全基因序列论文_高志强,汪琳,赵相鹏,蒲静,尹羿

导读:本文包含了全基因序列论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:序列,基因组,病毒,基因,圆环,亚型,疫苗。

全基因序列论文文献综述

高志强,汪琳,赵相鹏,蒲静,尹羿^[1]（2019）在《病死猪圆环病毒2型检测及全基因序列分析》一文中研究指出为准确检测猪圆环病毒2型(PCV2)并分析其基因序列情况,在序列比对分析的基础上,设计一对简并引物和一条探针,经体系优化建立了PCV2的荧光PCR方法。该方法可检出10拷贝的PCV2质粒DNA,不与猪瘟病毒等多种病毒发生交叉反应。对送检的2批次45份病死猪脏器进行检测,检出25份阳性样品,与套式PCR方法的复合率为95.6%;对3份强阳性样品使用一对全基因组扩增引物,扩增了PCV2型全基因片段;经克隆测序后分析,发现3个病毒基因分别属于2种基因亚型(PCV2b和PCV2d)。本研究对于PCV2的准确检测及其变异特征的了解具有参考意义。(本文来源于《中国动物检疫》期刊2019年10期）

卢秀娴,亓文宝,张思远,梁昭平,叶贺佳^[2]（2019）在《2017年我国部分地区h9.4.2.5分支H9N2亚型禽流感病毒全基因序列分析》一文中研究指出H9N2亚型禽流感病毒(AIV)h9.4.2.5分支近年在我国广泛流行,为了解其分子特征及变异特点和进化规律,对从2017年我国不同地区分离到的10株H9N2亚型AIV进行了全基因序列测定及分析。结果表明:10株H9N2亚型AIV HA裂解位点均没有连续的碱性氨基酸插入,属于低致病性。遗传进化分析表明:10个分离株的HA基因均属于h9.4.2.5分支,NA基因均处于Y280-like分支;6个内部基因(PB2、PB1、PA、NP、NS、M)与H5、H7亚型高致病性AIV处于同一分支,有可能发生不同程度的基因重配。(本文来源于《中国家禽》期刊2019年16期）

傅生芳,王婉,马超^[3]（2019）在《一株B亚型人呼吸道合胞病毒兰州分离株的全基因序列测定及其分子特征分析》一文中研究指出人呼吸道合胞病毒(Human respiratory syncytial virus,HRSV)是每年引起婴幼儿和老年人下呼吸道感染的主要病毒性病原,在全球造成了高疾病负担,明确RSV流行毒株的遗传背景是其流行病学研究和预防控制的基础。为了解HRSV兰州分离株RSV B/LZ11/12的全基因组序列、分子结构特征及遗传变异情况,本研究对其全基因组进行扩增克隆和测序后,与GenBank中相关的参考毒株序列构建系统发生树并进行遗传进化及相似性分析。针对其主要蛋白F、G和SH的氨基酸进行了比对和差异分析,并对F蛋白的N-糖基化位点进行分析。结果表明B/LZ11/12与B亚型RSV的核苷酸同源性高达99%以上,其基因组全长15 275bp,具有RSV的所有结构特征。遗传进化分析显示,B/LZ11/12与B/GZ/13-730、B/England138/2016和SC2225同属于一个分支,提示亲缘关系最近。G基因遗传进化树表明该毒株属于RSV B亚型BA9基因型。主要氨基酸位点分析显示该毒株的G基因和F基因均具有一个特有的变化,即Glu87Gly和Val243Ala的氨基酸替换。F蛋白N-糖基化位点分析显示该毒株具有RSV F蛋白的5个共有修饰位点,即27～30(NITE)、70～73(NGTD)、116～119(NYTI)、120～123(NTTK)和126～129(NVSI)。相似性分析表明整个基因组最易变异的区域在SH和G基因,其次是NS1、NS2和L基因的3′端。本研究首次获得了RSV B/LZ11/12兰州分离株全基因组序列,并阐明了其基因组分子结构特征,该结果对RSV病毒的基因及氨基酸数据库进行了数据补充,也为我国RSV流行病学数据进行了补充。(本文来源于《病毒学报》期刊2019年04期）

李海娟^[4]（2019）在《过去五年10株ALV-J分离株全基因序列分析及接种ALV-J污染的活疫苗对叁黄鸡的致病性研究》一文中研究指出为了解广西地区禽白血病(avian leukosis,AL)的流行情况和及时掌握毒株的变异趋势,本研究对2014-2018过去5年广西地区不同养殖场送检至本实验的临床发病剖检疑似有典型AL症状的鸡只进行禽白血病病毒(avian leukosis virus,ALV)的分离与鉴定。通过将其血浆或病变组织样品的滤过液接种至DF-1进行细胞培养病毒分离,将收集的细胞培养物上清液进行ALV-p27检测,检测结果为阳性的样品进一步进行其它病原的PCR鉴定以及ALV亚群的PCR扩增,并用单克隆抗体进行IFA确定ALV的亚群,从中挑选确定为ALV-J单一感染的10株病毒分离株进行全基因序列测定与分析。结果显示,10株分离毒的基因组全长在7583～7648 bp之间,其核苷酸、氨基酸之间的相似性都较高分别为96.0%～98.8%、96.8%～98.9%,分离株与ALV-J参考株的相似性在91%以上,而与ALV-A、B、C、D、E、K亚群的相似均较低至63.1%～86.3%。遗传进化树分析的结果显示,分离株与ALV-J参考株的亲缘关系近同属于一个大分支,而与ALV-A、B、C、D、E、K亚群的参考株亲缘关系较远且处于不同的分支,确定10株分离毒均属ALV-J;对分离株与ALV-J参考株的3个主要基因gag、pol、env进行比对的结果显示,其gag和pol基因均比较保守,与参考株之间的相似性均在94%以上,而其囊膜蛋白env所表现的差异性则相对较大,相似性在90%～95%之间,进一步对env基因编码的两个结构蛋白gp85和gp37进行分析发现,gp37基因比较保守,分离株与ALV-J参考株之间的相似性较高(92.7%～99.0%),而分离株与参考株gp85之间的相似性差异较大(85.9%～96.0%)。由于gp85的序列决定着ALV亚群的分型,因此10株分离毒与ALV-J参考株gp85的相似性均比较高,而与其他亚群之间的相似性则低至38.1%～59.7%;对gp85的熵值分析显示,ALV-Jgp85的主要变异区域集中在hr1和hr2;对其LTR的分析显示,分离株与ALV-J参考株的LTR差异性也较大,相似性为87.0%～97.8%;进一步对LTR的U3区序列的分析显示,分离株与ALV-J参考株的相似性在86.3%～98.1%,且分离株GX17YL05、GX17NN06与ALV-J参考株GX14ZS04、GX14HG01及NHH在U3区均出现了 11个碱基的连续缺失,而另外8株分离毒均无11 bp的缺失。本研究对所得分离毒与ALV-J参考株序列比较发现,10株广西ALV-J毒株的基因序列整体变化不大。2014年本课题组从某育种公司使用的商品鸡新城疫-传染性支气管炎二联(新-支二联)商品活疫苗和鸡传染性喉气管炎(传喉)商品活疫苗分别分离鉴定到ALV-J毒株GX14YYA1和GX14YYD2。为探究免疫有外源性ALV污染的活疫苗对鸡群的致病性,本研究模拟疫苗在生产上的常规接种程序,分别进行了滴鼻和点眼1 d龄首免及7 d龄二免有ALV-J污染的新-支二联疫苗,1 d腹腔注射从传喉疫苗中分离纯化出来的ALV-J毒株GX14YYD2以及35 d龄点眼免疫污染有ALV-J的传喉疫苗,同时分别设置了无ALV-J污染的新-支二联疫苗和传喉疫苗的免疫对照组及空白对照组,所有鸡只在7 d龄进行ND、AIV-H5和AIV-H9油乳剂商品疫苗的免疫,分别在1d、1W、3W、4W、5W、8W、11W、15W、21W以及25W进行体重、病毒血症、病毒载量、抗体效价、体外排毒等相关指标的检测。结果显示,1d龄首免、7 d龄二免有ALV-J污染的新-支二联疫苗组和1 d腹腔注射从传喉疫苗中分离纯化出来的GX14YYD2组与两个对照组相比,鸡只受到了ALV的感染,表现体重显着降低(p≤0.05);免疫器官的正常发育和功能也受到显着影响,脾脏与对照组相比肿大(p≤0.05)、胸腺和法氏囊则都是萎缩的(p≤0.05),对常规油乳剂疫苗的免疫应答效果也显着降低(p≤0.05);鸡只的心脏出现了肉眼可见的ALV-J型血管瘤特征的血疱;而35 d龄免疫污染有ALV-J的传喉疫苗组和两个对照组在整个实验期内均没有临床发病,也没有检测到ALV病毒血症的存在。研究的结果证明,1 d龄首免、7 d龄二免有外源性ALV-J污染的新-支二联禽活疫苗,可以引起叁黄鸡的感染并导致临床发病。本课题研究的结果说明,过去5年临床获得的10株ALV-J病毒的全基因序列整体变化不大,同时证明了免疫有外源性ALV-J污染的疫苗是其在商业鸡群中的传播途径之一。(本文来源于《广西大学》期刊2019-06-01）

谷战明^[5]（2019）在《斗鸡ALV分离株的全基因序列测定及胶体金试纸条与ELISA检测ALV-p27抗原的比较》一文中研究指出禽白血病(avian leukosis,AL)是由禽白血病病毒(avian leukosis virus,ALV)所引起的一种传染性禽类肿瘤性疾病。ALV属于反转录病毒科(Retroviridae)α反转录病毒属(Retrovirus)的一类病毒群。鸡只感染ALV后可发生多种肿瘤性疾病,但大多数受感染的鸡只发生亚临床症状,如生长迟缓、免疫抑制或产蛋下降等,给养禽业带来的经济损失是巨大的。近年来,广西凭祥斗鸡养殖业兴起,饲养量较多,但很少有对其进行ALV感染的检测以及病原的研究。因此开展斗鸡的流行病学检测以及代表性分离株的全基因序列测定与分析,对于了解斗鸡的ALV感染状况,丰富和完善各种禽类AL的流行病学资料以及对广西这一特有品种开展净化和防控奠定基础。因缺乏有效的治疗药物和疫苗,目前对于ALV感染的防控主要是通过种群的净化,目前在净化中常采用ELISA方法检测ALV的群特异性抗原P27来淘汰阳性鸡只,但该方法存在检测的操作步骤繁杂、时间长、需要专门的仪器等不足,因此探索一种操作简便、检测时间短,可大规进行模检测而且特异、敏感的方法就成为养殖公司净化工作的急需。课题对凭祥市目前规模最大的一家目前最大规模的斗鸡养殖场的61只斗鸡种鸡采集了其无菌血浆和肛拭子样品,将血浆样品接种于DF-1细胞进行培养,然后分别用ELISA试剂盒检测其细胞培养上清及对应鸡只的肛拭子样品。结果显示,61份病毒细胞培养上清的ALV-p27抗原阳性率为18%(11/61)、肛拭子的阳性率为44.3%(27/61);对其中获得的叁个分离毒株GX18PX01、GX18PX02和GX18PX03进行了全基因扩增、序列测定和比较分析,结果显示分离株GX18PX01、GX18PX02的gp85序列与ALV-B参考株的同源性是90.9%,属于B亚群;分离株GX18PX03的gp85序列与ALV-A参考株的同源性是97.1%,属于A亚群;同时,分离株GX18PX01、GX18PX02和GX18PX03的U3区序列均与ALV-J参考株的同源性最高,分别为94.0%、94.4%和96.3%,而与C、D、E、K亚群的同源性则均低于85%。据此推断,叁个分离株均属重组病毒,其中GX18PX01、GX18PX02是ALV-B亚群毒株重组了ALV-J的U3序列,而GX18PX03则是ALV-A亚群毒株重组了ALV-J的U3序列。本课题比较了胶体金试纸条与ELISA试剂盒检测ALV-p27抗原的灵敏度和特异性。选取经ELISA试剂盒检测已经知道其S/P值的100份细胞培养上清和100份胎粪样品,平行使用胶体金试纸条进行检测,其中S/P值在0.099及以下的样品10份、S/P值在0.1-0.19间的样品30份、S/P值在0.2-0.29间的样品30份、S/P值在0.3-0.49间的样品20份、S/P值在0.5及以上的样品10份。结果显示,无论是细胞培养上清还是胎粪样品,S/P值在≤0.099和≥0.5的样品(各10份),两种方法的检测结果均一致:前者为阴性、后者为阳性;在细胞培养上清的检测中,S/P值在0.1-0.19、0.2-0.29、0.3-0.49叁个区间的样品,胶体金试纸条与ELISA试剂盒检测结果的一致性分别为60%、66.7%和85%;在胎粪的检测中,ELISA试剂盒检测S/P值在0.1-0.19、0.2-0.29、0.3-0.49叁个区间的样品,胶体金试纸条与ELISA试剂盒检测结果的一致性分别为46.7%、63.3%和75%。胶体金试纸条检测结果为阳性的样品,ELISA试剂盒检测结果也同样呈阳性。结果表明,胶体金试纸条检测具有很好的特异性,灵敏度低于ELISA试剂盒,但它具有操作简便、检测时间短且不需要专门仪器设备的优点。本课题的研究结果证明,广西凭祥斗鸡存在较高水平的ALV感染,且存在多个亚群的感染,分离的代表性毒株为重组病毒;胶体金试纸条检测ALV-p27抗原的敏感性虽然较低,但是更加适用于现场大规模样品的快速检测。(本文来源于《广西大学》期刊2019-06-01）

刘欣玉,黄艳秋,徐宏山,贾丽丽,李玉华^[6]（2019）在《3批乙型脑炎减毒活疫苗病毒全基因序列测定和分析》一文中研究指出目的对3批乙型脑炎减毒活疫苗病毒进行全基因测序,并与疫苗原始种子序列进行比较。方法随机选取某厂家生产的3批乙脑减毒活疫苗,提取病毒全基因组RNA,逆转录为cDNA后分段PCR扩增并测序。序列拼接后利用MegAlign软件与GenBank中乙脑减毒活疫苗原始种子全基因序列进行同源性比较。结果 3批乙型脑炎减毒活疫苗病毒基因组全长10 977个核苷酸,与乙脑减毒活疫苗原始种子序列同源性为100%。结论叁批次乙型脑炎减毒活疫苗遗传特性高度稳定。(本文来源于《中国病原生物学杂志》期刊2019年03期）

连凯琪,周玲玲,张明亮,张慢,王英杰^[7]（2019）在《豫北新发猪圆环病毒3型的鉴定及全基因序列分析》一文中研究指出为了对疑似新发猪圆环病毒3型(PCV-3)感染病例进行确诊,试验采用PCR技术鉴定1例疑似感染PCV-3的猪,并将鉴定得到的PCV-3毒株的全基因组分成2个片段进行PCR扩增,分别构建到pMD18-T载体上测序,通过MegAlign软件对全基因序列进行同源性和遗传进化分析,利用在线生物信息学软件预测Cap和Rep蛋白的信号肽、核定位信号和B细胞表位。结果表明:成功鉴定出1株豫北新发PCV-3毒株,将此毒株命名为PCV-3/CN/HNAY-201806;对2个基因片段测序后拼接发现其基因组长度为2 000 bp(登录号为MH683051);同源性和遗传进化分析显示,PCV-3/CN/HNAY-201806与吉林长春毒株PCV-3/CHN/JLCC2016(登录号为KY421348.1)核苷酸同源性(99.6%)较高,与广西毒株PCV-3/GXFC2017-7(登录号为MG250186.1)同源性(98.8%)较低,不同地区间PCV-3基因组有差异但较小;对该毒株Cap和Rep蛋白序列分析显示,2个蛋白都没有信号肽序列,但都有核定位信号,Cap蛋白有9个B细胞表位,Rep蛋白有14个B细胞表位。(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2019年05期）

赵冉,蔡振鸿,陈琼,张丹英,杨涛^[8]（2019）在《H6亚型禽流感病毒厦门分离株全基因序列分析》一文中研究指出为了解2017年分离自厦门市某活禽屠宰场的H6N6亚型禽流感病毒(AIV)的遗传变异特征,本研究对分离到的4株H6N6亚型AIV进行全基因组序列测定、遗传进化分析和特殊位点的氨基酸分析。结果显示:4株分离株的HA裂解位点和受体结合位点均符合低致病性AIV特征,但其中1株分离株NA存在颈部11个氨基酸的缺失。NS1发生P42S突变、M1发生N30D、T215A突变、M2发生V27I的突变。8个基因节段均属于欧亚谱系,内部基因与H5N1、H5N6、H6N1及H6N2 AIV亲缘关系密切。本研究结果表明,4株H6N6分离株均表现为低致病性AIV特征,但也存在与耐药性、毒力增强等相关的突变,基因来源呈现多样性。本研究结果为本地区AIV生物学特性研究及其疾病防控提供科学依据。(本文来源于《中国预防兽医学报》期刊2019年01期）

周冬根,罗洁^[9]（2018）在《浙江省首次分离基孔肯雅病毒全基因序列特征分析》一文中研究指出目的测定浙江省首例输入性基孔肯雅病毒的全序列,分析其基因特征。方法用RT-PCR法扩增2012年分离于中国浙江输入性发热病例样本的基孔肯雅病毒CHIKV-JC2012株的全基因序列,用遗传距离法构建系统进化树,用基因重组分析该毒株的基因组织形式。结果 CHIKV-JC2012株的基因组(包含部分5′UTR)长度为11 889 nt,编码3 718个氨基酸,分布于两个独立的开放阅读框,两者之间有71 nt是不翻译的连接区。在结构基因区,CHIKVJC2012株与其他基孔肯雅病毒株的核苷酸和氨基酸同源性均在80%以上;而在非结构基因区,序列及长度与其他基孔肯雅病毒株同源性均较低,但其中部分区段形成高度保守的茎环(stem-loop)二级结构,且发现多个保守的基序(motif)位于茎环结构的环部分。系统进化分析显示CHIKV-JC2012与0706aTw株同源性最高,同属于Asian基因型;组成ECSA基因型的毒株形成3个进化分支。基因重组分析显示CHIKV-JC2012基因重组现象并不明显。结论浙江首例输入性基孔肯雅病毒基因组织形式与其他毒株基本一致,未发现基因重组现象。(本文来源于《中国国境卫生检疫杂志》期刊2018年06期）

陈安妮,李冰,霍礼侠,吴佳骏,邹舒展^[10]（2019）在《虎源副流感病毒5型的分离鉴定及全基因序列分析》一文中研究指出本研究旨在了解虎源副流感病毒5型(parainfluenza virus 5,PIV5)的遗传变异情况,阐明其基因组与遗传进化等特征。从广东省某动物园疑似虎PIV5感染的病料处理后接种Vero细胞并通过一系列的鉴定,将分离的毒株命名为HMZ。根据GenBank中PIV5基因序列,设计包含全长的12对特异性引物,并扩增其全基因组。将扩增产物克隆到pMD-18T载体上,对鉴定为阳性的重组质粒送检测序,并对基因全序列进行同源性分析及遗传进化分析。结果显示,HMZ与各病毒株全基因序列同源性为97.2%～99.8%。其中与1168-1 (KC237064.1)、ZJQ-221 (KX100034.1)以及Mammalian rubulavirus 5 (KY685075.1)亲缘性最高,为99.8%;而与D277的亲缘性最低,为97.2%。全基因系统进化树分析结果表明,HMZ与ZJQ-221、Mammalian rubulavirus 5属于同一分支。(本文来源于《中国兽医科学》期刊2019年03期）

全基因序列论文开题报告

（1）论文研究背景及目的

此处内容要求：

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例：

H9N2亚型禽流感病毒(AIV)h9.4.2.5分支近年在我国广泛流行,为了解其分子特征及变异特点和进化规律,对从2017年我国不同地区分离到的10株H9N2亚型AIV进行了全基因序列测定及分析。结果表明:10株H9N2亚型AIV HA裂解位点均没有连续的碱性氨基酸插入,属于低致病性。遗传进化分析表明:10个分离株的HA基因均属于h9.4.2.5分支,NA基因均处于Y280-like分支;6个内部基因(PB2、PB1、PA、NP、NS、M)与H5、H7亚型高致病性AIV处于同一分支,有可能发生不同程度的基因重配。

（2）本文研究方法

调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

全基因序列论文参考文献

[1].高志强,汪琳,赵相鹏,蒲静,尹羿.病死猪圆环病毒2型检测及全基因序列分析[J].中国动物检疫.2019

[2].卢秀娴,亓文宝,张思远,梁昭平,叶贺佳.2017年我国部分地区h9.4.2.5分支H9N2亚型禽流感病毒全基因序列分析[J].中国家禽.2019

[3].傅生芳,王婉,马超.一株B亚型人呼吸道合胞病毒兰州分离株的全基因序列测定及其分子特征分析[J].病毒学报.2019

[4].李海娟.过去五年10株ALV-J分离株全基因序列分析及接种ALV-J污染的活疫苗对叁黄鸡的致病性研究[D].广西大学.2019

[5].谷战明.斗鸡ALV分离株的全基因序列测定及胶体金试纸条与ELISA检测ALV-p27抗原的比较[D].广西大学.2019

[6].刘欣玉,黄艳秋,徐宏山,贾丽丽,李玉华.3批乙型脑炎减毒活疫苗病毒全基因序列测定和分析[J].中国病原生物学杂志.2019

[7].连凯琪,周玲玲,张明亮,张慢,王英杰.豫北新发猪圆环病毒3型的鉴定及全基因序列分析[J].黑龙江畜牧兽医.2019

[8].赵冉,蔡振鸿,陈琼,张丹英,杨涛.H6亚型禽流感病毒厦门分离株全基因序列分析[J].中国预防兽医学报.2019

[9].周冬根,罗洁.浙江省首次分离基孔肯雅病毒全基因序列特征分析[J].中国国境卫生检疫杂志.2018

[10].陈安妮,李冰,霍礼侠,吴佳骏,邹舒展.虎源副流感病毒5型的分离鉴定及全基因序列分析[J].中国兽医科学.2019

论文知识图

标签：序列论文;  基因组论文;  病毒论文;  基因论文;  圆环论文;  亚型论文;  疫苗论文;