从2000年11月，在第四次中国-东盟领导人会议上，中国政府首次提出建立中国-东盟自由贸易区的构想。到2009年8月15日第八次中国—东盟经贸部长会议上签署中国—东盟自贸区《投资协议》，中国与东盟之间的区域经济合作一直在有条不紊的顺利进行。拥有19亿人口和6万亿美元国内生产总值的中国和东盟建立自贸区为双方带来了经济、政治、外交等多方面的综合利益。也为东亚、亚洲、亚太地区乃至全球经济的繁荣稳定做出了突出贡献。不过在中国与东盟区域合作的过程中也存在一些问题，归纳起来主要有以下几点。
一、中国与东盟区域合作经济合作中存在的问题
（一）区域合作的动力来源问题：政治主导下的经济驱动
中国与东盟之间的区域合作，究竟在多大成分上是出于经济考虑的，如何平衡经济与政治、外交利益是中国与东盟区域合作需要解决的一个问题。从双方之间的经济竞争性与互补性来看，中国经济和贸易的快速发展，使东盟担心失去自身在劳动密集型产品的国际市场份额。以新加坡为例，中国相当大一部分劳动密集型产品出口是在香港和中国台湾地区再加工制造的（该类产品结构与新加坡极为类似）。
中国与东盟单个国家的制造业结构和发展水平存在差异，如果与整个东盟相比，双方的制造业结构非常相似。机电设备是中国和东盟中发达成员最大的制造业产业，服装、制鞋等轻工业产品则是东盟中发展相对滞后的新成员国的主要制造业。原有的东盟发达成员在资本密集型制造业领域与中国竞争，新加入的成员在劳动密集型制造业方面与中国竞争。东盟的中等发展水平的成员无论是劳动密集型还是资本密集型制造业都与中国存在竞争关系。这种竞争集中体现在对国际出口市场的争夺上。因为中国与欧盟各成员均无一例外的高度依赖美国、欧盟以及日本等主要发达经济体的市场。
（二）区域合作的主导权问题：中国主动但不主导
1.东盟牢牢把握住区域合作的主导权。东盟国家由于市场狭小，需要与中国进行合作，借助中国庞大的市场，实现区域经济资源的整合。东盟通过巧妙而稳妥的策略，利用其对别国不具威胁性的优势和自身一体化的经验，赢得了大国的信任，掌握了东亚经济一体化的主导权。东盟采取“同心圆”战略（“concentric”strategy），将主要大国整合在一起。以东盟经济体位中心，以几个并行的“10+1”机制为第一环绕，“1”包括与中国、日本、韩国、印度、俄罗斯和澳大利亚。第二个环形是10+3。东亚峰会是第三个环形，包括10+3+澳大利亚、新西兰、印度和俄罗斯。
2.东盟立足东亚意在亚太区域整合。从东盟的战略布局可以看出，东盟不仅是想主导东亚经济一体化进程，其长远意图是为自身在亚洲和亚太一体化进程中发挥主导作用积累经济、政治和外交资本。
就现实而言，东盟所设计的一体化机制特别灵活，10+1、10+3之中的1和3是灵活多变的，而且是根据战略需要自由组合，在适当的时候甚至有计划有步骤的增加区域经济合作对象。东盟主导的这一套机制有可能成为未来东亚区域合作，甚至亚洲经济合作，乃至整个亚太区域一体化的（包括印度、澳大利亚、新西兰、美国等）的版本。东盟已经被推到了东亚和亚洲区域经济一体化之车的主驾驶位置上，并将长期发挥主导作用。从东亚和亚洲的现实来看，由东盟主导区域一体化进程，无论从哪方面来看，都是一种合适的选择。
（三）中国与东盟合作中的大国博弈
1.东盟为主导的东亚区域一体化，已经成为大国之间角力的一个重要平台。东亚的地缘政治因素决定了其对整个亚洲和亚太地区的影响力，所以，在美国、日本等亚太大国纷纷融入开始博弈的时候，大国之间的战略较量和利益平衡成为中国必须面对的问题。
2.东盟的困境是既担心被卷入大国的实力游戏之中又需要借力打力。“东盟各国希望日本能在美国与日益崛起的中国之间,发挥平衡器的作用。不过东南亚各国也担心自己被卷入大国的实力游戏之中。”东盟各国的普遍心态是：如果中日关系得不到根本改善，那么东南亚各国对夹在中日这两个国家之间的这种担心就不会消除。此次日本民主党选举获胜，鸠山由纪夫提出了创设“东亚共同体”等重视亚洲的设想。
3.欧盟紧随美日等大国之后，迅速推进与东盟的FTA谈判。在美国、中国和日本等大国纷纷与东盟签署或者准备谈判FTA的背景下，欧盟恐怕自己被排除在东亚事务以外。为了确保在东南亚、东亚乃至整个亚洲的利益，欧盟开始与东盟接触商谈FTA问题。2007年4月,欧盟各成员国正式授权欧盟委员会与印度、韩国和东盟进行自由贸易协议谈判。2007年5月,欧盟贸易委员会与东盟经济部长会议同意启动双方的FTA谈判。并且于2007年7月双方进行了首轮自由贸易区（AEFTA），探讨了自由贸易协定的总体构架。随后欧盟与东盟之间的FTA谈判进程加快，2007年11月22日,欧盟与东盟建立对话关系30周年纪念峰会发表了联合宣言，提出在“区域对区域”方式的基础上迅速推进欧盟与东盟的自由贸易区谈判,扩大经济联系,在更深入贸易和投资自由化、便利化的过程中注重东盟各个国家的不同发展水平和能力差异。这两大区域进行FTA谈判的原因是多方面的，既有经济方面的考虑、又有政治、外交和地缘因素的考虑。对欧盟来说，要想保持其全球主要参与者的地位，就需要通过加强与东盟的联系深入到东亚这一世界经济新兴区域。考虑到东盟在2050年以前可能成为世界上最大的出口区域，欧盟已经将东盟作为区域一体化的重要战略对象。东盟是欧盟重要的市场，世界经济的中心正在向亚太地区转移，在全球区域经济一体化迅速发展的背景下，欧盟与东盟之间建立FTA对双方来说都将会是有利的，但是欧盟与东盟实力相差悬殊，FTA谈判呈现出不对称的状态。
（四）中国与东盟合作中的区域整合问题
1.中国和东盟的政治经济关系的密切，也成为东亚整合的契机。东盟自身也知道，单纯的东南亚区域很难实现区域一体化的效果，对中日韩的区域整合，蕴含着东亚乃至亚洲的区域整合意图，甚至整个亚太地区的整合都在进行之中。澳大利亚、美国等国家与东盟的区域合作加强就是一个明显的信号。中国和东盟的政治经济关系的密切，也成为东亚整合的契机。
2.中国与东盟在东亚合作的模式上存在分歧。在具体的整合方式上存在分析，就东亚合作模式而言，中国倾向于10+3的整体合作模式，也就是由东盟与中日韩共同推进东亚区域整合。但是，东盟显然将目光投向的更远，希望采取10+6（中、日、韩加上印度、澳大利亚和新西兰，必要的时候引入美国，变为10+7）的模式进行整个亚太的整合。因为东盟的目标是整个亚洲和亚太地区的整合，这从其FTA战略实施进程中可以看出来，2009年8月16日第41届东盟经济部长会议上，东盟与中国签订《投资协定》，与印度签署《货物贸易协定》。而在此之前东盟已经完成了和日本、韩国、澳大利亚、新西兰在内的亚太国家的FTA谈判，如今东盟的一体化触角已经延伸到更远的印度。东盟就是利用自身设计的合作机制，试图将印度、澳大利亚和新西兰纳入其中，来推动亚太区域的整合，由于担心中国的影响力过于强大，10+6模式得到了日本的支持。日本希望印度进入合作框架，借以平衡中国。而且，美国国务卿希拉里2009年7月代表美国政府与东盟签署了《东南亚友好合作条约》。而该条约则是加入东亚峰会的条件之一。一旦美国介入东亚峰会形成“10+7”机制则将进一步制约中国在亚太地区的影响力。中国所倾向的10+3合作模式很可能无法实现。
（五）敏感的农产品贸易问题。CAFTA对中国不同区域农业发展的影响是不同的，中国北方地区、东北地区和东部地区将从中获益，但是华南地区的农业产业将受到一定程度的冲击。这种区域影响与多边贸易体制对中国农业的影响不同，加入WTO对中国华南地区的农业发展则是一种利好。预计2010年，东盟国家从CAFTA中将获得经济福利16.24亿美元，中国将获益5.17亿美元。CAFTA区域内所有国家的贸易都将增加，中国的出口和进口将分别增加66.67亿美元和97.69亿美元。东盟地区的出口和进口分别增加34.92亿美元和60.73亿美元。农产品贸易的发展取决于双方的比较优势。中国虽然是亚洲最大的农产品出口国，而东盟10国作为一个整体其出口规模却大大超过了中国，其中泰国、马来西亚、印度尼西亚是东盟3个最大的农产品出口国，在东盟l0国农产品出口总量中占有近80％的份额，在整个亚洲农产品出口中仅次于中国。未来双方在农产品贸易领域的争端可能会出现增多的趋势。
二、中国的应对策略
（一）经济主导下的政府驱动，推进中国与东盟的实质性合作
中国曾经甚至正在被东盟视为威胁，但是这种威胁往往与机遇并存，有时候可以相互转化。究竟是威胁还是机遇取决于双方的政策实践，中国与东盟的区域一体化进程需要强有力的政治动力与合作意愿来推动，以便发挥其有效的作用，避免带来负面影响。
东盟10国对待中国的态度或策略大致分为三类，第一是通过贸易争端解决机制以及提升企业竞争能力在国际市场上与中国直接竞争。第二是通过出口多元化、寻求新的市场，避免双方产品在国际市场上直接竞争。第三，通过横向和垂直的国际分工，进行产业链条的整合，分享中国经济飞速发展带来的机会。第四，出口导向战略加上鼓励国内消费，减少对外部产品的需求，巩固国内产业发展。
中国应该采取措施减少经常账户盈余，通过大幅降低贸易壁垒，开放国内市场扩大进口，同时减少对出口企业的刺激措施。通过鼓励合资金融企业进入中国，减少FDI流入规模，鼓励外资企业在国内发行债券和股票，通过疏通融资渠道获得更多的国外高新技术。中国应该扩大国内消费，在外汇储备持续增加的背景下更应该如此。
中国-东盟自由贸易区（CAFTA）只是为双方的企业和产品进入提供了机会，为提升整体经济福利提供了可能，但是，具体经济福利在双方之间的分配，则要看市场的力量，取决于双方的比较优势和竞争实力。因此，应该构建利益平衡机制，完善已有的贸易投资争端解决机制。
（二）淡化区域主导权问题，奉行“主动但不主导”的区域经济合作战略
由于东盟都是小国，其固有的不安全、不安定和自卑感使得东盟热衷于获得区域一体化的“主导权”。东盟整个区域一体化战略的核心就是牢牢把握住“主导权”。在与中国、日本、韩国、澳大利亚等国家相继签署FTA后，东盟的战略蓝图已经很清晰，就是构建以东盟为核心，以东盟和其他亚太国家的自由贸易区为支撑的亚太经济一体化网络。通过这样的方式，与中国、日本等大国相比处于弱势的东盟可以保证自己在亚太地区的主导地位。
在自身的主导权受到挑战或者威胁的时候，东盟不惜引入区域外的大国稀释地区性大国影响力。从而使东盟成为区域经济一体化进程中绝对的中心和核心。
在这样的情况下，中国应该淡化区域主导权问题，奉行“主动但不主导”的区域经济合作战略，稳住东盟，获取实质性的区域经济合作利益，而不至于被所谓的虚名所累。
（三）战略布局与战术对决应对区域一体化过程中的大国博弈
在推进一体化的进程中，中日韩由于区域和地缘优势成为率先与东盟进行区域合作的经济体，东盟起初也将三国当作优先合作的国家，但是在一体化的推进过程中东盟态度和心态很矛盾：一方面希望中日韩三国积极参与和推动东亚区域经济一体化建设；另一方面，又担心中日韩三国在参与推动一体化过程中出现的主导权之争会给东盟带来不利影响，导致其在区域合作中发挥核心作用的梦想破灭。
在这种担心和两难困境下，东盟就作出了将更多的大国纳入到区域一体化进程中的策略，在中日韩之外与澳大利亚、新西兰、俄罗斯等进行区域合作，当发现仍然无法确保自身的绝对主导权之后，又不惜将美国拉入到区域合作的进程中来。美国一进入，欧盟也感到自身利益需要维护，尤其是在亚太的利益需要欧盟参与到东盟主导的一体化进程中来，于是小小的东盟成为大国博弈的平台。
（四）妥善处理农产品贸易和金融合作等敏感问题
1.构建农产品贸易利益平衡机制。中国与东盟双方均将部分农产品视为敏感产品，而且在协议中加以规定，鉴于农产品问题的复杂性，中国可以在执行双方区域协议的前提下，做出适当的让步，通过农业技术和种业培育之间的实质性合作来平衡农产品贸易利益分配不平衡的问题。可以成立农业发展基金，目的是促进中国和东盟的农产品更多的出口到国际市场中，提升双方的国际竞争力，避免在区域内相互竞争，影响双方区域经济合作的大局。
2.金融货币一体化进程滞后，人民币国际化势在必行。当前，中国与东盟之间在货物和服务方面的一体化进程已经明显加快。但是金融货币一体化进程的滞后无法满足货物和服务的一体化。金融货币一体化的障碍依然存在。未来的发展方向就是金融市场的融合。根据中国入世承诺中国已经给予外资银行国民待遇，人民币业务也已经对外资银行开放。不过，当前人民币仍然无法自由兑换，资本账户仍然受到管制。金融的敏感性和中国金融部门的脆弱性使得中国在资本账户完全开放上显得特别谨慎。金融危机的教训表明，金融自由化需要审慎监管制度的配合，以便有利于经济的平稳快速发展。
在金融开放的外部压力日益加大的情况下，中国可以借助于东盟业已存在的良好的经济关系，试行金融部门的自由化。推进人民币在自由贸易区内成为结算货币，可以自由兑换。给予金融服务业特别的关注。货币领域的合作可以避免由于贸易结构相似而导致的个别成员借助货币贬值达到促进出口的目的。自由贸易区和区域货币安排是影响开放程度和汇率变动程度的重要因素。东亚区域一体化（例如FTA）能够将区域的开放程度提升10%，使区域内FDI增加2%。区域汇率安排能够把区域汇率的波动性降低一半，进而使区域内FDI提升10%。
3.适当对东盟在区域层面开放资本账户，促进资本要素的自由流动。我国与东盟的大部门国家的资本要素流动程度较低，这表明我国与东盟经济的对称性特点不突出，区域内经济环境并不具备人民币区域化的前提条件。因此，在人民币区域化的进程中，要继续深化要素市场流动的改革，为人民币区域化的实现做好充分的准备。从东盟国家贸易结构调整的趋势来看，随着各国经济的发展，区域内贸易逐渐向产业内贸易转变，这将有利于我国与东盟的资本要素流动。但是，人民币成为区域化货币的条件并不充分，其区域化的基础还比较薄弱。除了经济实力的因素，我国的资本要素市场的发展也制约了人民币的区域化。人民币区域化将是一个渐进的过程，我国应顺势而为，逐步推进人民币的区域化。