Ⅰ型脊髓灰质炎病毒基因密码子使用偏好性分析

论文摘要

目的分析Ⅰ型脊髓灰质炎病毒（简称脊灰病毒）基因密码子使用偏好性。方法从NCBI基因数据库（GenBank）检索并筛选出40条Ⅰ型脊灰病毒株的基因信息,计算其相对同义密码子使用度（RSCU）值、有效密码子数（ENc）值。将Ⅰ型脊灰病毒基因中碱基C和G位于第三位的密码子占所有密码子的百分比[（C+G）3%]与ENc值进行关联性分析,绘制散点图,并与（C+G）3%标准曲线进行比较。采用主成分分析法对Ⅰ型脊灰病毒基因密码子的RSCU值进行分析,并利用分析获得的主因子绘制散点图,观察不同时间和地域的Ⅰ型脊灰病毒基因密码子使用偏好性。结果Ⅰ型脊灰病毒基因密码子AGA、AGG、CCA、UCA和GUG的RSCU值均≥1.5,密码子GCG、CGA、CGG、CGC、UCG和ACG的RSCU值均≤0.5。Ⅰ型脊灰病毒的ENc平均值为53.633。40株Ⅰ型脊灰病毒毒株均位于（C+G）3%标准曲线以下。2009年之前分离出来的毒株均位于图的下方,2009年之后分离于不同国家或地区的毒株分别聚集于图的一处。结论Ⅰ型脊灰病毒在AGA、AGG、CCA、UCA、GUG等密码子的使用上偏好性较强,在GCG、CGA、CGG、CGC、UCG、ACG等密码子的使用上偏好性较弱。Ⅰ型脊灰病毒在密码子使用偏好性上处于较弱水平。自然选择在Ⅰ型脊灰病毒基因密码子使用偏好性上起主要作用,不同时间和地域的Ⅰ型脊灰病毒基因密码子使用模式差异较大。

论文目录

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 王猛,陈莉,靳旺杰,孙朋辉,王莎莎

关键词: 脊髓灰质炎病毒,密码子,密码子使用偏好性,自然选择

来源: 山东医药 2019年24期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,基础医学

单位: 南方医科大学南方医院,中山大学中山眼科中心/眼科学国家重点实验室

分类号: R373

页码: 13-17

总页数: 5

文件大小: 390K

下载量: 81

相关论文文献

• [1].京海黄鸡促性腺激素释放激素受体基因密码子特性分析[J]. 中国畜牧兽医 2014(12)
• [2].国内简讯[J]. 生物加工过程 2012(06)
• [3].小麦CBL4基因密码子使用特征分析[J]. 河南农业科学 2018(08)
• [4].一种快速获得基因密码子偏爱性改造的方法——SOE-PCR[J]. 中国生物工程杂志 2008(08)
• [5].基因密码子扩展技术在生物医药领域的应用[J]. 中国科学:化学 2018(11)
• [6].蒙古黄芪异黄酮合成酶基因密码子偏好性分析[J]. 山西农业科学 2019(03)
• [7].宿主p53基因第4外显子72位密码子多态性(Pro/Arg)与HPV16感染的相关性研究[J]. 中华临床医师杂志(电子版) 2014(01)
• [8].10种植物PSY基因密码子使用偏好性分析[J]. 西北农业学报 2020(02)
• [9].13种哺乳动物MUC4基因密码子使用模式分析[J]. 农业生物技术学报 2018(09)
• [10].反式-4-羟基-L-脯氨酸羟化酶基因密码子优化及表达[J]. 河北师范大学学报(自然科学版) 2017(04)
• [11].杜仲转录组基因密码子使用偏好性分析[J]. 北方园艺 2016(13)
• [12].遗传变异教学中几组“不等于”概念之解析[J]. 中学生物教学 2015(08)
• [13].植物逆境相关基因密码子的偏好性分析[J]. 湖南农业科学 2014(09)
• [14].不同植物CHI基因密码子使用特性及其影响因素分析[J]. 扬州大学学报(农业与生命科学版) 2020(01)
• [15].莲藕PPO基因密码子偏好性特征分析[J]. 江苏农业学报 2020(02)
• [16].43种植物CaM1基因密码子使用特征及遗传差异分析[J]. 江苏农业科学 2019(05)
• [17].不同植物FERONIA基因密码子使用偏好性分析[J]. 江苏农业学报 2020(05)
• [18].红藻rbcL基因密码子偏爱性分析[J]. 分子植物育种 2020(01)
• [19].菜青虫中肠表达基因密码子使用偏好性分析[J]. 生物学杂志 2020(03)
• [20].山羊酪氨酸相关蛋白1(TYRP1)基因密码子偏好性分析[J]. 贵州农业科学 2016(03)
• [21].苋菜AtPAL基因密码子偏好性分析[J]. 园艺与种苗 2019(04)
• [22].香鳞毛蕨4CL基因密码子使用特性及表达预测分析[J]. 中草药 2016(10)
• [23].京海黄鸡MyoG基因密码子特性分析[J]. 华北农学报 2014(04)
• [24].猪瘟病毒E2基因密码子偏爱性分析[J]. 中国畜牧兽医 2014(12)
• [25].秀丽隐杆线虫fat-1基因密码子优化、克隆及家兔表达载体构建[J]. 江苏农业科学 2010(06)
• [26].“红阳”猕猴桃全基因组SSR标记与基因密码子偏性分析[J]. 西南农业学报 2020(05)
• [27].猪瘟病毒E2基因密码子优化后在昆虫细胞中的表达[J]. 中国兽医杂志 2011(05)
• [28].国家重大研究计划“基于基因密码子扩展的蛋白质标记新方法”项目启动会隆重召开[J]. 北京大学学报(医学版) 2009(06)
• [29].猪FUT2基因密码子使用偏好性分析及优化[J]. 中国畜牧兽医 2018(07)
• [30].植物KCO基因密码子使用特性[J]. 植物生理学报 2012(11)

标签：脊髓灰质炎病毒论文;  密码子论文;  密码子使用偏好性论文;  自然选择论文;