导读:本文包含了同源建模论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:建模,蛋白,口疮,杆菌,分子,气味,己烯。
同源建模论文文献综述
周放,项杰,占卫红,王培东,何俊才[1]（2019）在《结核分枝杆菌Rv3248c生物信息学分析及同源建模》一文中研究指出运用生物信息学方法对结核分枝杆菌Rv3248c进行结构功能分析及同源建模。通过NCBI、BLAST、ProtParam和Interproscan等生物信息学方法对Rv3248c进行同源性、理化性质、保守序列、跨膜、信号肽二级结构和叁级结构预测分析。结果显示Rv3248c的氨基酸序列与腺苷高半胱氨酸水解酶高度一致,该蛋白包含495个氨基酸,没有跨膜及信号肽结构,其二级结构α螺旋占43%,无规则卷曲占41.8%,β折叠占15.2%,利用同源建模法构建该蛋白的叁级结构,并对该模型进行质量评估。研究结果有望对结核病的诊断和治疗提供参考。为进一步研究该蛋白质的结构与功能打下基础。(本文来源于《武汉轻工大学学报》期刊2019年03期）
赵新民,李滔滔,彭晓赟,刘石泉[2]（2019）在《光肩星天牛气味结合蛋白AglaOBP12同源建模及与乙酸-顺-3-己烯酯的分子对接研究》一文中研究指出【目的】研究光肩星天牛Anoplophora glabripennis气味结合蛋白AglaOBP12与寄主植物挥发物乙酸-顺-3-己烯酯的相互作用机制,为利用化学生态手段调控光肩星天牛行为提供理论依据。【方法】采用同源建模预测AglaOBP12叁维结构,虚拟氨基酸突变构建两个突变子,利用Molegro Virtual Docker程序进行分子对接研究AglaOBP12与乙酸-顺-3-己烯酯的结合模式。模型的合理性评价采用GMQE、QMEAN、ramachandran图和Verify-3D。【结果】AglaOBP12的叁维结构由6个α-螺旋构成且形成锥形疏水口袋结构。6个保守半胱氨酸在螺旋结构之间形成稳定结构的3个二硫键。AglaOBP12的C端疏水性氨基酸位于结合口袋的出口并对口袋形成一定的遮挡。乙酸-顺-3-己烯酯位于疏水口袋中与疏水性氨基酸发生作用,而亲水头部羰基氧原子则与Asn123产生氢键。在与突变子N123A的对接中,乙酸-顺-3-己烯酯更接近疏水口袋的出口,乙酸-顺-3-己烯酯与C端Phe135形成氢键。而在与突变子F135E/L136E/V137E的对接中,乙酸-顺-3-己烯酯位于疏水口袋较深处,但未发现与Asn123氢键作用,相比野生型,两个突变子的对接空间能和范德华尔能增大,结合稳定性下降。【结论】乙酸-顺-3-己烯酯位于AglaOBP12疏水口袋并通过氢键与Asn123形成稳定的复合物,AglaOBP12的Asn123和C端疏水氨基酸对结合乙酸-顺-3-己烯酯具有重要作用。(本文来源于《应用昆虫学报》期刊2019年02期）
杨慧健,孙杰,何雁鸿,吴腊梅[3]（2019）在《多重耐药鲍曼不动杆菌膜孔蛋白OprD与标准敏感株同源建模的比较》一文中研究指出目的了解多重耐药鲍曼不动杆菌膜孔蛋白OprD的模型,并将其与标准药物敏感株(SDF)相比较。方法选取2017年11月至2018年5月临床标本中分离的多重耐药鲍曼不动杆菌(MDR-AB)菌株29株;应用K-B纸片扩散法检测菌株对抗菌药物的敏感性;应用nested-PCR检测OprD,并用DNAMAN将其连接后进行Blast比对分析。结果 29株MDR-AB的OprD与SDF株比较均发生同一突变,其中第98位的苏氨酸(T)突变为丙氨酸(A),278位的天冬氨酸(D)突变为甘氨酸(G),将其递交给swiss-model建模后可明显发现其β桶状结构的突变。结论多重耐药鲍曼不动杆菌中膜孔蛋白OprD发生了突变,且其突变很可能是引起鲍曼不动杆菌多重耐药性的原因之一。(本文来源于《检验医学与临床》期刊2019年03期）
乔晶,崔晟榕,石宏武,罗祖良,马小军[4]（2019）在《罗汉果环阿屯醇合酶的同源建模、分子对接及催化环化的机理推测》一文中研究指出环阿屯醇为植物甾醇类化合物,也是诸多甾醇类化合物生物合成的关键前体物质之一,具有抗炎、抗氧化、抗肿瘤、调节胆固醇等多种药理活性。课题组前期克隆了罗汉果环阿屯醇合酶基因(Cycloartenol Synthase,CAS)并对其进行了功能验证(GenBank登录号:HQ128566)。但该酶的催化活性位点及催化机制尚不明确,阻碍了进一步的改造及应用。本研究利用同源建模预测CAS的叁维结构,结合分子对接模拟技术分析该酶与底物的相互作用,结果表明,Asp491、Cys492、Cys570、Tyr540、His265是CAS酶上关键的催化位点,Asp491质子化2,3-氧化鲨烯引发四个环化反应形成C20正离子中间体,然后中间体经过一系列的碳正离子重排形成C11正离子中间体,最后通过His265与Tyr540去质子化使得C27与C11原子间形成单键生成产物环阿屯醇。此外,活性空腔内存在大量的疏水氨基酸,则通过疏水作用稳定反应物、中间体结合在活性空腔。该酶活性位点的发现,为今后通过定点突变技术改造酶的活性及调控代谢通路奠定了基础。(本文来源于《生物技术通报》期刊2019年02期）
黄佳俊,林淑玲,欧阳萍兰,魏韬,郑倩望[5]（2018）在《DBAT酶的同源建模及与多样性底物对接》一文中研究指出10-去乙酰巴卡亭Ⅲ乙酰基转移酶(DBAT)是紫杉醇生物合成途径中催化10-去乙酰巴卡亭Ⅲ生成巴卡亭Ⅲ的一个关键酶,由于其催化效率低,使得天然巴卡亭Ⅲ和紫杉醇含量都很低,紫杉醇细胞工厂的构建也受到严重制约。本研究利用MODELLER同源建模软件,构建了未报道晶体结构的DBAT叁维结构模型,结合分子动力学模拟DBAT在稳定状态前后氨基酸的位置变化,分析关键氨基酸改变对酶催化活性的影响,获得位点His162和Arg365。利用虚拟定点突变和分子对接技术,推断His162为关键活性氨基酸残基,Arg365的空间位阻效应可影响催化反应过程。本研究为后续DBAT催化机理的解析提供潜在靶点,并为DBAT分子设计奠定基础。(本文来源于《化学研究与应用》期刊2018年08期）
张雪,谭强,赵文博,段旭阳,冯振月[6]（2018）在《羊口疮病毒单抗可变区氨基酸序列及同源建模分析》一文中研究指出为了解羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)单克隆抗体2E4的抗体可变区的分子特征,选择其轻链和重链可变区基因分别进行体外扩增和测序,并通过IgBLAST程序分析(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast/),确定了2E4抗体可变区的互补决定区(complementarity determining regions,CDRs)和骨架区(framework regions,FRs)氨基酸结构。继而,采用SWISS-MODEL同源建模方法,展示抗体分子轻、重链可变区的叁维空间构型,并推测出可能的ORFV B细胞抗原表位多肽结合部位(pocket)。目的基因测序结果显示:2E4轻链可变区(VL)基因扩增全长为324bp,编码108个氨基酸;2E4重链可变区(VH)基因扩增全长为345bp,编码115个氨基酸。IgBLAST结果显示:轻链与GenBank公布的GHP53(GI:197494)单抗轻链可变区序列基因序列一致性达到97.6%;重链与VHSAF34(GI:215263227)单抗重链可变区基因序列一致性达到98.6%。并且,2E4轻链CDRs(CDR1-CDR3)分别位于25~34aa、52~54aa和91~98aa的序列位置;重链CDRs(CDR1-CDR3)分别位于25~32aa、50~57aa和96~104aa的序列位置。同源建模分析结果显示:这些CDRs区域共同形成的"pocket"极可能作为抗原表位多肽结合的位点。最终成功克隆2E4单抗可变区基因,分析了抗体轻、重链可变区CDRs构成形式,模拟了其空间构型,为进一步了解和验证"CDRs-表位"特异性结合的分子机制,并在Orf免疫保护中加以应用提供了可能。(本文来源于《中国兽医学报》期刊2018年05期）
王东东[7]（2018）在《幽门螺杆菌GyrB的同源建模和分子对接研究》一文中研究指出幽门螺杆菌(helicobacter pylori,Hp)感染能够引起胃部一系列病变,甚至诱发胃癌。GyrB是生物遗传信息复制、传导等过程中不可缺少的重要组成蛋白,具有Fic结构域的Fic-1蛋白同幽门螺杆菌DNA解旋酶中的GyrB结构域之间存在相互作用,但是二者间相互作用的具体模式尚未清楚,PDB数据库中尚未有幽门螺杆菌DNA解旋酶GyrB的蛋白叁维结构。因此本文采用计算机模拟的方法对幽门螺杆菌DNA解旋酶GyrB进行同源建模,进而同Fic-1蛋白进行分子对接,探究二者间具体的相互作用模式。经过细致筛选,确定以肺炎链球菌晶体结构、大肠杆菌DNA解旋酶的晶体结构、结核分枝杆菌GyrB ATPase区域的晶体结构和金黄色葡萄球菌DNA解旋酶的晶体结构为模板,采用同源建模方法,构建幽门螺杆菌DNA解旋酶GyrB晶体结构,经过反复优化和能量最小化,通过Ramachandran plot和Verify3D进行结构的合理性分析,逐层筛选,最终经同源建模获得GyrB晶体结构。此结构经Ramachandran plot的评估,模型有95.1%的残基处于允许区,4.9%的残基处于不允许区,并且处于不允许区的残基均不是关键残基;经过Verify3D得出84.99%的残基分数在0.2以上,并且少于百分之十的氨基酸残基的Verify3D得分小于0,构象合理,可用作分子对接。将模建出的幽门螺杆菌DNA解旋酶GyrB最佳结构模型与Fic-1蛋白进行分子对接实验,探究GyrB与Fic-1具体相互作用。对接后,对最佳对接模型进行作用位点分析发现,GyrB模型中关键残基为:Tyr-708,Leu-711,Asn-715,Pro-716,Leu-748,Pro-756,Arg-757,Arg-758和Ala-759;Fic-1蛋白在作用过程中的关键残基为:Phe-246,Asn-247,Leu-249,Met-258,Asn-315,Cys-316,Leu-319,Ser-320,Met-423,Arg-424,Gly-426,Phe-427和Pro-428。Fic-1和GyrB之间存在疏水性相互作用、氢键相互作用和阳离子-π相互作用,二者间残基的相互作用决定了Fic-1/GyrB复合物的稳定性。以上研究结果明确了幽门螺杆菌DNA解旋酶GyrB与Fic-1间的相互作用方式,在分子水平上为设计阻断幽门螺杆菌感染的有效药物提供了强有力的理论依据。(本文来源于《沈阳化工大学》期刊2018-03-13）
阎伟,骆有庆,李朝绪,刘丽,覃伟权[8]（2017）在《锈色棕榈象气味结合蛋白的同源建模》一文中研究指出【目的】锈色棕榈象Rhynchophorus ferrugineus为危害棕榈科植物的重要入侵害虫,为获得该害虫气味结合蛋白(Odorant binding protein,OBP)的叁维结构,从而基于计算反向化学生态学方法筛选潜在对该害虫行为具有调控作用的挥发物用于防控奠定基础。【方法】以蛋白质数据库中已经报道的昆虫OBP晶体结构为模板,采用同源建模方法构建获得了该害虫2个OBP的叁维结构。模建结构通过Procheck、Verify_3D和ERRAT进行评价,得到的评估分值均表明模建结构质量高。【结果】叁维模建结构显示,这2个锈色棕榈象OBP由6个α-螺旋和连接这些螺旋的回折构成,6个半胱氨酸形成的3对二硫键起到了稳定结构的作用。【结论】模建结构的获得,为今后通过分子对接筛选潜在的活性挥发物用于防控锈色棕榈象奠定了基础。(本文来源于《应用昆虫学报》期刊2017年06期）
赵恒毅,胡梦薇,史玉欢,王宇,祁红[9]（2017）在《M1毒蕈碱乙酰胆碱受体同源建模模板的选取及验证》一文中研究指出目的:探讨不同同源模板所获得M1毒蕈碱乙酰胆碱受体模型的合理性及可靠性。方法:以牛视紫红素受体、人源β2-肾上腺素受体、M2胆碱受体和M3胆碱受体为模板,分别对M1胆碱受体进行同源建模;采用分子对接获得各M1胆碱受体同源模板与配体的互作模式,并与已报道的M胆碱受体晶体结构进行静态比对,得到最佳M1胆碱受体同源模板;采用分子动力学模拟分析配体与关键残基距离的变化,对M1胆碱受体同源模板进行动态验证。结果:M2胆碱受体与M1胆碱受体的序列相似度较高,为67.9%;以Inactive M2胆碱受体为模板构建的M1胆碱受体(M1R_(inactive-M2R))与其他晶体结构间RMSD值的均值最低,为1.39;M1R_(inactive-M2R)别构位点K392及E397残基侧链与结合口袋距离更近,与配体结合构象更匹配;分子对接结果显示,双位点别构激动剂VU0184670与M1R_(inactive-M2R)别构结合位点Y85、Y381的距离分别为4.8、6.8,优于其他模型;分子动力学模拟后,配体与Q177残基的距离由7.4降至2.9,提示配体VU0184670向Q177方向偏转,与文献结果一致。结论:以Inactive M2受体结构为模板构建的M1胆碱受体模型最为合理,更接近M1胆碱受体的晶体结构。本研究为M1胆碱受体药物开发提供重要工具,为其他GPCRs受体同源建模提供创新范式。(本文来源于《现代生物医学进展》期刊2017年32期）
张雪[10]（2017）在《羊口疮病毒单抗2E4可变区同源建模及病毒B2L基因体外编辑的研究》一文中研究指出羊传染性脓疱病(Contagious Ecthyma,CE)俗称羊口疮,是由痘病毒科(Poxviridae)副痘病毒属(Parapoxvirus)的羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)引起的一种接触性皮肤传染病,主要感染绵羊和山羊等小反刍动物,有时甚至会感染人类,是全球性广泛分布的病毒性传染病之一。由于羊口疮对于农牧业的潜在威胁以及存在人畜共患风险,因此,ORFV及其致病因子的研究已经成为热点。其中,B2L基因作为不可替代的关键基因,始终被研究者密切关注。该基因位于病毒基因组中央高度保守区域,是病毒一种重要的保护性抗原基因,其编码的病毒粒子囊膜部分蛋白作为主要的抗原可以刺激机体产生强烈的免疫反应,并活化淋巴细胞;同时,B2L对于病毒的装配、扩散和侵染可能十分必要。然而,针对B2L的研究目前仅仅局限于核酸鉴定,并未有深入研究其功能的报道。因此,可以采用新型基因编辑方法加以验证。首先,为了验证ORFV B2L基因被编辑前后的功能,针对B2L N端构象表位的单克隆抗体2E4,在分子水平上验证2E4抗体轻、重链可变区序列中互补决定区(complementarity determining regions,CDRs)与B2L表位的分子结构对应性。通过体外扩增可变区序列和测序,并上传NCBI-Ig BLAST获得2E4抗体可变区的CDRs和骨架区(framework regions,FRs)氨基酸结构。继而,采用SWISS-MODEL同源建模方法,展示抗体分子轻、重链可变区的叁维空间构型,并模拟了可能的ORFV B2L抗原表位多肽结合部位(Pocket)。通过CDRs区氨基酸突变验证了其与B2L抗原结合的重要性。其二,采用CRISPR/Cas9基因编辑技术对ORFV B2L基因分别在体外和体内进行编辑。通过设计特异的打靶g RNA序列并体外转录成单链m RNA(sg RNA),在Cas9核酸酶作用下对B2L-p ET-32a重组质粒进行切割,从而验证g RNA序列的选取可行性。随后将PMJ920和g RNA1-p GEMT-easy质粒共转染于HEK293细胞,利用病毒蚀斑纯化技术对编辑后病毒变异株进行纯化和扩大培养,通过测序分析B2L基因编辑情况。测序结果显示,筛选出的1株病毒在PAM序列(CGG)5’端第5个碱基处,由原来的胞嘧啶(C)突变为鸟嘌呤(G),但氨基酸依然是丝氨酸(S);另1株病毒变异株(命名为OV_HLJ-ΔB2L)在PAM序列(CGG)5’端第4个碱基开始连续缺失4个碱基序列,导致后面的氨基酸序列移码并提前有终止子出现。通过间接免疫荧光证实病毒变异株OV_HLJ-ΔB2L不能与2E4单抗结合。将OV_HLJ-ΔB2L变异株接种动物羊后,其致病力减弱。本研究采用同源建模方法,展示抗体分子轻、重链可变区的CDRs,并模拟了可能的B2L表位多肽结合部位,采用点突变法证明了表位与CDRs结合的特异性。采用CRISPR/Cas9技术对ORFV B2L基因进行编辑,并筛选出缺失B2L基因的病毒变异株OV_HLJ-ΔB2L,为今后B2L基因的应用和研究ORFV其它的功能性基因奠定了基础。(本文来源于《黑龙江八一农垦大学》期刊2017-06-01）
同源建模论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
【目的】研究光肩星天牛Anoplophora glabripennis气味结合蛋白AglaOBP12与寄主植物挥发物乙酸-顺-3-己烯酯的相互作用机制,为利用化学生态手段调控光肩星天牛行为提供理论依据。【方法】采用同源建模预测AglaOBP12叁维结构,虚拟氨基酸突变构建两个突变子,利用Molegro Virtual Docker程序进行分子对接研究AglaOBP12与乙酸-顺-3-己烯酯的结合模式。模型的合理性评价采用GMQE、QMEAN、ramachandran图和Verify-3D。【结果】AglaOBP12的叁维结构由6个α-螺旋构成且形成锥形疏水口袋结构。6个保守半胱氨酸在螺旋结构之间形成稳定结构的3个二硫键。AglaOBP12的C端疏水性氨基酸位于结合口袋的出口并对口袋形成一定的遮挡。乙酸-顺-3-己烯酯位于疏水口袋中与疏水性氨基酸发生作用,而亲水头部羰基氧原子则与Asn123产生氢键。在与突变子N123A的对接中,乙酸-顺-3-己烯酯更接近疏水口袋的出口,乙酸-顺-3-己烯酯与C端Phe135形成氢键。而在与突变子F135E/L136E/V137E的对接中,乙酸-顺-3-己烯酯位于疏水口袋较深处,但未发现与Asn123氢键作用,相比野生型,两个突变子的对接空间能和范德华尔能增大,结合稳定性下降。【结论】乙酸-顺-3-己烯酯位于AglaOBP12疏水口袋并通过氢键与Asn123形成稳定的复合物,AglaOBP12的Asn123和C端疏水氨基酸对结合乙酸-顺-3-己烯酯具有重要作用。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
同源建模论文参考文献
[1].周放,项杰,占卫红,王培东,何俊才.结核分枝杆菌Rv3248c生物信息学分析及同源建模[J].武汉轻工大学学报.2019
[2].赵新民,李滔滔,彭晓赟,刘石泉.光肩星天牛气味结合蛋白AglaOBP12同源建模及与乙酸-顺-3-己烯酯的分子对接研究[J].应用昆虫学报.2019
[3].杨慧健,孙杰,何雁鸿,吴腊梅.多重耐药鲍曼不动杆菌膜孔蛋白OprD与标准敏感株同源建模的比较[J].检验医学与临床.2019
[4].乔晶,崔晟榕,石宏武,罗祖良,马小军.罗汉果环阿屯醇合酶的同源建模、分子对接及催化环化的机理推测[J].生物技术通报.2019
[5].黄佳俊,林淑玲,欧阳萍兰,魏韬,郑倩望.DBAT酶的同源建模及与多样性底物对接[J].化学研究与应用.2018
[6].张雪,谭强,赵文博,段旭阳,冯振月.羊口疮病毒单抗可变区氨基酸序列及同源建模分析[J].中国兽医学报.2018
[7].王东东.幽门螺杆菌GyrB的同源建模和分子对接研究[D].沈阳化工大学.2018
[8].阎伟,骆有庆,李朝绪,刘丽,覃伟权.锈色棕榈象气味结合蛋白的同源建模[J].应用昆虫学报.2017
[9].赵恒毅,胡梦薇,史玉欢,王宇,祁红.M1毒蕈碱乙酰胆碱受体同源建模模板的选取及验证[J].现代生物医学进展.2017
[10].张雪.羊口疮病毒单抗2E4可变区同源建模及病毒B2L基因体外编辑的研究[D].黑龙江八一农垦大学.2017
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