导读:本文包含了群体遗传学论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:群体,基因组,遗传学,孢子,乳酸,多样性,系数。
群体遗传学论文文献综述
李珊,张兴华,宇克莉,郑连斌[1]（2019）在《中国七个未识别民族十叁项人类群体遗传学经典指标特征比较》一文中研究指出在四川、云南、贵州、海南共调查木雅人、尔苏人、八甲人、白马人、革家人、临高人、摩梭人7个未识别民族1 716例的内眦褶、上眼睑皱褶、门齿类型、鼻梁类型、鼻孔形状、下颏类型、耳垂类型、额头发际、头发类型、拇指类型、环示指长、指甲类型、足趾类型13项人类群体遗传学经典指标,比较这些族群13项人类群体遗传学经典特征的差异。研究结果显示:临高人的过伸拇指率(本文来源于《中国解剖学会2019年年会论文文摘汇编》期刊2019-08-18）
张笑[2]（2019）在《绞股蓝属植物系统发育和群体遗传学研究》一文中研究指出绞股蓝属(Gynostemma BL.)隶属于葫芦科(Cucurbitaceae),属下包含2亚属16种2变种,中国有2亚属14种2变种,主要分布于东亚及东南亚地区,在我国的主要分布范围为长江流域及其以南。因其具有极大的药用价值,近年来受到许多国内外科学家们的重视。然而,野外调查发现,绞股蓝属植物自然居群生长的地理环境复杂,该属物种在分化过程中形成了一系列的生态变异类型,而且多个物种间形态特征交叉、过渡现象严重,为基于形态学的绞股蓝属植物的分类和系统发育带来挑战。目前,人们对绞股蓝属植物的研究主要集中在化学成分及药理药性研究、形态学与细胞学研究、基于少数分子标记的系统进化研究等方面,而对该属植物的叶绿体基因组尚未报道,因此,构建绞股蓝属物种的完整叶绿体基因组图谱是很有必要的。本研究利用绞股蓝属植物的叶绿体全基因组(Complete Chloroplast Genome)和核基因组分型GBS(Genotyping-by-Sequencing)的数据,并结合形态学的量化数据共同研究绞股蓝属物种间的系统发育关系和群体遗传特征,揭示中国亚热带地区绞股蓝自然居群的进化和群体动态历史。本研究的主要结论如下:(1)通过对绞股蓝叶绿体DNA进行Illumina高通量测序获得了完整的绞股蓝叶绿体基因组序列和图谱。结果表明:双链环状的绞股蓝叶绿体基因组大小为157,576 bp,总GC碱基含量为37.00%。共预测到139个功能基因,包括91个蛋白编码基因,30个tRNA基因和8个rRNA基因。该研究首次获得绞股蓝属植物的完整叶绿体基因组序列,为绞股蓝属以及葫芦科的系统发育关系研究提供了很好的参考。(2)在对8个绞股蓝属物种完整叶绿体基因组的比较研究中发现:绞股蓝属植物叶绿体具有经典的四部分结构,即一个大单拷贝区LSC(平均长度86,834 bp),一个小单拷贝区SSC(平均长度18,649 bp)以及两个相互间隔且反向互补的反向重复区IRa和IRb(平均长度26,174 bp);每个叶绿体基因组均编码133个基因,其中包括87个蛋白编码基因,8个rRNA基因,37个tRNA基因和1个假基因infA。基因组在结构、基因组成和顺序上都很保守。通过对叶绿体基因组中3种长重复序列和SSR的搜索,结果发现绞股蓝属叶绿体基因组序列中含有大量的重复序列,且大多数重复序列分布于基因间隔区和内含子上。另外,综合序列变异和mVISTA的研究表明,叶绿体基因组的蛋白编码区CDS比非编码区CNS保守,反向重复区IR比单拷贝区SC保守。属内物种间的系统发育关系的研究表明绞股蓝属可分为2个亚属,其结果与形态学分类一致。(3)对10个葫芦科代表属的物种的完整叶绿体基因组进行比较分析,结果表明葫芦科植物的叶绿体基因组相对保守,结构稳定且均未发生基因重排事件。选择压力分析表明在3个基因(accD,clpP和matK)中存在一些受选择位点,由这3个基因编码的蛋白质参与植物发育和能量转化、叶绿体蛋白合成以及基因转录,可能在葫芦科植物应对陆地生态系统发展过程中发挥关键作用。葫芦科的叶绿体基因组属于GC缺失类型,而且在第叁个密码子位置上有较强的A/T偏好。本研究揭示了psbL基因中的一个非常规起始密码子,即原本的起始密码子ACG变成了AUG,这是由于RNA编辑引起的,它可以修饰突变,调节叶绿体基因的表达,是植物叶绿体中的一种校正机制。系统发育树(ML和BI)表明锥形果属Gomphogyne,雪胆属Hemsleya和绞股蓝属Gynostemma构成葫芦科中最早分化的谱系。因此,我们的研究结果表明,叶绿体基因组数据可以有效地解决葫芦科内不同属的系统发育关系。此外,该研究可为今后的系统发育研究提供潜在的分子标记和DNA条形码,并为丰富葫芦科叶绿体基因组资源做出巨大贡献。(4)本研究利用量化的形态学数据和分子基因组层面的完整叶绿体基因组和GBS(Genotyping-by-Sequencing)基因分型的分析对绞股蓝属植物13种2变种的系统发育关系进行了深入探讨,结果证实绞股蓝属下包含2个亚属,即绞股蓝亚属和喙果藤亚属。翅茎绞股蓝、广西绞股蓝和扁果绞股蓝应从绞股蓝亚属内移出,归入喙果藤亚属。而毛绞股蓝、毛果绞股蓝、缅甸绞股蓝和大果绞股蓝应合并为“毛绞股蓝”,并且可与长梗绞股蓝、光叶绞股蓝和绞股蓝进行归并,作为一个广义的“绞股蓝”物种对待。Beast分化时间的计算发现绞股蓝属的分化始于早第叁纪晚期(23.02 Ma),属内亚属的分化时间在中新世时期(12.75 Ma),而属内物种的分化主要集中在第叁纪上新世末期与第四纪更新世初期(3Ma)。末次间冰期(0.13 Ma)时,绞股蓝属植物主要分布在东亚东南部地区,当末次冰期(0.02 Ma)来临,绞股蓝亚属的分布范围逐渐西移至内陆,到达横断山区和秦岭大巴山区,而喙果藤亚属的分布范围在本地收缩,形成各自避难所;冰期过后的扩散过程中可能存在杂交和遗传漂变,从而形成现今物种的系统关系和分布格局。另外,本研究中基于SNP数据对绞股蓝属植物进行遗传结构的研究,结果发现绞股蓝属植物可划分为东西部两个分区,我们推测,在绞股蓝属各物种的形成和扩散过程中,受到了强烈的地理环境和气候条件的影响。(5)最后,本研究首次从基因组水平探讨了绞股蓝不同地理居群的种群遗传多样性水平和遗传结构。研究结果表明,绞股蓝的居群遗传多样性低(He=0.175,Ho=0.183),居群间分化程度较高(F_(ST)=0.984),且遗传变异主要存在于居群间。30个居群可以分为南北两个分组,而在青藏高原东南边缘、云贵高原和秦岭-巴山地区的居群在进化历史上存在一定的基因交流。总之,本研究通过绞股蓝属植物叶绿体基因组的构建,对该属内物种和其近缘属(葫芦科代表属)部分物种的叶绿体基因组进行了比较分析,并结合核基因组分型和量化的形态学数据深入讨论了绞股蓝属植物的系统分类与进化关系。另外,还利用简化基因组数据分析探讨了该属植物的群体遗传进化和动态历史,加深人们对绞股蓝属分子遗传背景的了解,并为东亚地区植物的保护提供有效信息。(本文来源于《西北大学》期刊2019-06-01）
孙静静[3]（2019）在《辽东栎和蒙古栎的比较转录组及栎属槲栎组群体遗传学初步研究》一文中研究指出栎属隶属于壳斗科,该属物种种类繁多,广泛地分布于北半球,且大部分物种都是森林中较常见的优势种和建群种,有着重要的经济和社会价值。栎属物种之间的形态特征错综复杂,分布区重迭,物种之间的杂交普遍发生,种间界限很难划定,系统发育关系存在诸多的问题。中国作为栎属植物的起源地之一,且属内的多个物种都是中国特有种,相比较欧洲与美洲对于栎属植物的大量研究,我国对于栎属物种的研究相对较少,所以对于中国栎属的研究有着极其重要的意义。本研究首先对中国栎属植物中分布最北缘的蒙古栎和辽东栎进行比较转录组分析,并开发出适合于栎属研究的通用EST-SSR引物,在此基础上开展中国栎属槲栎组11个物种的群体遗传学研究,以期探讨槲栎组的遗传结构和种间关系。现将主要研究结果总结如下:(1)辽东栎和蒙古栎的比较转录组分析及相关的EST-SSR引物开发本研究通过比较转录组的方法对栎属槲栎组的辽东栎和蒙古栎两个近缘物种进行比对分析,基于Illumina双末端测序技术获得了辽东栎和蒙古栎的转录组数据,总计产生约2400万个Reads,两物种组装后共获得103,618个Unigenes。通过对两个物种的比较转录组分析共鉴定出12,981个直系同源基因。根据对Ka/Ks值的估计和富集分析,有1179个(9.08%)的同源基因受到了强烈的正选择作用,其中大部分的同源基因是与“DNA修复”、“响应寒冷”和“响应干旱”等功能相关。这一发现可能为这两个关系密切的栎属物种在适应干旱和寒冷等极端环境时的差异提供了一些解释。根据Ks值的分布估算出两种栎属植物的分歧时间,大约是4.27-5.93 Mya。通过转录组数据检测到16,608个SSR位点,成功设计12,363对引物。随后,随机选取158对引物进行多态性的检测,有77对引物至少在槲栎组11个种的其中一个种中是多态的。(2)栎属槲栎组的群体遗传学初步研究基于槲栎组11个种92居群1672个体,2个外类群28个体,总计1700栎属植物个体,通过从转录组研究中开发的77对引物中筛选出的19对高多态性引物,对槲栎组的群体遗传学进行初步研究。基于EST-SSR引物的研究结果显示槲栎组11个种的遗传多样性水平较低(Hs=0.401,Ht=0.501)。AMOVA分析的结果表明遗传变异主要是发生在居群内(88.55%)。整个槲栎组物种水平上的遗传分化不显着(Fst=0.11),说明基因流是槲栎组居群遗传结构的主要影响因素。STRUCTURE聚类分析的结果表明槲栎组11个种的杂交现象非常严重,几乎没有完整一个种可以分化出来。对于云南波罗栎和槲树总是聚到同一分组的现象,支持前人将两者合并为同一物种的观点。(本文来源于《西北大学》期刊2019-06-01）
罗燕秋[4]（2019）在《基于微卫星标记对南海珊瑚群体遗传学的研究》一文中研究指出受人类活动和气候变化的双重影响,南海珊瑚礁生态系统正快速退化。本研究选取在南海不同纬度珊瑚礁区广泛分布的澄黄滨珊瑚(Porites lutea),以及主要分布于低纬度地区且对温度比较敏感的鹿角杯形珊瑚(Pocillopora damicornis)为研究对象,揭示南海不同区域珊瑚之间的遗传多样性、遗传结构以及遗传连通性,这将有助于南海珊瑚礁生态系统的科学保护和修复。虽然适用于广布的滨珊瑚属的微卫星标记已经被开发,且在实际运用中十分成熟,但是主要分布于低纬度的鹿角杯形珊瑚却缺乏微卫星标记。因此本研究应用人工白化的方法获得了污染较低的鹿角杯形珊瑚的基因组,并利用简化基因组测序的方法对鹿角杯形珊瑚进行微卫星标记的开发。另外,本研究通过9对高多态性的微卫星标记对南海6个地理区域、14个不同纬度的共334个澄黄滨珊瑚个体进行了群体遗传结构、遗传多样性研究,探讨了南海澄黄滨珊瑚的有性繁殖方式、不同纬度之间的连通性、以及造成遗传变异的因素。主要结论如下(1)采用简化基因组测序对鹿角杯形珊瑚进行了微卫星标记的开发,一共得到鹿角杯形珊瑚微卫星引物2786对,并成功验证了7对微卫星引物,为南海珊瑚群体遗传学的研究提供了新的技术支撑。(2)南海澄黄滨珊瑚具有丰富的独立等位基因型(N/Ng=0.99±0.13),表明南海澄黄滨珊瑚以有性繁殖为主导,能够通过有性繁殖的方式进行幼虫补充。因此,南海的澄黄滨珊瑚群体可能具有较高的遗传潜力。(3)与南海其他珊瑚礁区相比,位于大亚湾海区的澄黄滨珊瑚群体的遗传多样性较低,这可能是由于大亚湾边缘性的地理环境(冬季低温)和物种组成的纬度梯度等因素所致。(4)Mantel'test的结果显示地理距离和遗传距离的关联性只有16.12%,表明地理隔离对南海澄黄滨珊瑚的遗传变异的影响较小,相对高纬度与低纬度之间的遗传变异可能是由于纬度间环境因素(如SST)的差异性导致的。(5)微卫星标记的FsT值揭示,相对高纬度的大亚湾珊瑚群体和其他的珊瑚群体存在显着的遗传变异,随着纬度的降低,差异性越小,低纬度地区的珊瑚群体间不存在遗传变异。据调查发现,SST的波动性随着纬度的降低逐趋稳定。因此,我们推测不同纬度的SST波动性的差异导致澄黄滨珊瑚发生遗传变异。(本文来源于《广西大学》期刊2019-06-01）
李伟程[5]（2019）在《自然发酵乳中乳酸乳球菌乳酸亚种群体遗传学和功能基因组学研究》一文中研究指出乳酸乳球菌乳酸亚种(Lactococcus lactissubsp.lactis,L.lactissubsp.lactis)是乳球菌属的模式种,既是自然发酵乳中常见乳酸菌,也是生产奶酪和低温发酵乳等发酵乳制品常用的发酵剂菌种之一。L.lactis subsp.lactis具有广泛的应用前景和较高的经济价值。系统解析L.lactis subsp.lactis的遗传背景、进化历程和功能特征对开发利用L.lactis subsp.lactis有着极为重要的意义。但从群体基因组水平解析L.lactis subsp.lactis遗传背景和功能特征的研究鲜有报道。本研究采用Illumina Hiseq高通量测序平台完成了 227株分离自自然发酵乳制品中的L.lactis subsp.lactis基因组重测序技术,结合NCBI已公布的89株全基因组序列,利用群体遗传学手段解析了L.lactis subsp.lactis群体的遗传背景、系统发育关系和种群结构,揭示了不同遗传谱系菌株的功能特征,利用全基因关联分析(genome-wide association analysis,GWAS)在基因组中对与关键表型相关的基因和位点进行了定位。主要研究结果如下:(1)完成了 227株L..lactis subsp.lactis基因组草图的绘制,从全基因组水平对L.lactis subsp.lactis的遗传多样性进行分析,结合ANI值和TNI值,阐明L.lactis subsp.lactis遗传多样性极其丰富,高于传统细菌分类学定义中的亚种水平。(2)以L.lactis subsp.lactis IL1403为参考序列对单核苷酸多态性进行分析,共鉴定78,624个SNP位点和4,517个InDel。在全基因水平对群体的进化推动力进行了分析,整个重组带来的SNP多于突变,有效种群大,且受到较强的纯化选择压力。(3)结合NCBI已公布89株基因组数据,构建了 435个核心基因和18,719个泛基因集。深入的系统发育分析和群体结构分析发现,L.lactis subsp.lactis群体可以划分为四个分支,其中包含一个环境谱系和叁个驯化谱系。四个谱系之间存在至少两个以上的独立的驯化事件。环境谱系菌株先出现驯化谱系后出现,且环境谱系菌株为整个群体遗传多样性的提供者。(4)功能基因组学研究发现,不同遗传谱系菌株之间在碳水化合物活性酶、冷热应激蛋白等功能基因拷贝数上存在显着差异,且这些差异大多是由插入序列及质粒等可移动遗传元件导致。结果表明,可移动遗传元件可能帮助不同谱系的菌株适应环境。(5)不同驯化谱系菌株之间,发酵能力存在差异。通过GWAS将菌株基因组与发酵表型数据进行关联,定位影响关键表型的基因位点。GWAS共定位到76个位点和152个基因与34个表型存在关联,关联的基因主要集中于蛋白水解酶pepF、pepO、寡肽转运酶oppC、oppD和竞争蛋白CoiA五个基因上。上述基因可能影响菌株的生长,故影响大多数表型。基于上述位点构建随机森林模型以区分菌株发酵速度快慢,模型准确度AUC高达82.19%。本研究从基因组水平,基于群体遗传学和功能基因组学方法解析L.lactis subsp.lactis群体遗传背景和功能特征,定位影响表型差异的关键功能基因位点,为优良生产特性菌株的挖掘提供科学的指导,具有重要的实际生产意义。(本文来源于《内蒙古农业大学》期刊2019-06-01）
施恩[6]（2019）在《叁种不同类型森林中苦楝群体遗传学研究》一文中研究指出苦栋(Melia azdaarach)是我国华东地区典型的乡土树种,也是优良的荒山造林树种,同时也是暖温带落叶阔叶林林窗林缘的主要伴生种之一,在地带性植被群落演替中发挥重要作用。为了研究先锋树种在群落不同演替阶段的遗传多样性动态变化以及不同地区乡土树种的遗传多样性差异,本研究选择苦楝作为研究对象,利用微卫星分子标记技术对苦楝展开群体遗传学研究。本研究在江苏徐州城区石灰岩山地、安徽皇藏峪省级自然保护区及周边农村的16个地点分别采集了30个苦楝个体,利用已开发的14个苦楝微卫星分子标记,以探究徐州石灰岩山地侧柏人工林不同演替阶段林下侵殖植物苦楝的遗传多样性动态变化;其次是分析城镇化和农村园林绿化等人类活动对乡土植物苦楝遗传多样性的影响。得到如下结论:(1)14个微卫星位点在16个苦楝种群中一共扩增出90个等位基因,每个位点的等位基因数(NA)为3～13,平均值为6.429。每个位点的观测杂合度(Ho)范围在0.133到0.738,平均值为0.416;期望杂合度(HE)范围在0.166到0.677,平均值为0.462;居群内遗传多样性(Hs)范围在0.161到0.646,平均值为0.419;总体居群间遗传多样性(HT)范围在0.166到0.677,平均值为0.461;多态位点信息指数(PCI)的范围在0.155到0.65,平均值为0.418。(2)16个苦楝种群聚类为两个遗传谱系,其中位于徐州城区石灰岩山地的10个种群和耿集村种群、后楼种群、滕庄村种群属于一个分支;皇藏峪两个种群和倪园村种群属于另一个分支。苦楝遗传变异系数(FST)为0.2097,表明群体间存在较大程度的遗传分化。苦楝种群总体遗传变异中有10.775%存在于组群间,10.198%存在于种群间,79.027%存在于种群内(P<0.001)。(3)徐州石灰岩山地丘陵地区不同林龄侧柏人工林中的苦楝种群间遗传多样性存在差异(P<0.05),种群遗传多样性与人工林林龄呈正相关,与人工林的郁闭度呈负相关。这是因为在人工林演替进程中,群落中的生境异质性逐渐增加,为林下植被提供了更多的生存空间。在徐州地区的针叶林向落叶阔叶林演替的过程中,苦楝种群的遗传多样性呈现出先升后降的动态变化,针阔混交林阶段苦栋种群遗传多样性最高,苦栋的遗传动态变化与先锋树种的群落动态特征相吻合。(4)徐州城区周边农村地区风水林中苦栋种群间遗传多样性存在显着差异(P<0.05),苦楝种群遗传多样性与乡村城镇化、园林化程度呈负相关,表明城镇化和园林绿化对农村风水林中苦楝种群的遗传多样性产生了负面影响。位于后楼的苦楝种群具有较高的遗传多样性,表明其具有重要的遗传资源保护价值。(本文来源于《南京大学》期刊2019-05-21）
张明瑞[7]（2019）在《我国部分地区孢子丝菌群体遗传学分析及分子诊断》一文中研究指出背景:孢子丝菌复合体是全球分布的双相真菌,主要包含6个亲缘种,其中球形孢子丝菌、申克孢子丝菌以及巴西孢子丝菌为主要的临床致病菌。不同的种在地域分布、致病力、传播途径等方面均存在一定的差异。孢子丝菌通过侵袭皮肤、皮下组织及附近淋巴系统,导致人类和其他动物的慢性感染,引起孢子丝菌病,其临床表现多样,严重程度不一。孢子丝菌病的临床诊断主要通过真菌培养及组织病理学检查。目前,一些基于核酸扩增技术的分子生物学方法逐渐应用于孢子丝菌病的诊断,但仍存在耗时长、灵敏度低、操作复杂等缺点。研究表明,孢子丝菌病的发病率逐年上升,引起众多研究学者的关注。我国东北地区是孢子丝菌病的高发地区,几乎全部由球形孢子丝菌引起。球形孢子丝菌遗传差异小,常规方法难以进行种内区分,其群体遗传结构尚未阐明。为了解析我国球形孢子丝菌的遗传多态性,弥补孢子丝菌临床快速诊断方面的不足,本研究拟采用具有高分辨能力的微卫星长度多态性分型技术对我国球形孢子丝菌群体遗传结构进行分析,并建立孢子丝菌实时荧光PCR检测方法,希望为孢子丝菌流行病学监控及快速诊断提供有力的工具。方法:1、球形孢子丝菌群体遗传学分析(1)收集来自中国不同地区的球形孢子丝菌120株并进行鉴定。(2)基于球形孢子丝菌基因组测序结果,分离微卫星座位并设计引物。(3)通过梯度PCR明确每个微卫星标记的最佳扩增条件。检测部分样品,筛选出具有遗传多态性的微卫星标记。(4)运用优化后的标记及反应条件检测120个临床分离株,通过生物信息学软件分析数据。2、球形孢子丝菌实时荧光PCR检测方法的建立及初步评价(1)比对NCBI数据库中所有孢子丝菌内转录间隔区序列,设计引物及探针。(2)优化反应体系。(3)通过球形孢子丝菌、其他常见致病真菌、细菌以及人类基因组DNA进行特异性、敏感性、最低检测限的检测,构建标准曲线。(4)通过球形孢子丝菌感染的临床标本评估检测能力。3、孢子丝菌病多重实时荧光PCR诊断方法的建立及初步评价(1)比对NCBI数据库中所有孢子丝菌钙调蛋白序列,设计引物及探针。(2)优化反应体系。(3)通过球形孢子丝菌、申克孢子丝菌、巴西孢子丝菌、其他常见致病真菌、细菌以及人类基因组DNA进行特异性、敏感性检测。(4)通过标准浓度的阳性质粒进行最低检测限的检测,构建标准曲线。(5)通过单一荧光及多重荧光、单一样本及混合样本的比较;临床标本及模拟感染样本,对多重实时荧光PCR检测体系进行评估。结果:1、球形孢子丝菌基因组中发现200个微卫星位点,其中10个位点能够稳定扩增。每个基因座的等位基因数量范围为3到13,平均值为5.50,中等PIC值为0.441,10个位点的累积鉴别能力为1.0000。STRUCTURE分析确定最佳的K值为3,即呈出叁个不同谱系。长春菌株在叁个谱系中均有发现,大连和重庆的菌株只发现两个谱系。谱系II包含叁个地区的菌株。引起固定型和淋巴型的菌株,叁个谱系中均有分布。由于标本量不足,无法明确引起播散型孢子丝菌病的菌株群体的状况。PCo A分析支持STRUCTURE分析的结果,表明球形孢子丝菌的种群分为叁个谱系。AMOVA结果表明,按照地域分布划分的组比按临床类型划分的组遗传变异更显着。2、球形孢子丝菌实时荧光PCR检测方法灵敏度及特异性均为100%,检测下限10fg,30例临床标本检测阳性率为100%,Ct值34.3-39.24。3、孢子丝菌病多重实时荧光PCR诊断方法对于球形孢子丝菌、申克孢子丝菌、巴西孢子丝菌灵敏度及特异性均为100%,检测下限分别为10、10、100 copies。在相同模板量和反应条件下,单重实时荧光PCR的Ct值为21.67±0.15、24.64±0.15、27.00±0.11,多重实时荧光PCR的Ct值分别为21.80±0.07、24.77±0.07、27.32±0.08。在不同比例模板混合下,能够对相应的模板进行检测。33例临床确诊标本中,培养、普通PCR以及本研究的多重实时荧光PCR的阳性率分别为87.9%(29/33)、39.4%(13/33)、93.9%(31/33)。多重实时荧光PCR与培养检测阳性率差异不具有统计学意义(χ~2,p=0.4142),与特异性引物PCR检测阳性率具有统计学意义(χ~2,p<0.0001)。模拟标本检测阳性率均为100%,Ct值分别为33.03-38.57及30.23-34.84。结论:1、球形孢子丝菌种内遗传多态性较低,本研究提供了一套多态性较高的微卫星标记,将球形孢子丝菌分为叁个谱系。2、长春地区种群结构多态性较高;谱系II的遗传多态性最高。3、通过微卫星分子分型显示,球形孢子丝菌遗传多态性与地域分布具有一定相关性,尚未发现叁个谱系与临床类型的相关性。4、球形孢子丝菌实时荧光PCR检测方法灵敏度及特异性均为100%,检测下限10fg,能够检测球形孢子丝菌感染组织,阳性率100%。5、多重实时荧光PCR检测方法灵敏度及特异性均为100%,对于球形孢子丝菌、申克孢子丝菌、巴西孢子丝菌检测下限分别为10、10、100 copies,能够对组织中病原菌进行特异性检测,可同时检测混合感染。(本文来源于《吉林大学》期刊2019-05-01）
郭凤平[8]（2019）在《迎红杜鹃亚属植物的群体遗传学研究》一文中研究指出物种的群体遗传结构和遗传多样性一直是群体遗传学的核心研究内容,其对于理解物种形成的本质过程具有重要的科学意义。本研究以杜鹃花科(Ericaceae)杜鹃属(Rhododendron L.)迎红杜鹃亚属(Rhododendron subg.Rhodorastrum(Maxim.)C.B.Clarke)的兴安杜鹃(Rhododendron dauricum L.)和迎红杜鹃(R.Mucronulatum Turcz.)的39个自然居群,共376个个体为研究对象,利用4个单亲遗传的叶绿体基因片段检测该亚属植物的遗传多样性、遗传结构,推测该亚属植物的群体动态历史,同时结合分子钟估算出其分化时间,最后利用ArcGIS和MaxEnt软件对兴安杜鹃和迎红杜鹃在末次间冰期、末次盛冰期、当前和未来的分布区进行模拟。本研究的主要研究结果如下:(1)基于cpDNA联合数据共检测出10个cpDNA单倍型,该亚属水平(H_T=0.718)和兴安杜鹃物种水平(H_T=0.726)均表现为较高的遗传多样性。由于迎红杜鹃仅检测到1种单倍型,其遗传多样性参数均为0。(2)在亚属水平和兴安杜鹃物种水平均检测到了高水平的遗传分化指数(Gst=0.821、Nst=0.957和Gst=0.795、Nst=0.954),说明物种间和兴安杜鹃物种内具有明显的遗传结构。AMOVA分析也支持Structure的两个分组(A组和B组)之间具有强烈的遗传分化(F_(CT)=0.90507)。(3)失配分析显示采集于大、小兴安岭地区和长白山脉地区的兴安杜鹃群体经历过近期群体扩张事件;通过生态位模拟显示,从末次盛冰期到当前,迎红杜鹃也经历了群体扩张事件。(4)通过BEAST估算出该亚属的分化时间大约在15.76 Mya,处于中新世中期;B组单倍型分化时间开始于7.10 Mya,处于中新世晚期;A组单倍型大约在5.23Mya开始分化,处于上新世早期。该亚属的这两个物种作为东亚地区温带植物区系的常见灌木物种,毫无疑问,它们可以作为理想材料用于测试气候变化对该地区生物地理分布的影响,并且了解生物的遗传结构以及种群动态历史也能为生物资源的保护和合理利用提供理论依据以及现实意义。(本文来源于《东北师范大学》期刊2019-05-01）
吴林慧,孙琦,王荔茹,张凯丽,谢胜松[9]（2019）在《恩施黑猪基因组群体遗传学参数的估计与选择信号研究》一文中研究指出旨在调查恩施黑猪基因组群体遗传学参数与选择信号。本研究利用Porcine 80K SNP芯片,通过计算亲缘系数、近交系数、连锁不平衡程度与有效群体大小等群体遗传学层面的参数评估恩施黑猪种群结构关系,运用CLR和iHS方法检测恩施黑猪基因组选择信号,并通过生物信息学分析揭示其潜在受选择基因。亲缘系数计算发现,咸丰县恩施黑猪个体间平均亲缘系数为0.12;近交系数计算表明, 16%的样本近交系数大于0.125,存在明显近交累积。此外,本研究构建了恩施黑猪全基因组连锁不平衡图谱;利用连锁不平衡信息,恩施黑猪估计历史有效群体大小呈现逐代下降趋势,其中5世代前有效群体大小约为25头。基于CLR方法共检测到126个显着选择信号候选区域,总长约为51.6 Mb,占基因组总长的2.1%。利用iHS方法,共发现248个显着选择信号候选区域,长度约为78.78 Mb,约占基因组总长的3.2%。富集分析表明,与选择信号区域重迭的LPAR2、NDUFA13、MEF2B、AHR基因分别与胴体长度(滴水损失)、精子形成、骨骼肌分化和总产仔数相关。研究表明,现存恩施黑猪群体血统较窄,近交累积严重,有效群体大小较小,并呈现继续缩小的趋势。选择信号分析揭示的一系列潜在受选择基因能够为未来恩施黑猪的遗传改良提供一定的参考依据。(本文来源于《畜牧兽医学报》期刊2019年03期）
胡云斐[10]（2019）在《群体遗传学鉴定拟南芥中和抗盐性状相关的遗传组分》一文中研究指出盐胁迫影响植物的生长发育,造成作物减产。模式植物拟南芥的自然群体存在丰富的遗传多态性和抗盐性状多态性。在盐胁迫下,不同生态型会表现出不同水平的盐离子(Na~+和Cl~–)吸收与积累。本论文利用植物水培培养系统和MS平板固体培养系统,采集159份生态型包括3个大类共计17个指标,分别进行全基因组关联分析(GWAS)。重点关注的叁类表型是:(1)盐胁迫下Cl~–在植物叶中的积累;(2)盐胁迫抑制根的伸长;(3)盐胁迫调控根和冠的生物量比值。GWAS分析鉴定到众多显着关联的位点,本研究对显着关联性高的SNP位点集中区域进行了候选基因的筛选和功能初步分析。对根长抑制指标的分析鉴定到两个候选遗传区域,通过公共数据库的挖掘重点关注AtNIGT1.4。AtNIGT1.4已被报道参与了氮磷营养亏缺对根长的抑制。初步功能分析显示该基因和其家族成员在根中特异表达,并受到盐胁迫的强烈诱导,推测该家族成员可能参与调控盐胁迫对根伸长的抑制。后续基因的功能鉴定正在进行中。对盐胁迫下叶中Cl~–积累的指标分析鉴定到两个候选遗传区域;对盐胁迫下干重根冠比的指标分析鉴定到一个候选遗传区域。上述鉴定的候选遗传区域还需要进一步的精细定位以确定效应基因。关注的候选基因将首先进行表达模式的分析(组织细胞类型的特异性和胁迫应答性),重点关注的候选基因将进行全面的功能解析。(本文来源于《兰州大学》期刊2019-03-01）
群体遗传学论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
绞股蓝属(Gynostemma BL.)隶属于葫芦科(Cucurbitaceae),属下包含2亚属16种2变种,中国有2亚属14种2变种,主要分布于东亚及东南亚地区,在我国的主要分布范围为长江流域及其以南。因其具有极大的药用价值,近年来受到许多国内外科学家们的重视。然而,野外调查发现,绞股蓝属植物自然居群生长的地理环境复杂,该属物种在分化过程中形成了一系列的生态变异类型,而且多个物种间形态特征交叉、过渡现象严重,为基于形态学的绞股蓝属植物的分类和系统发育带来挑战。目前,人们对绞股蓝属植物的研究主要集中在化学成分及药理药性研究、形态学与细胞学研究、基于少数分子标记的系统进化研究等方面,而对该属植物的叶绿体基因组尚未报道,因此,构建绞股蓝属物种的完整叶绿体基因组图谱是很有必要的。本研究利用绞股蓝属植物的叶绿体全基因组(Complete Chloroplast Genome)和核基因组分型GBS(Genotyping-by-Sequencing)的数据,并结合形态学的量化数据共同研究绞股蓝属物种间的系统发育关系和群体遗传特征,揭示中国亚热带地区绞股蓝自然居群的进化和群体动态历史。本研究的主要结论如下:(1)通过对绞股蓝叶绿体DNA进行Illumina高通量测序获得了完整的绞股蓝叶绿体基因组序列和图谱。结果表明:双链环状的绞股蓝叶绿体基因组大小为157,576 bp,总GC碱基含量为37.00%。共预测到139个功能基因,包括91个蛋白编码基因,30个tRNA基因和8个rRNA基因。该研究首次获得绞股蓝属植物的完整叶绿体基因组序列,为绞股蓝属以及葫芦科的系统发育关系研究提供了很好的参考。(2)在对8个绞股蓝属物种完整叶绿体基因组的比较研究中发现:绞股蓝属植物叶绿体具有经典的四部分结构,即一个大单拷贝区LSC(平均长度86,834 bp),一个小单拷贝区SSC(平均长度18,649 bp)以及两个相互间隔且反向互补的反向重复区IRa和IRb(平均长度26,174 bp);每个叶绿体基因组均编码133个基因,其中包括87个蛋白编码基因,8个rRNA基因,37个tRNA基因和1个假基因infA。基因组在结构、基因组成和顺序上都很保守。通过对叶绿体基因组中3种长重复序列和SSR的搜索,结果发现绞股蓝属叶绿体基因组序列中含有大量的重复序列,且大多数重复序列分布于基因间隔区和内含子上。另外,综合序列变异和mVISTA的研究表明,叶绿体基因组的蛋白编码区CDS比非编码区CNS保守,反向重复区IR比单拷贝区SC保守。属内物种间的系统发育关系的研究表明绞股蓝属可分为2个亚属,其结果与形态学分类一致。(3)对10个葫芦科代表属的物种的完整叶绿体基因组进行比较分析,结果表明葫芦科植物的叶绿体基因组相对保守,结构稳定且均未发生基因重排事件。选择压力分析表明在3个基因(accD,clpP和matK)中存在一些受选择位点,由这3个基因编码的蛋白质参与植物发育和能量转化、叶绿体蛋白合成以及基因转录,可能在葫芦科植物应对陆地生态系统发展过程中发挥关键作用。葫芦科的叶绿体基因组属于GC缺失类型,而且在第叁个密码子位置上有较强的A/T偏好。本研究揭示了psbL基因中的一个非常规起始密码子,即原本的起始密码子ACG变成了AUG,这是由于RNA编辑引起的,它可以修饰突变,调节叶绿体基因的表达,是植物叶绿体中的一种校正机制。系统发育树(ML和BI)表明锥形果属Gomphogyne,雪胆属Hemsleya和绞股蓝属Gynostemma构成葫芦科中最早分化的谱系。因此,我们的研究结果表明,叶绿体基因组数据可以有效地解决葫芦科内不同属的系统发育关系。此外,该研究可为今后的系统发育研究提供潜在的分子标记和DNA条形码,并为丰富葫芦科叶绿体基因组资源做出巨大贡献。(4)本研究利用量化的形态学数据和分子基因组层面的完整叶绿体基因组和GBS(Genotyping-by-Sequencing)基因分型的分析对绞股蓝属植物13种2变种的系统发育关系进行了深入探讨,结果证实绞股蓝属下包含2个亚属,即绞股蓝亚属和喙果藤亚属。翅茎绞股蓝、广西绞股蓝和扁果绞股蓝应从绞股蓝亚属内移出,归入喙果藤亚属。而毛绞股蓝、毛果绞股蓝、缅甸绞股蓝和大果绞股蓝应合并为“毛绞股蓝”,并且可与长梗绞股蓝、光叶绞股蓝和绞股蓝进行归并,作为一个广义的“绞股蓝”物种对待。Beast分化时间的计算发现绞股蓝属的分化始于早第叁纪晚期(23.02 Ma),属内亚属的分化时间在中新世时期(12.75 Ma),而属内物种的分化主要集中在第叁纪上新世末期与第四纪更新世初期(3Ma)。末次间冰期(0.13 Ma)时,绞股蓝属植物主要分布在东亚东南部地区,当末次冰期(0.02 Ma)来临,绞股蓝亚属的分布范围逐渐西移至内陆,到达横断山区和秦岭大巴山区,而喙果藤亚属的分布范围在本地收缩,形成各自避难所;冰期过后的扩散过程中可能存在杂交和遗传漂变,从而形成现今物种的系统关系和分布格局。另外,本研究中基于SNP数据对绞股蓝属植物进行遗传结构的研究,结果发现绞股蓝属植物可划分为东西部两个分区,我们推测,在绞股蓝属各物种的形成和扩散过程中,受到了强烈的地理环境和气候条件的影响。(5)最后,本研究首次从基因组水平探讨了绞股蓝不同地理居群的种群遗传多样性水平和遗传结构。研究结果表明,绞股蓝的居群遗传多样性低(He=0.175,Ho=0.183),居群间分化程度较高(F_(ST)=0.984),且遗传变异主要存在于居群间。30个居群可以分为南北两个分组,而在青藏高原东南边缘、云贵高原和秦岭-巴山地区的居群在进化历史上存在一定的基因交流。总之,本研究通过绞股蓝属植物叶绿体基因组的构建,对该属内物种和其近缘属(葫芦科代表属)部分物种的叶绿体基因组进行了比较分析,并结合核基因组分型和量化的形态学数据深入讨论了绞股蓝属植物的系统分类与进化关系。另外,还利用简化基因组数据分析探讨了该属植物的群体遗传进化和动态历史,加深人们对绞股蓝属分子遗传背景的了解,并为东亚地区植物的保护提供有效信息。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
群体遗传学论文参考文献
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论文知识图
