家族成员。通过q RT-PCR分析,检测到33个Md Trihelix在响应逆境胁迫应答方面表现出多样性。

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类型: 期刊论文

作者: 王萍,卢世雄,梁国平,马宗桓,李文芳,毛娟,陈佰鸿

关键词: 苹果,转录因子家族,生物信息学,表达分析

来源: 园艺学报 2019年11期

年度: 2019

分类: 农业科技

专业: 园艺

单位: 甘肃农业大学园艺学院

基金: 甘肃省科技重大专项(18ZD2NA006),国家自然科学基金项目(31860530)

分类号: S661.1

DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2019-0046

页码: 2082-2098

总页数: 17

文件大小: 2323K

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标签：苹果论文;  转录因子家族论文;  生物信息学论文;  表达分析论文;