导读:本文包含了多重基因组论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:多重耐药,大肠埃希菌,耐药基因,全基因组测序
多重基因组论文文献综述
常江,罗怡,唐标,张玲,戴贤君[1]（2019）在《一株分离自鸡肉样品的多重耐药大肠埃希菌的全基因组测序及耐药性研究》一文中研究指出以分离自宁波市市售鸡肉中的一株大肠埃希菌ECCNB12-2为研究对象,使用微量肉汤稀释法进行最小抑菌浓度(MIC)测定,结果显示,该菌株对氨苄西林、庆大霉素、大观霉素、四环素、氟苯尼考、磺胺异恶唑、复方新诺明、头孢噻夫、恩诺沙星、氧氟沙星等10种抗生素耐药。采用第叁代高通量测序技术对该菌株进行全基因组测序,随后对基因组完成图进行获得性耐药基因、毒力因子、质粒水平转移元件预测。菌株ECCNB12-2染色体基因组大小为5 539 489 bp,GC含量为50.37%,同时携带有4个质粒,大小分别为147 451 bp(pTB-nb1)、139 752 bp(pTB-nb2)、82 252 bp(pTB-nb3)、253 793 bp(pTB-nb4)。获得性耐药基因预测结果显示,染色体基因组、质粒pTB-nb1及质粒pTB-nb4上共携带有40个获得性耐药基因,同时菌株基因组检测出12个毒力因子。质粒水平转移元件预测结果显示,pTB-nb4质粒包含完整的水平转移系统,理论上具有高度的自主接合转移潜力。以上研究表明,分离自市售鸡肉样品的ECCNB12-2菌株是一株高风险的多重耐药菌株,反映了市售鸡肉中细菌耐药状况的严重性,相关研究结果为食源性细菌耐药安全风险评估提供了参考。(本文来源于《浙江农业学报》期刊2019年08期）
胡远亮,程乃嘉,张朝军,黄云,张炎[2]（2019）在《基于多重置换扩增技术的胃癌患者胃内微生物的宏基因组学研究》一文中研究指出目的通过多重置换扩增技术(multiple displacement amplification,MDA)与宏基因组鸟枪法测序相结合的方法研究胃癌患者和健康受试者胃内微生物的组成特征。方法纳入2017年9月—2017年12月在医院就诊的胃腺癌患者4例,健康受试者4例,收集受试者胃液标本,经过标本预处理、DNA提取、MDA扩增提取的DNA、构建测序文库、高通量测序和生物信息学分析,研究2组受试者胃内微生物的组成特征,寻找与胃癌显着相关的菌种,并评估该方法用于胃内微生物宏基因组学研究的可行性。结果 MDA能显着扩增从胃液样本中提取的微量微生物DNA(207. 27±33. 17)倍,扩增后的DNA量能满足构建高质量测序文库的要求;总体上看,所有样本共鉴定出131个菌种,胃癌患者胃内菌群多样性显着低于健康受试者(P<0. 01,t=4. 189);在细菌门水平,受试者胃液菌群主要由变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、梭杆菌门组成;优势物种的组间差异分析表明,与健康受试者相比,牙髓卟啉单胞菌、口腔链球菌、干燥奈瑟菌在胃癌患者胃液中富集(P<0. 05)。结论 MDA能有效用于扩增胃内微量微生物DNA;胃癌患者的胃液菌群构成与健康人存在显着差异;部分口腔及上呼吸道条件致病菌与胃癌显着相关,是潜在的胃癌生物学标志物;通过全基因组扩增和高通量测序相结合的方法可以从菌种甚至菌株的水平上寻找与胃癌发生、发展相关的微生物。(本文来源于《转化医学杂志》期刊2019年03期）
王亚鸽[3]（2019）在《一株多重耐药ST477型单增李斯特菌全基因组测序与比较基因组学分析》一文中研究指出单增李斯特菌(Listeria monocytogenes)是一类重要的食源性条件致病菌,可引起人和动物李斯特菌病,临床症状包括败血症、脑膜炎、流产和死胎等。复合克隆系(Clonal complex,CC)9是在食品中分离率最高的叁大克隆系之一,但目前针对食源性单增李斯特菌CC9克隆系菌株的进化关系及基因特点的报道较少。本研究对一株分离自河北省某大型超市冷冻食品的多重耐药单增李斯特菌NH1进行全基因组测序和比较基因组分析,研究其进化关系及不同型别菌株的潜在致病性;另外,从基因组成、系统进化、单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)、附属基因等层面对CC9克隆系菌株进行更全面的研究,结果如下:1、单增李斯特菌NH1基因组全长为3 002 491 bp,GC含量为37.92%,共编码2 995个开放阅读框,基因组组分分析发现1个CRISPR系统和4个基因岛。2、多位点序列分型(Mutilocus sequence typing,MLST)分析结果表明,菌株NH1序列型(Sequence type,ST)为477,属于CC9克隆系;59株单增李斯特菌单拷贝基因进化分析显示,ST477型菌株NH1与3株来自加拿大的ST9型菌株具有较近亲缘关系;毒力因子分析表明,李斯特菌致病岛1(LIPI-1)在不同菌株中稳定存在,李斯特菌致病岛3(LIPI-3)和李斯特菌致病岛4(LIPI-4)仅在谱系Ⅰ菌株中检测到,内化素基因分布个数存在较大差异,在2至9个之间;CC9克隆系菌株均含有在细菌入侵宿主细胞和毒力表型中具有重要作用的inl和vip基因。3、CC9克隆系菌株的MLST进化分析结果表明,分离自中国食品的ST477型单增李斯特菌与2株来自临床的ST477型别菌株具有较近亲缘关系;共线性分析显示,ST477型测序菌株与3株来自加拿大的ST9型别菌株的基因组模块组成高度相近,差异区域主要包含编码假设蛋白、代谢酶和噬菌体相关蛋白的基因;以NH1为参考菌株进行的全基因组SNP分析显示,3株ST9型菌株含有60个共有的非同义SNPs,主要发生在smc、ftsA、essC等编码细胞表面蛋白的基因中;基于SNP系统聚类分析表明,SNP发生与菌株型别及地域无显着关系,但与宿主有一定联系;毒力基因inlA分析结果表明,7株CC9克隆系菌株的该基因序列核苷酸同源性为29.8%-100%,ST477型和3株来自加拿大的ST9型别菌株基因组中inlA基因突变类型为PMSC type 4。4、ST477型菌株携带多种抗生素耐药基因,且不同CC9克隆系菌株携带情况一致;Tn554-like转座子编码3个连续的转座酶基因(tnpABC)、5个砷抗性基因和4个编码未知蛋白的基因,特异性地存在于CC9克隆系基因组中;CC9克隆系菌株具有相同的不含辅助蛋白cas基因的CRISPR系统;ST477型菌株含有4个噬菌体结构,插入位点包括tRNA和comK基因。(本文来源于《华南理工大学》期刊2019-06-04）
陈宁博[4]（2019）在《全基因组重测序分析揭示东亚家牛的祖先与多重适应性基因渗入》一文中研究指出原牛(Bos primgenius)到家牛的驯化是人类新石器时期最重要的成就之一。在东亚,家牛不仅能提供肉、皮、毛等生活物质,而且也是耕作和运输的主要畜力来源,这使得家牛在整个东亚农业社会中占有举足轻重的地位。在当代,家牛仍然是东亚地区最重要的家畜。现代家牛可能来自于距今10500年前不同地理区域的原牛的多次驯化事件。现代家牛主要来自两个驯化地—近东地区和印度河谷地区,分别驯化了无肩峰的普通牛和有肩峰的瘤牛。基于基因芯片的分类学研究,认为全世界的家牛可分为叁大类型,即非洲普通牛(African taurine)、欧洲普通牛(European taurine)和亚洲瘤牛(Asian indicine)。东亚家牛和世界上其他家牛一样均为普通牛和瘤牛起源。考古学证据表明,普通牛在距今~5000到4000年前的新石器时期从新月沃地传入中国,瘤牛则在距今~3500到2500年前由印度次大陆传入中国南方,因此中国中原地区成了普通牛与瘤牛的交汇区。东亚拥有丰富的牛品种资源,仅中国地方黄牛品种就多达53个,境内及周边还分布着印度野牛、大额牛、牦牛、爪哇野牛等野牛属的近缘牛种,这些近缘牛种均能与家牛杂交,故东亚家牛的形成历史非常复杂。目前关于东亚家牛的起源研究主要使用Y-SNP标记、线粒体DNA标记和低密度基因芯片技术,基于全基因组水平的深度分析还很少。因此本研究通过分析全世界49个现代牛种和中国北方石峁遗址的8个古代黄牛基因组,从全基因组水平揭示中国黄牛常染色体、Y染色体和线粒体基因组特有的遗传变异与种质特性,探讨其起源进化、迁徙、基因交流、种群历史动态及中国黄牛与近缘牛种之间基因的渐渗问题。获得的主要研究结果如下:1.常染色体和Y染色体遗传变异揭示东亚家牛包含叁个祖先通过常染色体和Y染色体遗传变异,首次证明全世界家牛至少可以分为5个祖先和父系,即:欧洲普通牛,父系祖先为Y1;欧亚普通牛,父系祖先为Y2a;东亚普通牛,父系祖先为Y2b;中国瘤牛,父系祖先为Y3a;印度瘤牛,父系祖先为Y3b。欧洲普通牛(Y1)主要分布在欧洲西部;欧亚普通牛(Y2a)主要分布在欧洲中南部和中国西北部。地理区域相距甚远的西藏和亚洲东北部的家牛形成了一个独特的东亚普通牛血统(Y2b)。瘤牛明显分为中国瘤牛(Y3a)和印度瘤牛(Y3b)两个血统。中国瘤牛血统在东南沿海地区的频率最高,并呈现出由南到北逐渐下降的态势。中国地方黄牛主要来源于叁个祖先和父系,即东亚普通牛(Y2b)、欧亚普通牛(Y2a)与中国瘤牛(Y3a)。2.石峁古牛与东亚现代家牛的遗传关系揭示普通牛的多次迁徙事件古DNA证据显示,在距今3900年前,中国北方石峁遗址的家牛为东亚普通牛,普通牛引入中国至少经历两次迁移事件,推测东亚普通牛至少在3900年前进入中国大陆,随后向周围扩散,向东进入中国东北地区,随后进入朝鲜半岛和日本;向西进入青藏高原边缘地带;而欧亚普通牛则随着东西方游牧民族的交流进入东亚地区,随后在中原地区逐渐替代东亚普通牛血统。3.中国家牛与近缘牛种存在广泛的基因交流中国瘤牛基因组保留了大约2.93%的爪哇牛血统,爪哇牛渗入发生在大约2900年前。这种渗入导致了中国南方瘤牛独特的基因组遗传多样性。西藏的普通牛在1900年前与牦牛杂交,至今保留了约1.2%的牦牛血统。富集分析表明爪哇牛对中国瘤牛的渗入区域主要富集在感官和免疫相关通路,牦牛对西藏的普通牛的渗入主要富集在嗅觉、抗病和免疫等通路。这些渗入事件使中国瘤牛和西藏的普通牛快速获得了适应热带高温高湿环境和高原极端低氧环境的基因,说明基因交流是家牛适应环境的重要方式之一。4.中国瘤牛和印度瘤牛可能来自于两个野生祖先普通牛和瘤牛的分歧时间为20~30万年。东亚普通牛与欧亚普通牛或欧洲普通牛的分歧时间为6600年左右,说明普通牛在驯化后,随着农业文明的扩散,不同的普通牛群体随着人类活动从驯化中心扩散到其他地方,逐渐形成了自己独特的基因组特征。人们曾认为印度次大陆是瘤牛唯一的起源驯化中心,但本研究发现,中国瘤牛和印度瘤牛的分歧时间为3.66~4.96万年,远早于瘤牛的驯化时间,推测中国瘤牛和印度瘤牛可能来自于两个野生祖先,或印度瘤牛向东迁徙时吸收了东南亚或中国瘤原牛的血统形成了中国瘤牛。(本文来源于《西北农林科技大学》期刊2019-05-01）
刘洋洋[5]（2019）在《多重耐药粪肠球菌噬菌体的分离鉴定和基因组分析》一文中研究指出肠球菌是引起医院感染的重要条件病原菌,所引起的感染在革兰阳性球菌中居第2位,可引起多器官系统感染。肠球菌引起的感染中,粪肠球菌(Enterococcus faecalis)感染比例最高,约为80-90%。相对于多重耐药性肠球菌检出率的不断增加,新型抗生素开发速度缓慢,临床治疗肠球菌感染面临巨大困难。噬菌体(bacteriophage)是能感染细菌、放线菌、螺旋体、单细胞藻类及真菌等微生物的病毒,其中裂解性噬菌体能高效、特异性地裂解宿主并复制大量子代噬菌体。筛选裂解谱广、裂解效率高的烈性噬菌体已经成为克制多重耐药性肠球菌新热点。本研究通过16SrDNA序列分析及随机引物扩增方法鉴定临床分离的粪肠球菌,并进行耐药性测定获得多重耐药性肠球菌。以多重耐药性肠球菌为宿主,从医院污水中分离纯化裂解性噬菌体,鉴定裂解性噬菌体形态、一步生长曲线、最佳感染复数、温度及pH稳定性等生物学特性;提取噬菌体基因组,通过二代测序方法测定基因组序列并比对及注释各基因功能。本研究共获得粪肠球菌30株,经鉴定30株粪肠球菌均为多重耐药菌,占分离株的100%。获得裂解性噬菌体2株,分别命名为LY0322和LY0323,均属尾噬菌体目长尾噬菌体科。LY0322的最佳感染复数为0.1,LY0323的最佳感染复数为0.001。一步生长曲线测定发现:LY0322潜伏期为20min,爆发期为20min,爆发量为40(PFU/cell);LY0323潜伏期为25min,爆发期为55min,爆发量为257(PFU/cell)。两株噬菌体在温度为50℃以下和pH为6、7时能够保持较高活性。LY0322可裂解8株粪肠球菌。LY0323可裂解7株粪肠球菌和2株屎肠球菌,该9株肠球菌均为多重耐药菌。SDS-PAGE分析LY0322有1条主要结构蛋白,分子质量范围为35KD,LY0323有两条主要结构蛋白,分子质量范围为15-35KD。LY0322基因组为线性双链DNA,长度为40934bp,G+C含量为34.84%;含有64个ORFs;与肠球菌噬菌体vB_EfaS_AL3具有较高的同源性。LY0323基因组为线性双链DNA,基因长40876bp,G+C含量为34.67%,含有60个ORF;与肠球菌噬菌体IME-EF4、vB_EfaS_AL2和Ec-ZZ2具有较高的同源性。两株噬菌体基因组均不含毒力基因及耐药性基因。本研究获得如下结论:1.获得粪肠球菌30株,16SrDNA序列30条并上传GenBank。2.经鉴定具有耐药性多重耐药性粪肠球菌30株。3.获得裂解性长尾噬菌体两株,且分析了其生物学性状。4.测定两株裂解性噬菌体基因组序列并上传GenBank,序列号为MH193369和MH375074。经过检测发现两株噬菌体为新发现噬菌体,且其不含毒力基因与耐药基因。综上所述,本研究筛选出的粪肠球菌噬菌体,其适应性强且安全,为未来实际应用提供了重要的基础数据。(本文来源于《吉林大学》期刊2019-05-01）
张雨晨[6]（2019）在《临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌分子流行病学研究及一例皮特不动杆菌全基因组分析》一文中研究指出目的了解临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌的耐药表型,探究其携带的β-内酰胺酶耐药基因,并对重症监护病房多重耐药鲍曼不动杆菌进行同源性分析,了解其暴发流行趋势。同时对一例皮特不动杆菌进行全基因组分析,了解其特有的基因组学特征。方法(1)收集临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌并收集其临床一般资料。(2)分析菌株的临床一般资料,如患者的年龄和性别、科室分布及标本来源情况。(3)使用VITEK-2 COMPACT全自动微生物分析对菌株做初步鉴定,同时利用PCR扩增rRNA基因间隔区(ITS)、recA和bla_(OXA-51)叁个特有基因,对菌株进行再次鉴定。(4)对收集的菌株进行体外药敏实验及碳青霉烯酶抑制实验,了解其耐药表型。(5)提取细菌DNA,PCR法扩增β-内酰胺酶耐药基因,对电泳阳性的PCR反应体系进行基因片段的测序,并在BLAST网上比对。(6)对其中某ICU病区的28例多重耐药鲍曼不动杆菌进行多位点序列分型(MLST),并在pubmlst网上比对得到序列型,同时利用eBURST软件分析数据。(7)对收集的一例皮特不动杆菌进行全基因组测序并行生物信息学分析。结果73例鲍曼不动杆菌中68.5%来自男性患者,且多来源于60岁以上的老年患者。标本主要来自于ICU病区,且以呼吸系统来源最常见。73例菌株对哌拉西林、头孢类抗生素、亚胺培南、美罗培南、环丙沙星以及哌拉西林/他唑巴坦全部耐药,除了对多粘菌素、替加环素和米诺环素有较高的敏感性外,对其他抗生素均高度耐药。所有菌株均携带bla_(AmpC)基因,且有97.3%携带ISAba1-AmpC基因,获得性耐药基因以bla_(TEM)和bla_(OXA-23)最常见,所有菌株均携带这两种基因中的至少一个基因,同时携带此两种基因的菌株达58.9%。本研究检测出一例同时携带bla_(KPC)、bla_(SHV)、bla_(TEM)以及ISAba1-AmpC基因的多重耐药鲍曼不动杆菌。对ICU病区28例多重耐药鲍曼不动杆菌进行多位点序列分析得到9种序列型(ST),其中包括四种新的ST型,其中ST1779、ST1789和ST195叁种类型为主要感染克隆株,占所有菌株的67.9%,eBURST软件分析得到一个同分型组和两个单体。同时本研究发现一例携带bla_(NDM-1)、bla_(OXA-421)和bla_(AmpC)基因的皮特不动杆菌。结论本院多重耐药鲍曼不动杆菌耐药性严重,其广泛合成碳青霉烯酶;β-内酰胺酶耐药基因广泛存在于多重耐药鲍曼不动杆菌中,β-内酰胺酶耐药基因的携带与鲍曼不动杆菌对β内酰胺类抗生素耐药有关;ICU病区是鲍曼不动杆菌感染的重要科室,且易出现暴发流行。在这里,我们首次在安徽地区报道了临床分离出的皮特不动杆菌,且该菌株同时携带bla_(NDM-1)、bla_(OXA-421)和bla_(AmpC)叁种耐药基因,其中bla_(OXA-421)基因为首次在中国发现。(本文来源于《安徽医科大学》期刊2019-03-01）
李曼莉,王利君,赵亚超,蒋昭芳,周冬生[7]（2019）在《IncFII-FIA-FIB型多重耐药质粒pBTR-CTXM的结构基因组学分析》一文中研究指出【背景】IncFII-FIA-FIB型质粒广泛存在于肠杆菌科细菌中,介导了许多耐药基因的水平转移,并导致细菌多重耐药问题日益严重。【目的】分析IncFII-FIA-FIB型多重耐药质粒pBTR-CTXM的基因组结构,并研究其介导大肠杆菌BTR株的耐药基因水平转移机制。【方法】利用PCR进行耐药基因筛查;接合转移和电转化实验验证质粒pBTR-CTXM是否具备自主接合转移的特性;VITEK 2 Compact全自动细菌鉴定及药敏分析仪测定相关菌株对抗生素的药物敏感性;构建MatePair文库并进行细菌全基因组高通量测序和质粒结构基因组学分析。【结果】菌株BTR是携带blaNDM-1、blaCTX-M-15、blaTEM、qnrD、qnrS1、mph(A)、erm(B)和tetA(B)等耐药基因的多重耐药大肠杆菌,其中blaCTX-M-15、mph(A)、erm(B)和tet A(B)等耐药基因均位于大小为144 939 bp的质粒p BTR-CTXM (GenBank登录号MF156697)上,该质粒可与菌株BTR内质粒pNDM-BTR接合共转移到受体菌大肠杆菌EC600中。pBTR-CTXM具备IncFII-FIA-FIB型质粒典型的骨架区结构,其多重耐药(Multidrug-resistant,MDR)区由新的复合型转座子Tn6492、Tn2残余、Tn10残余、ISEcp1-blaCTX-M-15-Δorf477转座单元和一些插入序列组成。【结论】pBTR-CTXM中新复合型转座子Tn6492与Tn10残余和ISEcp1-blaCTX-M-15-Δorf477转座单元共同介导大肠杆菌BTR株的多重耐药与耐药基因的水平传播。(本文来源于《微生物学通报》期刊2019年01期）
赵亚超[8]（2018）在《IncN1和IncFIB多重耐药质粒的测序及结构基因组学分析》一文中研究指出随着抗生素的滥用,多重耐药菌株逐渐增多,严重影响感染性疾病的治疗。细菌染色体上的耐药基因可以在很多种类的移动元件的作用下整合到质粒上,而质粒可以通过细菌间性菌毛的接触在不同菌种间进行传播。故明确多重耐药质粒中耐药基因、移动元件,阐明耐药分子遗传特征十分重要。本文针对临床分离的多重耐药菌株,对质粒介导多重耐药的机制进行探索研究,具体分为两个部分:(1)含有In191和Tn6360的pNDM-BTR及其他携带bla_(NDM)的IncN1型质粒的结构基因组学分析;(2)IncFIB家族多重耐药质粒pA1705-qnrS、p911021-tetA和p1642-tetA的测序和比较基因组学分析。含有In191和Tn6360的pNDM-BTR及其他携带bla_(NDM)的IncN1型质粒的结构基因组学分析大肠杆菌BTR于2013年分离自北京同仁医院一名患者的尿液样本。通过VITEK-2自动系统和16S rRNA基因测序进行菌种鉴定。对主要的ESBLs基因、碳青霉烯类耐药基因、喹诺酮类耐药基因、大环内酯类耐药基因和常见的四环素耐药基因进行PCR筛查。使用七个管家基因(adk、fumC、gyrB、icd、mdh、purA和recA)进行多位点序列分型。进行质粒接合转移实验。为了验证bla_(NDM-1)在相关菌株中是否表达,通过改良Carba NP法检测菌株是否产碳青霉烯酶及其类型。通过微量肉汤稀释法检测药物敏感性。使用Wizard Genomic DNA Purification Kit提取细菌基因组,使用“鸟枪法”构建全基因组文库,并在Ion PGM测序平台上进行高通量测序。通过多位点序列分型,大肠杆菌BTR属于序列型405,并且通过PCR筛查检测到bla_(NDM-1)、bla_(CTX-M)、bla_(TEM)、qnrS1、qnrD、erm(B)和mph(A)耐药基因的存在。bla_(NDM-1)和qnrS1基因可以通过接合转移方式从菌株BTR共转移到大肠杆菌EC600,产生接合子BTR-NDM-EC600,证明这两个耐药基因位于同一个质粒上,该质粒被命名为pNDM-BTR。菌株BTR和接合子BTR-NDM-EC600都产B类碳青霉烯酶,并且都对氨苄西林、头孢唑林、头孢呋新、头孢他啶、头孢吡肟、头孢西丁、亚胺培南、美罗培南、甲氧苄氨嘧啶、磺胺甲恶唑和环丙沙星耐药,但都对替加环素、呋喃妥因、磷霉素和多粘菌素敏感。此外,菌株BTR还对氨曲南、氯霉素、阿奇霉素、庆大霉素和四环素耐药。本部分研究共纳入分析6个质粒,即IncN1型质粒的参考质粒R46、所有全测序且携带bla_(NDM)的IncN1型质粒(p LK78、p LK75、pEcNDM1和pNDM-BTR)以及与pNDM-BTR具有最高覆盖度和一致性的近源质粒pMR3-OXA181。每一个质粒的结构都可以分为保守的IncN1型骨架区和一些外源插入区。保守的IncN1型骨架区包括了repA和它的iterons、stbABC–orfD操纵子、保守上游重复控制调节子区以及kikA、resP、korB和tra基因。在六个质粒骨架区不同位点整合了很多外源插入区。R46包括一个多重耐药区,其由1型整合子In1、ΔTn6309、砷抗性座位arsRDABC–orf378、orf657和IS26组成。质粒p LK78、pLK75、pEcNDM1和pMR3-OXA181均包括了两个外源插入区:pLK78包括Tn1721残余和一个由1型整合子In1021、ecoRII–ecoRIImet和ΔIS1X2组成的多重耐药区;pLK75包括In1021-5’和一个由IS1X2、ecoRII–ecoRIImet、In1021-3’和Tn1721残余组成的多重耐药区;pEcNDM1包括Tn1721残余和一个由1型整合子In1007、ecoRII–ecoRIImet和ΔIS1X2组成的多重耐药区;pMR3-OXA181包括Tn3家族新的转座子Tn6361和由1型整合子In191、ecoRII–ecoRIImet和ΔIS1X2组成的dfrA14区。pNDM-BTR包括叁个外源插入区,即IS26、dfrA14区和Tn3家族新的转座子Tn6360。本部分研究为耐药基因在IncN1型质粒间通过移动元件进行水平转移、IncN1型质粒的多样化和进化(特别是携带bla_(NDM)基因的IncN1型质粒)提供了更深入的理解,对携带bla_(NDM)基因的IncN1型质粒的流行病学研究提供了理论依据。IncFIB家族多重耐药质粒pA1705-qnrS、p911021-tetA和p1642-tet A的测序和比较基因组学分析肺炎克雷伯菌A1705于2013年分离自沈阳盛京医院一名患者的尿液样本。肺炎克雷伯菌911021于2014年分离自重庆医科大学第一附属医院一名患者的尿液样本。肺炎克雷伯菌1642于2014年分离自北京307医院一名患者的肺泡灌洗液。通过VITEK-2自动系统和16S rRNA基因测序进行菌种鉴定。对主要的ESBLs基因、碳青霉烯类耐药基因、喹诺酮类耐药基因、大环内酯类耐药基因和常见的四环素耐药基因进行PCR筛查。使用七个管家基因(gapA、infB、mdh、pgi、phoE、rpoB和tonB)进行多位点序列分型。使用QIAGEN Plasmid Midi Kit试剂盒提取质粒,进行质粒电转化实验。通过VITEK-2自动系统检测药物敏感性。使用Qiagen Blood&Cell Culture DNA Maxi Kit提取细菌基因组DNA。针对菌株1642,构建了平均长度为5k的Nextera Mate Pair大片段文库,并在Illumina MiSeq测序平台上进行高通量测序。针对菌株A1705和911021,在基于单分子实时测序技术的PacBio RSII测序平台上进行测序。通过多位点序列分型,表明菌株A1705和911021分别属于序列型449和11,而菌株1642代表了一个新的序列型2040。通过PCR筛查,表明肺炎克雷伯菌A1705携带bla_(KPC-2)、bla_(NDM-1)、bla_(OXA-1)、qnrS1、oqxAB、tetA(A)、tetA(D)、bla_(CTX-M-14)、bla_(CTX-M-15)、bla_(TEM-1)和bla_(SHV-33)耐药基因;肺炎克雷伯菌911021携带bla_(KPC-2)、qnrS1、oqxAB、mph(A)、tetA(A)、bla_(CTX-M-14)、bla_(CTX-M-65)、bla_(SHV-11)和bla_(TEM-1)耐药基因;肺炎克雷伯菌1642携带bla_(KPC-2)、qnrS1、mph(A)、tetA(A)、bla_(TEM-1)、bla_(CTX-M-65)、bla_(SHV-12)和bla_(CTX-M-14)耐药基因。菌株A1705、911021和1642中的qnrS1、tetA(A)和bla_(CTXM-14)基因均可以通过电转化方式共转移到大肠杆菌DH5α,产生电转子A1705-qnrS-DH5α、911021-tetA-DH5α和1642-tetA-DH5α,证明这些耐药基因分别位于同一个质粒上,质粒被分别命名为pA1705-qnrS、911021-tetA和1642-tetA。菌株A1705、911021和1642及其各自的电转子,即A1705-qnrS-DH5α、911021-tetA-DH5α和1642-tetA-DH5α都对氨苄西林、复方新诺明、哌拉西林、头孢唑林、头孢呋辛、头孢呋辛酯、头孢曲松和庆大霉素耐药,菌株A1705、911021和1642还对头孢替坦、头孢吡肟、亚胺培南、美罗培南、呋喃妥因耐药。此外,菌株911021和1642对阿米卡星耐药,但是菌株A1705对阿米卡星敏感。本部分研究中共纳入分析8个质粒,即参考质粒pKPN-c22(首次完整测序的含有基因repA和repB1的质粒)、pA1705-qnrS、p911021-tetA、p1642-tetA以及携带基因repA和rep B1且和各质粒具有最高覆盖度和一致性的四个的质粒,即pKPN3-307_typeA、pKPN3-307_TypeC、p6234-198.371kb和pKPSH11。每一个质粒的结构都可以分为骨架区和大量的外源插入区。主要的骨架区基因包括repA和repB1、umuCD、parAB以及parB的附着位点parC、finO和一系列F型接合转移基因,包括rlx、dtr、cpl、sfx、eex、tivF(tivF1到tivF16、tivF18和tivF19)、traJQ和trbEF。在八个质粒骨架区不同位点存在许多不同的外源插入区,尤其是在骨架区orf312和repB1之间存在一个巨大的外源插入区。该外源插入区内包括了一个或两个多重耐药区。质粒pKPN-c22、pKPSH11、p6234-198.371kb、pKPN3-307_TypeC、pKPN3-307_typeA、p911021-tetA和p1642-tetA都含有一个多重耐药区,而质粒pA1705-qnrS含有两个多重耐药区。各质粒的多重耐药区又由很多的移动元件组成,比如插入序列、整合子、转座子和转座单元。本部分研究为耐药基因在Inc FIB家族质粒间通过移动元件进行水平转移提供了更深入的理解。此外,为临床多重耐药肠杆菌科细菌,特别是多重耐药肺炎克雷伯菌的传播提供研究依据。总结本研究分别对两类多重耐药质粒进行了系统且全面的描述,包括复制起始基因、骨架区和外源插入区,耐药基因和移动元件,从而阐明了由多重耐药质粒介导的耐药机制,可为多重耐药菌的研究与防控提供理论支持。(本文来源于《军事科学院》期刊2018-05-23）
陈翠腾,万春和,傅光华,陈珍,朱春华[9]（2018）在《多重基因重组型HH9N2亚型AIV福建分离株全基因组的分子特征》一文中研究指出为从分子水平上了解福建省活禽市场H9N2亚型禽流感病毒的遗传演化情况及其与其他亚型禽流感病毒之间的遗传进化关系,对2015年分离自福州市某活禽市场的一株鸡源H9N2亚型禽流感病毒A/chicken/Fujian/05/2015(H9N2)进行了全基因组扩增、克隆、测序,并对所获得的全序列与参考株进行了8个基因片段的同源性比较和遗传进化分析。结果显示:该分离株的HA基因与鸡源病毒A/chicken/Zhejiang/SIC40/2015(H9N2)的核苷酸同源性最高,裂解位点处氨基酸序列为-PSRSSR↓GLF-,符合低致病性裂解位点序列特征,其226位氨基酸为L,具有与哺乳动物唾液酸α,2~6受体结合的特性;NA基因颈部63、64和65位点氨基酸有缺失,与鸡源病毒A/chicken/Zhejiang/SIC32/2014(H9N2)的核苷酸同源性最高;M2基因的31位氨基酸为N,表明该病毒已经对金刚烷胺类药物产生耐药性;分离株的基因组由3个亚系的基因重组产生,其中HA和NA基因来源于BJ/94亚系,PB2和M基因来源于G1亚系,PB1、PA、NP和NS基因来源于F98亚系;该分离株的6个内部基因PB2、PB1、PA、NP、M、NS与H7N9、H10N8、H5N6亚型禽流感病毒的内部基因存在复杂的交叉重组现象。因此需加强对H9N2亚型禽流感病毒的流行病学监测。(本文来源于《中国家禽》期刊2018年05期）
沈伟[10]（2017）在《多重耐药肺炎克雷伯菌SWU01全基因组测定及耐药基因分析》一文中研究指出肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae KPN)是临床常见的细菌,常引起原发性肺炎、支气管炎、泌尿道感染。近年来,由于抗菌药物选择压力加大,临床滥用药物情况严重,致使多重耐药肺炎克雷伯菌分离率明显增加。根据中国细菌耐药监测网CHINET 2015年底公布最新数据显示革兰阴性菌占临床分离菌总数的71.1%,肺炎克雷伯菌占所有革兰阴性菌的比例达到19.8%。本研究采用第叁代高通量测序技术平台对临床所分离多重耐药肺炎克雷伯菌株SWU01进行全基因组测序,研究多重耐药肺炎克雷伯菌的耐药机制和传播机制,对多重耐药肺炎克雷伯菌的防治具有重要意义。目的:分析临床分离多重耐药肺炎克雷伯菌株SWU01对18种临床常用抗菌药物的耐药情况以及其产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)、AmpC酶、碳青霉烯酶情况,为指导临床合理使用抗生素提供科学依据;运用高通量测序技术对多重耐药肺炎克雷伯菌株SWU01进行全基因测序,分析其基因组特征,并对耐药基因进行分析,了解菌株多重耐药的遗传机制,为医院感染防控提供实验依据。方法:收集2016年某医院临床分离的多重耐药肺炎克雷伯菌SWU01,经培养鉴定、18种抗菌药物(阿米卡星、氨苄西林、庆大霉素、头孢吡肟、头孢曲松、头孢他啶、头孢替坦、头孢唑林、妥布霉素、氨苄西林/舒巴坦、哌拉西林/他唑巴坦、氨曲南、厄他培南、亚胺培南、呋喃妥因、复方新诺明、环丙沙星、左旋氧氟沙星)最低抑菌浓度值(MIC)以及相关耐药表型验证实验确定其耐药表型;采用多位点序列分型(MLST)方法确定菌株克隆型别;运用高通量测序技术进行全基因组测序,运用多种生物信息分析软件和ncbi基因资料库对所得基因信息进行分析。结果:1.swu01经培养鉴定为肺炎克雷伯菌;药敏实验对所有18种抗菌药物均表现为耐药,耐药率达100%;超广谱β内酰胺酶、ampc酶、碳青霉烯酶均为阳性,为多重耐药菌株;mlst型别为st11。2.对获得菌株的基因组进行全基因组测序,所获数据通过大量软件分析后最终确定swu01基因序列全长5,536,506bp,平均gc含量57.51%(genebankaccess-ionno:cp018454-cp018455),包含6459个蛋白质编码基因;在同源基因分析的基础上,将所有比齐后的同源基因串联起来获得全基因组水平上的比对结果进行全基因组进化树的构建,明确swu01与菌株cp006659.2亲缘关系最近。3.swu01耐药基因主要分布在质粒pswu01,pswu01全长162,552bp,gc含量52.76%;含有250个开放阅读框,其中有69个耐药相关编码基因,包括36个接合性质粒转移编码基因、5个抗菌药物耐药编码基因(tem-1、ctx-m-65、shv-12、rmtb、kpc-2)、4个毒素编码基因、8个转座子、15个插入序列以及1个Ⅰ类整合子整合酶编码基因;pswu01质粒与genebank已收录的耐药质粒lj04(登录号:kt185451.1)的全长151,466个序列中有85%相同;与另一genebank收录的耐药质粒pkp1034质粒(登录号:kp893385.1)的全长136,848个序列中有76%相同。pswu01和lj04、pkp1034叁个质粒均携带有耐药基因tem-1、ctx-m-65、shv-12、rmtb和kpc-2,其表达耐药基因的序列完全相同,只是各自在质粒中所处相对位置有所差异。结论:1.肺炎克雷伯菌株swu01对所有18种抗菌药物均耐药,为多重耐药菌株。2.肺炎克雷伯菌株swu01全基因组测序(genebankaccessionno:cp018454-cp018455)全长5,536,506bp,平均gc含量57.51%,包含6459个蛋白质编码基因,与菌株cp006659.2亲缘关系最近;SWU01含有耐药质粒,其中耐药基因主要分布在质粒PSWU01。3.肺炎克雷伯菌株SWU01质粒PSWU01全长162,552bp,GC含量52.76%,包含250个蛋白质编码基因,其中含大量抗菌药物耐药编码基因是菌株多重耐药的主要原因。(本文来源于《西南医科大学》期刊2017-05-01）
多重基因组论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的通过多重置换扩增技术(multiple displacement amplification,MDA)与宏基因组鸟枪法测序相结合的方法研究胃癌患者和健康受试者胃内微生物的组成特征。方法纳入2017年9月—2017年12月在医院就诊的胃腺癌患者4例,健康受试者4例,收集受试者胃液标本,经过标本预处理、DNA提取、MDA扩增提取的DNA、构建测序文库、高通量测序和生物信息学分析,研究2组受试者胃内微生物的组成特征,寻找与胃癌显着相关的菌种,并评估该方法用于胃内微生物宏基因组学研究的可行性。结果 MDA能显着扩增从胃液样本中提取的微量微生物DNA(207. 27±33. 17)倍,扩增后的DNA量能满足构建高质量测序文库的要求;总体上看,所有样本共鉴定出131个菌种,胃癌患者胃内菌群多样性显着低于健康受试者(P<0. 01,t=4. 189);在细菌门水平,受试者胃液菌群主要由变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、梭杆菌门组成;优势物种的组间差异分析表明,与健康受试者相比,牙髓卟啉单胞菌、口腔链球菌、干燥奈瑟菌在胃癌患者胃液中富集(P<0. 05)。结论 MDA能有效用于扩增胃内微量微生物DNA;胃癌患者的胃液菌群构成与健康人存在显着差异;部分口腔及上呼吸道条件致病菌与胃癌显着相关,是潜在的胃癌生物学标志物;通过全基因组扩增和高通量测序相结合的方法可以从菌种甚至菌株的水平上寻找与胃癌发生、发展相关的微生物。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
多重基因组论文参考文献
[1].常江,罗怡,唐标,张玲,戴贤君.一株分离自鸡肉样品的多重耐药大肠埃希菌的全基因组测序及耐药性研究[J].浙江农业学报.2019
[2].胡远亮,程乃嘉,张朝军,黄云,张炎.基于多重置换扩增技术的胃癌患者胃内微生物的宏基因组学研究[J].转化医学杂志.2019
[3].王亚鸽.一株多重耐药ST477型单增李斯特菌全基因组测序与比较基因组学分析[D].华南理工大学.2019
[4].陈宁博.全基因组重测序分析揭示东亚家牛的祖先与多重适应性基因渗入[D].西北农林科技大学.2019
[5].刘洋洋.多重耐药粪肠球菌噬菌体的分离鉴定和基因组分析[D].吉林大学.2019
[6].张雨晨.临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌分子流行病学研究及一例皮特不动杆菌全基因组分析[D].安徽医科大学.2019
[7].李曼莉,王利君,赵亚超,蒋昭芳,周冬生.IncFII-FIA-FIB型多重耐药质粒pBTR-CTXM的结构基因组学分析[J].微生物学通报.2019
[8].赵亚超.IncN1和IncFIB多重耐药质粒的测序及结构基因组学分析[D].军事科学院.2018
[9].陈翠腾,万春和,傅光华,陈珍,朱春华.多重基因重组型HH9N2亚型AIV福建分离株全基因组的分子特征[J].中国家禽.2018
[10].沈伟.多重耐药肺炎克雷伯菌SWU01全基因组测定及耐药基因分析[D].西南医科大学.2017