导读:本文包含了基因调控网络论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因,网络,转录,方根,拉普拉斯,体细胞,内皮。
基因调控网络论文文献综述
郑明,刘桂霞,卓慕瑰[1]（2019）在《AP数据源融合算法构建基因调控网络》一文中研究指出针对单一数据集构建基因调控网络算法数据量不足及构建网络结果不精确的问题,提出一种基于能力与信任(AP)的数据源融合算法.该算法将基因表达数据、蛋白质相互作用数据和基序数据集,分别通过控制与被控制双向数据流传输来分析和构建基因调控网络,并与ReMoDiscovery,CLR和C3Net叁种已开发模型在酵母全基因组网络构建结果的AUC值进行对比.对比结果表明,该算法在构建基因调控网络算法方面执行效率更高、收敛性更强.(本文来源于《吉林大学学报(理学版)》期刊2019年05期）
殷恺琳,周彤[2]（2019）在《基于一种叁态模型的基因调控网络结构辨识》一文中研究指出本文提出一种将基因静态表达水平分为叁种类型的非线性状态空间模型,利用线性滤波算法对基因调控网络的拓扑结构进行辨识.其中关键在于对该模型作一阶线性化近似处理,由此产生了未建模动态和参数误差等不确定性.对此本文利用鲁棒状态估计算法,先后对人工网络和实际生物网络进行结构辨识.评价指标表明,与二元状态模型的辨识结果相比,其参数估计精度得到了大幅度改善.(本文来源于《第叁十八届中国控制会议论文集（7）》期刊2019-07-27）
宋运忠,庞凯雁[3]（2019）在《具有单个时滞的基因调控网络的稳定性分析》一文中研究指出为了减少具有时滞的基因调控网络在实际问题研究和应用中的保守性,对仅具有单个时滞(翻译时滞)的基因调控网络在均方根意义上的全局指数稳定性进行分析。将时滞假设为随机和时变的,且其概率分布是先验已知的。通过采用时滞的概率分布信息,利用辅助时滞参数的Lyapunov函数、稀疏矩阵和LMI技术,得出仅具有翻译时变时滞的确定性和不确定性的基因调控网络指数稳定性的判据。运用MATLAB中的LMI和Simulink 2个工具箱对实例进行仿真,结果验证了所提理论的正确性。(本文来源于《河南理工大学学报(自然科学版)》期刊2019年06期）
史书砚[4]（2019）在《面向癌症基因组学数据的基因调控网络研究》一文中研究指出癌症是一种严重威胁人类健康和生存的疾病,它的发生和发展与基因之间的联合调控、基因与环境间的相互作用有关,是一种复杂的细胞生理过程。基因组技术的发展,完善了各种疾病的基因数据,使人们在全基因组水平上研究个体差异和疾病的发生成为可能。理解生物体的基因功能和调控机制,对癌症的科学研究和临床治疗具有重要的意义。本文面向癌症基因组学数据,建立了转录因子-microRNA协同调控基因网络模型。首先,研究了建立与癌症有关的转录因子和microRNA协同调控基因网络模型的生物信息学方法。然后,研究了转录因子-microRNA协同调控的前馈环动力学模型的推断方法。最后,通过实际数据验证了本文提出的模型。本文从TCGA数据库中获取宫颈癌相关的基因与microRNA数据,以倍数分析的对数和特征基因的错误发现率作为标准,得到与疾病相关的差异表达基因与microRNA。通过加权基因关联网络分析构建了差异基因和差异microRNA的共表达网络:使用位置权重矩阵预测了转录因子的结合位点,从而得到调控基因的转录因子;通过整理TransmiR数据库得到转录因子-microRNA调控关系对:综合以上结果最终获得23个基因-转录因子-microRNA前馈环模体。基于微分方程组模型建立了基因调控网络的前馈环模体的动力学模型,考虑微阵列基因数据噪声形式的复杂性,针对不同的噪声形式,利用方差稳定化处理推导出翘曲函数,在翘曲高斯过程回归框架下实现了模型推断和参数辨识。本文建立了多转录因子和microRNA协同调控网络模型,使用马尔科夫链蒙特卡洛算法进行参数求解并推断出隐转录因子与microRNA活性水平。根据本文所提出的混合噪声形式下多转录因子协同调控的基因网络模型,利用仿真数据验证了模型具有较高的参数辨识精度和可靠性;利用真实生物数据验证了模型具有较好的逼近能力和解释力。(本文来源于《西安理工大学》期刊2019-06-30）
韩鹏勇,塔娜,宝鲁日,于海泉[5]（2019）在《人CD8~+T细胞基因调控网络研究》一文中研究指出为研究CD8~+ T细胞的功能异常机制,对功能异常状态CD8~+ T细胞和3种正常CD8~+ T细胞亚型[中央记忆CD8~+ T细胞(HCM)、效应记忆CD8~+ T细胞(HEM)和na?ve CD8~+ T细胞(HW)]的ATAC-seq(Assay for transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing)数据进行基因调控网络比较,结果表明,3种正常CD8~+ T细胞特异表达的基因参与维持相应T细胞正常功能的信号通路,功能异常CD8~+ T细胞特异的基因参与癌症相关通路。转录因子调控网络比较分析发现功能异常CD8~+ T细胞GMEB2转录因子表达关闭。细胞表面受体调控网络比较分析发现功能异常CD8~+ T细胞CD7和P4HB受体的表达关闭。采用基因调控网络的数据进行比较分析,发现CD8~+ T细胞功能异常机制可能与GMEB2转录因子、CD7和P4HB受体表达关闭有关,这为抗病育种寻找特定基因提供新思路。(本文来源于《西北农业学报》期刊2019年06期）
刘明,王宏利[6]（2019）在《具有热鲁棒性的适应性基因调控网络》一文中研究指出通过对叁节点基因调控网络的枚举、参数空间的随机采样以及动力学模拟,找到具有热鲁棒性(即温度补偿)的适应性基因转录调控网络,对其进行结构分析表明,存在3种最基本的结构可以实现具有热鲁棒性的适应性动力学功能,复杂的适应性网络都以此3种网络为核心骨架。为了考察叁节点适应性网络的适应性对网络动力学中各参数改变的敏感度,计算了各参数相应的控制系数。对控制系数的聚类分析表明,叁节点功能网络实现热鲁棒的机制为温度隔离,即尽管网络中所有的速率参数都依赖于温度,但仅输出节点的生成和降解速率明显偏离0且具有相反的符号,大多数热鲁棒适应性都通过输出节点的拮抗平衡调节来实现。(本文来源于《北京大学学报(自然科学版)》期刊2019年04期）
赵婉妮,梁剑峰[7]（2019）在《环状RNA在血管内皮前体细胞治疗糖尿病血管损伤和甲状腺功能减退中的基因调控网络的研究进展》一文中研究指出环状RNA(circRNAs)是长链非编码RNA,与小RNA(miRNAs)相互影响相互调控,形成circRNA-miRNA-mRNA调控网络。越来越多的证据表明,circRNAs与糖尿病及血管并发症、甲状腺疾病、血管内皮前体细胞(EPCs)等均具有密切关系,它们之间也存在相互联系。对circRNAs及其在糖尿病、甲状腺功能减退和EPCs治疗中的作用进行综述。(本文来源于《中国现代普通外科进展》期刊2019年05期）
张艺[8]（2019）在《复杂生命过程中的基因调控网络研究》一文中研究指出自人类基因组计划(Human Genome Project,HGP)完成,现代生命科学研究进入了全新的系统生物学时代。这个新兴领域的诞生,代表着对生物学新方法的不断探索即将展开。科学家们逐渐认识到,对于复杂生命过程的研究不单单局限在单个基因上,而是全面系统地探索基因与基因之间的表达调控规律,揭示整个生命系统的运行机制,最终破解生命遗传的秘密。伴随着测序技术的飞快发展,各实验室的研究结果产生了海量的基因表达数据,如何利用计算方法在这些数据中挖掘出具有生物学意义的基因调控关系和调控规律成为后基因组时代人类所面临的最具挑战性的问题之一。众多用于构建调控网络的模型方法可以构建基因之间的关联关系,但是无法提供基因之间的因果关系。贝叶斯网络(Bayesian Networks,BN)模型具有扎实的理论基础以及灵活的因果推理能力,是构建调控网络的有力工具,然而目前许多基于贝叶斯网络模型的方法在网络结构搜索的过程中复杂度高,网络精确度低,难以还原复杂生命过程中的精准调控关系。随着测序技术的发展,贝叶斯网络模型与新型的单细胞测序数据结合,其优势将逐渐凸显出。本文以基因表达数据为研究对象,在总结分析贝叶斯方法构建基因调控网络研究现状的基础上,针对上述问题对目前存在的评分搜索算法进行了改进,主要完成了两部分的工作:(1)提出筛选网络中关键节点基因的新方法。首先构建所有基因的共表达网络,并运用贝叶斯概率对网络中基因自身的重要性进行估算,得到基因重要性的量化表;继而利用PageRank对共表达网络中的基因由相互作用而产生的重要性传递值进行计算;最后按照重要性对关键节点进行排序。经实验验证,该方法较现有的关键节点筛选算法效果提升显着。(2)设计出一种基于信息流的贝叶斯网络搜索算法。在对关键节点基因进行调控网络的构建过程中,首先计算节点之间的信息流,构造初始网络,省略搜索过程中逆转边的操作,提升搜索效率;之后利用禁忌搜索(Tabu Search)策略对网络结构进行搜索,设置融合先验知识的蔑视准则,提升网络的精确度。本文实现了这两个算法,并在心肌发育的单细胞转录组数据上进行了基因调控网络的构建。最后将本文网络学习结果与其他贝叶斯网络结构学习算法的实验结果进行对比实验,不论在时间开销还是网络的准确度上都明显优于其他算法,证实了本文设计的算法的有效性。(本文来源于《北京交通大学》期刊2019-05-01）
王宇[9]（2019）在《粘液形成菌致垢基因调控网络智能建模方法研究》一文中研究指出粘液形成菌是换热系统中的主要致垢微生物之一,其生长周期短,具有迅速繁殖的能力,可以快速的在换热设备内聚集并产生大量的代谢产物,从而形成微生物污垢。微生物污垢的存在不仅极大的降低了换热效率和经济效益,还增加了换热设备的安全隐患,对换热系统有着巨大的危害。迄今为止,粘液形成菌的致垢机理还未形成统一的、可用于实验研究的数学模型,但是其致垢过程,必然受致垢基因表达的调控,因此,对粘液形成菌的致垢基因进行基因调控网络建模,研究其致垢基因之间的表达调控关系,对于探索粘液形成菌的致垢机理和开发新型的微生物污垢防治方法都具有重要的意义。本文以粘液形成菌的关键致垢基因为主要研究对象,以数据驱动为主要研究手段,开发了一种新型的基因调控网络构建方法,完成了粘液形成菌致垢基因调控网络的构建。首先,为了定位粘液形成菌的致垢基因,设计了高频电磁场抑垢实验和转录组基因测序实验,通过对比正常条件下和高频电磁场环境作用下粘液形成菌基因的差异表达,定位了43个致垢基因,并进一步定位了20个关键致垢基因,获得了4个时刻的基因表达数据;然后,在综合分析各种基因调控网络模型和建模方法的基础上,提出了一种新型的基于自适应长短时记忆神经网络(LSTM)的基因调控网络建模方法,主要包含叁个步骤:(1)使用LSTM进行基因表达量预测建模,并使用粒子群优化算法(PSO)优化LSTM的权重和隐层节点数;(2)使用牛顿插值法对相关基因的表达数据进行数据扩充;(3)应用皮尔森相关系数分析法,提取扩充后的相关基因的表达数据和预测得到的目标基因表达数据之间的调控关系。为了测试所提出的建模方法的有效性和普适性,分别在酵母菌细胞周期基因数据集和大肠杆菌基因修复网络数据集上进行了建模分析,结果表明,所提出的基于自适应LSTM的基因调控网络构建方法具有较高的建模精度,在两个真实生物数据集上,建模的准确性和F得分都超过了0.9,性能指标均优于其他建模方法。最后,我们使用所提出的建模方法,对粘液形成菌的20个关键致垢基因建立了3个基因调控网络。(本文来源于《东北电力大学》期刊2019-05-01）
陈冲,胡蝶,丁芝侠[10]（2019）在《分数阶基因调控网络的拉格朗日稳定性》一文中研究指出研究了一类分数阶基因调控网络的拉格朗日稳定性问题。首先,将分数阶微分算子引入到传统的整数阶基因调控网络中,建立了新型的分数阶基因调控网络,不仅可以有效地描述系统的记忆遗传特征,还可以真实地反映系统的本质特性;其次,利用拉普拉斯变换方法,卷积公式和Mittag-Leffler函数的性质,得到了此类系统拉格朗日稳定性的充分判据。另外,所得的判据还涵盖了相关整数阶基因调控网络的结果。最后,通过一个仿真实例,验证了该系统拉格朗日稳定性判据的有效性和合理性。(本文来源于《武汉工程大学学报》期刊2019年02期）
基因调控网络论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文提出一种将基因静态表达水平分为叁种类型的非线性状态空间模型,利用线性滤波算法对基因调控网络的拓扑结构进行辨识.其中关键在于对该模型作一阶线性化近似处理,由此产生了未建模动态和参数误差等不确定性.对此本文利用鲁棒状态估计算法,先后对人工网络和实际生物网络进行结构辨识.评价指标表明,与二元状态模型的辨识结果相比,其参数估计精度得到了大幅度改善.
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因调控网络论文参考文献
[1].郑明,刘桂霞,卓慕瑰.AP数据源融合算法构建基因调控网络[J].吉林大学学报(理学版).2019
[2].殷恺琳,周彤.基于一种叁态模型的基因调控网络结构辨识[C].第叁十八届中国控制会议论文集（7）.2019
[3].宋运忠,庞凯雁.具有单个时滞的基因调控网络的稳定性分析[J].河南理工大学学报(自然科学版).2019
[4].史书砚.面向癌症基因组学数据的基因调控网络研究[D].西安理工大学.2019
[5].韩鹏勇,塔娜,宝鲁日,于海泉.人CD8~+T细胞基因调控网络研究[J].西北农业学报.2019
[6].刘明,王宏利.具有热鲁棒性的适应性基因调控网络[J].北京大学学报(自然科学版).2019
[7].赵婉妮,梁剑峰.环状RNA在血管内皮前体细胞治疗糖尿病血管损伤和甲状腺功能减退中的基因调控网络的研究进展[J].中国现代普通外科进展.2019
[8].张艺.复杂生命过程中的基因调控网络研究[D].北京交通大学.2019
[9].王宇.粘液形成菌致垢基因调控网络智能建模方法研究[D].东北电力大学.2019
[10].陈冲,胡蝶,丁芝侠.分数阶基因调控网络的拉格朗日稳定性[J].武汉工程大学学报.2019
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