论文摘要
目的本研究对非小细胞肺癌相关的基因芯片进行生物信息学分析,初步探究了非小细胞肺癌中潜在的关键基因,并深入讨论了关键基因的生物学功能、参与的信号通路以及临床意义。方法1.从高通量GEO数据库下载编号为GSE19804的芯片数据和平台文件。2.对原始数据的均一化水平进行质控检查。3.对原始数据进行背景矫正和归一化处理等预处理。4.对获取的基因表达矩阵进行差异表达基因分析,并绘制热图和火山图。5.运用在线工具DAVID对差异基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。6.使用STRING数据库及Cytoscape软件构建和分析了蛋白质-蛋白质相互作用网络,然后筛选出网络中的关键节点基因和重要枢纽模块。7.使用Oncomine数据库对关键基因表达情况进行验证,运用癌症基因组图谱对关键基因进行生存分析,并获得生存曲线。结果1.在该基因芯片数据中,一共筛选出818个差异表达基因,其中下调基因有257个,上调基因有561个。2.在细胞组分的分析中,下调基因主要富集于细胞外间隙、细胞外区域,上调基因主要富集于细胞膜表面、细胞外基质;在分子功能的分析中,下调基因主要富集于蛋白质结合、蛋白酶催化等功能,上调基因主要富集于细胞因子结合、受体结合等功能;在生物过程的分析中,下调基因主要富集于有丝分裂细胞周期、细胞外基质分解、细胞增殖、细胞凋亡等过程,上调基因要富集于白细胞迁移、炎症反应、血管生成等过程。3.在信号通路分析中,下调基因主要涉及了细胞外基质-受体相互作用、细胞周期、PI3K-Akt信号通路、p53信号通路等相关通路,上调基因与TNF信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用、细胞黏附分子（CAMs）、癌症中的转录失调、NF-kB信号通路等通路有关。4.通过差异基因的蛋白质互作网络的分析,筛选出11个关键节点基因和3个重要枢纽模块。5.在Oncomine数据库中验证了关键差异基因CAV1和CDH5在NSCLC中的表达情况。基于TCGA数据库的生存分析揭示了 CAV1和CDH5的过度表达可能是非小细胞预后的危险影响因素。结论本研究表明,核心基因CAV1和CDH5的过度表达与非小细胞肺癌的预后不良有关。CAV1和CDH5的生物学功能和共同参与的信号通路在非小细胞肺癌的发生发展机制中很可能起到了至关重要的作用。这些都给后期相关临床预测模型试验的建立提供了理论基础,也为非小细胞肺癌的靶向治疗指引了新靶标。
论文目录
文章来源
类型: 硕士论文
作者: 王睿昊
导师: 刘玉龙
关键词: 关键基因,基因芯片,生物信息学,非小细胞肺癌
来源: 苏州大学
年度: 2019
分类: 基础科学,医药卫生科技
专业: 生物学,肿瘤学
单位: 苏州大学
分类号: R734.2;Q811.4
DOI: 10.27351/d.cnki.gszhu.2019.001212
总页数: 71
文件大小: 5147K
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