导读:本文包含了序列分子系统发育论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:分子,序列,系统,基因,鉴定,黄檀,降香。
序列分子系统发育论文文献综述
王美美,张建中,李凤琴[1]（2018）在《基于内转录间隔区和β-微管蛋白部分基因及相关序列扩增多态性分子标记技术推断红曲霉系统发育关系》一文中研究指出目的基于内转录间隔区(ITS)、β-微管蛋白(β-tubulin)部分基因和相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术结合形态学鉴定方法 ,推断不同种红曲霉的系统发育关系,寻找快速、准确鉴定红曲霉的方法。方法以红曲霉基因组为模板,聚合酶链式反应(PCR)扩增红曲霉ITS、β-tubulin部分基因,利用Mega 7.0软件中最大似然树法构建进化树,扩增SRAP分子标记技术的特征结合序列,利用R软件phangorn包中的FigTree软件进行建树,使用除权配对(UPGMA)法进行聚类分析,通过分析不同种红曲霉系统发育关系,找寻快速、准确的鉴定方法。结果利用ITS和β-tubulin部分基因可将31株供试菌株分为两大类,而SRAP分子标记技术可将供试菌株分为四大类,结合表型分析和3种分子鉴定方法 ,参照15株红曲霉参考菌株将16株未鉴定到种的红曲霉分别鉴定为安卡红曲霉、橙色红曲霉和紫色红曲霉。结论 SRAP分子标记技术具有更多的分类依据,结合表型分析能够帮助更快、更精确的将红曲霉鉴定到种。(本文来源于《中国食品卫生杂志》期刊2018年06期）
姚亚林,陈祥盛,杨琳[2]（2018）在《基于COI基因序列片段的柔突叶蝉属部分近缘种分子鉴定与系统发育》一文中研究指出本文针对取食危害竹子的柔突叶蝉属Abrus Dai et Zhang,2002的5个近似种:锥尾柔突叶蝉A.coneus Dai Zhang,2002、道真柔突叶蝉A.daozhenensis Chen,Yang Li,2012、习水柔突叶蝉A.xishuiensis Yang et Chen,2012、安龙柔突叶蝉A.anlongensis Chen,Yang Li,2012和短茎柔突叶蝉A.brecis Dai et Zhang,2002,通过PCR扩增首次获得了COI序列;使用MEGA 6.06软件,分析了其序列组成及变异,计算了遗传距离,以平额叶蝉属Flatfronta Chen et Li,1997的叉突平额叶蝉F.pronga为外群,利用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建了系统发育树。结果显示:Abrus五种的COI序列比对、碱基组成成分存在差异;5种柔突叶蝉COI基因的种间遗传距离为0.011~0.095,属间遗传距离为0.069~0.096,表明COI基因序列可作为DNA条形码候选基因片段,但基于遗传距离方法用于柔突叶蝉近似属、种的分子鉴定时其效率并不高。系统发育树的拓扑结构显示,5个近似种的亲缘关系基本一致,各自聚为一支,且置信值均达96%以上。本文结合系统发育树和BPP及MCMCTREE对其近缘种物种分化时间估计进行了分析和讨论。(本文来源于《山地农业生物学报》期刊2018年02期）
徐永媛[3]（2017）在《基于COⅠ基因序列和GBS技术的大蠊属4个物种的分子鉴定及系统发育关系初探》一文中研究指出本研究以蜚蠊目(Blattaria)蜚蠊科(Blattidae)大蠊属(Periplaneta)俗称蟑螂的澳洲大蠊(Periplaneta australasiae)、美洲大蠊(Periplaneta americana)、褐斑大蠊(Periplaneta brunnea)及黑胸大蠊(Periplaneta fuliginosa)4 个物种共203个样本为研究对象,基于线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(Cytochrome c oxidase subunit I,COI)基因序列和基于测序基因分型(Genotyping by sequencing,GBS)技术对大蠊属4个物种进行分子鉴定,弥补传统形态鉴定的不足;同时,进行系统发育关系初步分析,以期了解4个大蠊属物种间的亲缘关系,为相关后续基础应用研究奠定一定的分子基础。经分析获得以下主要结果:(1)在4个大蠊属物种203个样本的COI基因658bp序列中共检测到118个变异位点,定义了 20个单倍型。(2)4个大蠊属物种的种内遗传距离为0～0.01,平均种内遗传距离为0.0025;4个大蠊属物种间遗传距离为0.08～0.13,平均种间遗传距离为0.11。(3)在基于COI基因序列的系统发育树和单倍型网络图上,所研究的4个大蠊属物种的序列各自聚集为一个独立分枝;在系统发育树上,黑胸大蠊位于基部,美洲大蠊位于顶部,表明前者是较早分化出来的物种,后者是较晚分化出来的物种。(4)基于GBS数据的结果显示,4个大蠊属物种间遗传分化指数为0.4242～0.7044,表明4个大蠊属物种间遗传分化程度高,可明显区分为不同物种。(5)对4个大蠊属物种的GBS数据搜索简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)标记,发现存在7种碱基重复类型,其中3碱基重复类型最多;经SSR聚类及多态性评估分析,筛选出可用于两两物种鉴定的83个SSR标记位点。(6)基于GBS数据的主成分分析和系统发育关系分析结果显示,澳洲大蠊、褐斑大蠊、美洲大蠊和黑胸大蠊分别聚集为一个独立簇或分枝,表明GBS数据能够明显区分这4个大蠊属物种。综上所述,COI基因序列和GBS测序数据均可有效运用于大蠊属物种的分子鉴定及系统发育关系初步分析。本研究为大蠊属物种(俗称蟑螂)相关后续研究提供了科学依据。(本文来源于《云南大学》期刊2017-12-01）
李云臻[4]（2017）在《基于12S、16S rDNA和Cyt b基因部分序列云南23种鲤科鱼类的分子系统发育研究》一文中研究指出鲤科(Cyprinidae)鱼类隶属于硬骨鱼纲(Osteichthyes)骨鳔总目(Ostariophysi)的鲤形目(Cypriniformes),是目前鱼类中最大的一个科,也是我国淡水鱼类最大的科。基于形态解剖和分子数据研究者对鲤科鱼类的系统发育关系未形成一致的认识和结论。云南鲤科鱼类的系统发育的重建,将为揭示我国和东亚鱼类的系统发育研究提供新的数据。本研究测定了云南鲤科,共8个亚科20个属23种鱼类的12S rDNA、16S rDNA和Cyt b基因序列,以拟长鳅(Acanthopsoides gracilis)作为外类群,采用分子系统发育方法,重建了基于12S rDNA,16S rDNA和Cyt b基因部分序列的系统发育关系,分析了云南鲤科鱼类的分子系统发育关系,研究结果显示:1.本研究中的丽色低线鱲(Barilius pulchellus)、罗碧鱼(Paralaubuca barroni)、鳙鱼(Aristichthys nobilis)、棒花鱼(Abbottina rivularis)、中国结鱼(Tor sinensis)、云南盘鮈(Discogobio yunnanensis)、昆明裂腹鱼(Shizothorax grahami)和大头鲤(Cyprinus pellegrini)等23种云南鲤科鱼类形成了由(鱼丹)亚科(Danioninae)、鲌亚科(Cultrinae)、鲢亚科(Hypophthalmichthyinae)、和鮈亚科(Gobioninae)构成的雅罗鱼系(Leuciscinea)和由鲃亚科(Barbinae)、野鲮亚科(Labeoninae)、裂腹鱼亚科(Schizothoracinae)和鲤亚科(Cyprininae)构成的鲃系(Barbini)两个大的支系。2.研究中基于12S rDNA+16S rDNA构建的ML树、基于Cyt b构建的NJ树和基于12S rDNA+16S rDNA+Cyt b构建的NJ树均显示,鲌亚科中的翘嘴鲌(Culter alburnus)、飘鱼(Pseudolaubuca sinensis)、?条(Hemiculter leucisculus)和似鱎(Toxabramis swinhonis)聚为一支,隶属于鲌亚科的罗碧鱼(P.barroni)均未与其他4种鲌亚科鱼类聚为一支。本研究中采用的鲌亚科鱼类形成一个并系。3.短吻鱼(Sikukia gudgeri)、黄尾短吻鱼(S.flavicaudata)、云南四须鲃(Barbodes huangchuchieni)、中国结鱼(T.sinensis)、长臀鲃(Mystacoleucus marginatus)和异斑小鲃(Puntius ticto)共6种鲃亚科鱼类在研究中未聚成一支,初步推测认为鲃亚科不是一个单系类群。4.研究中的5种鲃亚科鱼类中,云南四须鲃在系统树中均未聚于鲃亚科分支的最基部,四须鲃属为鲃亚科最原始的属这一观点有待商榷。5.重建的系统发育关系显示,云南四须鲃和长臀鲃的系统发育位置较近,长臀鲃和云南四须鲃的亲缘关系较近。(本文来源于《云南师范大学》期刊2017-06-03）
智妍,李新,刘家宇,葛振萍,赵喆[5]（2016）在《基于28S rRNA基因序列的中国寄蝇亚科部分种类分子系统发育研究(双翅目:寄蝇科)》一文中研究指出本研究基于中国地区双翅目寄蝇科寄蝇亚科5族10属17种昆虫的28S r RNA基因序列,分别利用PAUP4.0b和MEGA5.05软件的邻接法(NJ)、最大简约法(MP)和最小进化法(ME),选取追寄蝇亚科的黄足突额寄蝇Biomeigenia flava和麻蝇科的红尾拉麻蝇Ravinia striata为外群,重建寄蝇亚科部分种类的系统发育树。结果表明:测得的696 bp寄蝇亚科核苷酸片段,包括127个变异位点和52个简约信息位点;不同方法得到的系统发育树的拓扑结构基本一致。本研究结果部分解决了基于形态学定义的该亚科内族间、属间的系统发育关系:(1)支持寄蝇亚科、寄蝇族分别为一个单系群;(2)支持形态分类的将诺寄蝇属Nowickia Wachtl并入寄蝇属Tachina Meigen并作为后者的一个亚属的结论;(3)同时支持将短须寄蝇族Linnaemyini并入埃内寄蝇族Ernestiini。(本文来源于《基因组学与应用生物学》期刊2016年08期）
赵文静,张春林,陈汉彬,张晶,刘彬[6]（2016）在《基于COI与ITS序列的杂鳞库蚊复组(双翅目:蚊科)分子系统发育》一文中研究指出使用杂鳞库蚊复组COI部分序列和ITS序列构建分子发育树,并基于COI序列计算该复组种内和种间的Kimura-two-Parameter(K2P)距离,探讨环带库蚊的分类地位和杂鳞库蚊复组内各亲缘种的系统发育关系。环带库蚊和杂鳞库蚊的种间K2P距离为0.24%-0.72%,支持"环带库蚊是杂鳞库蚊的同物异名"这一观点;杂鳞库蚊(环带库蚊)和伪杂鳞库蚊、叁带喙库蚊的种间K2P距离为4.41%-9.68%,同时分子系统树显示各个种分别聚类,互为姐妹群,再次证明叁者互为独立的种;环带库蚊和杂鳞库蚊聚类的分支最接近树的端部,叁带喙库蚊分支最接近树的基部,提示叁带喙库蚊最早发生分化,而杂鳞库蚊(环带库蚊)最晚发生分化;采集自日本的叁带喙库蚊种内K2P距离为0.48%-2.68%,而它们与采集自中国、印度的该种K2P距离为4.17%-6.76%,日本产叁带喙库蚊聚集成一支,并与中印产地的聚类分支互为姐妹群,这些结果提示日本的叁带喙库蚊有种下,甚至种级分化的趋势。(本文来源于《环境昆虫学报》期刊2016年04期）
李奇威,谭贵良,孙瑾,苏越骁,王业胜[7]（2016）在《降香黄檀DNA提取及其rDNA-ITS序列分子系统发育分析》一文中研究指出以核糖体转录间隔区(rDNA-ITS)序列为分子标记,结合GenBank数据库中已有序列,阐明黄檀属内不同物种之间的分子系统发育关系。通过改良十六烷基叁甲基溴化铵法(CTAB)提取降香黄檀总DNA,利用引物对rDNA-ITS序列进行聚合酶链式反应(PCR扩增)和序列测定。结果表明,基于rDNA-ITS序列测定、位点分析和系统发育树构建方法,可利用ITS序列进行黄檀属树种准确的分子鉴定,为其种类鉴定和种间分类地位提供分子生物学依据。(本文来源于《木材工业》期刊2016年03期）
颜彦,陈雪婷,陈家献,冯慧敏,武耀廷[8]（2016）在《芭蕉属植物基于rDNAITS序列的分子系统发育》一文中研究指出利用基因序列对芭蕉属植物的组间及种间的系统发育进行研究可弥补形态特征和生理特性的不足,从而为研究芭蕉属植物的进化与分类提供新的证据。本研究采用PCR产物直接测序的方法对66份芭蕉属野生种质资源r DNA ITS序列进行系统发育研究,结果表明:基于不同的基本染色体数,供试材料能明显地划分为两大类,其中Eumusa组和Rhodochlamys组材料聚到一组,Callimusa组、Australimusa组和Ingensmusa组的材料聚到一组;但是组间材料交叉聚类,具有紧密联系,无法区分。建议将芭蕉属下分类合并为Eumusa-Rhodochlamys组和Callimusa-Australimusa组,取消Ingensmusa组的分类。由于Rhodochlamys与M.acuminata和M.balbisiana的紧密联系,Rhodochlamys组材料可考虑作为香蕉遗传改良的材料,需进一步确定为栽培蕉提供独特S基因组的M.schizocarpa与M.balbisiana的联系以及M.balbisiana的种内分类。(本文来源于《分子植物育种》期刊2016年02期）
汪家旭,苏成豪,黄建炜,叶曦,李国伟[9]（2015）在《基于核糖体RNA ITS1-5.8S-ITS2基因序列的十二指肠钩虫分子系统发育分析》一文中研究指出目的通过克隆十二指肠钩虫的ITS1-5.8S-ITS2,初步分析钩口属的系统发育,构建基于ITS1、ITS2的圆线目线虫的系统进化树,为进一步研究其遗传进化关系奠定基础。方法从厦门海沧东孚镇收集标本,分离,形态鉴定为十二指肠钩虫,分别克隆了供试钩虫的ITS1-5.8S-ITS2序列,经NCBI网站的BLAST比对以及基于ITS1和ITS2序列的钩口属的系统发育分析。结果供试钩虫的ITS1、5.8S和ITS2序列,它们的长度分别为366bp、153bp和221bp,登陆http://www.ncbi.nlm.nih.gov进行BLAST,在数据库中没有与之相匹配的序列,将获得的序列作为新的序列上传至GenBank中进行注册,各序列的GenBank登录号分别为:5.8SrRNA基因:EU344796、ITS1-5.8S-ITS2:EU344797。结论从系统进化树中,本实验的供试十二指肠钩虫均与GenBank中已公布的十二指肠钩口线虫自然聚类在一起。(本文来源于《中国人兽共患病学报》期刊2015年07期）
李东海[10]（2014）在《中国沙蜥属部分物种线粒体基因组全序列分析及其分子系统发育研究》一文中研究指出本文利用PCR和long-PCR及引物步引法直接测序,得到了荒漠沙蜥、草原沙蜥、变色沙蜥、旱地沙蜥、东疆沙蜥和青海沙蜥的线粒体基因组全序列,其基因组大小分别为:16892 bp、17041 bp、16429 bp、16249 bp、16455 bp、17212 bp。荒漠沙蜥和草原沙蜥的线粒体基因组由24个tRNA、2个rRNA和13个蛋白编码基因及四个控制区组成,变色沙蜥的线粒体基因组由23个tRNA、2个rRNA和13个蛋白编码基因及叁个控制区组成,旱地沙蜥、东疆沙蜥和青海沙蜥的线粒体基因组由22个tRNA、2个rRNA和13个蛋白编码基因及两个控制区组成。基于13个蛋白编码基因的核苷酸序列,运用距离法(NJ)和最大似然法(ML)重建系统发育树,对8种中国沙蜥属物种的系统发育关系进行了进一步的探讨。研究结果表明:1、沙蜥属为一个单系;2、大耳沙蜥的系统进化地位位于最基部,是沙蜥属最早分化出的一支;3、叶城沙蜥虽属于沙蜥属卵生类群,但与卵胎生类群的进化关系比较近;4、从系统发育树的拓扑结构所呈现出来的进化关系来看,草原沙蜥、荒漠沙蜥和变色沙蜥叁者的进化关系与其自身线粒体基因组控制区的结构组成存在关联,在一定程度上印证了叁种之间的亲缘关系。(本文来源于《兰州大学》期刊2014-04-01）
序列分子系统发育论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文针对取食危害竹子的柔突叶蝉属Abrus Dai et Zhang,2002的5个近似种:锥尾柔突叶蝉A.coneus Dai Zhang,2002、道真柔突叶蝉A.daozhenensis Chen,Yang Li,2012、习水柔突叶蝉A.xishuiensis Yang et Chen,2012、安龙柔突叶蝉A.anlongensis Chen,Yang Li,2012和短茎柔突叶蝉A.brecis Dai et Zhang,2002,通过PCR扩增首次获得了COI序列;使用MEGA 6.06软件,分析了其序列组成及变异,计算了遗传距离,以平额叶蝉属Flatfronta Chen et Li,1997的叉突平额叶蝉F.pronga为外群,利用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建了系统发育树。结果显示:Abrus五种的COI序列比对、碱基组成成分存在差异;5种柔突叶蝉COI基因的种间遗传距离为0.011~0.095,属间遗传距离为0.069~0.096,表明COI基因序列可作为DNA条形码候选基因片段,但基于遗传距离方法用于柔突叶蝉近似属、种的分子鉴定时其效率并不高。系统发育树的拓扑结构显示,5个近似种的亲缘关系基本一致,各自聚为一支,且置信值均达96%以上。本文结合系统发育树和BPP及MCMCTREE对其近缘种物种分化时间估计进行了分析和讨论。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
序列分子系统发育论文参考文献
[1].王美美,张建中,李凤琴.基于内转录间隔区和β-微管蛋白部分基因及相关序列扩增多态性分子标记技术推断红曲霉系统发育关系[J].中国食品卫生杂志.2018
[2].姚亚林,陈祥盛,杨琳.基于COI基因序列片段的柔突叶蝉属部分近缘种分子鉴定与系统发育[J].山地农业生物学报.2018
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[5].智妍,李新,刘家宇,葛振萍,赵喆.基于28SrRNA基因序列的中国寄蝇亚科部分种类分子系统发育研究(双翅目:寄蝇科)[J].基因组学与应用生物学.2016
[6].赵文静,张春林,陈汉彬,张晶,刘彬.基于COI与ITS序列的杂鳞库蚊复组(双翅目:蚊科)分子系统发育[J].环境昆虫学报.2016
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[8].颜彦,陈雪婷,陈家献,冯慧敏,武耀廷.芭蕉属植物基于rDNAITS序列的分子系统发育[J].分子植物育种.2016
[9].汪家旭,苏成豪,黄建炜,叶曦,李国伟.基于核糖体RNAITS1-5.8S-ITS2基因序列的十二指肠钩虫分子系统发育分析[J].中国人兽共患病学报.2015
[10].李东海.中国沙蜥属部分物种线粒体基因组全序列分析及其分子系统发育研究[D].兰州大学.2014
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