上游序列论文_施宏辉,蒲金定,何建行

导读:本文包含了上游序列论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译,主要关键词:序列,基因,理县,结构,线虫,侧翼,转录。

上游序列论文文献综述

施宏辉,蒲金定,何建行[1](2019)在《非小细胞肺癌A549中lncRNA-CCAT1上游调控序列的Myc结合模式预测》一文中研究指出目的探讨非小细胞肺癌中,原癌基因Myc调控lncRNA-CCAT1(结肠癌相关转录因子)上游序列的潜在位点。方法通过GRh37 hg19人类基因组数据库确定调控区域,以及ENCODE数据库A549的各类Ch IP-Seq数据可视化的Wig文件,通过UCSC基因组浏览器,分析Myc的调控普遍结合模式;组蛋白H3K27Ac活化位点和DNase敏感位点,发掘潜在的Myc结合区域,并使用序列匹配的方法,发现与Myc结合的E-box的特征性。结果基因组分析表明lncRNA-CCAT1与Myc在染色体同一区域,且有证据表明Myc可以调控lncRNA-CCAT1。本研究通过ENCODE项目的Ch IP Seq数据集联合序列匹配的方法查找预测了至少4个潜在的lncRNA-CCAT1上游转录因子结合区域,20多个可能的Myc结合位点。结论经过对lncRNA-CCAT上游序列的查询,预测出Myc可能的调控序列,为Ch IP-qPCR后续验证Myc调控lncRNA的模式提供理论支持。(本文来源于《实用癌症杂志》期刊2019年06期)

翁晨春[2](2019)在《上游序列转录复合物(USTC)调控piRNA转录的机制研究》一文中研究指出小RNA是重要的基因调控分子。自RNA干扰现象被发现以来,在秀丽隐杆线虫中发现了多种小RNA。其中,piRNAs(Piwi-interacting RNAs)是一种在动物中高度保守的小RNA。在多种动物中,piRNA抑制转座子与非我基因的表达,维持基因组稳定性,是配子形成的重要因素。在秀丽隐杆线虫中,piRNA开启了基因沉默的代际遗传。大多数piRNA前体从基因组上含有上千个独立的piRNA转录单元的两个基因簇中转录。之后,piRNA转录本经过一系列加工过程,并结合到Piwi蛋白上。尽管我们已经知道一些基因参与piRNA的生成过程,但是,piRNA的转录与加工过程并不完全明朗。本文利用遗传学,细胞生物学,分子生物学中的多种技术来研究秀丽隐杆线虫中的piRNA生成机制。首先,我们利用MosSCI技术构建了单拷贝GFP::3xFLAG标记的TOFU(Twenty-One-u Fouled Ups)基因的转基因线虫。我们发现TOFU-1,TOFU-2和TOFU-7定位在生殖腺细胞质中。TOFU-3,TOFU-4和TOFU-5在生殖腺细胞核中与piRNA生成因子PRDE-1蛋白共定位。利用显微成像和ChIP实验,我们发现TOFU-5的细胞核内定位与染色体分布依赖于PRDE-1,SNPC-4,TOFU-4以及其自身的SANT结构域。TOFU-4的细胞核内定位与染色体分布依赖于PRDE-1,SNPC-4和TOFU-5。我们通过深度测序,发现PRDE-1,SNPC-4,TOFU-4和TOFU-5结合在piRNA基因簇并且定位在piRNA基因的上游。然而,PRDE-1和TOFU-4只结合基因簇内有Ruby motif的piRNA,SNPC-4和TOFU-5结合两类piRNA基因以及一些其他的编码或非编码RNA基因的上游。我们定义了一个包含PRDE-1,SNPC-4,TOFU-4和TOFU-5四个蛋白的结合在piRNA基因启动子上游的转录相关复合物,Upstream Sequence Transcription Complex(USTC)。USTC复合物在piRNA转录过程中起重要作用。TOFU-6在细胞质和P-granule中表达,并且参与piRNA的加工过程。最后,我们通过观察TOFU-5::GFP亚细胞定位来寻找更多的参与piRNA转录或者影响piRNA基因簇染色质结构的新因子。通过反向遗传筛选我们找到一些与TOFU-5::GFP亚细胞定位相关的基因,其中,包括tbp-1,mes-2,mes-3和mes-6。在这些基因的RNA干扰线虫中,TOFU-5::GFP的聚集消失。我们认为H3K27me3的修饰可能与TOFU-5::GFP聚集的形成相关。另外,我们通过正向遗传学筛选找到另一个未知基因pfd-1(piRNA foci defective1)。在pfd-1突变体中,TOFU-5::GFP的聚集也消失。因此,我们开发了一种新的利用TOFU-5::GFP作为报告基因来筛选影响piRNA转录和染色体结构的正向遗传学筛选手段。(本文来源于《中国科学技术大学》期刊2019-04-29)

石晴,朱德锐[3](2019)在《Halomonas sp.QHL1四氢嘧啶合成基因簇ectABC与上游调控序列的克隆及其功能分析》一文中研究指出目的克隆中度嗜盐菌Halomonas sp.QHL1中的四氢嘧啶合成基因簇及上游调控序列并进行功能分析。方法通过PCR技术从Halomonas sp.QHL1中克隆获得ectABC基因簇及上游启动子序列(promoter+ectABC),将其与表达载体pColdⅠDNA连接,转化至E.coil BL21(DE3),用SDS-PAGE分析目的基因的异源表达、盐耐受实验检测重组菌株的耐盐能力。结果克隆得到大小为3335 bp的promoter+ectABC基因序列,并在E.coil BL21(DE3)中成功异源表达,重组菌株盐耐受能力明显提高。结论四氢嘧啶生物合成基因操纵子序列能够在E.coil BL21(DE3)中异源表达,且含有该序列的工程菌株耐盐能力显着提高。(本文来源于《中国高原医学与生物学杂志》期刊2019年01期)

沙航,罗相忠,李忠,邹桂伟,梁宏伟[4](2018)在《基于COI序列的长江中上游鲢6个地理群体遗传多样性分析》一文中研究指出为了对长江中上游鲢(Hypophthalmichthys molitrix)种质资源现状进行监测和评价,本研究利用线粒体细胞色素C氧化酶I(cytochrome c oxidase subunit I)基因(COI)对长江中上游宜宾、忠县、万州、石首、监利、湘江6个鲢群体进行了遗传多样性分析。结果表明,在648 bp的COI序列中共检测到42个变异位点,其中单变异位点14个,简约信息位点28个。6个群体123个个体共定义了26个单倍型,单倍型多样性为0.0476~0.0945,核苷酸多样性为0.00196~0.00982。6个鲢群体总体遗传多样性丰富,万州群体单倍型多样性和核苷酸多样性均最高,忠县群体单倍型多样性最低,核苷酸多样性最低的为石首群体。遗传变异主要来自群体内个体间,单倍型网络图和系统进化树显示各群体的单倍型没有形成明显的地理格局。此外,上游宜宾群体和万州群体与中游的石首、监利和湘江群体具有明显的遗传分化,中游的监利群体与石首群体和湘江群体也有一定的遗传分化,上游群体和中游群体应该分属于长江水系两个不同的种群。(本文来源于《中国水产科学》期刊2018年04期)

李丹丹,李娟,张春龙,徐汝聪,吕东[5](2018)在《拟南芥、水稻SUTs基因及其上游序列的系统发生关系》一文中研究指出【目的】对拟南芥(Arabidopsis thaliana)、水稻(Oryza sativa)SUTs家族的基因及其上游区的序列进行了核酸组成和系统发生关系的分析,为深入研究该基因作用及其分子调控机制提供参考。【方法】利用邻近法和基因结构分析,解析SUTs基因及其上游序列的系统发生关系。【结果】水稻SUTs基因及其上游区的GC含量都明显高于拟南芥;拟南芥和水稻SUTs基因的序列长度与GC含量呈明显负相关,其基因结构分类与邻近法分类相一致,都可分为3个亚族;拟南芥SUCs上游区的序列长度与其GC含量的相关性不明显,而水稻的SUTs上游区序列长度与其GC含量有较弱的负相关性。此外,拟南芥4个SUC基因(At SUC6~9)上游序列的系统发生关系与基因序列的系统发生完全一致,但其他的At SUCs和Os SUTs基因的上游序列系统发生关系与基因序列的系统发生关系并不一致。【结论】SUTs基因在进化过程中其序列和基因结构相对保守,而其上游序列在进化过程变化较大,揭示了SUTs基因调控序列的复杂性。(本文来源于《云南农业大学学报(自然科学)》期刊2018年03期)

郭乐,郭兆将,康师,孙丹,周君雷[6](2018)在《小菜蛾MAP4K4基因上游5′-侧翼序列克隆与结构分析》一文中研究指出本实验室前期研究表明,小菜蛾通过有丝分裂原激活的蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号途径上游转录激活的关键基因MAP4K4反式调控多个中肠受体基因的表达,从而介导其对苏云金芽胞杆菌Bacillus thuringiensis(Bt)产生的Cry1Ac杀虫蛋白的高抗性。为进一步明确MAP4K4基因转录激活而过量表达的顺式调控机制,本文利用小菜蛾基因组数据库中MAP4K4基因序列信息,首先克隆了Bt Cry1Ac敏感小菜蛾种群MAP4K4基因上游5′-侧翼序列,得到了两种不同形式的5′-侧翼序列:MAP4K4-1和MAP4K4-2。随后,预测分析了其中的潜在功能顺式作用元件,同时发现其中核苷酸的转换会导致顺式作用元件的改变。本研究初步揭示了小菜蛾MAP4K4基因的5′-侧翼序列的遗传多样性,为后续明确MAP4K4的顺式调控机制奠定了基础。(本文来源于《植物保护》期刊2018年02期)

邳晓盟,刘庆珍,吴尽,肖慧,郑冬[7](2017)在《鼠源miR-148a基因上游调控序列预测及克隆》一文中研究指出为了确定miR-148a基因的上游调控序列,试验采用软件加以预测分析,并分析其生物学信息。结果表明:如果以miR-148a前体(pre-miR-148a)的第1个碱基为零点,启动子核心序列位于-1 412~-612 bp之间,其调控序列位于-2 412~-112 bp之间。此DNA片段中共存在45个转录因子的结合位点,存在25个调控miR-148a基因的转录因子结合位点。(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2017年17期)

苏波[8](2017)在《绵羊毛囊皮质层特异表达基因KAP11.1上游调控序列研究》一文中研究指出在毛囊的形成过程中,毛母质细胞向上分化成内根鞘及毛干,毛干最后长出体表形成毛发。毛干由髓质层、皮质层、角质层叁部分组成,皮质层是毛干的重要组成部分。绝大部分角蛋白关联蛋白(Keratin associated protein,KAP)基因在皮质层特异表达,KAPs含量及与角蛋白互作形成的交联结构影响毛发的理化性质,进而决定毛发的品质。本课题组前期研究发现绵羊角蛋白关联蛋白11.1(Keratin associated protein 11.1,KAP11.1)基因在毛囊皮质层特异表达,随后利用转基因小鼠模型证实绵羊KAP11.1基因5’端上游5952bp序列能够驱动外源基因在小鼠毛囊皮质层特异性表达。但KAP11.1基因在毛囊皮质层特异表达的调控机制尚不清楚。本研究通过生物信息学预测、双荧光素酶报告基因检测、点突变、RNA干扰、EMSA、免疫荧光组化等技术对绵羊KAP11.1基因上游调控序列进行了鉴定,并构建了表达Cre重组酶的KAP11.1-Cre转基因载体,主要研究结果如下:(一)绵羊KAP11.1基因5’端上游调控序列研究1.绵羊KAP11.1基因5’端上游序列中存在重要调控区域首先,对KAP11.1基因5’端2576bp上游序列(ATG的A为+1)进行截短,共得到7个截短体,分别命名为F5(-2576~+1)、F6(-2099~+1)、F7(-1594~+1)、F8(-1026~+1)、F9(-569~+1)、F10(-251~+1)、F11(-148~+1)截短体。将各截短体克隆到双荧光素酶报告载体并转染HEK293T细胞,检测结果显示F10截短体中可能存在影响绵羊KAP11.1基因表达的调控序列。通过生物信息学预测发现F10截短体中的-251~-148bp区域存在叁个与毛囊发育相关的转录因子(Hoxc13、Tst-1/Oct6和Ets1)结合位点。其次,通过对预测的转录因子结合位点进行点突变、利用RNA干扰技术在体外细胞中抑制Hoxc13、Tst-1/Oct6、Ets1表达的策略证实这些结合位点对KAP11.1基因的表达具有调控作用。2.绵羊KAP11.1基因上游-251~-148bp区域与候选转录因子存在互作依据-251~-148bp区域中Hoxc13、Tst-1/Oct6和Ets1结合位点设计探针,利用凝胶电泳迁移实验(EMSA)验证叁个转录因子与结合位点的互作,结果发现包含Hoxc13、Tst-1/Oct6和Ets1叁个转录因子结合位点的序列与核蛋白形成了DNA-蛋白复合物,表明存在相互作用。3.绵羊KAP11.1基因上游-251~-148bp区域可能是一个重要的转录调控区域首先,采集毛囊处于生长期的绵羊及昆明小鼠皮肤制作切片,用免疫荧光组化技术检测显示Hoxc13、Tst-1/Oct6和Ets1在绵羊及小鼠毛囊皮质层有表达。其次,本课题组前期研究中制备了用绵羊KAP11.1基因5’端上游5952bp序列驱动KAP13.1和ZSG表达的pKAP11.1-sKAP13.1-2A-ZSG小鼠(简称Plus小鼠)。本研究采集了出生后9(毛囊生长期)、15(毛囊生长末期)、18(毛囊衰退期)、21(毛囊退行期)天的Plus小鼠皮肤制作切片,免疫荧光组化结果表明Hoxc13、Tst-1/Oct6和Ets1在毛囊生长期的Plus小鼠毛囊皮质层中高表达,在衰退期及休止期不表达或低表达,其时空表达模式与课题组前期研究中检测的由绵羊KAP11.1基因5’端上游5952bp序列调控的KAP13.1表达模式一致。第叁,对绵羊KAP11.1基因5’端上游5952bp序列中-251~-148bp区域的Ets1转录因子结合位点进行点突变,插入双荧光素酶报告载体,检测结果发现KAP11.1基因5952bp上游序列的荧光素酶活性显着降低,说明-251~-148bp区域可能是KAP11.1基因上游序列中的一个转录调控区域。(二)表达Cre重组酶的KAP11.1-Cre转基因载体的构建利用本课题组前期研究中鉴定的可驱动外源基因在毛囊皮质层特异表达的绵羊KAP11.1基因5952bp上游序列,构建了表达Cre重组酶的KAP11.1-Cre载体并在叁种细胞(HEK293T、BHK21和PK15)中超表达,在细胞水平进行了表达检测,已经用于KAP11.1-Cre转基因小鼠的制备。(本文来源于《华中农业大学》期刊2017-06-01)

魏小青,赵娟,张振中[9](2017)在《一村一辅警怎样“炼”成农村禁毒护法使者》一文中研究指出几朵妖艳的花长在地里,在农村,几乎没有人知道它竟是可怕的罂粟。一个多月前,驻村辅警发现异常后,立即上报并现场组织铲除。几个长得很酷的青年躲在废旧房屋里,在农村,就连农民都不知道如此隐蔽的角落还藏着“瘾君子”。4月9日,驻村辅警发现后,不顾危险纵(本文来源于《农民日报》期刊2017-05-19)

张宇欣,倪静,杨存建,罗银建,马洋洋[10](2017)在《基于扰动指数的岷江上游森林扰动时间序列研究——以理县为例》一文中研究指出利用扰动指数算法对四川省阿坝州理县的森林扰动进行时间序列监测研究。基于TM数据对1994-2001,2001-2007,2007-2008,2008-2011年4个时间段的理县森林扰动进行监测。结果表明,4个时间段理县受扰动的森林面积分别为437.94,278.46,260.46,184.14 hm2,主要原因依次为人为活动,洪水及次生灾害影响,汶川地震破坏,滑坡、塌方和堰塞湖等地震次生灾害。经过验证kappa系数达到0.84。数据显示,2001年前该县森林扰动较为严重,2001年后该县受扰动森林面积逐步减少,说明森林状况逐渐转好。(本文来源于《浙江林业科技》期刊2017年03期)

上游序列论文开题报告

(1)论文研究背景及目的

此处内容要求:

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例:

小RNA是重要的基因调控分子。自RNA干扰现象被发现以来,在秀丽隐杆线虫中发现了多种小RNA。其中,piRNAs(Piwi-interacting RNAs)是一种在动物中高度保守的小RNA。在多种动物中,piRNA抑制转座子与非我基因的表达,维持基因组稳定性,是配子形成的重要因素。在秀丽隐杆线虫中,piRNA开启了基因沉默的代际遗传。大多数piRNA前体从基因组上含有上千个独立的piRNA转录单元的两个基因簇中转录。之后,piRNA转录本经过一系列加工过程,并结合到Piwi蛋白上。尽管我们已经知道一些基因参与piRNA的生成过程,但是,piRNA的转录与加工过程并不完全明朗。本文利用遗传学,细胞生物学,分子生物学中的多种技术来研究秀丽隐杆线虫中的piRNA生成机制。首先,我们利用MosSCI技术构建了单拷贝GFP::3xFLAG标记的TOFU(Twenty-One-u Fouled Ups)基因的转基因线虫。我们发现TOFU-1,TOFU-2和TOFU-7定位在生殖腺细胞质中。TOFU-3,TOFU-4和TOFU-5在生殖腺细胞核中与piRNA生成因子PRDE-1蛋白共定位。利用显微成像和ChIP实验,我们发现TOFU-5的细胞核内定位与染色体分布依赖于PRDE-1,SNPC-4,TOFU-4以及其自身的SANT结构域。TOFU-4的细胞核内定位与染色体分布依赖于PRDE-1,SNPC-4和TOFU-5。我们通过深度测序,发现PRDE-1,SNPC-4,TOFU-4和TOFU-5结合在piRNA基因簇并且定位在piRNA基因的上游。然而,PRDE-1和TOFU-4只结合基因簇内有Ruby motif的piRNA,SNPC-4和TOFU-5结合两类piRNA基因以及一些其他的编码或非编码RNA基因的上游。我们定义了一个包含PRDE-1,SNPC-4,TOFU-4和TOFU-5四个蛋白的结合在piRNA基因启动子上游的转录相关复合物,Upstream Sequence Transcription Complex(USTC)。USTC复合物在piRNA转录过程中起重要作用。TOFU-6在细胞质和P-granule中表达,并且参与piRNA的加工过程。最后,我们通过观察TOFU-5::GFP亚细胞定位来寻找更多的参与piRNA转录或者影响piRNA基因簇染色质结构的新因子。通过反向遗传筛选我们找到一些与TOFU-5::GFP亚细胞定位相关的基因,其中,包括tbp-1,mes-2,mes-3和mes-6。在这些基因的RNA干扰线虫中,TOFU-5::GFP的聚集消失。我们认为H3K27me3的修饰可能与TOFU-5::GFP聚集的形成相关。另外,我们通过正向遗传学筛选找到另一个未知基因pfd-1(piRNA foci defective1)。在pfd-1突变体中,TOFU-5::GFP的聚集也消失。因此,我们开发了一种新的利用TOFU-5::GFP作为报告基因来筛选影响piRNA转录和染色体结构的正向遗传学筛选手段。

(2)本文研究方法

调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

上游序列论文参考文献

[1].施宏辉,蒲金定,何建行.非小细胞肺癌A549中lncRNA-CCAT1上游调控序列的Myc结合模式预测[J].实用癌症杂志.2019

[2].翁晨春.上游序列转录复合物(USTC)调控piRNA转录的机制研究[D].中国科学技术大学.2019

[3].石晴,朱德锐.Halomonassp.QHL1四氢嘧啶合成基因簇ectABC与上游调控序列的克隆及其功能分析[J].中国高原医学与生物学杂志.2019

[4].沙航,罗相忠,李忠,邹桂伟,梁宏伟.基于COI序列的长江中上游鲢6个地理群体遗传多样性分析[J].中国水产科学.2018

[5].李丹丹,李娟,张春龙,徐汝聪,吕东.拟南芥、水稻SUTs基因及其上游序列的系统发生关系[J].云南农业大学学报(自然科学).2018

[6].郭乐,郭兆将,康师,孙丹,周君雷.小菜蛾MAP4K4基因上游5′-侧翼序列克隆与结构分析[J].植物保护.2018

[7].邳晓盟,刘庆珍,吴尽,肖慧,郑冬.鼠源miR-148a基因上游调控序列预测及克隆[J].黑龙江畜牧兽医.2017

[8].苏波.绵羊毛囊皮质层特异表达基因KAP11.1上游调控序列研究[D].华中农业大学.2017

[9].魏小青,赵娟,张振中.一村一辅警怎样“炼”成农村禁毒护法使者[N].农民日报.2017

[10].张宇欣,倪静,杨存建,罗银建,马洋洋.基于扰动指数的岷江上游森林扰动时间序列研究——以理县为例[J].浙江林业科技.2017

论文知识图

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