利用WGCNA鉴定非生物胁迫相关基因共表达网络

论文摘要

加权共表达网络分析（Weighted Gene Co-expression Network Analysis, WGCNA）是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法,可以用来鉴定高度协同变化的基因集。本研究利用正常水稻组织共47份转录组数据,通过冷胁迫、干旱胁迫、盐胁迫不同的处理方式,使用WGCNA方法,根据已克隆基因的报道与以上3种胁迫相关的关键基因,探究不同逆境下基因之间的调控关系。通过对低表达量基因的过滤,最终利用筛选的30,339个表达的基因来构建共表达矩阵,得到15个模块。分析发现已知的水稻3种相关基因在各个模块均有存在,于是对预测到的靶基因进行GO富集分析。对3种胁迫下处理的转录组数据进行差异表达基因分析,结合已报道与胁迫相关的基因,选取各胁迫相关的2个模块进行了基因调控网络的构建。鉴于3种胁迫相关基因在green模块中大量分布,通过对green模块下各自特有的基因和共有的基因的GO功能富集分析,并对共有的基因构建调控网络,挖掘到2599个与3种胁迫都相关的基因,并预测出25个抗逆相关的关键基因,为水稻的抗逆及综合抗逆能力等研究提供了新思路。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 李旭凯,李任建,张宝俊

关键词: 水稻,干旱胁迫,冷胁迫,盐胁迫,权重基因共表达网络

来源: 作物学报 2019年09期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学

单位: 山西农业大学生命科学学院,山西农业大学农学院

基金: 山西省优秀博士来晋工作奖励资金科研项目(SXYBKY201738),山西农业大学科技创新基金项目(2017YJ27),山西省研究生教育创新项目(2018BY066)资助~~

分类号: Q945.78;Q943.2

页码: 1349-1364

总页数: 16

文件大小: 2424K

下载量: 1023

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