沈立权[1]2004年在《微卫星DNA标记与新扬州鸡蛋用性状的相关研究》文中进行了进一步梳理本研究利用11对微卫星标记检验了130只新扬州鸡品种内的等位基因组成，计算了11个微卫星座位的等位基因数、等位基因频率、多态信息含量(PIC)及平均杂合度，结果表明11个微卫星座位的平均等位基因数为4.272个、平均杂合度为0.6034、平均多态信息含量为0.5209。 在本次实验中，产蛋性状、蛋品质指标间存在着显着相关关系，方差检验表明，产蛋性状中初产体重与40周龄平均蛋重间相关系数显着(P＜0.05)；蛋重与蛋黄重、蛋壳重、蛋壳厚度间存在着极显着相关关系(P＜0.01)；强度与比重、蛋壳厚度间存在着正相关，与蛋形指数间存在着显着负相关关系；此外，比重还与蛋壳厚度、哈氏单位存在着极强的正相关；蛋形指数与哈氏单位成正相关关系；蛋黄重还与蛋壳重、蛋壳厚度成正相关关系。 利用11个微卫星引物分析新扬州鸡群体中蛋用性能(产蛋性状、蛋品质性状)。结果表明：在11个微卫星座位中，ADL0166座位上不同基因型对应的平均日产蛋数、蛋形指数的最小二乘均值差异显着(P＜0.05)；ADL0273座位上不同基因型对应40周龄平均蛋重、蛋黄重的最小二乘均值差异显着(P＜0.05)；MCW0085座位上不同基因型对应的蛋形指数和哈氏单位的最小二乘均值差异显着(P＜0.05)；MCW0014座位上不同基因型对应的蛋重和蛋壳重的最小二乘均值差异显着(P＜0.05)；ADL185座位上不同基因型对应的哈氏单位值差异显着(P＜0.05)。 方差检验表明，ADL0166可能与控制初产日龄的QTL相连锁；ADL0273可能与控制40周龄平均蛋重、蛋黄重的QTL相连锁；ADL0085可能与控制蛋形指数、哈氏单位的QTL相连锁；MCW0014则可能与控制蛋重、蛋壳重的QTL相连锁；ADL185可能与控制哈氏单位的QTL相连锁。 高度相关的某些性状在检测的11个微卫星座位上并没有表现出一致性，可能与该11个微卫星座位与控制某些性状的QTL连锁不紧密导致的。
钱凯[2]2007年在《微卫星标记与鸡蛋品质性状关联分析的研究》文中研究表明本研究以新扬州鸡和文昌鸡为试验材料,测定40周龄和60周龄新扬州鸡、60周龄文昌鸡蛋品质,应用SPSS软件,分析60周龄文昌鸡蛋品质间的相关性,并分析选自家禽基因组中的20个微卫星标记与哈氏单位、蛋重和蛋壳强度的相关,找出性状相关显着的标记,并进行了同一标记不同基因型间的多重比较。结果如下:1.新扬州鸡40周龄蛋品质性状蛋重(EW)、蛋壳重(ESW)、蛋壳厚度(EST)、蛋壳强度(ES)、哈氏单位(HU)、蛋形指数(ESI)、蛋黄重(YW)、蛋黄颜色(YC)的测定结果分别为:47.56g、6.24g、321.92μm、4.71 kg/cm2、75.42、1.37、15.34g.10.36;新扬州鸡60周龄蛋品质性状蛋重(EW)、蛋壳重(ESW)、蛋壳厚度(EST)、蛋壳强度(ES)、哈氏单位(HU)、蛋形指数(ESI)、蛋黄重(YW)、蛋黄颜色(YC)的测定结果分别为:47.60g、5.76g、289.00μm、3.34 kg/cm2、72.39、1.38、16.14g、9.95;文昌鸡60周龄蛋品质性状蛋重(EW)、蛋壳重(SW)、蛋壳厚度(ST)、蛋壳强度(SS)、哈氏单位(HU)、蛋形指数(SI)、蛋黄重(YW)、蛋黄颜色(YC)的测定结果分别为:49.00g、6.34g、320.69μm、4.01 kg/cm2、70.02、1.31、16.45g、6.13。2.对40周龄和60周龄新扬州鸡,60周龄文昌鸡的蛋品质进行相关检验,蛋壳厚度与蛋壳强度相关系数检验极显着;蛋壳重与蛋壳厚度之间的相关极显着;蛋重与蛋壳重相关极显着。3.新扬州鸡测定的2号、4号、Z染色体上的20个微卫星座位的等位基因数4.62(2～9),平均多态信息含量为0.599,平均杂合度为0.521;文昌鸡中20个微卫星座位的等位基因数4.20(3～7),平均多态信息含量为0.601,平均杂合度为0.662。4.通过SPSS软件对20个微卫星标记和哈氏单位、蛋重、蛋壳强度的相关性分析,有2个标记(ADL217、ADL260)与40周龄新扬州鸡哈氏单位相关,1个标记(ADL176)与40周龄新扬州鸡蛋重相关;2个标记(ADL260、MCW239)与60周龄新扬州鸡哈氏单位相关,2个标记(ADL176、MCW239)与60周龄新扬州鸡蛋重相关,1个标记(LEI229)与60周龄蛋壳强度相关;2个标记(ADL176、MCW240)与60周龄文昌鸡哈氏单位相关,1个标记(LEI119)与蛋重相关,2个标记(MCW246、LEI229)与蛋壳强度相关。
包文斌[3]2007年在《中国家鸡和红色原鸡遗传多样性及亲缘关系分析》文中研究说明本试验使用多重PCR结合全自动电泳技术,利用29对国际通用的微卫星引物对仙居鸡、茶花鸡、鹿苑鸡、白耳鸡、藏鸡、固始鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、泰和乌骨鸡、萧山鸡、北京油鸡、淮南麻黄鸡和皖南叁黄鸡等14个中国家鸡品种以及红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种和Gallus gallus gallus亚种的570个个体进行扫描,讨论样本量、性别和微卫星座位数对微卫星分析中群体遗传多样性指标的影响以及近缘物种间微卫星引物的适用性,同时对中国家鸡和红色原鸡的256个个体mtDNA D-loop序列进行系统分析,利用微卫星DNA和mtDNA共同评估群体的遗传结构和遗传关系,分析群体间和群体内的遗传变异,探讨中国家鸡和红色原鸡的亲缘关系。主要研究结果如下:1.利用29对微卫星标记对16个群体内和群体间的遗传多样性进行分析,共检测到286个等位基因,平均值为9.86±6.36,所有群体的期望杂合度为0.6708±0.0251,PIC值为0.52,29个微卫星位点均具有较高的多态性。单个位点偏离Hardy-Weinberg平衡的群体数从0到7不等。群体间平均遗传分化为16.7%(P <0.001),所有的位点都极显着地贡献于这一结果(P <0.001);杂合子缺失的水平很高,为0.015(P <0.01);中国家鸡和红色原鸡16个群体间存在着极显着的遗传分化。群体间的Reynolds'遗传距离从0.036(萧山鸡-鹿苑鸡)到0.371(泰国红色原鸡-河南斗鸡)不等,而Nm值变异范围从0.583(泰国红色原鸡-河南斗鸡)到5.833(萧山鸡-鹿苑鸡)。2.利用29对微卫星标记对16个群体的亲缘关系进行分析,NJ系统发生树及Structure程序运行结果显示, 16个群体可以分成轻体型的鸡种(包括8个群体:泰国红色原鸡、中国红色原鸡、茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡、白耳鸡和泰和乌骨鸡)和重体型的鸡种(包括8个群体:皖南叁黄鸡、淮南麻黄鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡)两大类。藏鸡、皖南叁黄鸡和淮南麻黄鸡遗传基础非常复杂,鹿苑鸡和萧山鸡彼此之间遗传基础十分类似。茶花鸡和藏鸡与中国红色原鸡存在着较近的亲缘关系,与泰国红色原鸡亲缘关系相对较远。中国家鸡和红色原鸡两个亚种的亲缘关系从近到远的排序是:进化型品种-原始型品种(茶花鸡与藏鸡)-中国红色原鸡(Gallus gallus spadiceus亚种)-泰国红色原鸡(Gallus gallus gallus亚种)。3.利用微卫星DNA和mtDNA遗传标记分析15个中国鸡种遗传距离与地理距离的关联性,对于特定的群体而言,微卫星DNA和mtDNA遗传距离与地理距离表现出相当程度的关联性,但15个鸡种间遗传距离和地理距离回归公式:FST/(1-FST) =–1.0283–0.0407ln(d)以及Mantel’s检验的结果(P=0.596)并不能为遗传距离与地理距离之间的显着联系提供足够的证据。线粒体D-loop序列的差异与群体间的地理分布也没有相关。中国地方鸡种的形成过程中,各自的地理分布可能并不是影响其群体遗传结构的决定因素。4.以实际测定的29个微卫星座位的基因频率为基础,分析样本量、性别和微卫星座位数对微卫星分析中群体遗传多样性指标的影响。结果表明:当样本量超过20后,期望杂合度值趋于稳定,样本量以20-25较为适宜,样本量与期望杂合度无显着相关,而与平均等位基因数呈正相关;微卫星位点多态性的高低直接影响到检测所需的样本量,在使用平均等位基因数分析群体遗传多样性时,应该充分考虑样本量对检测结果的影响;期望杂合度受样本量变动的影响较小,可作为度量群体遗传多样性的一个最适参数;在微卫星分析中性别对群体遗传多样性指标不表现出显着影响;随着微卫星数目的增多,遗传距离估测精确度精度也随着升高。5.对近缘物种间微卫星引物的适用性进行尝试,利用29对鸡微卫星标记对孔雀基因组DNA进行种间扩增,发现14对引物能扩增出特异性条带,每对引物扩增的平均等位基因数为1.71,有7对引物具有较丰富的多态性,其中MCW0080和MCW0098最为理想。蓝孔雀和绿孔雀群体间和群体内的遗传分析结果表明,绿孔雀和蓝孔雀两个群体的期望杂合度分别为0.7422和0.6943,群体间的遗传分化系数为0.078,Reynolds'遗传距离和基因流分别为0.0603和3.896,结果显示这两个孔雀群体的杂合度和遗传多样性水平都很低,且有相互混杂的趋势。6.对中国家鸡和红色原鸡的256个个体mtDNA D-loop序列进行系统分析,测定16个群体线粒体D-loop部分序列大小约为560bp,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为25.00%、37.40%、4.40%和33.20%。A+T含量58.20%,G+C含量41.80%, A+T含量高于G+C含量;共发现44个变异位点,约占分析位点总数的7.86%,没有观测到插入/缺失,颠换和转换之比为0.13;共具有32种单倍型,9种为共享单倍型,其它23个单倍型均为各群体所特有;16个群体内单倍型多样度差异很大,从0到0.964,单倍型变异度总体为0.909±0.014,固始鸡的核苷酸多样度最低,淮南麻黄鸡和皖南叁黄鸡的核苷酸多样度较高,红色原鸡两个亚种和14个中国地方鸡种整体的平均核苷酸差异数为7.276,核苷酸多样度为1.851%。16个群体表现出较高水平的遗传多态性。群体间核苷酸分歧度(Dxy)在0.747%～3.125%之间变化,核苷酸净遗传距离(Da)为-0.015%～2.633%,核苷酸分歧度(Dxy)和核苷酸净遗传距离差异均较大。红色原鸡2个亚种和14个中国地方鸡种间kimura双参数距离变异范围为0.007～0.031。mtDNA D-loop环序列群体间(Va)的方差组分占总变异的23.83%,Fst=0.38155,差异显着(P<0.05)。红色原鸡两个亚种和14个中国地方鸡种间表现出显着的遗传分化。7.对16个群体mtDNA D-loop单倍型进行分子系统树和网络关系分析,以日本鹌鹑(Coturnix japonica)为外群(Genbank登录号:D82924),16个鸡种mtDNA D-loop区32种单倍型的NJ、ME和UPGMA分子系统树均分为明显的4个类群,单倍型类群A中包含有泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种的单倍型;单倍型类群B和单倍型类群C中包含有中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种的单倍型;单倍型类群D中同时含有这两个红色原鸡的单倍型。单倍型网络关系图中序列明显也聚为4个聚类簇,与单倍型系统发生树的结果完全一致。利用Kimura双参数模型构建D-loop区的分子系统树中,固始鸡、仙居鸡始终与泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种聚在一起,茶花鸡、藏鸡、泰和乌骨鸡、河南斗鸡和白耳鸡也始终出现在一个类群。8.对中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种与泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种微卫星DNA和mtDNA的多态性进行分析,中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种与泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种的微卫星DNA遗传距离为0.167,Nm值为1.040。没有表现出较近的遗传距离和较大的基因流动,群体的遗传分化系数为0.194(P<0.01),所有位点都极显着地贡献于这一结果(P<0.01)。红色原鸡两个亚种没有共享单倍型,它们各自具有不同的单倍型,群体间mtDNA D-loop Fst值差异显着(P=0.0360)。Gallus gallus spadiceus亚种和Gallus gallus gallus亚种群体具有不同的群体遗传结构,群体之间存在明显的遗传分化,本研究支持这两个亚种并非实际上是同一个亚种的观点。9.综合分析中国家鸡和红色原鸡微卫星DNA和mtDNA多态性和亲缘关系的结果,推测泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种被驯化后,有部分群体演化形成了一些中国家鸡的群体如固始鸡和仙居鸡,而中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种被驯化后,也演化形成了一些中国家鸡的群体如茶花鸡和藏鸡等。泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种中性检验的Tajima's D值为-1.79995(P< 0.05),不符合中性突变。在泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种群体一段时间内的群体扩张过程中,对一些在中国本地起源的家鸡群体中的一些亚群产生了影响,因此在一些中国地方鸡种同时具有这两种红色原鸡的遗传贡献。本研究认为中国家鸡起源于泰国或单纯起源于中国的观点都是不全面的,支持红色原鸡的驯化是多次、多地、长期的人类活动的结果这一观点。
卢智彬[4]2009年在《新兴黄鸡生长和屠宰性状与微卫星标记的相关分析》文中指出本研究利用选自家禽基因组中的31个微卫星标记,对新兴黄鸡的黄IV群体173个个体的基因组DNA进行PCR扩增,经分析后,计算出各标记的基因频率、多态信息含量、杂合度,通过与性状初生重、2周龄体重、4周龄体重,6周龄体重、8周龄体重、屠体重、胸肌重、腿肌重、全净膛重、半净膛重、心重,肝重,肌胃重的相关分析,得出与性状相关的标记,并进行同一标记不同基因型间的多重比较。试验结果表明,1、对14项生长和屠宰性能描述性分析结果表明群体内个体间存在较大的差异,适于进行标记-QTL的连锁分析；对性状间的相关分析结果正确反映了生长和屠宰性能间的相关关系特点。2、从己发表的叁个参考家系的遗传图谱中选取31个微卫星标记,合成引物进行PCR扩增,非变性聚丙烯酞胺凝胶电泳分型,结果表明：各座位均表现出不同程度的多态,平均等位基因数约4个,最高为5个,最低为2个,平均多态信息含量为0.4871,平均杂合度为0.3306。3、采用方差分析法对31个具多态性的微卫星座位与14项生长和屠宰性能等性状间进行连锁分析。31个多态性座位中检测到12个与不同的生长和屠宰性能存在相关关系,具有较高的检测效率。它们分别为ABR0322、ADL0146、ADL0278、LEI0146、 LEI0166、MCW0067、MCW0095、MCW0104、MCW0183、MCW0245、MCW0258、 MCW0331。方差分析表明：ABR0322对二周龄体重、六周龄体重、胸肌重有显着影响；ADL0146对肝重、胸肌重有显着影响,经多重比较,进一步可知AA型和CC型所对应的胸肌重的值显着高于其他基因型,与其他基因型差异显着,AD型的肝重值显着高于其他基因型,与其他基因型差异显着；ADL0278对心重有显着影响,由多重比较结果可知基因型为AB、BD、BE的个体所对应的心重值显着高于其他基因型,与其他基因型差异显着；LEI0146对肌胃重有显着影响；LEI0166对初生重有显着影响,由多重比较结果可知CC基因型对应的初生重的值显着高于其他基因型,与其他基因型差异显着；MCW0067对胸肌重有显着影响,由多重比较结果可知BC基因型对应的胸肌重的值显着高于其它其他基因型,与其他基因型差异显着；MCW0095对肝重有显着影响,由多重比较结果可知CD基因型所对应的肝重值显着高于其他基因型,与其他基因型差异显着；MCW0104对二周龄体重有显着影响,由多重比较结果可知BD、BE、DE基因型对应的二周龄体重显着高于其他基因型,与其他基因型差异显着高于其他基因型；MCW0183对腹脂重和肌胃重有显着影响,由多重比较结果可知BC、DD、DE基因型对应的腹脂重显着；DD基因型对应的肌胃重的值显着高于其他基因型,与其他基因型差异显着；MCW0245对肌胃重有显着影响,由多重比较结果可知AA、DD基因型所对应的肌胃重的值显着高于与其他基因型,与其他基因型差异显着；MCW0258对六周龄体重、八周龄体重、屠体重、半净堂重、全净堂重、腹脂重、心重有显着影响,由多重比较结果可知AB基因型对应的六周体重、八周体重、屠体重、半净堂重、全净堂重、心重的值显着高于其他基因型；BB型对应的腹脂重的值显着高于其他基因型,与其他基因型差异显着；MCW0331对四周龄体重、八周龄体重、屠体重、半净堂重、腹脂重、腿肌重、肝重、肌胃重、心重有显着影响,由多重比较结果可知AB基因型所对应的四周体重、八周体重、屠体重、半净堂重、腿肌重、肝重、肌胃重、心重显着高于其他基因型,与其他基因型差异显着。
卢克伦[5]2005年在《鸡F_2群体屠宰性能和肉品质性状的微卫星标记连锁分析》文中指出本研究利用26个微卫星标记分析了隐性白羽鸡和仙居鸡为亲本制备的F_2代分离群体共500个个体各标记座位的等位基因数、基因频率、杂合度和多态信息含量,同时测定F_2群体的14项屠宰性能和肉品质性状,对其进行描述性统计分析和相关性分析,采用方差分析法对标记与性状进行连锁分析,并对性状连锁的同一标记不同基因型作多重比较,试验结果如下: 1、对14项屠宰性能和肉品质性状描述性分析结果表明群体内个体间存在较大的差异,适于进行标记-QTL的连锁分析;对性状间的相关分析结果正确反映了屠宰性能和肉品质间的相关关系特点。 2、从已发表的叁个参考家系的遗传图谱中选取26个微卫星标记,合成引物对F_2群体进行PCR扩增,变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分型,结果表明:除ADL123为单态外,各座位均表现出不同程度的多态,平均等位基因数约5个,最多的MCW185为8个,最少的ADL123为2个,平均杂合度为0.7012、平均多态信息含量为0.6468。 3、采用方差分析法对25个多态性座位与14项屠宰性能和肉品质性状间进行连锁分析,结果表明:25个多态性座位中检测到12个与不同的屠宰性能和肉品质性状存相关关系,具有较高的检测效率。它们分别为:ADL136、MCW0095、MCW264、ABR0322、ADL211、ADL289、MCW0223、MCW4、ADL0301、ADL166、MCW104和MCW67。 4、微卫星标记与14项屠宰性能与肉品质性状间方差结果表明:ADL136可能与腹脂率关联;MCW0095可能与嫩度、活重、屠体重关联;MCW264可能与pH值、失水率关系;ABR0322可能与活重、屠体重、胸肌率关联;ADL211可能与失水率、胸肌重、胸骨重、胸宽关联;ADL289可能与活重、屠体重、胸骨重、胸宽关联;
李慧芳[6]2008年在《中国地方家鸭品种的分子遗传多样性研究》文中研究指明为全面了解中国家鸭遗传资源的现状、遗传多样性及遗传关系,本研究通过原产地调查并采集了来自中国不同地区的24个地方鸭种,通过微卫星标记技术,检测了24个中国地方鸭种1440个个体在28个微卫星基因座的基因型。分析了等位基因频率、群体杂合度(H)、有效等位基因数、多态信息含量、群体间的Nei氏标准遗传距离(DS)和DA遗传距离,采用邻近结合法、主成分分析和群体遗传结构分析等方法,对24个中国地方鸭种的群体内的遗传变异进行了分析。研究结果如下:1.原产地调查显示,我国26个地方鸭品种中,文登黑鸭和中山麻鸭濒临灭绝,现存的24个地方鸭种中,建昌鸭和四川麻鸭处于危险状态,其他22个鸭品种均处于正常状态。2.进行了血样保存方法的比较,研究了乙醇保存家禽血样的效果,结果表明,利用75%的乙醇按4:1的体积比处理家禽血样,不仅操作简便快捷,常温保存较长的时间;而且,从该血样中可以提取高质量的DNA。3.检测了28个微卫星座位在24个地方鸭种中的等位基因数及多态信息含量。28个微卫星座位总共检测到236个等位基因,拥有的等位基因数量非常丰富(5-13),平均值为8.428;检测到134.4个有效等位基因,平均值为4.800。有效等位基因数小于实际观察等位基因数。除座位APL23和APL79的PIC为中度多态外,其它座位的PIC均具有较高的多态性。平均期望杂合度为0.7613,显示出丰富的遗传多样性和较高的选择潜力。各座位的有效等位基因数、平均多态信息含量和期望杂合度叁者呈正相关的关系。从品种的角度看,贵州省的叁穗鸭和兴义鸭在28个微卫星标记中的平均等位基因数最高,皆为4.25,而平均等位基因数最低出现在福建省的连城白鸭,平均等位基因数只有3.36。4.检测了24个地方鸭品种在同一微卫星座位上等位基因数目和频率的差异。结果显示:24个地方品种拥有27个特有等位基因以及数量相当的优势等位基因,28个微卫星基因座都有优势等位基因存在。24个品种中,叁穗鸭的期望杂合度最高,0.6166;其次为微山麻鸭;杂合度最低的为金定鸭,0.5137。24个鸭群体的平均杂合度为0.569,遗传多样性较低,选择的潜力相对较小。5.群体间的遗传变异经F统计量分析,单个座位偏离Hardy-Weinberg平衡的群体数从0到8不等。对于整个群体而言存在着极显着的遗传分化,群体间遗传分化系数达到0.264(P<0.001),并且所有座位都显着地贡献于这一结果(P<0.001);杂合子缺失的水平很低。24个鸭群体之间的Nei氏标准遗传距离DS和DA遗传距离的结果一致。金定鸭和山麻鸭的遗传距离最近;四川麻鸭和汉中麻鸭的遗传距离最远。Nm值变异范围为从0.4620(四川麻鸭—汉中鸭)到1.3692(金定鸭—山麻鸭)。6.利用微卫星DNA标记分析24个中国鸭种遗传距离与地理距离的关联性,对于特定的群体而言,遗传距离与地理距离表现出相当程度的关联性,但24鸭个种间遗传距离和地理距离回归公式:FST/(1-FST) = 0.1976736 +0.0000578ln(d)以及Mantel’s检验的结果(P= 0.19192)并不能为两者间的显着联系提供足够的证据,表明在中国地方鸭品种的形成过程中,各自的地理分布可能并不是影响其群体遗传结构的决定因素。7.利用28对微卫星标记基于DA遗传距离对24个群体的亲缘关系进行分析,结合中国地方鸭种的历史起源、地理位置、生态条件、特定性状以及形态特征等,NJ聚类法将24个中国地方鸭种分为5大类:恩施麻鸭、荆江麻鸭、沔阳麻鸭、建昌鸭、四川麻鸭、靖西大麻鸭和广西小麻鸭聚为一类群;叁穗鸭、兴义鸭、云南麻鸭、、连城白鸭、莆田黑鸭、金定鸭和山麻鸭聚为一类群;绍兴鸭和高邮鸭聚为一类;巢湖鸭、汉中麻鸭和大余鸭聚类一类;攸县麻鸭、临武鸭、北鸭、微山麻鸭和淮南麻鸭聚为一类。8.群体结构分析表明24个地方鸭品种1440个个体的平均基因组分数在所属推断类别中的平均基因组分数都大于0.800,表明我国24个鸭群体各具有本品种的特征特性。9.根据实验数据,提出对现有中国地方鸭种的保种措施:可采集组织和血样,贮存DNA信息,分析评价遗传结构的动态变化;在活体保种中,要采取保种场和保种区相结合的保种措施。
万秋蓓[7]2007年在《鸡类胰岛素样生长因子-1（IGF-1）基因多态性与蛋用性状关系及其表达的研究》文中认为本实验采用PCR-RFLP的方法,以250只新扬州鸡和43只来航鸡为素材对类胰岛素样生长因子-1(IGF-1)基因的5’端调控区进行遗传多态性研究,并对IGF-1基因多态性与鸡蛋用性状间的关系进行了关联分析,且从蛋白质水平探索了基因变异影响表形性状的途径;同时本实验采用RT-PCR的方法研究了IGF-1基因的组织表达规律。主要研究结果如下:1、PCR-RFLP分析表明,在新扬州鸡和来航鸡IGF-1基因5'非编码区存在PstI和HinfI两个酶切位点,PstI位点存在一个A-T突变,HinfI位点存在一个C-T突变。新扬州鸡PstI位点的等位基因A频率为0.3647,等位基因B频率为0.6353,HinfI位点的等位基因C频率为0.5780,等位基因D为0.4220;来航鸡PstI位点的等位基因A频率为0.2209,等位基因B频率为0.7791,HinfI位点的等位基因C频率为0.7674,等位基因D为0.2326。经χ2检验,新扬州鸡在两位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态,而来航鸡在PstI位点不符合Hardy-Weinberg平衡,在HinfI位点符合Hardy-Weinberg平衡。2、在开产性状方面,PstI位点基因型对开产性状有显着影响(P<0.05)。LSD分析表明,新扬州鸡BB型开产蛋重显着大于AB型(P<0.05),来航鸡BB型开产日龄显着早于AB型(P<0.05),BB型开产胫长显着大于AA和AB型(P<0.05)。HinfI位点基因型对新扬州鸡和来航鸡开产性状影响不显着(P>0.05)。3、PstI位点基因型对鸡产蛋数和产蛋量有显着影响(P<0.05),表现为来航鸡BB型29、39、49周产蛋数和29、39、49、59周产蛋量显着(P<0.05)甚至极显着(P<0.01)大于AA和AB型;BB和AB型新扬州鸡40周产蛋量显着大于AA型(P<0.05),而对于新扬州鸡30、40、50、60周产蛋数和30、50、60周产蛋量基因型间差异不显着(P>0.05),但BB和AB型均表现出高于AA型的优势。HinfI位点基因型对新扬州鸡50周产蛋数和50周产蛋量有显着影响,表现为CC型50周产蛋数和50周产蛋量显着大于CD型(P<0.05),而对于30、40、60周产蛋数和30、40、60产蛋量基因型间差异不显着(P>0.05),但CC型均表现出大于CD和DD型的优势。HinfI位点基因型对来航鸡各周产蛋数和产蛋量影响均不显着(P>0.05)。4、PstI位点基因型对新扬州鸡和来航鸡蛋品质有显着影响(P<0.05)。在研究指标中,新扬州鸡的蛋重、蛋白重、蛋黄重、蛋壳重、蛋壳强度、蛋壳厚度、蛋壳颜色等指标的BB基因型效应均显着(P<0.05)或极显着(P<0.01)大于AA基因型。来航鸡的蛋白重、蛋壳重、蛋白比例、蛋形指数等指标的BB基因型效应均显着大于AA或AB型(P<0.05),而对于哈氏单位、蛋壳强度、蛋壳韧度AB型显着大于AA或BB型(P<0.05)。HinfI位点基因型对新扬州鸡和来航鸡蛋品质有显着影响(P<0.05)。新扬州鸡的蛋重、蛋白重、蛋黄重、蛋壳强度、蛋黄颜色、蛋形指数等指标的CC基因型效应均显着(P<0.05)或极显着(P<0.01)大于DD或CD型,而对于新扬州鸡40周蛋白比例、40周哈氏单位、60周蛋壳强度CD型效应显着大于DD型(P<0.05)。在该位点上,来航鸡59周蛋重、59周蛋白重、59周蛋黄重、39周蛋壳颜色的CD型效应显着大于CC型(P<0.05)。5、分析基因型与血清IGF-1浓度的关系发现,不同基因型鸡的血清IGF-1浓度差异不显着(P>0.05),但BB型血清IGF-1浓度在新扬州鸡20、40、58周均有高于AA型的趋势,且血清IGF-1浓度在基因型间的变化趋势与鸡蛋用性状在基因型间的变化趋势一致。6、RT-PCR分析表明,IGF-1基因在新扬州鸡公鸡的肝脏、睾丸、胸肌、腿肌、肺、小肠、心、脾、肾、垂体、肌胃均有表达;在新扬州鸡母鸡的肝脏、卵巢、胸肌、腿肌、肺、小肠、心、脾、肾、垂体、肌胃也均有表达。
侯启瑞[8]2010年在《IGFs、LYZ基因和EAV-HP DNA序列SNPs与京海黄鸡经济性状的关联分析》文中认为以优质肉鸡新品种京海黄鸡为试验材料,利用3个生长曲线模型和4个产蛋曲线模型拟合京海黄鸡生长曲线和产蛋率曲线,分析该品种的生长和产蛋规律;利用PCR-SSCP技术检测IGF1和IGF2基因不同区段的SNPs,首次检测LYZ基因外显子和EAV-HP DNA序列的SNPs,并分析所得SNPs与京海黄鸡部分经济性状之间的关系,为京海黄鸡分子标记辅助选择提供有效的遗传标记;在对单基因标记研究的基础上,对IGF1&IGF2基因和LYZ&gag-env基因进行互作效应分析,合并基因型,对京海黄鸡重要经济性状进行多基因分子标记联合分析,以期为该品种筛选出更准确的遗传标记。主要研究结果如下:⑴京海黄鸡累积生长曲线呈S型,Logistic、Bertalanfy和Gompertz叁种模型均能很好的拟合京海黄鸡生长曲线,其中Gompertz模型拟合的效果最好;杨宁模型和分室模型均能很好的拟合京海黄鸡产蛋率曲线,其中杨宁模型拟合度较高,比较适合拟合京海黄鸡的产蛋率曲线。⑵鸡IGF1基因外显子1、2和4未检测到突变,外显子3和5’非编码区存在突变位点,且外显子3属于沉默突变,该突变没有引起氨基酸序列的改变;IGF1基因基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡状态,说明京海黄鸡群体遗传性比较稳定,该品种仍具有较大的选育潜力。⑶IGF1基因对京海黄鸡生长性状有重要影响,可以作为遗传标记对鸡的相关性状进行分子标记辅助选择;IGF1基因可能与繁殖数量性状位点有一定的距离,因而与繁殖性状之间的关系可能随着种群、品系和家系的不同而不同。⑷鸡IGF2基因外显子1、2和3均存在突变位点,IGF2基因外显子1和2碱基突变改变了氨基酸序列,外显子3突变属于沉默突变;IGF2基因2对引物基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡状态,1对引物基因型分布极不平衡,说明该群体在对某些性状的选育过程中影响到了该基因的随机遗传。⑸IGF2基因对鸡生长性状的影响在不同品种中不同生长发育阶段表现不同。初步推断IGF2基因可能不是鸡繁殖性状的主效基因,但可能与繁殖性状数量位点有一定的连锁关系,在鸡的性成熟、产蛋量和蛋重方面有影响。⑹首次对鸡LYZ基因外显子区域SNPs进行扫描,发现外显子1和2存在同义突变,外显子3和4未检测到突变位点;LYZ基因外显子1基因型分布从不平衡到平衡可能与京海黄鸡的人工选择有关,这也正说明该基因与京海黄鸡重要经济性状有很大关联,外显子2检测到5种基因型,揭示出该群体的遗传多样性十分丰富。⑺鸡LYZ基因与京海黄鸡蛋清中溶菌酶的含量和活力没有显着相关,表示该基因对溶菌酶在蛋清中的表达没有显着影响;通过对京海黄鸡J+和J- 2个品系的研究,首次发现该基因与部分经济性状显着相关,初步推断LYZ基因可能是一个调控鸡生长发育的主基因或与主基因紧密连锁。⑻建立了测定蛋清中溶菌酶含量和活力的标准方法,为家禽蛋清中溶菌酶的测定提供了一套操作性强、易于掌握、结果可靠稳定的途径。⑼首次对鸡EAV-HP DNA序列部分区域进行SNPs扫描,共发现7个多态位点,其中2个位点为沉默突变,5个位点突变造成了氨基酸序列的改变,改变可能会使蛋白结构和生物学功能产生差异,直接或间接影响动物机体的生长发育;京海黄鸡在品系繁育过程中经过了多重人工选择,该基因所处的位置在品系选育目标对应的数量遗传区域内或邻近区域,对两个不同品系所施加的人工选择压无意间改变了基因的随机遗传规律,使基因型在群体中的分布极不平衡。⑽通过基因型&单倍型与京海黄鸡两个品系生长性状的相关性分析,初步认为EAV-HP DNA序列中的gag-env融合基因与鸡生长性状显着相关,且对京海黄鸡两个品系的作用方向不同。⑾京海黄鸡IGF1基因和IGF2基因对0周龄体重、12周龄体重和开产日龄均有互作效应,不同基因型组合间差异显着;LYZ基因和gag-env基因对京海黄鸡8、12和16周龄体重存在互作效应,不同基因型组合间差异显着。⑿单基因基因型分析结果与两基因基因型组合分析结果不完全一样,利用影响经济性状的两个基因的SNPs,甚至更多基因的SNPs进行分子标记辅助育种,比单个基因进行选择的风险小。在京海黄鸡生产上,选留I3* IG1 AA/CC型个体可提高出生重,选留I6*IG1 CC/BB型个体可提高12周龄体重,剔除I6*IG1 DD/BB型个体可减小开产日龄,选留L1*EA6 GA/AC和GA/CC个体可提高12和16周龄体重,选留L2*EA3 TN/AC和L2*EA6 CC/AA、CC/BB、CC/CC、CT/AC个体可提高8周龄体重。
参考文献：
[1]. 微卫星DNA标记与新扬州鸡蛋用性状的相关研究[D]. 沈立权. 扬州大学. 2004
[2]. 微卫星标记与鸡蛋品质性状关联分析的研究[D]. 钱凯. 扬州大学. 2007
[3]. 中国家鸡和红色原鸡遗传多样性及亲缘关系分析[D]. 包文斌. 扬州大学. 2007
[4]. 新兴黄鸡生长和屠宰性状与微卫星标记的相关分析[D]. 卢智彬. 南京农业大学. 2009
[5]. 鸡F_2群体屠宰性能和肉品质性状的微卫星标记连锁分析[D]. 卢克伦. 扬州大学. 2005
[6]. 中国地方家鸭品种的分子遗传多样性研究[D]. 李慧芳. 扬州大学. 2008
[7]. 鸡类胰岛素样生长因子-1（IGF-1）基因多态性与蛋用性状关系及其表达的研究[D]. 万秋蓓. 扬州大学. 2007
[8]. IGFs、LYZ基因和EAV-HP DNA序列SNPs与京海黄鸡经济性状的关联分析[D]. 侯启瑞. 扬州大学. 2010