导读:本文包含了特征引物论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:南疆沙蜥,基因组,微卫星,分布
特征引物论文文献综述
宋琪,郭宪光,陈达丽[1]（2019）在《基于454 GS FLX高通量测序的南疆沙蜥微卫星特征分析及其候选引物设计》一文中研究指出南疆沙蜥Phrynocephalus forsythii是我国特有的一种小型爬行动物,分布于塔里木盆地。利用Roche 454 GS FLX高通量测序对该物种基因组测序,获得了55 909条高质量序列。利用Krait搜索并初步统计和分析基因组微卫星序列,共得到1～6个碱基重复类型的完美型微卫星12 109个。不同类型微卫星中,四碱基重复类型数目最多,有4 037个,约占总数的33.34%,其次是二碱基,约占总数的28.09%,再是叁碱基、单碱基、五碱基和六碱基,分别约占总数的18.72%、13.91%、4.48%和1.46%。单碱基微卫星中C最多,二碱基微卫星中AC最多,叁碱基、四碱基、五碱基和六碱基中最多的分别是AAC、AAAT、AAAAT和AACCCT。AC、AAAT、C、AG、A、AAC、AAT、AAAC、ACC和ACG是数量最多的10种重复拷贝类别。挑选部分叁、四碱基重复类型的微卫星序列设计了100对可用于后续对南疆沙蜥微卫星标记开发的候选引物。本研究开启了对南疆沙蜥基因组微卫星特征的了解,为利用微卫星标记研究南疆沙蜥种群遗传结构奠定了基础。(本文来源于《四川动物》期刊2019年05期）
郝广婧,祁银燕,张得芳,朱春云[2]（2019）在《基于转录组的黑果枸杞SSR分布特征分析及引物设计》一文中研究指出为了全面了解独特、珍稀植物黑果枸杞果实中简单重复序列的分布特征及分布规律,为西北特有的珍稀种质资源的保存及合理的开发和利用提供遗传学和分子生物学理论依据,本研究利用Illumina Hi Seq TM4000高通量测序平台对黑果枸杞进行RNA-seq测序,再通过专业数据分析MISA对测序所获得的Unigene进行SSR深入挖掘和特征分析。结果显示,黑果枸杞转录组测序共获得101 466条Unigenes,筛选搜索到含SSR位点的序列15 494条,共得到20 269个SSR,发生频率为19.98%。平均约每4 kb出现1个SSR位点。黑果枸杞SSR中主要重复单元类型为单碱基和二碱基重复,分别占SSR总数的74.83%和12.68%,在统计的46种重复类型中(C/G)n所占比例最高(14 652, 72.15%),其次是(AG/CT)n(1 195, 5.90%)、(AT/AT)n(3.72%)和(AC/GT)n(3.04%)。在SSR序列长度方面,长度变化范围最大的为叁碱基重复(15～39 bp),其次是单碱基重复(10～32 bp),SSR位点的频率与分布长度呈负相关。黑果枸杞转录组中SSR位点分布频率较高,重复单元类型丰富,分布密度大,具有较高的特异性和多态性,为研究黑果枸杞的遗传多样性及分子标记辅助育种等方面提供可靠的理论依据。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年13期）
李昕蔓,金卓颖,苏安然,杨林夕,苏晟[3]（2019）在《白皮松EST-SSR序列分布特征及引物开发》一文中研究指出为解决白皮松分子标记资源相对匮乏的问题,对其针叶转录组测序结果进行检测分析及引物开发,结果在针叶转录组数据中共检测到精确型SSR位点3 268个以及复合型SSR位点104个,序列长度为10～27 bp的短序列(2 954,93.36%)占主导地位;SSR重复单元的重复次数在4～30次之间,重复次数为9次的重复单元数量最多,所占比例最大(684,20.93%);在所有142个重复单元中,A/T所占比例最大(1 508,46.14%),其次为AT/CA(280,8.57%)和TA/TC(245,7.50%);从所设计的1 151对引物中,随机选择60对EST-SSR引物,对来自不同地区的50株白皮松优树进行PCR扩增,有28对引物能扩增出清晰的条带,有效扩增率为46.67%,其中多态性引物2对,引物多态率为7.14%,多态性信息含量PIC分别为0.375、0.305。为了检验引物的多态性,又选择了7对已发表的对白皮松基因型具有多态性的SSR引物进行验证分析,结果发现,这7对引物均能扩增出清晰的条带,但对50株白皮松优树均无多态性,也侧面说明了白皮松基因序列的相对保守性。该研究结果为白皮松种质资源评价、分子标记辅助育种等方面的研究提供了参考。(本文来源于《林业与生态科学》期刊2019年03期）
龚记熠,刘欢,张习敏,孙威,李菲[4]（2018）在《杜鹃花属序列中微卫星位点特征分析和引物开发》一文中研究指出杜鹃是杜鹃花科(Ericaceae)杜鹃花属(Rhododendron spp.)的灌木植物。野生种质资源主要分部于我国四川、云南、贵州及长江流域各省,中国北方的大兴安岭、小兴安岭地区等也有分布。中国的杜鹃种类约占全世界种类的70%。杜鹃花是重要的花卉植物,也兼有保健食品、化妆品、药物开发及生物研究等价值。SSR标记是植物品种鉴定中最广泛使用的理想分子标记。在杜鹃花种质资源的系统分类、品种资源搜集、整理等方面,相关的研究还比较欠缺。杜鹃花属内种类繁多,至今在系统划分和某些种类的归属上仍然众说纷纭。我们鉴定了NCBI数据库公开杜鹃花属基因组序列的SSR序列位点;分析了杜鹃花属基因组序列中SSR位点的基序、重复数、碱基组成的特征;并设计了1 643对杜鹃花属SSR扩增引物。本研究是第一个杜鹃花属基因组序列SSR位点特征系统分析的尝试。本研究设计的SSR引物可满足所有常见杜鹃花品系的遗传关系分析,对促进杜鹃花野生种质资源保护、新品种培育,具有重要的意义。(本文来源于《分子植物育种》期刊2018年22期）
毛俐慧,刘建新,丁华侨,徐笑寒,田丹青[5]（2018）在《姜荷花全长转录组微卫星特征分析和引物设计》一文中研究指出为利用微卫星分子标记技术研究姜荷花品种的遗传多样性和分子调控机制,本研究以前期高通量测序结果为基础,用MISA软件发掘和分析了所获得的转录组数据的SSR位点,为后续研究提供重要的基础。获得的19 902个SSR位点存在于15 891条序列中。获得的unigene数为64 471条,共132 833 884 bp,平均每2.06 kb出现一个SSR,出现多个SSR的序列有3 155个。姜荷花‘清迈粉’转录组微卫星中存在97种重复基元,其中(A/T)n占比例最高,约占43.6%;其中单核苷酸和叁核苷酸重复相对出现较多。大部分为长度在20 bp以下的短重复片段,20 bp以上(包括20 bp)的仅占总数的23.19%,微卫星出现频率与片段长度呈负相关。设计了50对相对更有可能出现多态性的微卫星引物以供进一步研究使用。本研究为探索姜荷花各品种的遗传多样性和重要形状基因关联及定位提供了重要的基础数据,也为该属其他观赏物种的微卫星分子标记相关研究提供了理论依据。(本文来源于《分子植物育种》期刊2018年22期）
黄耀辉,张超,周莉花,赵宏波[6]（2017）在《基于转录组序列的夏蜡梅SSR位点特征与引物开发》一文中研究指出夏蜡梅Sinocalycanthus chinensis是中国二级濒危植物。为了开发基于夏蜡梅转录组序列的表达序列标签SSR(EST-SSRs)引物,从夏蜡梅转录组数据库组装的125 014条unigene序列中检测到26 564个简单重复序列(SSRs),平均密度为5.18 kb,最丰富的类型是2碱基重复、单碱基重复和3碱基重复,分别占总SSRs的42.43%,29.50%和23.25%,其中主导类型是(AG/CT)_n。利用L_(16)(4~5)正交试验获得夏蜡梅的最优简单重复序列-聚合酶链式反应(SSR-PCR)体系:20.0μL含Taq酶0.6 U(1 U=16.67 nkat),镁离子(Mg2+)1.50 mmol·L~(-1),叁磷酸碱基脱氧核苷酸(d NTP)0.25 mmol·L~(-1),引物0.20μmol·L~(-1),DNA 75 ng。针对所有EST-SSRs共设计出15 585对符合要求的引物,随机选择了220对进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,其中120对(54.55%)成功扩增出产物,14对在不同种群个体中扩增出多态,平均扩增等位基因数为2.64,7对在同一种群个体中扩增出多态。这些多态引物的开发可为夏蜡梅的遗传分析提供更丰富的标记。(本文来源于《浙江农林大学学报》期刊2017年04期）
殷亚茹[7]（2017）在《杨树和柳树微卫星特征分析及通用引物开发》一文中研究指出微卫星(SSR)具有共显性、多态性高、易检测等优点,是一种广泛应用的分子标记技术。本研究以杨树和柳树的基因组为研究对象,对柳树全基因组SSR标记进行开发,为柳树的分类、遗传多样性和进化研究提供了丰富的资源。结合杨树全基因组SSR标记,分别对杨、柳的旁系同源基因和直系同源基因上的SSR标记序列进行分析,揭示杨、柳分化后基因组的进化趋势。另外,通过已发表的杨树SSR引物数据库寻找杨、柳基因组的通用引物,为建立杨、柳大遗传系统奠定基础。主要研究结果如下:1.簸箕柳全基因组共检索到完全微卫星109972个,平均4799bp出现一个完全微卫星,在基因间隔区、内含子区、外显子区和UTR区微卫星出现的频率分别为:72.8%、19.2%、4.2%和3.8%。对不同类型的微卫星的出现频率进行统计发现:重复单元长度越长,其微卫星含量越少,而重复单元越短的微卫星,获得重复单元的速度越快。在柳树基因组中,不同类型微卫星出现的频率并不是随机的,其GC含量与功能具有显着性相关。2.将全基因组分为174个窗口,通过划窗的方法,利用泊松分布检验Exonic_SSR在柳树基因组中的分布情况。结果显示67个窗口内的SSR分布密集,27个窗口内的SSR分布稀疏。SSR分布密集和稀疏的染色体体分别为16号和11号。但密集窗口的总碱基数只占全基因组的11%,而分散窗口的总碱基数达到基因组的55%,由此可见,Exonic_SSR在基因组中并不是均匀分布的,在基因组同源片段中Exonic_SSR大量变异。利用primer3软件对柳树基因区的SSR进行引物设计,为柳树的进化、分类和遗传多样性研究提供了丰富的资源。3.分别对杨树和柳树旁系同源基因中的SSR标记进行比较分析,发现杨树和柳树的旁系同源基因主要来源于杨柳科全基因组复制事件,在进化过程中柳树较杨树丢失了更多的基因,SSR的变异幅度也较大,说明杨树和柳树分化之后,杨树的基因组较柳树的基因组稳定。4.对杨树和柳树直系同源基因内的SSR序列进行比较,发现超过50%的SSR只在一个物种中存在。对这些SSR重复单元进行分析,发现A/T组成的重复单元居多,这与杨柳基因组及CDS区SSR的特点一致。二者GC含量平均值均为0.22,低于杨树和柳树CDS区域中SSR位点的GC含量,因此,直系同源基因中的微卫星不稳定,将导致同源基因继续分化。5.通过对毛果杨SSR引物数据库和簸箕柳基因组序列进行BlastN比对,获得杨柳的通用引物8462对。根据引物的对应的序列类型将引物分为叁类:(1)通用引物对应的柳树序列中不存在SSR;(2)通用引物对应的柳树序列中存在SSR,且与杨树SSR重复序列一致;(3)通用引物对应的柳树序列中存在SSR,但与杨树SSR重复序列不同。随机选取40对引物在24个簸箕柳自然群体中进行PCR扩增,其中36对引物(90%)扩增成功,结果表明杨树的SSR引物在柳树中具有很高的通用性。对含有SSR序列的第二类和第叁类引物进行PIC多态性检验,其中22对(29,75.8%)引物具有多态性,平均PIC分别为30.00%和39.80%,平均每对SSR引物检测到3.42和3个等位基因,每个SSR引物可检测到的等位基因数目为2~7和1~4个不等,共检测出了71个等位基因。(本文来源于《南京林业大学》期刊2017-06-01）
肖京[8]（2014）在《枣基因组SSR位点特征分析及引物开发》一文中研究指出枣（Ziziphus jujuba Mill.）是我国特色果树树种之一，具有重要的经济价值。SSR（Simple Sequence Repeats，简单重复序列）是指基因组中存在的1-6个核苷酸的简单串联重复序列，是基因组的重要组成部分，了解其分布及特征有助于解释物种基因组的构成与进化；同时，SSR引物的开发可为物种的遗传多样性分析、品种鉴定及分子育种提供参考。本试验首先对课题组测序获得的枣基因组数据进行SSR位点搜索，分析枣基因组SSR位点的分布特征，并使用相同搜索标准与苹果、梨、葡萄等近缘物种基因组SSR位点进行比较；然后，根据搜索出的SSR位点批量设计引物，先用6个品种进行多态性引物初筛，再在20个枣品种中验证其多态性，同时在被子植物不同科的物种间检测枣SSR引物的通用性。主要结果如下：1、在3027条枣基因组的scaffold序列中（占枣预测基因组大小90.00%），利用MISA软件搜索SSR位点，发现2144条含有SSR位点，占序列条数的70.83%。共检测出436676个SSR位点，平均每0.93kb就出现1个SSR位点，且以完全重复型SSR为主（401456个）。进一步分析发现，枣基因组的SSR位点存在480种重复基元类型，占主要地位的是单至叁核苷酸重复类型。以单核苷酸SSR位点数量最多（283301个）；其次是二核苷酸和叁核苷酸（106537个和38168个）；四、五、六核苷酸重复类型的SSR位点数量很少，叁者共占全部SSR位点的3.84%。2、枣基因组SSR位点中，单核苷酸以A/T重复基元为主，比例高达98.48%；二核苷酸中主导的重复基元类型为AT/AT，比例为74.33%；叁核苷酸中的优势基元类型为AAT/ATT，比例为64.17%；四、五、六核苷酸重复的优势基元类型分别为AAAT/ATTT、AAAAT/ATTTT、AAAAAG/CTTTTT。3、在相同搜索参数下，对枣、苹果、梨、桃、草莓、梅花、桑树等已测序蔷薇目植物和葡萄基因组中SSR位点分布进行比较，发现枣基因组中SSR位点的密度最大，达到了387个/Mb。4、利用Primer3.0软件对枣SSR位点引物进行批量设计，成功设计了78928对引物，占SSR位点总数（除单核苷酸重复类型外的SSR位点总数，153375个）的51.46%，经过筛选后得到30565对引物。其中，以二核苷酸和叁核苷酸重复类型为主，比例分别为81.48%和13.39%。5、利用6个品种对随机挑选的1000对引物进行筛选，得到有效扩增引物725对，多态性引物511对，其中包括243对二核苷酸重复SSR引物和232对叁核苷酸类型引物。6、随机挑选16对枣SSR引物对20个枣品种进行分析，共扩增出了68条多态条带，平均每对引物扩增4.25个多态性片段，引物的PIC值在0.51-0.72之间，平均为0.61，均为高效率引物。7、随机挑选了64对枣SSR引物对8个科的15种植物进行分析。统计分析35对多态性引物，共扩增出了107条多态性条带，每对引物平均扩增出3.06个多态性片段，PIC值的范围是0.20-0.70，平均为0.48。证明枣多态性SSR引物在不同物种间有一定通用性。8、利用SSR结果对8个科的15种植物进行聚类分析，结果表明枣（酸枣）和蔷薇科植物亲缘关系较近。(本文来源于《河北农业大学》期刊2014-06-04）
谭春敏[9]（2014）在《藏羚羊基因组微卫星特征分析与引物验证》一文中研究指出藏羚羊全基因组序列公布后，充分研究和获取基因组微卫星序列的数据特征以及从全基因组序列中查找具有多态性的微卫星座位，开发准确高效的微卫星引物，对藏羚羊及近缘物种的保护遗传学研究具有重要意义。本研究以藏羚羊基因组数据库为基础，利用MISA软件对藏羚羊基因组进行微卫星分离，分析研究藏羚羊核基因组DNA中微卫星分布情况和特征。同时结合引物设计软件Primer3.0自动设计生成微卫星引物，设定相关随机抽取的参考标准，抽取部分引物，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检测筛选具有多态性的微卫星位点，进而通过毛细管凝胶电泳检测验证引物多态性是否一致。研究结果如下：1、以2696.89Mb的藏羚羊全基因组数据库为基础，共查找到723135个微卫星座位，其中完全型微卫星有675809个。2、在六种微卫星重复类型中，单核苷酸有471142个占69.72%，是比重最多的一类微卫星；其次是二核苷酸、叁核苷酸，分别为88832个和86658个，占总数的13.14%和12.82%；六核苷酸含量最少，仅215个，约占0.03%。其中，单核苷酸、四核苷酸、五核苷酸以及六核苷酸中A/T重复单元比较丰富；二核苷酸重复类型中，最常见的是AC/GT重复单元，其次是AT/TA重复单元，而GC/CG重复单元数量最少；叁核苷酸中，AGC/GTC数量最多，其次是ACG/CTG和AAC/GTT，而CCG/CGG数量最少。3、从自动设计的46286对微卫星引物，随机抽选100对藏羚羊微卫星引物，共获得8对具有多态性的微卫星引物。(本文来源于《青海师范大学》期刊2014-05-01）
徐海滨,钱俊,汪波,孙超,谢丽芳[10]（2013）在《丹参基因组SSR位点的特征分析及引物开发》一文中研究指出丹参为唇形科鼠尾草属多年生落叶开花植物,以根与根茎部位入药,广泛用于多种疾病的治疗。本研究采用生物信息学方法,从丹参基因组框架图序列中发掘出4 832个长度超过40 bp的基因组SSR位点。结果表明,二核苷酸重复基元和叁核苷酸重复基元是构成丹参基因组SSR位点的主要类型,分别占全部SSR位点总数的37.3%和61.3%。此外,富含A/T碱基的SSR位点,包括AT/TA、AAT/ATT、ATA/TAT、TAA/TTA,分别占全部SSR位点总数的30.5%,21.6%,17.1%,20.4%,在数量上明显高于其他类型。以基因组SSR位点为基础,共设计基因组SSR引物序列1 079对。这些引物可用于基因组多样性分析、遗传图谱构建、分子标记筛选等工作,为后期丹参群体遗传学与基因组学研究奠定基础。(本文来源于《世界科学技术-中医药现代化》期刊2013年03期）
特征引物论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
为了全面了解独特、珍稀植物黑果枸杞果实中简单重复序列的分布特征及分布规律,为西北特有的珍稀种质资源的保存及合理的开发和利用提供遗传学和分子生物学理论依据,本研究利用Illumina Hi Seq TM4000高通量测序平台对黑果枸杞进行RNA-seq测序,再通过专业数据分析MISA对测序所获得的Unigene进行SSR深入挖掘和特征分析。结果显示,黑果枸杞转录组测序共获得101 466条Unigenes,筛选搜索到含SSR位点的序列15 494条,共得到20 269个SSR,发生频率为19.98%。平均约每4 kb出现1个SSR位点。黑果枸杞SSR中主要重复单元类型为单碱基和二碱基重复,分别占SSR总数的74.83%和12.68%,在统计的46种重复类型中(C/G)n所占比例最高(14 652, 72.15%),其次是(AG/CT)n(1 195, 5.90%)、(AT/AT)n(3.72%)和(AC/GT)n(3.04%)。在SSR序列长度方面,长度变化范围最大的为叁碱基重复(15～39 bp),其次是单碱基重复(10～32 bp),SSR位点的频率与分布长度呈负相关。黑果枸杞转录组中SSR位点分布频率较高,重复单元类型丰富,分布密度大,具有较高的特异性和多态性,为研究黑果枸杞的遗传多样性及分子标记辅助育种等方面提供可靠的理论依据。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
特征引物论文参考文献
[1].宋琪,郭宪光,陈达丽.基于454GSFLX高通量测序的南疆沙蜥微卫星特征分析及其候选引物设计[J].四川动物.2019
[2].郝广婧,祁银燕,张得芳,朱春云.基于转录组的黑果枸杞SSR分布特征分析及引物设计[J].分子植物育种.2019
[3].李昕蔓,金卓颖,苏安然,杨林夕,苏晟.白皮松EST-SSR序列分布特征及引物开发[J].林业与生态科学.2019
[4].龚记熠,刘欢,张习敏,孙威,李菲.杜鹃花属序列中微卫星位点特征分析和引物开发[J].分子植物育种.2018
[5].毛俐慧,刘建新,丁华侨,徐笑寒,田丹青.姜荷花全长转录组微卫星特征分析和引物设计[J].分子植物育种.2018
[6].黄耀辉,张超,周莉花,赵宏波.基于转录组序列的夏蜡梅SSR位点特征与引物开发[J].浙江农林大学学报.2017
[7].殷亚茹.杨树和柳树微卫星特征分析及通用引物开发[D].南京林业大学.2017
[8].肖京.枣基因组SSR位点特征分析及引物开发[D].河北农业大学.2014
[9].谭春敏.藏羚羊基因组微卫星特征分析与引物验证[D].青海师范大学.2014
[10].徐海滨,钱俊,汪波,孙超,谢丽芳.丹参基因组SSR位点的特征分析及引物开发[J].世界科学技术-中医药现代化.2013