蓝细菌中α-酮戊二酸到琥珀酸转化途径关键酶的催化功能与机理研究

蓝细菌中α-酮戊二酸到琥珀酸转化途径关键酶的催化功能与机理研究

论文摘要

三羧酸循环是需氧生物体内普遍存在的代谢途径。然而,由于缺乏α-酮戊二酸脱氢酶,蓝细菌需要通过非传统的三羧酸循环途径完成α-酮戊二酸到琥珀酸的代谢。本课题对集胞藻PCC6803中sll1981基因和鱼腥藻PCC7120中all3556基因编码蛋白作了详细研究,以深入理解蓝细菌中的三羧酸循环。蓝细菌α-酮戊二酸至琥珀酸的代谢途径中主要涉及两个关键酶,分别是α-酮戊二酸脱羧酶和琥珀酸半醛脱氢酶。α-酮戊二酸脱羧酶催化α-酮戊二酸非氧化脱羧生成琥珀酸半醛。生物信息学分析表明集胞藻PCC6803中sll1981基因可能编码α-酮戊二酸脱羧酶。本研究从集胞藻PCC6803基因组中克隆得到sll1981基因并将其连接至pCold-TF载体后转化大肠杆菌BL21(DE3)细胞。通过亲和层析法纯化得到重组sll1981蛋白后研究表征了重组sll1981蛋白对丙酮酸、D-葡萄糖-6-磷酸和α-酮戊二酸的底物特异性和动力学参数。结果表明sll1981蛋白极不稳定,触发因子TF(Trigger Factor)和分子伴侣质粒pTf16表达的tig蛋白可以增加sll1981蛋白溶解性。稳态动力学数据表明sll1981蛋白是一种双功能酶,其作为α-酮戊二酸脱羧酶活性是作为乙酰乳酸合成酶活性的444倍,然而其并不具备肌醇-1-磷酸合成酶活性。尽管先前报道sll1981蛋白是肌醇-1-磷酸合成酶。琥珀酸半醛脱氢酶催化琥珀酸半醛生成琥珀酸。同源序列比对发现鱼腥藻PCC7120中all3556基因很可能编码一个琥珀酸半醛脱氢酶。本研究构建了pET28a-all3556表达质粒并将其转化至大肠杆菌BL21(DE3)细胞中进行诱导表达,然后通过亲和层析法纯化得到均一稳定的all3556蛋白。酶动力学测试表明all3556蛋白是一个NADP+-依赖型琥珀酸半醛脱氢酶,同时all3556蛋白具有强烈的底物抑制性,其底物抑制浓度为0.1 mmol/L。此外,研究发现Ser157残基决定辅因子的选择性。将该残基突变成Glu或Pro后,倾向使用的辅因子由原来的NADP+转向NAD+。同时,将催化活性中心的残基突变后,发现其活性大大降低甚至没有活性,生物信息学分析和模型结构表明这些氨基酸残基是高度保守的。根据野生型和突变型蛋白的动力学参数提出了琥珀酸半醛脱氢酶的催化机理。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 第一章 绪论
  •   1.1 蓝细菌
  •   1.2 三羧酸循环
  •   1.3 α-酮酸脱羧酶的研究进展
  •   1.4 醛脱氢酶的研究进展
  •   1.5 研究目的及意义
  • 第二章 sll1981 蛋白的生化功能表征
  •   2.1 研究背景
  •   2.2 实验材料与设备
  •     2.2.1 实验材料
  •     2.2.2 实验设备
  •   2.3 实验方法
  •     2.3.1 pET28b-sll1981 表达质粒的构建与鉴定
  •     2.3.2 sll1981 蛋白的诱导表达
  •     2.3.3 温度对sll1981 蛋白诱导表达的影响
  •     2.3.4 诱导剂浓度对sll1981 蛋白诱导表达的影响
  •     2.3.5 诱导时间对sll1981 蛋白诱导表达的影响
  •     2.3.6 溶氧体积对sll1981 蛋白诱导表达的影响
  •     2.3.7 表达载体对sll1981 蛋白诱导表达的影响
  •     2.3.8 分子伴侣质粒pTf16与sll1981 蛋白共表达
  •     2.3.9 sll1981 蛋白的分离纯化
  •     2.3.10 sll1981 蛋白的活性检测
  •     2.3.11 sll1981 蛋白对底物的选择性
  •       2.3.11.1 sll1981 蛋白作为α-酮戊二酸脱羧酶的动力学表征
  •       2.3.11.2 sll1981 蛋白作为乙酰乳酸合成酶的动力学表征
  •       2.3.11.3 sll1981 蛋白作为肌醇-1-磷酸合成酶的活性
  •     2.3.12 pH对 sll1981 蛋白活性影响
  •     2.3.13 金属离子对sll1981 蛋白活性影响
  •   2.4 结果与分析
  •     2.4.1 pET28b-sll1981 表达质粒的构建与鉴定
  •     2.4.2 sll1981 蛋白的诱导表达
  •     2.4.3 温度对sll1981 蛋白表达影响
  •     2.4.4 诱导时间对sll1981 蛋白表达影响
  •     2.4.5 诱导剂浓度对sll1981 蛋白诱导表达的影响
  •     2.4.6 溶氧体积对sll1981 蛋白诱导表达的影响
  •     2.4.7 表达载体对sll1981 蛋白诱导表达的影响
  •     2.4.8 分子伴侣质粒pTf16对sll1981 蛋白表达影响
  •     2.4.9 sll1981 蛋白的分离纯化
  •     2.4.10 sll1981 蛋白的催化活性
  •     2.4.11 sll1981 蛋白的底物特异性
  •       2.4.11.1 sll1981 蛋白作为α-酮戊二酸脱羧酶的动力学表征
  •       2.4.11.2 sll1981 蛋白作为乙酰乳酸合成酶的动力学表征
  •       2.4.11.3 sll1981 蛋白作为肌醇-1-磷酸合成酶的活性
  •       2.4.11.4 sll1981 蛋白的底物特异性
  •     2.4.12 pH对 sll1981 蛋白活性影响
  •     2.4.13 金属离子对sll1981 蛋白活性影响
  •   2.5 讨论
  •   2.6 结论
  • 第三章 琥珀酸半醛脱氢酶的生化表征与催化机理
  •   3.1 研究背景
  •   3.2 实验材料与设备
  •     3.2.1 实验材料
  •     3.2.2 实验设备
  •   3.3 实验方法
  •     3.3.1 pET28a-all3556 表达质粒的构建与鉴定
  •     3.3.2 琥珀酸半醛脱氢酶的诱导表达
  •     3.3.3 琥珀酸半醛脱氢酶的定点突变
  •     3.3.4 野生型和突变型琥珀酸半醛脱氢酶的纯化
  •     3.3.5 琥珀酸半醛脱氢酶的多重序列比对与结构模型
  •     3.3.6 圆二色谱分析琥珀酸半醛脱氢酶的二级结构
  •     3.3.7 琥珀酸半醛脱氢酶的活性检测
  •     3.3.8 pH对琥珀酸半醛脱氢酶活性的影响
  •     3.3.9 金属离子对琥珀酸半醛脱氢酶活性的影响
  •     3.3.10 化学试剂对琥珀酸半醛脱氢酶活性的影响
  •     3.3.11 野生型和突变型琥珀酸半醛脱氢酶的动力学表征
  •     3.3.12 琥珀酸半醛脱氢酶的聚集状态和单体大小
  •   3.4 结果与讨论
  •     3.4.1 pET28a-all3556 表达质粒的构建与鉴定
  •     3.4.2 琥珀酸半醛脱氢酶的诱导表达
  •     3.4.3 琥珀酸半醛脱氢酶的定点突变
  •     3.4.4 野生型和突变型琥珀酸半醛脱氢酶的纯化
  •     3.4.5 琥珀酸半醛脱氢酶的多重序列比对
  •     3.4.6 琥珀酸半醛脱氢酶的结构分析
  •     3.4.7 琥珀酸半醛脱氢酶活性测试
  •     3.4.8 pH对琥珀酸半醛脱氢酶活性的影响
  •     3.4.9 金属离子对琥珀酸半醛脱氢酶活性的影响
  •     3.4.10 化学试剂对琥珀酸半醛脱氢酶活性的影响
  •     3.4.11 野生型和突变型琥珀酸半醛脱氢酶的动力学表征
  •     3.4.12 琥珀酸半醛脱氢酶的辅因子偏好性
  •     3.4.13 琥珀酸半醛脱氢酶的聚集状态和单体大小
  •     3.4.14 琥珀酸半醛脱氢酶的催化机理
  •   3.5 结论
  • 第四章 总结与展望
  •   4.1 总结
  •     4.1.1 sll1981 蛋白的生化功能与表征
  •     4.1.2 琥珀酸半醛脱氢酶的生化表征与催化机理
  •     4.1.3 蓝细菌三羧酸循环
  •   4.2 展望
  • 参考文献
  • 致谢
  • 攻读硕士期间发表的学术论文
  • 文章来源

    类型: 硕士论文

    作者: 王小琴

    导师: 李志敏

    关键词: 集胞藻,酮戊二酸脱羧酶,鱼腥藻,琥珀酸半醛脱氢酶,定点突变,动力学分析

    来源: 江西农业大学

    年度: 2019

    分类: 基础科学

    专业: 生物学

    单位: 江西农业大学

    分类号: Q78

    DOI: 10.27177/d.cnki.gjxnu.2019.000095

    总页数: 76

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