导读:本文包含了基因组全序列论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因组,线粒体,序列,巴马,松毛虫,鳞翅目,绦虫。
基因组全序列论文文献综述
杨剑波,唐文,蒯冬灵,秦虎,吴井生[1]（2019）在《梅山猪线粒体基因组全序列测定与分析》一文中研究指出采用PCR测序技术对梅山猪线粒体基因组进行测序,并对其特征进行分析。结果表明,梅山猪线粒体基因组序列全长16 730 bp,包含13个蛋白编码基因,2个rRNA,22个tRNA和1个非编码控制区(D-loop);蛋白编码基因起始密码子分别为ATA(ND2、ND3和ND5),GTG(ND4L),剩余均为ATG,终止密码子分别为TAG(ND1、ND2)、AGA(CytB)、TAA(COX1、ATP8、ATP6、ND4L、ND5和ND6),其余为不完全密码子T;22个tRNA中除tRNA-Ser(AGY)缺少DHU臂外,其余tRNA均可形成典型叁叶草结构;线粒体控制区全长1 294 bp,包括26个串联重复序列(CGTGCGTACA),以及TAS-3、TAS、OH、CSB-1、CSB-2、CSB-3和LSP等保守框。采用MEGA X最大似然法基于线粒体全序列构建进化树,梅山猪(小型)与陆川猪最为相近。(本文来源于《畜牧与兽医》期刊2019年12期）
王瑶,孔祥波,张苏芳,刘福,张真[2]（2019）在《云南松毛虫线粒体基因组全序列测定和分析》一文中研究指出[目的]测定和分析了云南松毛虫线粒体基因组特征,从线粒体基因组水平探究鳞翅目蛾类昆虫高级阶元的系统发育关系。[方法]采用Illumina HiSeq测序方法测定了云南松毛虫线粒体全基因组序列,参考鳞翅目昆虫已知线粒体基因组的全序列对其各基因进行定位和注释。采用tRNA Scan-SE 2.0在线预测云南松毛虫线粒体基因组tRNA基因的二级结构。基于线粒体全基因组的蛋白编码序列构建了鳞翅目13个科32种蛾类昆虫的系统发育树和松毛虫属近缘种间的系统发育树。[结果]结果显示云南松毛虫线粒体基因组全长15 443 bp,包括13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和一段长度为321 bp的A+T富含区,无基因重排,存在较高的A+T含量(80.0%)。13个蛋白编码基因中除了ND2和COX1,其余均以ATN做为起始密码子。9个蛋白编码基因共享相同的终止密码子TAA(ND2、ATP8、ATP6、COX3、ND5、ND4L、ND6、CYTB和ND1),其他4个基因的终止密码子都是残缺的,COX1、COX2、ND4以T为终止密码子,ND3以TA为终止密码子。22个tRNA基因中,除了tRNA~(Ser(AGN))由于缺少DHU臂无法构成叁叶草结构,其余T均为典型的叁叶草结构。整个线粒体结构与鳞翅目中目前已得到的其他昆虫线粒体基因组结构一致。[结论]系统发育分析结果显示,云南松毛虫与思茅松毛虫是完全不同的近缘种,与其他松毛虫亲缘关系也较远,云南松毛虫与6种近缘种的系统发育关系为:(((((油松毛虫+文山松毛虫)+赤松毛虫)+落叶松毛虫)+(思茅松毛虫+云南松毛虫))+家蚕)。鳞翅目蛾类各科之间的系统发育关系为:((((((((毒蛾科+灯蛾科)+夜蛾科)+舟蛾科)+(尺蛾科+(蚕蛾科+(天蛾科+大蚕蛾科))))+枯叶蛾科)+(螟蛾科+草螟科))+卷蛾科)+蝙蝠蛾科)。(本文来源于《林业科学研究》期刊2019年05期）
赵亚男[3]（2019）在《甜果螨的饲养及其线粒体基因组测序与全序列分析》一文中研究指出目的:探讨甜果螨(Carpoglyphus lactis)的饲养条件并对甜果螨进行纯培养,扩大甜果螨的样本量,保证后续实验顺利进行;测定甜果螨线粒体基因组全序列,完成全序列的注释和分析,并与部分无气门亚目螨类线粒体基因组进行比较分析。方法:(1)采集干果商店的储藏干果,分离其中孳生的粉螨。(2)制备3种不同配方的甜果螨饲养料,各挑入上述分离所得的200只甜果螨,于同一人工气候箱内进行人工饲养,4周后统计甜果螨增殖倍数。选择其中1种饲养料,设置33种温湿度条件,观察每种温湿度条件下甜果螨雌成螨6天时存活率及6天日均产卵量。(3)将上述饲养所得的甜果螨,用传统的酚氯仿抽提法和试剂盒提取法提取甜果螨基因组DNA,采用节肢动物和螨类线粒体基因的通用引物,PCR扩增出线粒体cox1、cob、rrnS和nad4-nad5目的基因的部分序列,克隆纯化后送至生物公司进行双向测序,得到目的基因序列,再分别设计种特异性上、下游引物进行Long-PCR扩增和步移法测序,直至测出线粒体基因组全序列。应用Seqman、SEQUIN 9.0、tRNAscan等生物信息学软件,对甜果螨线粒体基因组的基因结构和排列、碱基含量、PCGs基因、密码子的使用、核糖体RNA基因、转运RNA基因和非编码基因进行注释及二级结构的预测分析。最后与GenBank数据库中其他已测的4种无气门亚目螨线粒体基因组全序列进行无气门亚目螨类线粒体基因组的比较分析。结果:(1)从61种储藏干果样本中共分离出粉螨19种,隶属于6科16属,孳生的干果种类最多的螨种为甜果螨,其次为害嗜鳞螨、家食甜螨和腐食酪螨。(2)培养4周后,3种不同配方饲养料中甜果螨的平均孳生密度分别为5598.62只/g、2013.15只/g、411.23只/g,增殖倍数分别约为1400倍、500倍、100倍。甜果螨雌成螨在相对湿度低于66%水平时,各温度梯度下的存活率皆为0,在15~35℃,湿度与甜果螨存活率和日均产卵量呈正相关性。(3)甜果螨(C.lactis)线粒体基因组总长为14060bp,为典型的闭合双链DNA分子,共由37个基因组成,包括13个蛋白质编码基因(PCGs)、22个转运RNA基因和2个核糖体RNA基因,甜果螨线粒体基因组还包括1个最大的非编码区(large non-coding region,LNR)。与粉螨科的椭圆食粉螨和伯氏嗜木螨以及麦食螨科的粉尘螨和屋尘螨比对分析发现,果螨科的甜果螨线粒体基因组没有出现基因的缺失与重排,基因排序与上述4种螨完全一致。结论:(1)本研究筛选出了快速培养甜果螨的适宜配方,探究了甜果螨纯培养的实验室条件,为粉螨的饲养提供了参考,也为干果储藏及粉螨防治提供了依据。(2)本研究获得并注释分析了甜果螨线粒体基因组全序列,是果螨科螨类线粒体基因组全序列的首次报道。为推进无气门亚目物种线粒体基因组的测序与注释以及无气门亚目分子系统学的发展积累了资料。(本文来源于《皖南医学院》期刊2019-05-01）
张耀刚,马艳艳,曹得萍,姜博璠,樊海宁[4]（2019）在《棘球属绦虫线粒体基因组全序列生物信息学分析》一文中研究指出目的利用生物信息学技术分析棘球属绦虫线粒体基因组全序列碱基组成、基因的结构组成及排列、蛋白基因核苷酸序列变异位点、密码子使用情况及偏好性、系统发育等,为研究棘球绦虫系统起源、演化、分类及亲缘关系等提供理论基础。方法从GenBank数据库下载12种棘球属绦虫线mtDNA全序列,并以猪带绦虫作为外类群,构建系统发育树。利用OGDRAW在线分析网站及Vector NTI Express软件,分析mtDNA的组成及排列情况。用Clust-X软件对多个相似序列进行多重序列比对分析;使用Mega4.0软件选择邻接法构建进化树,并分析密码子使用情况;利用RNAfold在线预测网站使用minimum free energy (MFE) and partition function算法预测l-rRNA和s-rRNA二级结构。结果除Eg G1外,棘球绦虫属mtDNA有36个编码基因,包括22个转运RNA基因、12个蛋白基因、2个核糖体RNA基因;但Eg G1 mtDNA最小,只有30个编码基因,在起始编码区缺少6个编码转运RNA的基因,且第一个编码基因不是ND5,而是COX3;编码蛋白的基因核苷酸序列变异率为27.9%～42.7%,其中COX1最为保守,ND5变异率最大达到42.7%;棘球属绦虫线粒体蛋白质编码基因起始密码子除atg,也有一些蛋白质以gtg作为起始密码子,终止密码子以taa和tag常见,但也有以ttt作为终止密码子的;棘球绦虫属使用的密码子为密码表9,使用频率最高的密码子是UUG(2.72%),频率最低的是CUC(1%)、CGC(1%),编码亮氨酸、精氨酸的密码子最多达6个,编码甲硫氨酸、色氨酸最少只有一个,亮氨酸也是棘球属绦虫最偏好的氨基酸达到6%;棘球属绦虫核糖体基因有两个长度大小分别为977～985 bp、700～727 bp,两个基因的位置十分靠近中间只隔一个trnC基因;系统进化树中Ev、Eo单独为一枝,Em、Es及Eg G1、Ef形成姐妹枝,细粒棘球绦虫G4、G5、G6、G7、G8、G10亚型聚为一枝,进化距离较近。结论本研究将为棘球属绦虫mtDNA的研究、分子进化和分子诊断等方面提供诸多信息,并为种系鉴定起到一定的指导作用。(本文来源于《中国人兽共患病学报》期刊2019年03期）
刘树虎,王德萍,伊力哈木·乃扎木,多力坤·买买提玉素甫[5]（2018）在《线粒体DNA基因组全序列揭示克里雅人母系遗传结构》一文中研究指出目的:探知克里雅人线粒体DNA(mtDNA)遗传结构和遗传多样性,构建人群mtDNA遗传数据库。方法:运用二代测序技术对70个来自达里雅布依的克里雅人mtDNA基因组全序列进行了测序和分型。结果:70个个体共检出变异位点256处,控制区变异位点71处,编码区变异位点185,其中多态性位点245处。A263G、A750G、A4769G、A8860G、A15326G5个位点变异率为100%。界定了20种单倍型,高频率单倍型有F1a1(15.7%)、M8a2a1(12.9%)、H1t(11.4%)、M11a2(10.0%)。主成分分析结果表明:克里雅人与维吾尔族相聚的最近,与藏族和壮族相离较远,且中亚各人群相聚的较近。多态性指标显示,克里雅人π=0.1827、HD=0.9264、DP=0.9132,遗传多样性丰富。人群邻接系统进化树结果揭示,克里雅人与新疆维吾尔族人群亲缘关系最近,与藏族人群亲缘关系远。结论:克里雅人mtDNA遗传结构与维吾尔族人群最接近、亲缘关系最近,具有明显的亚欧混合现象。这与丝绸之路贸易的兴起昌盛衰落伴随着人群交流密不可分,是人群长期基因融合的结果。(本文来源于《解剖学杂志》期刊2018年05期）
孙恩涛,杨邦和,陶香林,叶长江,李朝品[6]（2018）在《伯氏嗜木螨线粒体基因组全序列测定研究》一文中研究指出目的:测定并分析伯氏嗜木螨线粒体基因组全序列。方法:采用长片段PCR扩增和引物步移法测序。结果:伯氏嗜木螨线粒体基因组全序列为14 273 bp,为闭合环状分子,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA和2个rRNA。tRNA长度47～63 bp,平均(53.6±3.49) bp,仅trn K能折迭形成叁叶草结构,其余均为缺乏T-臂或D-臂的非典型结构;最大的非编码区LNR位于trn F和trn S1之间,长341 bp,有1段类似微卫星的重复序列(AT) n和多个能稳定形成茎环的二级结构。结论:获得了伯氏嗜木螨线粒体基因组全序列。(本文来源于《皖南医学院学报》期刊2018年05期）
龚卓群,郝璐,谢吉鹏,国立耘,周涛[7]（2018）在《苹果茎痘病毒新疆阿克苏分离物基因组全序列测定及分析》一文中研究指出苹果病毒病在世界各苹果种植地广泛发生,严重影响苹果生产。苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)是一种危害苹果的重要潜隐病毒,是凹陷病毒属Foveavirus的代表种(Adams et al.,2004),基因组为正单链RNA,长约9 306 nt,编码5个开放阅读框(open reading frame,ORF)。自然寄主有苹果、梨、樱桃和海棠等,被ASPV侵染后一般症状不明显,但生长不良,树势衰退,果实产量和品(本文来源于《植物保护学报》期刊2018年04期）
郭添福[8]（2018）在《高覆盖度甲基化重测序解析巴马香猪组织和时序特异位点以及基因组全序列关联分析研究F2家系肌纤维性状的遗传机理》一文中研究指出巴马香猪体型小、耐近交,是药理试验、疾病模型构建和异种器官移植的重要模型动物。DNA甲基化在基因的表达调控中发挥着重要作用,是当前的研究热点之一。至今,不同时序年龄巴马香猪不同组织的全基因组高分辨率甲基化研究还未见报道。本试验利用全基因组重亚硫酸盐测序技术研究1岁、4岁和9岁共叁个年龄段巴马香猪公猪的睾丸和肌肉组织,首次以高覆盖度甲基化重测序系统地解析巴马香猪的组织特异和时序特异位点,绘制了巴马香猪睾丸和肌肉组织单碱基高分辨率全基因组甲基化图谱,探讨了DNA甲基化在巴马香猪繁殖功能衰退和肌肉衰老机制,为动物育种和人类医学研究提供重要的理论参考。结果表明,不同年龄段巴马香猪公猪不同组织的全基因组总体甲基化水平约为4.4%,甲基化主要发生在CG环境下,约占70%(mCG/CG),平均占总甲基化水平的89.57%以上(mCG/mG),mCG环境下各染色体的甲基化水平基本一致,CHG和CHH环境的甲基化水平与总体甲基化水平(mC)在不同染色体上的分布趋势一致;各染色体的甲基化水平与染色体长度基本呈反比。不同年龄段、不同组织巴马香猪基因功能区域全基因组甲基化模式相似,基因的内含子区和3’UTR区的甲基化水平最高,5’UTR区最低。不同年龄和不同组织在不同序列环境下的DMRs主要集中在基因间区、基因的内含子区和外显子区,少量分散在其他基因功能区。不同年龄段、不同组织的DMRs长度在各染色体上的分布呈多样性。两种组织的DMRs数量随着年龄的增长呈减少趋势,DMRs的甲基化水平随着年龄的增长先升后降。不同组织间的DMRs数量随着年龄的增长逐渐减少,说明DNA甲基化差异存在时序特异性。不同年龄段睾丸组织的DMRs甲基化水平高于肌肉组织,证实了DNA甲基化存在组织特异性,而且这两种组织间的DMRs甲基化水平差异不随年龄的变化而变化。通过对不同年龄段和不同组织的DMGs进行GO和KEGG分析,富集到了与骨骼肌发育、肌管细胞发育、肌细胞自我调节和甾类激素介导信号等通路。对不同组别DMGs求交集,在肌肉和睾丸组织中我们共鉴定到了3个候选基因:DMD、SGO1和CITED1。对不同组织不同组别的DMGs求交集,得到148个基因,利用STRING数据库进行分析,筛选了4个DMGs:WT1、NCOA1、NR3C1和NEOD4L。这些候选基因可以为后期研究提供重要参考。猪作为人类最主要的肉类来源,研究其肌肉的相关性状,对养猪生产和消费具有重要意义。不同肌纤维类型及其数量显着影响肌肉的色泽、p H值、滴水损失、系水率和嫩度等肉品质性状。本实验室工作团队利用183个微卫星进行了肌纤维性状的全基因组QTL定位,共鉴别出8个基因组显着水平的QTLs,置信区间为11-127c M,在置信区间内包含了成百上千的基因,从中筛选并鉴别因果基因或因果位点已成艰巨挑战。本研究基于前期肌纤维的表型数据、illumina porcine SNP60芯片的基因型数据和已有的重测序数据,采用基因型填充策略对白色杜洛克×二花脸猪资源家系的1020个个体填充到基因组全序列并进行基因组全序列的关联分析,旨在精细定位影响不同肌纤维类型的QTL区域,鉴别影响猪肌纤维类型的关键标记位点并进一步鉴别影响肌纤维类型的因果基因。本研究以19头F0代和98头无亲缘关系个体的深度重测序数据构建基因组全序列单倍型参考库,利用IMPUTE2软件把1020个个体60k芯片单倍型与参考单倍型的LD及IBD关系填充到基因组全序列,共填充了21,624,800个SNPs。经过质控过滤后剩下14,749,450个SNPs,填补精度范围为91%~96%,平均精度为94%。随后利用线性混合模型对其中11项肌纤维表型的100个个体进行基因组全序列的关联分析,共检测出14个分布在14、15和16号染色体的SNPs与I型肌纤维相对面积(I_RA)、单位面积肌纤维根数(FN)和肌纤维总根数(TFN)显着相关。此外,我们在14号染色体上发现同时影响FN和TFN的多效QTL。通过基因筛选,发现3个与FN(ADAM8和BIN1)、TFN(BIN1)和I_RA(FAM105A)最相关的候选基因。本研究采用基因组全序列关联分析定位到3个影响肌纤维类型的QTLs,为下一步在更大样本群中进行重复验证及精细定位肌纤维类型相关基因奠定了坚实基础,为最终优质肉分子育种技术提供了理论依据。(本文来源于《江西农业大学》期刊2018-06-01）
刘媛媛[9]（2018）在《一株粉纹夜蛾囊泡病毒（TnAV-6b）基因组全序列解析》一文中研究指出囊泡病毒Ascoviruses具强致病性、高致死率等特点,具有作为高效生物农药开发的潜力。其为环状双链DNA病毒,主要侵染在农业生产中常见的鳞翅目夜蛾科昆虫。然而其基因组学的研究仍不够深入,本研究首次完成了粉纹夜蛾囊泡病毒6b株Trichoplusia ni ascovirus 6b(Tn AV-6b)的全基因组测序、组装、拼接和注释,并通过与所有已知的其他囊泡病毒基因组进行比较分析,较为系统全面的解析了Tn AV-6b的基本特征,为明确其致病机理、传毒过程提供参考,并为通过基因编辑等手段对其改良提供基础数据支撑,主要结果如下:(1)TnAV-6b全基因组测序、组装和注释。首先采用Illumina’s Solexa高通量测序平台对Tn AV-6b进行了全基因组序列测定,而后,对测序结果的原始数据进行过滤,获得了6,045,713对clean pair-end(PE)reads,运用Edena、Velvet和Abyss等组装软件进行拼接,最终获取了Tn AV-6b的全基因组草图,基于(Bam HI,Eco RI,Hind III,Pst I,Xba I and Xho I)等酶切图谱验证,绘制了全基因组精细图。对精细图使用NCBI ORF finder、Gene Mark S和Geneious等程序进行ORFs预测,并通过NCBI和Uni Prot等数据库进行全局比对,最终完成了整个基因组的注释。通过生物信息学统计分析表明:Tn AV-6b基因组全长为185,664 bp。G+C含量为35.4%。全基因组序列已提交至Gen Bank,登录号:KY434117。(2)TnAV-6b全基因组核苷酸序列分析。推测其共有178个ORFs,编码区域占全基因组的90.9%,其中与起始DNA polymerase基因转录方向相同的ORFs有91个,而与其转录方向相反的ORFs有87个;Tn AV-6b全基因组结构中存在大量重复序列和部分基因重迭的现象,其中含有4个iap-like基因,7个bro基因,7个aro基因和15个unique基因。另外,38个基因在所有已知囊泡病毒基因组中均检测到同源性,并参与核酸的合成代谢,DNA复制、转录及翻译等过程。Tn AV-6b基因对等排列图的研究表明:Tn AV-6b基因组与Hv AV-3a的共线性关系较好,与Sf AV-1a的差异性较大。(3)TnAV-6b全基因组密码子使用偏性分析。通过对囊泡病毒属的叁个种进行相对同义密码子使用度分析表明:其密码子用法偏性在种间差异较大;同时进一步通过双联碱基丰度分析表明:Tn AV-6b的密码子的用法偏性更倾向于选择A/U。(本文来源于《湖南农业大学》期刊2018-06-01）
黎舫[10]（2018）在《七种管鼻蝠线粒体基因组全序列的特征与分类探讨》一文中研究指出翼手目(Chiroptera)蝙蝠科(Vespertilionidae)管鼻蝠属(Murina),因其鼻部延长呈管状而得名,分布于整个亚洲大陆。该类群为典型森林型蝙蝠,飞行灵活,且常栖息于远离人烟的区域,因此较难捕获,迄今文献资料相对较少。值得注意的是,该类群外形相似、存在性二态,且种内存在毛色变异,故仅凭形态学特征进行物种鉴定困难重重。随着分子生物学的发展,越来越多学者开始整合系统发育学与传统形态学技术方法对物种进行厘定,这极大促进了管鼻蝠类群的分类研究,管鼻蝠属内新种的发现和再描述的研究也不断升温。基于2013年至今积累的管鼻蝠标本为基础,本研究以传统形态学和系统发育学两方面证据完成物种的鉴定。在形态学方面,主要为标本外部形态与头骨特征的对比、描述与测量;在分子系统学方面,则通过扩增得到其线粒体COI基因、Cyt b基因和ND1基因,完成系统发育树重建以验证其种类。在明确物种分类地位后使用传统PCR与第二代基因组测序技术对七种管鼻蝠线粒体基因组进行扩增和测序。通过生物信息学方法,比较本课题所得的线粒体基因组与NCBI数据库中已有的管鼻蝠线粒体基因组间的异同,完成基于线粒体基因组树的管鼻蝠系统发生的重建,搭建管鼻蝠属内种间的初步进化框架。通过比较线粒体基因组树和单基因树的异同,初步评估不同基因在系统发育学中的效能;基于cyclotis-group和suilla-group在分子进化框架中镶嵌式分布的结果,提示该表征极可能源于管鼻蝠种类的趋同进化;最后,以本研究所获取的线粒体基因组序列为参照,本课题尝试“连接”Genbank-nt数据库中不同管鼻蝠分子标记的序列,并对部分存在潜在物种鉴定问题的序列进行了厘定,纠正其中错误的序列信息。具体结果如下:(1)扩增得到七种管鼻蝠线粒体全基因,丰富了国内管鼻蝠类群的基础生物学信息。哈氏管鼻蝠(Murina harrisoni)16601 bp、艾氏管鼻蝠(M.eleryi)16449bp、罗蕾莱管鼻蝠(M.lorelieae)16430 bp、梵净山管鼻蝠(M.fanjingshanensis)16488 bp、圆耳管鼻蝠(M.cyclotis)16442 bp、金毛管鼻蝠(M.chrysoaetes)16335bp和水甫管鼻蝠(M.shuipuensis)16584 bp,长度差异主要来自于D-loop区。七种管鼻蝠线粒体基因组和NCBI-nt中已发表的同类群线粒体基因组相比较:所有线粒体基因组组成和结构极为相似,均包含13个蛋白编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和1个非编制区(D-loop)。十种管鼻蝠线粒体基因组tRNA的反密码子均完全一致。在编码蛋白的起始密码子和终止密码子中,存在少部分的差异。(2)基于COI基因、Cyt b基因和ND1基因的系统发育树重建,并对其拓扑进行初步比较。3个单基因所构建的系统发生树并不一致,且早期系统发生关系的支持度较低。这可能是由于不同基因的所受的选择压力或基因进化速率不同所致。而早期低支持度的节点提示单基因的分子标记无法解决管鼻蝠属早期的系统分化问题,多基因联合分析才可能是解决该问题的必经之路。鉴于COI基因在管鼻蝠属内的物种覆盖面较全,且近期的分歧事件均能较好还原,故仍可作为物种鉴定的首要分子标记。(3)线粒体基因组树能较好地重建早期的系统发育关系,并基于该进化框架对传统分类系统进行探讨。传统上基于牙齿特征划分的cyclotis-group和suilla-group类群,未获得线粒体基因组树的支持,该表征极可能是趋同进化的结果,即因不同支系对近似生境的重复性适应所致。同时,与前人及本课题中Cyt b和COI单基因构树不同,线粒体基因组树支持管鼻蝠亚科下分为毛翼属(Harpiocephalus)、管鼻蝠属(Murina)和Harpiola属。(4)所得线粒体基因组作为“串联”工具将数据库中覆盖面不同的的分子标记序列串联起来,完成数据库中部分物种的厘定工作。NCBI-nt数据库中基因的物种覆盖度差异与潜在的物种鉴定问题一直被分类学者咎病,迄今管鼻蝠主要基因序列信息集中于线粒体基因中,本课题通过代表性物种的线粒体基因组获取尝试将不同分子标记的序列串联在一起,及时发现其拓扑中存在的冲突或矛盾,发掘其中潜在的物种鉴定错误,实现本地化对NCBI-nt数据库中管鼻蝠序列的初步整理。(本文来源于《广州大学》期刊2018-05-01）
基因组全序列论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
[目的]测定和分析了云南松毛虫线粒体基因组特征,从线粒体基因组水平探究鳞翅目蛾类昆虫高级阶元的系统发育关系。[方法]采用Illumina HiSeq测序方法测定了云南松毛虫线粒体全基因组序列,参考鳞翅目昆虫已知线粒体基因组的全序列对其各基因进行定位和注释。采用tRNA Scan-SE 2.0在线预测云南松毛虫线粒体基因组tRNA基因的二级结构。基于线粒体全基因组的蛋白编码序列构建了鳞翅目13个科32种蛾类昆虫的系统发育树和松毛虫属近缘种间的系统发育树。[结果]结果显示云南松毛虫线粒体基因组全长15 443 bp,包括13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和一段长度为321 bp的A+T富含区,无基因重排,存在较高的A+T含量(80.0%)。13个蛋白编码基因中除了ND2和COX1,其余均以ATN做为起始密码子。9个蛋白编码基因共享相同的终止密码子TAA(ND2、ATP8、ATP6、COX3、ND5、ND4L、ND6、CYTB和ND1),其他4个基因的终止密码子都是残缺的,COX1、COX2、ND4以T为终止密码子,ND3以TA为终止密码子。22个tRNA基因中,除了tRNA~(Ser(AGN))由于缺少DHU臂无法构成叁叶草结构,其余T均为典型的叁叶草结构。整个线粒体结构与鳞翅目中目前已得到的其他昆虫线粒体基因组结构一致。[结论]系统发育分析结果显示,云南松毛虫与思茅松毛虫是完全不同的近缘种,与其他松毛虫亲缘关系也较远,云南松毛虫与6种近缘种的系统发育关系为:(((((油松毛虫+文山松毛虫)+赤松毛虫)+落叶松毛虫)+(思茅松毛虫+云南松毛虫))+家蚕)。鳞翅目蛾类各科之间的系统发育关系为:((((((((毒蛾科+灯蛾科)+夜蛾科)+舟蛾科)+(尺蛾科+(蚕蛾科+(天蛾科+大蚕蛾科))))+枯叶蛾科)+(螟蛾科+草螟科))+卷蛾科)+蝙蝠蛾科)。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因组全序列论文参考文献
[1].杨剑波,唐文,蒯冬灵,秦虎,吴井生.梅山猪线粒体基因组全序列测定与分析[J].畜牧与兽医.2019
[2].王瑶,孔祥波,张苏芳,刘福,张真.云南松毛虫线粒体基因组全序列测定和分析[J].林业科学研究.2019
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