论文摘要
为加强中国特有濒危植物半枫荷资源的保护与利用工作,采用高通量测序平台Illumina HiSeq 2500对其进行转录组测序,将得到的数据过滤后进行de novo组装并聚类去冗余,获得77 629个Unigenes,通过九大功能数据库比对、分析、注释,最终有45 293个Unigenes获得注释信息;其中在KOG按功能分为25个子类,获得25 253个功能注释信息; GO功能注释可分为细胞组分、生物学过程、分子功能3大类、分别可细分为22、26、17亚类(共65个亚类);与KEGG数据库对比,共发现286条代谢通路,其中发现可能与半枫荷药用活性成分相关的次生代谢产物生物合成的177条途径;根据组装结果预测出88个基因家族共1 547个编码转录因子的Unigenes,发现控制药效合成的转录因子家族。另外,根据注释结果检测到12 579个SNP多态位点和预测出57 671个CDS位点。本研究首次对半枫荷转录组进行分析,为深入开展半枫荷分子生物学研究提供基础数据来源。
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文章来源
类型: 期刊论文
作者: 叶兴状,刘丹,罗佳佳,范辉华,张国防,刘宝,陈世品
关键词: 半枫荷,转录组分析,基因注释,药用活性成分,代谢通路
来源: 植物研究 2019年02期
年度: 2019
分类: 基础科学
专业: 生物学
单位: 福建农林大学林学院,福建省林业科学研究院
基金: 福建省第三轮种业创新与产业化工程—特色树种香叶树,半枫荷种质创新与产业化工程项目(ZYCX-LY-2017002)~~
分类号: Q943
页码: 276-286
总页数: 11
文件大小: 1307K
下载量: 256
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