导读:本文包含了基因组序列特征论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因组,序列,叶绿体,豇豆,病毒,密码子,禾本科。
基因组序列特征论文文献综述
盛文涛,周劲松,贡继尚,李袁飞,饶友生[1]（2019）在《基于芦笋全雄品种核基因组序列的SSR标记开发及特征分析》一文中研究指出在天门冬属中,芦笋是全球重要的蔬菜作物,质嫩味美,营养丰富。随着芦笋种植规模的不断扩大,对芦笋品种的产量和品质提出了更高的要求。开发芦笋基因组中的分子标记,有助于开展芦笋遗传多样性分析、遗传图谱的构建、分子标记辅助选择育种等工作。本研究中基于课题组发表的全雄品种(编号:SAMN04606231)细胞核基因组测序数据(NCBI登录号:GCA_001876935.1,累计总长为1 187 538 024 bp),利用MISA程序(https://webblast.ipkgatersleben.de/misa/)识别和定位SSR位点,利用Primer 3(http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/)软件对搜索到的SSR位点两端设计引物,随机合成100对引物进行多态性引物筛选,再从多态性引物中选取易扩增、多态性高的引物,对10种天门冬属芦笋野生近缘种和20份栽培品种基因组进行扩增,检测引物的通用性,并进行UPGMA聚类分析。经检测,在芦笋基因组中共获得了375 435个SSR位点,平均每1个基因有13.57个SSR位点,其中二、叁核苷酸重复基序分别为155 458个和91 010个,占总SSR位点数的65.64%。在二核苷酸重复基序中,TA/AT所占比例最高,占41.4%,CG/GC所占比例最低,占4.6%;在叁核苷酸碱基重复基序中,TGT/ACA所占比例最高,为15.6%。在挖掘的重复类型中,随机选取100个基序重复次数在20～60之间的SSR位点进行引物设计与合成,在30份天门冬属材料中进行PCR扩增分析,从中筛选出62对具有多态性的SSR引物,其中有27对引物在研究的芦笋品种种质资源间表现出多态性,将芦笋栽培品种与近缘野生类群划分为两大类群。可见,芦笋基因组SSR标记的开发,不仅可以用于芦笋栽培品种DNA指纹图谱分析,而且为天门冬属不同种的遗传图谱构建、遗传多样性分析、重要性状的遗传机制解析、分子育种等研究奠定基础。(本文来源于《中国园艺学会2019年学术年会暨成立90周年纪念大会论文摘要集》期刊2019-10-21）
朱颖,陈炜,翁育伟,何文祥,俞婷婷[2]（2019）在《两株从手足口病患者分离的稀有血清型肠道病毒全基因组序列特征分析》一文中研究指出柯萨奇病毒A组21型(Coxsackievirus A21,CV-A21)和肠道病毒D组68型(Enterovirus D68,EV-D68)可引起成人和儿童严重的呼吸道疾病、急性弛缓性麻痹等症状,甚至死亡。本研究从手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)患者中分离到CV-A21(2013FJPTN012)和EV-D68(2014FJQZ344)各一株,对其全基因组序列进行测定和分析。通过构建基于VP1区和全基因组序列的最大似然法(Max likehood)系统进化树,并进行Simplot重组分析,对这两株福建分离株的基因序列特征和分子流行特征进行分析。结果显示,2013FJPTN012属于CV-A21的A2基因亚型,2014FJQZ344属于EV-D68的A2基因亚型。这两株分离株均未发生明显重组。本研究分析了两株分离株的全基因组序列特征,扩展了CV-A21和EV-D68的基因数据库,为病毒的相关研究、疾病控制提供了基础资料。(本文来源于《病毒学报》期刊2019年05期）
肖霜艳,吕殿红,温肖会,翟少伦,魏文康[3]（2019）在《山羊鼻内肿瘤病毒广东株的全基因组序列特征及遗传进化分析》一文中研究指出本研究通过临床初步诊断及RT-PCR技术，确诊了广东省某种羊场存在羊鼻内肿瘤病毒。通过全基因组扩增，得到一株全长为7446bp的ENTV-2毒株，命名为GDYX2019。结合GenBank中已有的ENTV-2、ENTV-1和JSRV毒株，对该毒株进行基因组同源性分析及系统进化树分析可知，GDYX2019与我国陕西、四川、重庆的ENTV-2毒株亲缘关系较近，与ENTV-1、JSRV毒株关系较远。(本文来源于《第十六届（2019）中国羊业发展大会暨庆阳农耕文化节论文集》期刊2019-09-16）
王晓光,杨瑞军,黄世腾,曹国平,雷永良[4]（2019）在《浙江省衢州市2017年输入性基孔肯雅病毒全基因组序列特征分析》一文中研究指出目的对衢州市2017年1例曾有孟加拉国旅行史的发热患者血清标本进行基孔肯雅病毒(CHIKV)全基因组序列测定及遗传进化分析。方法无菌采集患者血液,分离血清后采用实时荧光定量PCR检测CHIKV和登革热病毒核酸,反转录PCR扩增CHIKV全基因组靶向基因片段并测序,采用生物信息学软件(Contig Express、SeqMan、Clustalx V2.0、BioEdit V7.0、GENEDOC和MEGA X)分析全基因序列。结果患者血清为CHIKV核酸阳性。测序数据拼接处理后获得CHIKV全基因组序列(QZ0823株),包含11 787 bp核苷酸,非结构蛋白主要结构位点未发现变异,结构蛋白缺乏E1中的适应性突变A226V和E2中可能影响CHIKV神经毒力的新取代K252Q突变,不存在增强埃及伊蚊的适应性突变E1:K211E和E2:V264A。全基因组序列进化分析显示,QZ0823与孟加拉国、印度、巴基斯坦流行株彼此紧密聚集,具有密切的进化相关性。结论衢州市输入性基孔肯雅病毒QZ0823全基因组和结构基因C-E3-E2-6K-E1核苷酸序列均符合CHIKV特征,与孟加拉国流行株同属东中南非洲遗传谱系(ECSA)。(本文来源于《中国媒介生物学及控制杂志》期刊2019年06期）
孙平平,鞠明岫,马强,李正男[5]（2019）在《苹果茎痘病毒内蒙古分离物基因组序列和生物学特征研究》一文中研究指出利用RT-PCR结合RACE技术获得了苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)内蒙古‘金红’苹果分离物(ASPV-NM)全长基因组序列(登录号:MK239268)。该分离物基因组除去Poly A尾共有9 286个核苷酸,与17个已经报道的ASPV分离物全长基因组序列核酸一致性为70.6%～79.2%;基于全长基因组、RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependentRNApolymerase,RdRp)基因和外壳蛋白(Coatprotein,CP)基因分别将分离物ASPV-NM划分到组Ⅲ、组Ⅲ和组Ⅰ;在ASPV-NM基因组中检测到1个显着的重组事件;将ASPV-NM摩擦接种到西方烟37B上,可引起显着的褪绿黄化症状,利用透射电子显微镜可以观察到典型的病毒粒子。(本文来源于《园艺学报》期刊2019年10期）
王莉君,马培玉,蔡娟,黄琳,王灵军[6]（2019）在《冈田绕眼果蝇基因组序列特征研究》一文中研究指出目的了解冈田绕眼果蝇(Amiota okadai, A. o)基因组序列特征。方法采用Genscan、Augustus、Glimmer、HMM、GeneID和SNAP等软件对冈田绕眼果蝇基因组测序数据进行从头预测;用GeMoMa软件进行同源预测,利用EVM软件对预测结果进行整合,并结合已获得的冈田绕眼果蝇RNA-seq数据对冈田绕眼果蝇基因进行结构优化、以预测其基因组全部基因并在公共数据库及专有数据库中进行注释。结果对冈田绕眼果蝇基因组进行注释及优化分析,共得到11 510个具有较高可信度的基因;在公共数据库中进行BLAST比对,98.53%的基因得到注释,其中NR数据库中注释的基因数目(占98.20%)较多,可富集到KEGG的基因数目(占43.15%)较少;通过KOG数据库分析功能基因,共得到4 967个功能基因。在3个专有数据库中(TCDB、CAZyme和PHI)中进行比对,分别注释获得了291、359和2 574个基因,其中PHI数据库中可注释的基因(2 574个)较多。结论初步揭示了冈田绕眼果蝇基因组序列特征和注释信息,共得到11 510个基因,为其基因组序列特征研究奠定了基础。(本文来源于《中国病原生物学杂志》期刊2019年08期）
黄卓然,吴晓敏,张慧君,段永波,张强[7]（2019）在《四种禾本科作物叶绿体基因组碱基替换的侧翼序列特征》一文中研究指出对于核苷酸替换对相邻位点依赖性及侧翼序列特征的研究有助于厘清不同物种之间的进化关系,可以作为基因编辑和基因修饰技术的基础。早期研究表明, CpG甲基化效应广泛存在于哺乳动物和细菌基因组中,而叶绿体某些基因中的颠换相邻位点表现出一定的碱基组成偏好。本研究将4种禾本科作物小麦(Triticum aestivum)、水稻(Oryza sativa)、玉米(Zea mays)和高粱(Sorghum bicolor)的叶绿体基因组序列分为两组比对,查找替换位点并统计侧翼序列各位点碱基组成。通过相对熵(KL散度)作图,发现小麦和水稻的叶绿体基因组中相邻序列的碱基组成受到替换的影响随着距离的增大而减小,而玉米和高粱叶绿体基因组缺少相应规律。对于相对熵较高的替换相邻位点,通过不同核苷酸相对熵贡献的研究,发现4种禾本科作物的叶绿体基因组均表现出CpG甲基化效应以及颠换相邻位点的特殊组成规律。本研究为相对熵在植物基因组分子进化领域的应用提供参考。(本文来源于《植物生理学报》期刊2019年07期）
林丹,李冰冰,翟晓巧[8]（2019）在《‘豫杂一号’泡桐叶绿体基因组序列及特征分析》一文中研究指出泡桐是中国重要的速生树种,对我国经济发展有着重要作用。以‘豫杂一号’泡桐为材料,Illumina Hiseq2000测序,对其全基因组序列基本结构特征、密码子偏好性和重复序列进行统计分析。结果表明,‘豫杂一号’泡桐为典型的四分体结构,全长序列为154 615 bp,编码114个基因,含4个rRNA,30个tRNA和80个蛋白质编码基因。该叶绿体全基因组测序的成功促进了叶绿体分子生物学的研究,也为泡桐以及其他物种的遗传育种和创制种质资源奠定了一定的理论基础。(本文来源于《河南林业科技》期刊2019年02期）
杨晓,张宇,陈莎,李桑桑,龚一诺[9]（2019）在《豇豆轻斑驳病毒海南分离物全基因组序列测定及分子特征》一文中研究指出从海南采集疑似感染豇豆轻斑驳病毒(Cowpea mild mottle virus,CpMMV)的豇豆病叶,采用RT-PCR结合测序获得其全基因组序列,CpMMV海南分离物(KY420906)基因组全长8 193 bp,与其他CpMMV分离物的同源性为63.00%～83.22%。系统发育分析结果表明,CpMMV海南分离物单独聚为一个亚簇;重组分析结果表明,CpMMV基因组有一个重组事件,断点为3 212～3 592 bp。(本文来源于《中国蔬菜》期刊2019年06期）
祝友朋,刘宏莉,韩长志[10]（2019）在《基于全基因组序列的核桃细菌性黑斑病菌分泌蛋白的预测及特征分析》一文中研究指出【目的】充分了解核桃黑斑病菌的侵染机制。【方法】以全基因组序列已经公布的7个核桃细菌性黑斑病菌菌株CFBP2528、CFBP7179、CFBP8253、DW3F3、J303、NCPPB1447、Xaj417等所具有的蛋白序列为预测数据,基于分泌蛋白所具有的主要特征,利用SignalP v4.1、ProtCompB v9.0、TMHMM v2.0、big-PI Fungal predictor、TargetP v1.1、LipoP v1.0等在线分析程序对分泌蛋白进行预测,同时分析其氨基酸组成及分布、信号肽长度、信号肽切割位点等特征。【结果】核桃细菌性黑斑病菌的分泌蛋白平均为74个,其氨基酸长度多集中于101～400氨基酸,所占比例为63.65%。信号肽氨基酸残基中以A最多,所占比例为22.04%;其次是L,所占比例为19.27%。信号肽长度以19～29个氨基酸的最多,所占比例为79.62%,信号肽切割位点属于A-X-A类型。【结论】核桃细菌性黑斑病菌中分泌蛋白的有效预测,可为深入解析核桃细菌性黑斑病菌中分泌蛋白在侵染过程中所发挥的功能提供理论依据。(本文来源于《南京林业大学学报(自然科学版)》期刊2019年03期）
基因组序列特征论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
柯萨奇病毒A组21型(Coxsackievirus A21,CV-A21)和肠道病毒D组68型(Enterovirus D68,EV-D68)可引起成人和儿童严重的呼吸道疾病、急性弛缓性麻痹等症状,甚至死亡。本研究从手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)患者中分离到CV-A21(2013FJPTN012)和EV-D68(2014FJQZ344)各一株,对其全基因组序列进行测定和分析。通过构建基于VP1区和全基因组序列的最大似然法(Max likehood)系统进化树,并进行Simplot重组分析,对这两株福建分离株的基因序列特征和分子流行特征进行分析。结果显示,2013FJPTN012属于CV-A21的A2基因亚型,2014FJQZ344属于EV-D68的A2基因亚型。这两株分离株均未发生明显重组。本研究分析了两株分离株的全基因组序列特征,扩展了CV-A21和EV-D68的基因数据库,为病毒的相关研究、疾病控制提供了基础资料。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因组序列特征论文参考文献
[1].盛文涛,周劲松,贡继尚,李袁飞,饶友生.基于芦笋全雄品种核基因组序列的SSR标记开发及特征分析[C].中国园艺学会2019年学术年会暨成立90周年纪念大会论文摘要集.2019
[2].朱颖,陈炜,翁育伟,何文祥,俞婷婷.两株从手足口病患者分离的稀有血清型肠道病毒全基因组序列特征分析[J].病毒学报.2019
[3].肖霜艳,吕殿红,温肖会,翟少伦,魏文康.山羊鼻内肿瘤病毒广东株的全基因组序列特征及遗传进化分析[C].第十六届（2019）中国羊业发展大会暨庆阳农耕文化节论文集.2019
[4].王晓光,杨瑞军,黄世腾,曹国平,雷永良.浙江省衢州市2017年输入性基孔肯雅病毒全基因组序列特征分析[J].中国媒介生物学及控制杂志.2019
[5].孙平平,鞠明岫,马强,李正男.苹果茎痘病毒内蒙古分离物基因组序列和生物学特征研究[J].园艺学报.2019
[6].王莉君,马培玉,蔡娟,黄琳,王灵军.冈田绕眼果蝇基因组序列特征研究[J].中国病原生物学杂志.2019
[7].黄卓然,吴晓敏,张慧君,段永波,张强.四种禾本科作物叶绿体基因组碱基替换的侧翼序列特征[J].植物生理学报.2019
[8].林丹,李冰冰,翟晓巧.‘豫杂一号’泡桐叶绿体基因组序列及特征分析[J].河南林业科技.2019
[9].杨晓,张宇,陈莎,李桑桑,龚一诺.豇豆轻斑驳病毒海南分离物全基因组序列测定及分子特征[J].中国蔬菜.2019
[10].祝友朋,刘宏莉,韩长志.基于全基因组序列的核桃细菌性黑斑病菌分泌蛋白的预测及特征分析[J].南京林业大学学报(自然科学版).2019