导读:本文包含了简单序列重复间论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:酿酒葡萄品种,简单序列重复(simple,sequence,repeats,SSR),遗传多样性分析,分子身份证编码
简单序列重复间论文文献综述
马文瑞,严密,刘业伟,江伟,全莉[1]（2018）在《酿酒葡萄品种遗传多样性的简单序列重复分析和分子身份证的建立》一文中研究指出以10个红白酿酒葡萄品种为试材,采用简单序列重复(simple sequence repeats,SSR)分子标记技术,对供试材料进行了遗传多样性分析及分子身份证的构建。根据SSR-PCR聚丙烯酰胺凝胶图谱显示,选用的12对SSR引物共扩增出213个片段,多态性百分率为100%。利用NTSYSpc2. 10e软件进行遗传相似性系数分析,所有品种间的遗传相似系数变化范围在0. 71~0. 85之间,平均遗传相似系数为0. 76。通过非加权类平均法(unweighted pair-group method with arithmetic mean,UPGMA)进行聚类分析,在遗传相似系数0. 73处,将10个葡萄品种分成了2个类群,在一定程度上揭示了红白酿酒葡萄之间的亲缘关系。将扩增片段图谱按大小赋值后利用6对引物构建了酿酒葡萄分子身份证编码,可区分所有试材。同时,选择多态性高,重复性好的Vr ZAG79、Vr ZAG62、VVMD27、VVMD5和VVS2引物构建了酿酒葡萄品种的SSR位点荧光图谱,这为鉴定和检测葡萄品种及葡萄酒真实性和纯度提供了参考依据。(本文来源于《食品与发酵工业》期刊2018年09期）
王京[2]（2014）在《玉树地区独一味遗传多样性简单序列重复区间扩增分析》一文中研究指出本论文以玉树地区所采集的独一味（Lamiophlomis rotata）为材料，利用简单序列重复区间扩增（ISSR）分子标记方法对玉树地区不同的10个种群进行遗传多样性分析，目的是为了解玉树地区独一味遗传多样性的水平，遗传结构以及遗传分化的状况，此研究的意义在于为独一味资源的开发与保护提供一定的理论基础。本论文所研究的主要结果如下：独一味ISSR-PCR最佳反应体系（总体系体积为25μL）为：Taq酶（1.0U）、Mg2+（1.5mmol/L）、DNA模板（75ng）、dNTP（0.05mmol/L）、引物（0.75μmol/L）；最优的扩增程序为：95℃预变性5min，然后进入下列循环——95℃变性40s，复性温度由具体的引物决定，复性40s，72℃延伸90s，循环40次，循环结束后72℃总延伸7min，4℃保存。从80条ISSR引物中筛选出18条特异性强多态性好的引物，并在玉树地区10个独一味种群的群体PCR得出188个扩增位点，其中多态位点有187个，多态位点率（PPL）达99.47%，经软件计算分析得出：在物种水平上，独一味种群多态位点率（PPL）为99.47%，有效等位基因（Ne）为1.4777，Nei基因遗传多样度指数（He）为0.2904，香农多样性信息指数（I）为0.4494。通过数据处理，得出遗传结构的相关数据为：玉树藏族自治州独一味10个种群的总遗传变异（Ht）为0.2904，种群内遗传变异（Hs）为0.2180，群体间基因分化系数（Gst）为0.2493，基因流（Nm）为1.5055。玉树地区10个独一味种群的遗传距离在0.0076至0.2061之间，种群间平均的遗传距离为0.1052，经MEGA5软件聚类发现：种群ZY和种群HB、种群XQ、种群CY聚类，而种群HT与种群SP聚类，种群BX和种群BZ聚类在与种群CF聚类，最后种群CD不与任何种群聚类，成为单独的一个分支。综合分析，玉树地区独一味种群遗传多样性在整体和平均水平上都呈现较高的多样性，而个别种群所呈现出来的相对较低的遗传多样性，很可能是人为活动因素以及自然灾害影响的，需要具体合理的措施加以保护。(本文来源于《青海师范大学》期刊2014-05-01）
Xiao-yan,YUE,Guo-qin,LIU,Yu,ZONG,Yuan-wen,TENG,Dan-ying,CAI[3]（2014）在《基于“酥梨”芽转录组的简单序列重复(SSR)标记开发(英文)》一文中研究指出研究目的:基于转录组数据开发具有扩增率高和跨物种转移性的基因组编码区内的SSR(genic-SSR)标记,为梨属植物的分子系统发育关系和遗传多样性相关研究提供新的方法。创新要点:首次利用梨属植物的转录组测序(RNA-seq)数据结合M-13荧光尾巴高效率地开发了104个genic-SSR标记,并成功将其应用于梨属植物的系统发育关系研究中。研究方法:应用生物信息学软件从转录组测序数据中搜索SSR位点和设计相应引物,结合高效的M-13荧光尾巴的方法筛选多态性高的SSR标记。重要结论:转录组数据能够为梨属植物分子系统发育关系和遗传多样性研究提供新的SSR标记来源。(本文来源于《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》期刊2014年04期）
仪泽会,卢有飞,郭晓芹,惠麦侠,张鲁刚[4]（2012）在《大白菜简单序列重复(SSR)和插入/缺失(InDel)标记的开发及通用性分析》一文中研究指出为探讨大白菜基因组序列中SSR位点的分布规律并开发SSR引物,利用SSRHunter软件对大白菜A10(16899818～17299817)的DNA序列进行简单序列重复(SSR)位点查找,共得到394个SSRs,平均每1.02kb出现1个SSR。二核苷酸和叁核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占79.44%和18.78%。为了提高SSR标记开发的准确性和通用性,对检索得到的含SSR位点的序列进行了同源比对,选取符合条件的15条SSR序列并设计引物;依据Blast过程中发现的在SSR位点不存在差异而在其侧翼序列中存在插入/缺失(InDel)差异的序列,设计了19条InDel引物。用34对SSR及InDel引物在6个大白菜(Brassica rapassp.pekinesis)材料中进行多态性研究,发现28对引物能扩增出理想的PCR产物,有效扩增率为82.35%,其中27对引物具有多态性,多态性比率为79.41%。为验证SSR引物的真实性,随机对4对SSR引物的部分白菜扩增片段进行了测序,发现100%的片段具有相应的SSR位点。28对SSR和InDel引物在甘蓝(B.oleracea)、油菜(B.napus)和萝卜(Raphanus sativus)品种的有效扩增率分别为85.71%、100%和77.78%,说明新开发的SSR和InDel标记具有较好的多态性和通用性。利用6对引物分析了48份十字花科种质的遗传多样性,结果表明48份材料被明显地区分成白菜和甘蓝组、萝卜组、油菜组3大类群,与传统分类一致。大白菜SSR和InDel标记的开发对于十字花科种质亲缘关系及遗传多样性分析具有重要的应用价值。(本文来源于《农业生物技术学报》期刊2012年12期）
刘越,范增华,孙洪波,冯金朝,张水仙[5]（2011）在《裂叶牵牛获得表达序列标签资源的简单序列重复信息分析》一文中研究指出目的为了在裂叶牵牛中开发功能性EST-SSR分子标记,分析裂叶牵牛EST-SSRs特征。方法从NCBI公共数据库中下载裂叶牵牛EST序列,运用DNAstar软件中的Seqman Pro程序,对下载序列进行拼接和聚类,去除冗余序列,利用SSRIT软件筛选重复序列长度≥20 bp的二、叁、四、五、六、七、八核苷酸7种类型的SSR,统计分析裂叶牵牛EST-SSRs的特征。结果从NCBI公共数据库中下载62 388条裂叶牵牛EST序列,剔除冗余序列,得到全长为8.35×106 bp的无冗余EST序列11 569条。在这些序列中搜索出985条EST序列含有1 132个SSRs,占无冗余EST序列的9.78%,平均每7.37 kb EST出现1个SSR位点。二核苷酸重复基元SSR出现频率最高(51.06%),其次是叁核苷酸(33.57%),AG/TC、GA/CT和AAG/TTC是二、叁核苷酸中的优势重复基元。裂叶牵牛EST-SSRs以4～10次重复为主,基序长度主要集中于20～30 bp。结论裂叶牵牛EST-SSR的出现频率高,重复类型丰富,理论上表明这些EST-SSRs具有较高的可用性。本实验通过对裂叶牵牛EST资源的SSR信息的研究,为分子水平和生物信息学角度上开发裂叶牵牛的SSR功能性标记提供了候选序列。(本文来源于《中国药学杂志》期刊2011年23期）
吴文如,李薇,赖小平[6]（2011）在《地龙类药用动物的简单序列重复区间分子鉴定研究》一文中研究指出【目的】探索利用简单序列重复区间(ISSR)分子标记方法在核酸分子水平上鉴别不同来源的地龙类药用动物。【方法】从100条ISSR引物中筛选出能扩增明显多态性条带的引物,对采集自广东、福建、湖北、上海等地的7个不同品种的地龙类药用动物样品进行扩增和凝胶电泳分析,寻找特征位点。采用NTSYS软件计算材料间的相似系数,并用UPGMA法构建系统树,按遗传距离构建分子聚类图。【结果】8条引物共扩增出137个DNA片段,其中127个片段呈现多态性,平均多态位点百分率为92.35%,可单独或联合应用鉴别地龙类药用动物。【结论】ISSR分子标记技术具有较好的可靠性和重现性,可用于地龙类药用动物的鉴别和遗传亲缘关系研究。(本文来源于《广州中医药大学学报》期刊2011年04期）
陈怀琼,郑亭亭,魏建和,隋春[7]（2010）在《磁珠富集法开发北柴胡多态性简单序列重复标记》一文中研究指出目的:利用磁珠富集法分离北柴胡微卫星序列,以开发北柴胡微卫星引物,获得有多态性的简单序列重复(SSR)标记。方法:用生物素标记的混合探针(AC)15、(AG)15、(MAB)12和两端连接已知序列人工接头的北柴胡基因组DNA酶切片段混和后与磁珠杂交,构建微卫星序列富集的小片段插入文库;利用接头引物分别与生物素探针引物Biotin-(AC)15、Biotin-(AG)15、Biontin-(MAB)12形成3个组合,用PCR方法对文库进行初步筛选;对可能的阳性克隆子进行测序复筛,选取微卫星侧翼序列足够长的序列设计引物,用荧光标记的基因分型技术以栽培柴胡种质为材料分析其多态性。结果:开发了5对多态性SSR标记,它们在5份柴胡栽培种质中共扩增出30.70个多态性等位基因,平均每条引物可以扩增出6.14个多态性等位基因;观察等位基因数最多13个,最少3个;有效等位基因数最多11.4个,最少1.6个。同时分析了4对EST-SSR引物,比较了2种SSR标记扩增结果。结论:磁珠富集法是开发柴胡多态性SSR标记的有效方法。(本文来源于《生物技术通讯》期刊2010年02期）
陈要臻,王岚,马逾英,张正银,樊哲仁[8]（2009）在《川芎简单序列重复间区多态性和扩增片段长度多态性分子标记技术多态性比较研究》一文中研究指出目的寻找川芎的高效分子标记。方法以四川崇州、都江堰、新都3个产地的川芎为材料,应用100条简单序列重复间区多态性(ISSR)引物、64对扩增片段长度多态性(AFLP)引物对30个川芎个体进行多态性筛选。结果筛选到简单序列重复间区多态性特异性引物共10条,扩增片段长度多态性特异性引物共6对;分别扩增出106和256条条带,多态条带百分率分别为22.64%和22.27%。平均标记指数AFLP的检测效率(1.78)明显高于ISSR(0.42)。两种标记基于遗传相似值聚类分析结果存在着一定的差异,但用Mantel测试对两种方法检测的遗传一致度进行相关性分析表明,它们之间存在着显着的相关性(r=0.6975,p=0.014)。结论川芎具有较低的遗传多样性,AFLP更有效于ISSR。(本文来源于《时珍国医国药》期刊2009年06期）
陈大霞,李隆云,瞿显友,彭锐[9]（2009）在《正交设计优选味连简单序列重复间扩增多态性反应体系的研究》一文中研究指出时珍国医国药2008,19(1):11-12目的:优化味连简单序列重复间扩增多态性(Coptis chinensisFranch.ISSR)反应体系。方法:利用正交实验设计,从Mg2+,dNTP,引物,BSA(本文来源于《重庆中草药研究》期刊2009年01期）
张岳峰,万里翔,侯大斌[10]（2008）在《乌头简单序列重复区间扩增条件的优化》一文中研究指出目的保证乌头ISSR-PCR的稳定性、提高对乌头遗传多样性,亲缘关系分析、种质鉴定的可靠性。方法收集西南地区23个乌头材料,以Mg2+,dNTP,引物和聚合酶建立L9(34)正交设计,并同时考察模板和甲酰胺浓度及退火温度,建立适宜的ISSR-PCR体系。结果以Mg2+2.0 mmol/L、dNTP 0.25 mmol/L、引物0.3μmol/L、rTaq酶1U、模板1.5 ng/μl、甲酰胺2%及退火温度(Tm-3)℃的ISSR反应体系最优。结论实验建立的ISSR-PCR体系反应稳定,能用于乌头的ISSR分析。(本文来源于《时珍国医国药》期刊2008年09期）
简单序列重复间论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本论文以玉树地区所采集的独一味（Lamiophlomis rotata）为材料，利用简单序列重复区间扩增（ISSR）分子标记方法对玉树地区不同的10个种群进行遗传多样性分析，目的是为了解玉树地区独一味遗传多样性的水平，遗传结构以及遗传分化的状况，此研究的意义在于为独一味资源的开发与保护提供一定的理论基础。本论文所研究的主要结果如下：独一味ISSR-PCR最佳反应体系（总体系体积为25μL）为：Taq酶（1.0U）、Mg2+（1.5mmol/L）、DNA模板（75ng）、dNTP（0.05mmol/L）、引物（0.75μmol/L）；最优的扩增程序为：95℃预变性5min，然后进入下列循环——95℃变性40s，复性温度由具体的引物决定，复性40s，72℃延伸90s，循环40次，循环结束后72℃总延伸7min，4℃保存。从80条ISSR引物中筛选出18条特异性强多态性好的引物，并在玉树地区10个独一味种群的群体PCR得出188个扩增位点，其中多态位点有187个，多态位点率（PPL）达99.47%，经软件计算分析得出：在物种水平上，独一味种群多态位点率（PPL）为99.47%，有效等位基因（Ne）为1.4777，Nei基因遗传多样度指数（He）为0.2904，香农多样性信息指数（I）为0.4494。通过数据处理，得出遗传结构的相关数据为：玉树藏族自治州独一味10个种群的总遗传变异（Ht）为0.2904，种群内遗传变异（Hs）为0.2180，群体间基因分化系数（Gst）为0.2493，基因流（Nm）为1.5055。玉树地区10个独一味种群的遗传距离在0.0076至0.2061之间，种群间平均的遗传距离为0.1052，经MEGA5软件聚类发现：种群ZY和种群HB、种群XQ、种群CY聚类，而种群HT与种群SP聚类，种群BX和种群BZ聚类在与种群CF聚类，最后种群CD不与任何种群聚类，成为单独的一个分支。综合分析，玉树地区独一味种群遗传多样性在整体和平均水平上都呈现较高的多样性，而个别种群所呈现出来的相对较低的遗传多样性，很可能是人为活动因素以及自然灾害影响的，需要具体合理的措施加以保护。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
简单序列重复间论文参考文献
[1].马文瑞,严密,刘业伟,江伟,全莉.酿酒葡萄品种遗传多样性的简单序列重复分析和分子身份证的建立[J].食品与发酵工业.2018
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[10].张岳峰,万里翔,侯大斌.乌头简单序列重复区间扩增条件的优化[J].时珍国医国药.2008
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