导读:本文包含了密码子使用模式论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:龙眼(Dimocarpus,longan),Hsf基因家族,密码子偏好性,转基因功能
密码子使用模式论文文献综述
王云,彭丽云,苏立遥,李蓉,陈裕坤[1]（2019）在《龙眼Hsf基因家族密码子使用模式分析》一文中研究指出为了解龙眼热激转录因子(heat shock transcription factor, Hsf)基因家族密码子使用偏性特征,本研究利用CodonW程序和EMBOSS在线软件对龙眼Hsf (DlHsf)基因家族密码子偏好性进行数据的提取及分析,运用SPSS、Origin和GraphPad软件对密码子偏好性参数进行统计、分析与图表制作。结果显示:(1) DlHsf基因家族密码子A/T (U)选择偏性较G/C更强,且更偏好以A/T (U)结尾。(2)最优密码子有CUU等12个。(3)密码子组成成分分析、中性绘图分析、ENC-plot分析及PR2-plot分析表明,DlHsf基因家族密码子偏好性主要受到突变压力影响。(4)与模式生物基因组密码子使用偏性使用频率比较显示,酵母菌真核表达系统更适合作为该家族基因异源表达系统,拟南芥、烟草、番茄均可作为该家族遗传转化的受体,但为提高表达效率,可能仍需在实验过程中对家族基因密码子进行改造优化。本研究为DlHsf基因家族密码子优化及转基因功能尤其是在异源表达上的研究提供一定的理论基础。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年17期）
张加强,朱开元,刘慧春,谭晨,周江华[2]（2019）在《观赏植物DFR基因的密码子使用模式比较》一文中研究指出二氢黄酮醇4-还原酶(dihydroflavonol 4-reductase, DFR)是植物类黄酮代谢途径的关键酶之一,在植物花色修饰起重要作用。本研究以观赏植物的21个DFR基因为研究对象,利用CodonW和MEGA 5.05等软件分析其密码子使用模式,探讨影响密码子使用偏性的主要因素。结果表明:观赏植物DFR基因密码子使用偏性较弱;DFR基因在单/双子叶观赏植物之间的密码子使用偏好性存在差异;单子叶观赏植物偏好以G/C结尾,而双子叶观赏植物偏好使用A/T结尾。有效密码子数分析显示,大部分观赏植物DFR基因(占供试材料76.19%)分布于期望曲线下方;奇偶偏好分析发现,嘌呤(A和G)和嘧啶(T和C)的使用频率存在不均衡使用。由此可推测观赏植物DFR基因的密码子偏性使用模式受到突变压力和选择作用等因素的共同影响。此外,还确定了ATT等倾向以A/T结尾的15个最优密码子。本研究结果为观赏植物花色转基因研究中的密码子改造及优化提供了理论参考。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年16期）
冯海悦,张羽,吴正常,吴圣龙,包文斌[3]（2018）在《13种哺乳动物MUC4基因密码子使用模式分析》一文中研究指出大肠杆菌(Escherichia coli)是导致人类和初生幼畜腹泻的重要人畜共患型病原体,而产肠毒素大肠杆菌F4是引起腹泻最常见的病原之一。前期已有研究表明4型黏蛋白基因(Mucin 4 gene,MUC4)可能作为大肠杆菌F4ab/F4ac的重要受体基因。研究密码子的使用特性有助于进一步了解某一特定基因的分子机制和进化关系。为了揭示MUC4基因密码子的使用模式,本研究选取13种哺乳动物MUC4基因的编码序列,计算其碱基组成、有效密码子数、同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)等相关参数,同时分析了影响MUC4基因密码子使用偏好性的因素。结果表明:不同物种MUC4基因偏好使用以G或C结尾的密码子,RSCU值分析发现,不同物种中CUG、AGG、GCC、AUC、GUG、ACA为最优密码子(RSCU值>1.6);此外,MUC4基因密码子偏好性主要受密码子第3位碱基的GC含量(GC3s)的影响;聚类分析发现,猪(Sus scrofa)与家猫(Felis catus)聚为一类,人(Homo sapiens)与家犬(Canis lupus familiaris)聚为一类,与系统分类关系不一致。本研究系统揭示了MUC4基因密码子的使用模式,为今后MUC4基因在动物遗传改良中选择合适的受体动物,以及通过基因工程和密码子优化途径提高外源基因表达水平进而提高机体对大肠杆菌F4ab/F4ac病原菌感染的抗性提供理论依据。(本文来源于《农业生物技术学报》期刊2018年09期）
张瑞芝,陈章宝,陈德敏,渠铮,向恒[4]（2018）在《球孢白僵菌基因组密码子使用模式及其影响因素分析》一文中研究指出球孢白僵菌Beauveria bassiana是一类成功用于全球生物防治的重要病原真菌,这是由于其宿主范围广及毒力多样化特性决定的.利用球孢白僵菌已公布全基因组数据,开展密码子使用偏好分析,以理解其基因组特征和宿主适应性.尽管通过密码子指数CAI,CBI,ENc的计算,认为球孢白僵菌密码子使用偏性较弱.但根据RSCU值鉴定最优密码子,发现球孢白僵菌基因组强烈偏好使用第叁位碱基G/C的密码子,尤其是C结尾的密码子.对密码子第叁位碱基进行PR2分析,发现球孢白僵菌密码子偏好性还表现在倾向于使用嘧啶结尾密码子,即U使用频率高于A,C使用频率高于G.该偏好模式通过相关性分析,认为核苷酸组成是影响球孢白僵菌密码子偏好性的一个重要因素.而ENc图和对应分析则表明除核苷酸组成外,球孢白僵菌密码子使用偏好还受到基因功能及其他多种因素的影响.中性绘图分析认为,球孢白僵菌密码子使用偏好受到外界选择下的定向突变压力作用,并推测该选择来自于其宿主.而该定向突变压力也是加快球孢白僵菌自身基因组进化和毒力多样化的一种动力,使其能适应在700多种昆虫宿主中寄生.(本文来源于《西南大学学报(自然科学版)》期刊2018年05期）
石生林,张莹,周敬林,刘彦群,秦利[5]（2018）在《杆状病毒与昆虫和沙雷氏菌间的几丁质酶基因密码子使用模式分析》一文中研究指出为阐明杆状病毒几丁质酶基因(v-Chi A)密码子使用在病毒基因组进化的基因水平转移中发生的适应性变化,比较分析了杆状病毒v-Chi A与昆虫几丁质酶基因(Chi-h)、沙雷氏菌几丁质酶基因(Chi A)以及杆状病毒以lef-8、lef-9和polh/gran基因为代表的基因组(表示为lef8-lef9-pg)的密码子使用模式。结果表明,杆状病毒v-Chi A与昆虫Chi-h的GC含量、GC3s含量、有效密码子数(ENc)及与沙雷氏菌Chi A的GC含量均无统计学差异(P>0.05);与杆状病毒lef8-lef9-pg的GC含量、GC3s含量、ENc值以及沙雷氏菌Chi A的GC3s含量、ENc值均有统计学差异(P<0.05)。杆状病毒v-Chi A与lef8-lef9-pg、昆虫Chi-h和沙雷氏菌Chi A的同义密码子使用均高度相似(相似性系数分别为0.992、0.870、0.862)。选择与突变共同影响杆状病毒v-Chi A和lef8-lef9-pg的密码子使用,而昆虫Chi-h和沙雷氏菌Chi A的密码子使用完全由选择所影响。综上所述,杆状病毒v-Chi A的碱基组成及密码子偏好性与昆虫Chi-h相似,与lef8-lef9-pg不同;密码子使用的影响因素与lef8-lef9-pg相似,与昆虫Chi-h和沙雷氏菌Chi A不同。上述结果从密码子使用角度证实了杆状病毒v-Chi A来源于昆虫Chi-h的水平转移。(本文来源于《蚕业科学》期刊2018年02期）
刘慧[6]（2017）在《基于RNA-seq测序技术糜子转录组分析以及糜子叶绿体基因组密码子使用模式分析》一文中研究指出糜子(Panicum miliaceum L.),也称为黍、稷,是最古老的和首批被驯化作物之一,主要分布在亚洲和欧洲的半干旱地区。作为短日照C4作物,糜子具有很多优异农艺性状,比如高产,生长季比较短,需水量低,适合在各种土壤上生长,尤其是在贫瘠的沙壤土上,因此能够很好地适应比较极端环境。RNA-seq主要是基于NGS(Next generation sequencing)技术,可以高质量、高数量地普查所有转录元件(如转录组),包括mRNAs,小RNAs(small RNAs)和其他非编码RNAs(non-coding RNAs)。其转录组数据普查结果为不同生理状态下的器官、组织或者是细胞基因表达模式和调节原件等情况及时作出描述,这对进一步了解生物发展和病害发生过程十分重要。密码子使用偏好性(CUB)是由于同义密码子在机体内外的使用频率存在差异,其是生物体重要的进化特征,对研究物种进化、基因功能及其外源基因表达具有重要意义。本研究将提取的Yumi 2和Yumi 3 RNA样品进行RNA-seq测序,对数据进行过滤、分析,对部分候选差异表达基因还进行RT-PCR验证。与此同时,还利用Mobyle等生物信息学软件对糜子叶绿体基因组密码子使用偏好性进行分析。得到分子结果如下:1.利用Illumina测序平台对糜子4种组织的混合样品进行测序研究,得到113,643个contigs,组装总长度164,535,293 bp。经序列拼接共鉴定得到65,470条长于1 kb的unigenes。2.将组装的unigene和NCBI中的NR数据库,Swiss-Prot数据库,COG数据库,KEGG数据库中蛋白序列进行blastx相似性比对分析发现共有60,352条unigene已经被注释。同时发现糜子unigenes和其他单子叶植物都具有同源性,包括高粱、水稻、二穗短柄草、乌拉尔图小麦、柳枝稷。3.对糜子Unigene功能进行GO、KOG、KEGG代谢通路分析发现,总共62,543unigene序列注释到了3个主要的GO分类中;比对到KOG数据库基因上的33,671unigenes分类成25个不同的功能群;共有15,514 unigenes主要分到了202个KEGG代谢通路上。4.在糜子中113,643 unigenes的27,055条序列中总共鉴定发现35,216 SSR位点。其中,2,536序列包括超过一个SSR。重复4次的SSRs是占比最高的重复类型,(49.99%),接下来是重复5次、10次、6次、超过20次的SSRs,分别约14.45%、13.38%、8.79%、0.05%。在这么多不同类型的SSRs中,叁核苷酸是最为丰富的重复单元,在所有的SSRs占比约为66.72%,其中CCG/CGG是最为丰富的结构单元。并且多数SSRs的长度是12bp(51.39%)。5.共鉴定发现292个差异表达基因,被归入88条GO分类,12KEGG代谢通路中,并通过qRT-PCR验证了4个差异表达基因,分别是unigene34608,unigene35973 and unigene41558、Unigene33484。6.从糜子叶绿体基因组中筛选出53条蛋白编码序列,通过codonW软件等分析表明,在糜子叶绿体基因组中,密码子GC3的含量为30.67%,所占比例最低;有效密码子数(ENC)表明多数密码子偏性比较弱;相对同义密码子使用度(RSCU)分析密码子多以A、U结尾,说明这些是糜子叶绿体基因组偏爱的密码子;中性分析、ENC-plot、对应性分析等结果说明糜子密码子偏好性是由于自然选择、变异压力及其他因素共同作用而形成。同时鉴定得到9个糜子叶绿体最优密码子。(本文来源于《西北农林科技大学》期刊2017-05-01）
文言[7]（2017）在《川桑密码子使用模式与密码子分析工具的开发》一文中研究指出密码子是m RNA上的叁个连续核苷酸,是合成蛋白质时核苷酸编码氨基酸的规律。遗传密码的破译对接了蛋白质信息和核酸信息,是分子生物学研究中一个里程碑事件。部分氨基酸由多种不同类型的同义密码子所编码,这使得编码相同蛋白质的基因可能具有完全不同的密码子使用模式。而同义密码子的偏好性使用在转录、翻译水平上影响着基因的表达。在共翻译蛋白质折迭过程中,密码子的偏好性使用改变了蛋白质的构象,从而导致其功能的分化。不仅如此,m RNA的稳定性,癌症和其他疾病的发生与密码子的使用模式相关。随着后基因组时代的到来,从公共数据库中可以获取海量的基因组和转录组数据。如何分析利用已有的数据,为实验研究提供参考,是目前生物信息学研究的重点内容之一。蔷薇目桑科植物川桑(Morus notabilis)的基因组测序,为其他蔷薇目植物的研究提供了丰富的基因数据。桑树本身适应性强,在全球有广泛的分布,并且具有很高的食用药用价值。本研究对川桑密码子进行了较为全面的生物信息学分析。主要研究结果如下:1.川桑叶绿体基因组密码子分析对川桑叶绿体基因组的研究发现,选择压力作用于基因的密码子使用。对十五个蔷薇目物种的叶绿体的研究表明,蔷薇目植物间的叶绿体基因核酸组成十分近似。物种间密码子使用模式的相似性与物种的亲缘关系不完全一致,表明选择压力作用于一些物种中的一些基因使得相近物种的密码子使用模式呈现出较大的差异。蔷薇目物种叶绿体基因密码子使用普遍受到选择作用,川桑相较而言受到了最弱的自然选择。2.川桑核基因组密码子分析对川桑核基因组密码子使用模式的分析鉴定出了川桑中的高频密码子和最优密码子。结合转录组数据分析发现,川桑的最优密码子的使用比例随着基因的表达水平升高而升高,这种现象在持家基因中表现尤为明显。对影响川桑密码子使用的潜在因素分析后发现,基因的碱基组成、长度、表达量和编码氨基酸的分子量均会影响同义密码的偏好性使用。在进行多重相关分析时发现,川桑中高表达基因具有长度短,强的密码子偏好性,高的GC含量,偏好使用低分子量和合成成本更低的氨基酸的特点。对其密码子偏好性观测值与预测值差异较大的基因分析后发现,涉及核苷酸代谢、能量代谢、转录、翻译等过程的基因往往更容易受到选择作用从而呈现出更强的密码子偏好性,这意味着基因功能与密码子使用模式似乎存在一定的联系。进行交互信息分析后发现,仅在涉及嘧啶代谢、嘌呤代谢和RNA聚合酶等过程的基因中存在大量密码子具有基因功能特异的密码子使用模式,而其他功能的基因没有十分独特的密码子使用模式。研究发现持家基因中密码子偏好性与基因表达水平有一个较好的对应关系,近年在人的基因中发现类似的现象并提出了持家基因的密码子可能受到更显着的翻译选择。研究中发现基因的表达水平影响着基因的密码子偏好性,川桑中持家基因的表达水平明显高于组织表达特异基因和其他基因。比较了表达水平近似的持家基因和其他基因后仍然得到类似的结果,表明在持家基因中密码子受到明显的选择。密码子上下文偏好同样在川桑中被观察到。有趣的是这种密码子上下文偏好性受基因表达水平的影响,不仅相邻密码子之间存在偏好性,密码子在基因中的位置同样影响着同义密码子的偏好性使用。基因起始区域偏好使用简并位点为C的密码子,而回避使用简并位点为U的密码子。简并位点为C的密码子在不同基因中呈现出较为一致的使用趋势,而其他的密码子基于位置的偏好性并不十分一致。尽管存在基于位置的密码子偏好性,但是这种偏好性似乎没有使得川桑基因的折迭能量与同义密码子空模型之间存在显着差异。3.带有用户界面的密码子分析软件Codons Box的开发整理本研究中经常使用的功能,使用Java开发带有友好用户界面的密码子分析工具Codons Box。这使后续密码子分析可以回避部分重复性的工作,研究者可以专注于更为深入和个性化的密码子研究。Codons Box的网络地址为:https://github.com/cqwenyan/Codons Box,该软件将为相关领域的研究提供帮助。川桑密码子的研究为其他植物的相关分析提供了基础资料,也为桑树转基因和育种研究提供了基础数据。开发得到的工具为密码子分析提供了简单高效的方法,方便其他物种中密码子的个性化研究。(本文来源于《西南大学》期刊2017-03-31）
吴彦庆,赵大球,陶俊[8]（2016）在《芍药花色调控基因的密码子使用模式及其影响因素分析》一文中研究指出【目的】芍药花色的优劣影响其观赏价值和商业价值,研究芍药花色调控基因的密码子使用偏好性和密码子使用模式的影响因素,为芍药花色调控基因在m RNA翻译、转基因设计、新基因表达与功能预测以及分子生物进化研究提供参考。【方法】根据前期芍药花色嵌合体品种‘金辉’转录组测序筛选的6 345个芍药花色调控基因,并根据CDS序列特征和大于300 bp原则进行过滤后最终获得的2 234个基因序列作为研究对象,利用Mobyle软件计算GC含量、第1与2位密码子的平均GC含量(GC12)、第3位密码子的GC含量(GC3s)、有效密码子数ENC、密码子适应指数CAI、相对同义密码子使用度RSCU等密码子偏性指标,其次进行中性绘图(GC12 vs.GC3)、ENC-GC3s绘图以及PR2(Parity Rule 2)绘图分析,并运用多元统计分析方法探讨突变压力和选择作用对密码子使用模式的影响程度,最后以5%CAI值作为高、低表达样本组,计算这两个样本组的同义密码子相对使用度,利用卡方检验Chi-square test分析两组之间的显着性差异来确定最优密码子。【结果】芍药花色相关基因的密码子GC3s含量为46.37%,大部分基因GC含量主要分布在30%—55%;中性绘图分析表明GC3s与GC12呈极显着的正相关(R2=0.202,P<0.01);ENC-GC3s绘图表明大部分基因分布在标准曲线周围,也有一部分基因分布在标准曲线下方较远的位置,同时大部分基因(ENCexp-ENCobs)/ENCexp比值集中分布在0.0—0.4;PR2绘图分析显示密码子第叁位T的使用频率高于A,C使用频率高于G,表明嘌呤(A和G)与嘧啶(T和C)的使用频率并不均衡;对应性分析COA(Correspondence Analysis)表明,第一轴上显示了38.09%的差异,其他3个轴分别为18.42%、15.09%、14.59%,表明芍药花色调控基因的密码子使用模式评价以第一轴(Axis 1)为主;突变压力和选择作用分析发现,第一主轴与GC3s、CAI的相关系数均达到极显着正相关(R2=0.736,P<0.01;R2=0.286,P<0.01);利用△RSCU和卡方显着性检验的方法,确定了21个为芍药花色调控相关基因的最优密码子,其中18个以G或C结尾,仅CGU、GGU等2个密码子以U结尾。【结论】芍药花色调控基因的最优密码子多数以G/C结尾,并且密码子使用模式主要受到碱基差异(R2=0.736)和基因表达水平(R2=0.286)共同作用的影响,其中碱基差异占主导因素。本研究了解了芍药花色调控基因的密码子使用模式情况,为通过密码子改造开展芍药花色遗传改良以及分子进化研究提供了一定的理论依据。(本文来源于《中国农业科学》期刊2016年12期）
张岳民[9]（2014）在《基于全基因组的玉米LBD转录因子家族分析及密码子使用模式分析》一文中研究指出玉米是一种重要的模式植物和粮食作物,其基因组测序完成后,玉米生物学研究进入了后基因组时代和系统生物学时代。LBD转录因子在植物生长发育过程中发挥着重要的作用。本文通过全基因组的生物信息学分析,鉴定了玉米中的44个LBD基因并分析了其染色体定位、基因结构、表达谱等,为进一步研究玉米LBD转录因子家族的功能提供了参考。密码子的不均衡使用在生物中普遍存在,不同基因组或同一基因组的不同基因在密码子使用模式上均存在不同程度的差异。为了解玉米整个基因组的密码子使用模式,本研究运用多元统计分析中的对应性分析方法,对玉米全基因组CDS序列进行了分析,明确了玉米基因组的密码子用法特征,并对玉米基因密码子的使用模式和影响密码子使用的可能因素进行了探讨。可为玉米基因组中的未知基因预测、基因结构与功能、分子进化研究等提供理论基础,同时也可为外源基因的改造和提高其在玉米中的表达效率等研究提供参考,具有一定的指导作用。主要研究结果如下：(1)通过生物信息学分析,共鉴定到44个玉米LBD转录因子；系统进化分析将所有LBD基因分为两类：Class Ⅰ和Ⅱ。其中Class Ⅰ包含5个亚家族(Ia,Ib, Ic, Id and Ie), Class Ⅱ又分为2个亚家族(Ⅱa and Ⅱb)。(2)基因结构分析发现玉米LBD基因外显子较少,14个基因拥有1个外显子,28个基因拥有2个外显子,1个基因拥有3个外显子,1个基因拥有5个外显子。(3)染色体定位显示,第1条染色体拥有最多的LBD基因13个,占30%。第7和10条染色体只含有1个LBD基因,第2和5条染色体各拥有2个LBD基因。2对旁系同源基因对定位在同一条染色体上,其它的9对旁系同源基因对在不同的染色体上。因此,片段重复和转座事件都在LBD基因家族的扩张中扮演了重要的角色。(4)鉴定的44个玉米LBD基因均包含保守的CX2CX6CX3C锌指结构(zinc-finger-like domain), Class I LBD基因还包含保守的LX6LX3LX6L亮氨酸拉链结构域(leucine-zipper-like domain)。(5)通过Genevestigator分析,总结了玉米LBD基因在18个不同组织中的表达模式,包括果皮,穗状雄花,颖果,胚乳,玉米穗,胚芽鞘,叶片,胚胎,玉米须,成叶,幼叶,幼苗,种子,茎秆,节间,胚根,初生根和花药。同时还利用qRT-PCR检测了11个基因的表达。结果显示,玉米LBD基因在所有检测器官中的不同表达水平可能在玉米的生长发育中发挥关键作用,同时部分LBD基因可能具有独特的功能,在特定的发育阶段起重要作用。(6)玉米基因组GC含量为55.7%,密码子第叁位碱基为G或C的频率为61.3%,说明玉米比较偏爱以G、C结尾的密码子。(7)玉米中密码子G结尾和G开始的密码子对比例最高,占10.10%,其次是C结尾和G开始,占10.03%。密码子对AC出现频率最低,为3.21%。(8)密码子相对使用度与tRNA拷贝数分析发现,两者并非完全具有相关性。(9) T3s、C3s、A3s、G3s、GC3s与CAI、CBI、Fop、Nc有显着相关性,表明影响玉米基因组密码子偏好性的主要因素为碱基组成的变异。Nc与GC3s的连续曲线数据说明除碱基组成的影响外,密码子的使用也受自然选择等其他因素的影响。(本文来源于《山东农业大学》期刊2014-06-01）
张瑜,张峰,王树瑜,孙晓林[10]（2013）在《脑心肌炎病毒多聚蛋白编码区起始与终止区的密码子使用模式》一文中研究指出文中利用特定区域密码子使用偏嗜性对数公式分析了脑心肌炎病毒(Encephalomyocarditis virus,EMCV)多聚蛋白编码基因的翻译起始区域与翻译终止区域的密码子使用模式。结果表明,EMCV多聚蛋白编码区内翻译起始序列区的同义密码子使用偏嗜性的正负偏差总体是平衡的,但几种在整体多聚蛋白质编码区域内使用为负偏嗜的稀有密码子却倾向于出现于编码起始区和终止区。这一有趣的现象,可利用"稀有密码子调控假说"来解释为EMCV开放阅读框两端的稀有密码子偏好性使用对整体阅读框的表达具有负调控作用。该研究说明"稀有密码子调控假说"不仅适用于细菌,而且也适用于一些RNA病毒基因组。(本文来源于《安徽农业科学》期刊2013年22期）
密码子使用模式论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
二氢黄酮醇4-还原酶(dihydroflavonol 4-reductase, DFR)是植物类黄酮代谢途径的关键酶之一,在植物花色修饰起重要作用。本研究以观赏植物的21个DFR基因为研究对象,利用CodonW和MEGA 5.05等软件分析其密码子使用模式,探讨影响密码子使用偏性的主要因素。结果表明:观赏植物DFR基因密码子使用偏性较弱;DFR基因在单/双子叶观赏植物之间的密码子使用偏好性存在差异;单子叶观赏植物偏好以G/C结尾,而双子叶观赏植物偏好使用A/T结尾。有效密码子数分析显示,大部分观赏植物DFR基因(占供试材料76.19%)分布于期望曲线下方;奇偶偏好分析发现,嘌呤(A和G)和嘧啶(T和C)的使用频率存在不均衡使用。由此可推测观赏植物DFR基因的密码子偏性使用模式受到突变压力和选择作用等因素的共同影响。此外,还确定了ATT等倾向以A/T结尾的15个最优密码子。本研究结果为观赏植物花色转基因研究中的密码子改造及优化提供了理论参考。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
密码子使用模式论文参考文献
[1].王云,彭丽云,苏立遥,李蓉,陈裕坤.龙眼Hsf基因家族密码子使用模式分析[J].分子植物育种.2019
[2].张加强,朱开元,刘慧春,谭晨,周江华.观赏植物DFR基因的密码子使用模式比较[J].分子植物育种.2019
[3].冯海悦,张羽,吴正常,吴圣龙,包文斌.13种哺乳动物MUC4基因密码子使用模式分析[J].农业生物技术学报.2018
[4].张瑞芝,陈章宝,陈德敏,渠铮,向恒.球孢白僵菌基因组密码子使用模式及其影响因素分析[J].西南大学学报(自然科学版).2018
[5].石生林,张莹,周敬林,刘彦群,秦利.杆状病毒与昆虫和沙雷氏菌间的几丁质酶基因密码子使用模式分析[J].蚕业科学.2018
[6].刘慧.基于RNA-seq测序技术糜子转录组分析以及糜子叶绿体基因组密码子使用模式分析[D].西北农林科技大学.2017
[7].文言.川桑密码子使用模式与密码子分析工具的开发[D].西南大学.2017
[8].吴彦庆,赵大球,陶俊.芍药花色调控基因的密码子使用模式及其影响因素分析[J].中国农业科学.2016
[9].张岳民.基于全基因组的玉米LBD转录因子家族分析及密码子使用模式分析[D].山东农业大学.2014
[10].张瑜,张峰,王树瑜,孙晓林.脑心肌炎病毒多聚蛋白编码区起始与终止区的密码子使用模式[J].安徽农业科学.2013
标签：龙眼(Dimocarpus; longan); Hsf基因家族; 密码子偏好性; 转基因功能;