人H7N9流感病毒密码子偏爱性及聚类分析

论文摘要

目的分析2013年以来人H7N9流感病毒密码子使用偏爱性及其影响因素,并基于此分析人H7N9流感病毒之间的进化关系。方法以人H7N9流感病毒的12条蛋白的编码序列为材料,利用CUSP、CodonW、Sigma plot和SPSS等软件对其密码子偏爱性进行统计分析。结果人H7N9流感病毒的各蛋白编码序列的ENC值在47.75-57.37之间,RSCU>1且以A/U结尾的密码子占66.6%。中性绘图、ENC绘图及PR2奇偶绘图分析表明,密码子的偏爱性主要受自然选择的影响。基于密码子偏爱性的聚类分析显示,人H7N9流感病毒的HA、NA、M、PB2、NP等密码子的偏爱性在2016或2017年后发生了较大改变。结论人H7N9偏爱使用A/U结尾的密码子,其偏爱性主要受自然选择压力的影响。2016年以来多种蛋白的密码子偏爱性陆续发生变化,因此需进一步加强对人H7N9流感病毒的监控。

论文目录

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 魏雪玲,田明明,刘奇

关键词: 密码子偏性,突变

来源: 中国病原生物学杂志 2019年08期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,基础医学

单位: 云南省昆虫生物医药研发重点实验室,大理大学基础医学院病原生物学综合实验室

基金: 国家自然科学基金项目(No.81703573,81660337),大理大学创新团队(No.ZKLX2019105)

分类号: R373.13

DOI: 10.13350/j.cjpb.190804

页码: 879-885

总页数: 7

文件大小: 1187K

下载量: 121

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