导读:本文包含了分离序列论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:序列,基因,病毒,基因组,鉴定,樱桃,病原菌。
分离序列论文文献综述
张春玮,安达,杨晶,刁有祥[1]（2019）在《鹅细小病毒的分离鉴定及全基因组序列分析》一文中研究指出2018年以来,我国安徽、山东、江苏等地频繁发生鹅细小病毒(GPV)感染,该病死亡率和感染率较高,且抗体治疗效果不佳,给养鹅业造成了巨大的经济损失。为研究其基因遗传进化特点,通过采集来自山东、安徽与江苏鹅场发病鹅的样品,经鹅胚接种成功分离到4株病毒,分别命名为DY、YT-0023、SDA967和WER123。4株病毒的VP3基因及DY株全基因组的遗传进化分析结果表明,4株病毒的VP3基因与已报道的GPV亲缘关系较近,核苷酸一致性在99%以上;DY株全基因组与国内已报道的鹅细小病毒核苷酸同源性最高,可达99.7%。结果表明分离的4株GPV未发生较大的变异,为进一步研究GPV分类地位以及进化关系提供理论依据,也对GPV的防控具有一定指导意义。(本文来源于《中国家禽》期刊2019年21期）
李夏,夏文君,毛锶超,卢舒婷,莫开昆[2]（2019）在《血清4型禽腺病毒浙江株的分离鉴定及其全基因组序列分析》一文中研究指出对2015年浙江省某鸡场疑似心包积液-肝炎综合征的患病鸡进行病原检测和分离鉴定,并对分离到的禽腺病毒全基因组进行遗传进化分析。采用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)扩增结合核酸测序分析确定其病原为血清4型禽腺病毒(FAdV4);通过鸡胚接种和原代鸡胚肾(chicken embryo kidney, CEK)细胞多次传代培养,获得FAdV4细胞适应毒株ZJ2015。血凝实验显示:ZJ2015株不能凝集小鼠、大鼠、鸡和绵羊的红细胞,间接免疫荧光分析表明其半数组织培养感染剂量(50%tissue culture infective dose, TCID_(50))为2.0×10~6mL~(-1)。以0.2 mL/枚剂量接种鸡胚,该毒株能100%致死鸡胚,且致死鸡胚胚体潮红、肝肿大、出血等。将FAdV4全基因组分11段分别进行PCR扩增和测序,获得跨越ZJ2015毒株的全基因组序列(GenBank登录号:MF521611.1),对其全基因组、hexon和fiber-2基因的氨基酸进行遗传进化分析显示:ZJ2015毒株与近几年国内流行的FAdV4强毒株处于同一个分支上,同源性达到99.87%以上;与ON1、KR5、MX-SHP95等较早毒株相比,ZJ2015具有1 966 bp的大段缺失及Fiber-2蛋白上多个位点的突变。浙江毒株ZJ2015的分离可为进一步开展FAdV4的诊断防控技术和毒力变异机制的研究奠定基础。(本文来源于《浙江大学学报(农业与生命科学版)》期刊2019年05期）
陈玲,李永强,段续伟,张晓明,王晶[3]（2019）在《樱桃小果病毒–1北京分离物全基因组序列分析》一文中研究指出樱桃病毒病在生产中危害严重,其主要以嫁接的方式进行相互传播,导致树势衰弱,果实产量和品质下降。为此,开展病毒原种类监测分析,对于其检测体系及樱桃无毒化技术,获得无病毒原种以及病毒病防控具有重要的理论意义和应用价值。2017年6月5日从北京昌平区表现花叶的甜樱桃植株上采集叶片进行小RNA测序,根据获得的contig序列设计特异性引物,用overlapping RT-PCR和5?-、3?-RACE技术扩增获得樱桃小果病毒–1(Littlecherryvirus-1,LChV-1)北京分离物基因组全序列,命名为LChV-1-BJ。从NCBI上收集另外13个LChV-1基因组全序列,通过软件RDP v.4.95对14个全序列进行重组分析,采用MEGA6对非重组的LChV-1全序列、其基因组编码依赖于RNA的RNA聚合酶(RNA-dependentRNA polymerase,RdRp)、热激蛋白70 h(heat-shock protein,HSP70h)、衣壳蛋白(coat protein,CP)3个顺反子的核苷酸序列进行系统发育分析。测序发现79个contig靶向LChV-1,overlappingRT-PCR和cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)分析结果表明,LChV-1-BJ全长16 928 nt(GenBank accession number MK775591),包含8个可读框(open reading frame,ORF),其中1～75 nt是5?非翻译区、16 723～16 928 nt是3?非翻译区、其余区域编码8个ORF。各ORF与NCBI上收集的13个全序列编码的对应ORF在核苷酸和氨基酸水平的相似性分别为ORF1a,71.19%～98.24%和76.36%～98.47%;ORF1b,74.35%～99.22%和85.44%～99.22%;ORF2,66.67%～95.83%和58.33%～90.32%;ORF3,69.11%～98.85%和74.11%～98.37%;ORF4,72.78%～98.39%和74.08%～97.87%;ORF5,71.07%～98.68%和71.32%～97.87%;ORF6,70.04%～98.64%和68.13%～98.64%;ORF7,62.93%～98.99%和70.13%～99.13%;ORF8,70.28%～98.89%和68.62%～97.91%。在全基因组水平,LChV-1-BJ与G153分离物的相似性最低,为73.25%,与Kyoto-2分离物相似性最高,为98.51%。重组分析表明14个LChV-1分离物中存在2个重组体,对非重组序列的系统发育分析表明LCh V-1聚类在5个不同的组,与寄主和地理位置无关。其中,LChV-1-BJ与近期报道的日本分离物Kyoto-2共同聚类在新报道的第V组,与中国泰安分离物聚类在不同组。综上,LChV-1在基因组水平存在多样性,获得LChV-1的全基因组序列有助于开发针对LChV-1的检测技术,对于无病毒接穗和砧木认证具有重要意义。(本文来源于《中国园艺学会2019年学术年会暨成立90周年纪念大会论文摘要集》期刊2019-10-21）
谢林艳,狄义宁,刘鲁峰,吴清莲,沈先岳[4]（2019）在《甘蔗赤腐病病原菌的分离与ITS序列鉴定》一文中研究指出从甘蔗赤腐病病原菌分离纯化得到5株病原真菌(CF-1、CF-2、CF-3、CF-4、CF-5),对其进行致病性测定、形态学观察和ITS序列分析。结果表明,CF-1和CF-4均能引起与田间病害一致的症状,通过ITS1和ITS4对致病菌的基因片段进行扩增,结果显示,菌株CF-1与KU933924.1相似性达到99.00%,CF-4与MH854879.1相似性达到99.42%。综合病害症状观察、形态观察和ITS序列分析结果,将甘蔗赤腐病病原菌CF-1鉴定为镰形炭疽菌(Colletotrichum falcatum Went.),将CF-4鉴定为球黑孢菌[Nigrospora sphaerica (Sacc.)E.W. Mason.]。(本文来源于《作物杂志》期刊2019年05期）
朱颖,陈炜,翁育伟,何文祥,俞婷婷[5]（2019）在《两株从手足口病患者分离的稀有血清型肠道病毒全基因组序列特征分析》一文中研究指出柯萨奇病毒A组21型(Coxsackievirus A21,CV-A21)和肠道病毒D组68型(Enterovirus D68,EV-D68)可引起成人和儿童严重的呼吸道疾病、急性弛缓性麻痹等症状,甚至死亡。本研究从手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)患者中分离到CV-A21(2013FJPTN012)和EV-D68(2014FJQZ344)各一株,对其全基因组序列进行测定和分析。通过构建基于VP1区和全基因组序列的最大似然法(Max likehood)系统进化树,并进行Simplot重组分析,对这两株福建分离株的基因序列特征和分子流行特征进行分析。结果显示,2013FJPTN012属于CV-A21的A2基因亚型,2014FJQZ344属于EV-D68的A2基因亚型。这两株分离株均未发生明显重组。本研究分析了两株分离株的全基因组序列特征,扩展了CV-A21和EV-D68的基因数据库,为病毒的相关研究、疾病控制提供了基础资料。(本文来源于《病毒学报》期刊2019年05期）
康浩然,刘重阳,于勇,张俊杰,潘子豪[6]（2019）在《2017—2018年我国部分地区牛支原体的分离鉴定及多位点序列分型》一文中研究指出旨在分离流行于我国部分地区的牛支原体,掌握我国牛支原体的种群结构和进化关系。本研究于2017—2018年采集黑龙江、河北、江苏、安徽、内蒙古等地规模化养殖场327份病牛样品,分离鉴定出20株牛支原体。采用adh1、gltX、gpsA、gyrB、pta2、tdk、tkt 7个管家基因对分离株进行多位点序列分型(MLST),分析我国牛支原体种群结构并结合GenBank数据库公布的85株牛支原体进行最小生成树(MST)分析。结果显示,MycbPAN005为ST-6型,其余菌株均为ST-10型,分析表明ST-10型为我国的主要流行型。我国牛支原体属于CC1克隆复合体,且除ST-6型外,ST-32、ST-26和ST-43型与ST-10型仅有一个管家基因存在差异,表明我国牛支原体种群结构相对稳定单一。ST-6型中国株MycbPAN005为国内首次报道,可为牛支原体的流行病数据库研究提供新的资料。(本文来源于《畜牧兽医学报》期刊2019年09期）
李清,冶贵生[7]（2019）在《A型产气荚膜梭菌青海分离株virR基因序列与蛋白结构分析》一文中研究指出为了探究产气荚膜梭菌virR基因功能及其蛋白结构特点,提取了产气荚膜梭菌青海分离株的基因组,设计引物对virR基因进行PCR扩增和测序,使用生物软件对该基因进行序列分析和蛋白预测。结果显示,产气荚膜梭菌分离株virR基因长为759 bp,其编码252个氨基酸;分离株virR基因与参考菌株SM101、13、ATCC 13124、CP15、Del1、EHE-NE18、FORC 003、FORC 025、JIR4025、JP55、JP838、LLY N11、NCTC2837以及NCTC13170的virR基因核苷酸序列同源性和氨基酸同源性均在97%以上;二级结构预测显示分离株virR蛋白主要由α螺旋结构和β折叠组成;三级结构预测表明分离株virR蛋白有5种可信度较高的结构,蛋白功能位点预测表明分离株virR蛋白具有1个N-糖基化位点、1个cAMP和cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点、2个蛋白激酶C磷酸化位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点以及1个N-豆蔻酰化位点。(本文来源于《安徽农业大学学报》期刊2019年05期）
刘宁,苏琳琳,姚俊,王生奎,高林[8]（2019）在《伪狂犬病病毒云南变异毒株的分离鉴定及gE、gD、gC、TK基因序列分析》一文中研究指出2013-2016年期间,从云南陆良、富源、寻甸及西双版纳规模猪场经Bartha-K61疫苗免疫猪群中发生流产的胎儿内脏组织病料中成功分离获得4株伪狂犬病病毒流行毒株,分别命名为FY-YN-2014、LL-YN-2014、XSBN-YN-2015和XD-YN-2014株。经TCID_(50)测定、动物致病性试验、免疫保护试验及gE、gD、gC、TK基因序列分析,结果显示TCID_(50)分别为10~(-6.083)/100μL、10~(-5.75)/100μL、10~(-6.583)/100μL、10~(-6.5)/100μL。采用Bartha-K61疫苗免疫过的经产母猪血清样品对XSBN-YN-2015分离毒株进行微量病毒中和试验,其结果显示gB抗体阳性、gE抗体阴性的血清样品的中和效价在1∶16～1∶32之间,用gB、gE抗体均为阳性的血清样品时,其中和效价在1∶64～1∶128之间。4株分离毒株接种昆明小白鼠、家兔2～5 d后,均出现奇痒的典型伪狂犬病临床症状。对健康非免疫断奶仔猪进行攻毒,同样出现伪狂犬病的典型发病症状,且能从脑及内脏组织中扩增出伪狂犬病病毒gE基因并成功回收分离到病毒株。在昆明小白鼠上的LD_(50)分别是10~(2.625) TCID_(50)、10~(2.875) TCID_(50)、10~(2.625) TCID_(50)、10~(2.5) TCID_(50)。XSBN-YN-2015株在非免疫断奶仔猪(伪狂犬病病毒gE、gB抗体阴性)测得的LD_(50)=10~(5.33) TCID_(50)。XSBN分离毒株对免疫2次Bartha-K61疫苗的断奶仔猪的攻击试验结果显示,被攻击仔猪均出现高热、精神萎顿、厌食等临床表现,但1周后均能耐过并逐渐康复,提示Bartha-K61疫苗株免疫猪只对当前流行的伪狂犬病病毒云南变异毒株的攻击基本能够提供100%保护。4株伪狂犬病病毒云南流行毒株与近年来国内报道的TJ、HeN1、NH1201等变异毒株的gE、gC、gD及TK基因核苷酸及氨基酸序列均高度一致,同源性高达99%～100%,均分属于同一进化树分支,不过与早期的国内毒株SC、GDSH株,国外毒株Becker、Nia-1、CL15、Kaplan、Kolchis、Hercules、NIA3及疫苗株Bartha相比,均存在一定程度的变异,也未分属于同一进化分支,因此,4株伪狂犬病病毒云南流行毒株也属于变异毒株。(本文来源于《中国兽医学报》期刊2019年09期）
孟锦昕,李楠,肖雷,何于雯,寇美玲[9]（2019）在《云南黄牛血液中阿卡斑病毒的分离鉴定及S基因序列分析》一文中研究指出为了解阿卡斑病毒在云南师宗的流行情况及病毒的遗传特征,本研究在云南师宗设立哨兵动物,2014年5～11月每周1次连续采集血清、血液样品,血清用做AKAV抗体检测,血液在C6/36、BHK-21、MDBK和Vero细胞上进行病毒分离工作,用S基因特异引物对阳性分离物进行鉴定及序列分析。结果显示,15头哨兵动物共采集到28批420份血清、420份血液样品,其中有3头牛和1只羊感染AKAV,从这些样品中分离获得2株AKAV(编号09312D和09312H),它们在BHK-21和MDBK细胞上48 h产生明显CPE。2株新分离AKAV的S片段序列核苷酸同源性为100%,氨基酸同源性为100%,与所引用的9株其他不同地区分离的AKAV的S片段序列核苷酸同源性在83.8%～97.7%之间,氨基酸同源性在90.6%～99.6%之间,且新分离毒株处于同一进化小分支,具有高度亲缘性,形成了一个独立的次级分支,同时与其他2株中国AKAV分离株处于同一进化簇。结果表明,云南省师宗县为AKAV流行地区,病毒在当地活动频繁,新分离得到的2株病毒与其他AKAV毒株具有较高的核苷酸同源性和氨基酸同源性,提示亚洲太平洋地区AKAV病毒长期流行且关系密切,同时其氨基酸同源性高于核苷酸同源性也提示了AKAV S片段良好的氨基酸遗传稳定性。(本文来源于《中国兽医学报》期刊2019年09期）
赵耀霞,韩焱,陈平[10]（2019）在《基于基效应分解的多谱投影序列盲分离算法研究》一文中研究指出在常规CT成像系统中,发出的X射线是连续能谱的,导致重建图像出现硬化伪影,影响了材料组分区分,无法进行定量表征。解决这一问题的关键在于实现多能谱CT成像,利用多个窄能谱段或单能量CT图像,提高组分与图像灰度的对应性。相对于传统CT,能谱CT具有更强的组分区分能力,有利于实现物体组分的定量分析。现有的基于光子计数探测器多谱CT在成像时间分辨率和空间分辨率存在局限,基于能谱滤波的多谱CT能谱区分度受限。而基于变电压多谱投影序列盲分离的多谱CT,通过分解连续能谱投影,获取窄能谱投影,进而实现能谱CT成像,确保物质组分与重建图像灰度值的对应性,实用性较强。但是由于X射线能谱和物体组分的未知,在盲分离过程中,衰减系数未知,并且能谱划分是不确定的,导致窄能谱CT重建图像的能量指向性不强,对应能量值与参考能量偏差偏大,影响组分定量分析。因此,针对盲分离中能谱划分不确定性和重建图像能量指向性问题的开展研究。利用衰减系数的光电效应和康普顿效应分解,构建能量约束,消除能量的不确定性,降低分解所得投影重建图像的能量与参考能量值的偏差。在基于以残差的局部方差和最小为优化目标的分解模型中,将分解模型中的衰减系数按光电效应和康普顿效应分解为能量项和材料项,利用能量项的可预知性,依据预先划分的窄能谱段设置其值,固定各分解投影对应的窄能谱段,作为对能量的约束条件。求解所得各分解投影为能量已知投影,对其重建可得到能量确定的各窄能谱段的图像。选择衰减系数相近的硅铝材质构成外硅内铝圆柱体进行实验验证,在有能量约束的求解结果中,硅铝衰减系数与参考值偏差小于无能量约束,所得重建图像中硅铝变化率与理论值趋势较一致,能量指向性强,与参考能量偏差降低。结果表明,所提方法解决了基于变电压序列盲分离多谱CT成像的能量指向问题,能谱分辨率更高,组分表征更准确。(本文来源于《光谱学与光谱分析》期刊2019年09期）
分离序列论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
对2015年浙江省某鸡场疑似心包积液-肝炎综合征的患病鸡进行病原检测和分离鉴定,并对分离到的禽腺病毒全基因组进行遗传进化分析。采用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)扩增结合核酸测序分析确定其病原为血清4型禽腺病毒(FAdV4);通过鸡胚接种和原代鸡胚肾(chicken embryo kidney, CEK)细胞多次传代培养,获得FAdV4细胞适应毒株ZJ2015。血凝实验显示:ZJ2015株不能凝集小鼠、大鼠、鸡和绵羊的红细胞,间接免疫荧光分析表明其半数组织培养感染剂量(50%tissue culture infective dose, TCID_(50))为2.0×10~6mL~(-1)。以0.2 mL/枚剂量接种鸡胚,该毒株能100%致死鸡胚,且致死鸡胚胚体潮红、肝肿大、出血等。将FAdV4全基因组分11段分别进行PCR扩增和测序,获得跨越ZJ2015毒株的全基因组序列(GenBank登录号:MF521611.1),对其全基因组、hexon和fiber-2基因的氨基酸进行遗传进化分析显示:ZJ2015毒株与近几年国内流行的FAdV4强毒株处于同一个分支上,同源性达到99.87%以上;与ON1、KR5、MX-SHP95等较早毒株相比,ZJ2015具有1 966 bp的大段缺失及Fiber-2蛋白上多个位点的突变。浙江毒株ZJ2015的分离可为进一步开展FAdV4的诊断防控技术和毒力变异机制的研究奠定基础。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
分离序列论文参考文献
[1].张春玮,安达,杨晶,刁有祥.鹅细小病毒的分离鉴定及全基因组序列分析[J].中国家禽.2019
[2].李夏,夏文君,毛锶超,卢舒婷,莫开昆.血清4型禽腺病毒浙江株的分离鉴定及其全基因组序列分析[J].浙江大学学报(农业与生命科学版).2019
[3].陈玲,李永强,段续伟,张晓明,王晶.樱桃小果病毒–1北京分离物全基因组序列分析[C].中国园艺学会2019年学术年会暨成立90周年纪念大会论文摘要集.2019
[4].谢林艳,狄义宁,刘鲁峰,吴清莲,沈先岳.甘蔗赤腐病病原菌的分离与ITS序列鉴定[J].作物杂志.2019
[5].朱颖,陈炜,翁育伟,何文祥,俞婷婷.两株从手足口病患者分离的稀有血清型肠道病毒全基因组序列特征分析[J].病毒学报.2019
[6].康浩然,刘重阳,于勇,张俊杰,潘子豪.2017—2018年我国部分地区牛支原体的分离鉴定及多位点序列分型[J].畜牧兽医学报.2019
[7].李清,冶贵生.A型产气荚膜梭菌青海分离株virR基因序列与蛋白结构分析[J].安徽农业大学学报.2019
[8].刘宁,苏琳琳,姚俊,王生奎,高林.伪狂犬病病毒云南变异毒株的分离鉴定及gE、gD、gC、TK基因序列分析[J].中国兽医学报.2019
[9].孟锦昕,李楠,肖雷,何于雯,寇美玲.云南黄牛血液中阿卡斑病毒的分离鉴定及S基因序列分析[J].中国兽医学报.2019
[10].赵耀霞,韩焱,陈平.基于基效应分解的多谱投影序列盲分离算法研究[J].光谱学与光谱分析.2019
论文知识图
