一、乙型、丁型肝炎病毒诊断基因芯片制备的初步实验研究(论文文献综述)
谷雷雷[1](2013)在《暴发性乙型肝炎宿主遗传因素与遗传性肝病诊断研究》文中研究指明目的:本研究第一部分探索性筛选可能与暴发性乙型病毒性肝炎(暴发性乙型肝炎,FHB)发病相关的宿主遗传因素,并通过构建小鼠模型进行动物实验研究筛选出的相关基因在FHB发病机制中的可能作用。研究的第二部分通过对Ⅰa型糖原累积症(GSD-Ⅰa)和肝豆状核变性(WD)致病基因进行突变分析对相应疾病提供确诊依据并寻找新的致病突变。方法:第一部分研究对10个不相关的FHB患者基因组DNA全外显子组进行高通量测序。通过生物信息学分析策略筛选可能影响蛋白功能的基因突变。在282名包括无症状自限性感染(ASL)、急性乙型肝炎(AHB)及慢性乙型肝炎(CHB)患者组成的对照组中用直接DNA测序验证候选FHB相关基因变异。分别转染野生型和突变型TLR2表达质粒到HEK293细胞中研究突变蛋白的功能变化。通过尾静脉高压注射HBV质粒到Tlr2基因缺陷小鼠和C57BL/6小鼠构建HBV转染小鼠模型。采集不同时间点的小鼠血清标本检测血清谷氨酸氨基转移酶(ALT)、乙肝表面抗原(HBsAg)、乙肝e抗原(HBeAg)及HBV DNA指标。第二部分研究对GSD-Ⅰa致病基因G6PC和WD致病基因ATP7B的基因进行直接DNA测序和突变分析。通过对100名健康人的基因组DNA直接测序验证发现的新突变。应用Rsa I限制性内切酶消化实验验证在GSD-Ⅰa患者中新发现的突变。结果:第一部分研究中筛选出位于11个基因上的12个改变蛋白功能的新发基因变异,分别是AOAH、APPL1、C5、CYLD、IL1RL1、ITSN2、NPC1、TLR2、TNFRSF17、UNG及XRCC5基因。有至少6个基因直接或间接参与NF-κB细胞信号通路。位于TLR2基因上的同一突变F679I存在于2个不相关FHB患者中,体外细胞实验证实此突变造成蛋白功能缺失,进一步的小鼠实验发现转染HBV质粒后Tlr2缺陷小鼠较C57BL/6背景鼠有更高的血清ALT水平。第二部分研究在1名GSD-Ⅰa患者中检测出1个新发终止密码框移突变p.*358Yext*43,在WD患者中检测出4个新发突变I116T、A982T、G1030D、W1353*,11名WD患者也依据基因突变分析明确了诊断。结论:本研究是国际上首次应用全外显子组测序筛选出FHB发病相关宿主遗传变异。筛选出的变异基因超过一半与NF-κB细胞信号通路有联系,提示此信号通路在FHB致病机制中发挥重要作用。TLR2的体外细胞实验及小鼠体内实验也强有力地提示TLR2可能与病毒相互作用并参与到机体早期抗HBV感染防御过程中。通过基因突变分析不仅可以为遗传性肝病患者明确诊断,检测到的新发突变也增加了相应致病基因的突变谱。
孙朝晖[2](2006)在《基因芯片在病毒性肝炎分子诊断及基因表达谱研究中的应用》文中指出肝炎病毒是引起急慢病毒性肝炎的主要致病原因之一,全球范围内有5亿多人感染了慢性肝炎。病毒性肝炎传染性强、传播途径复杂、流行面广和发病率高,可演变为慢性肝炎、肝硬化以及肝细胞癌(Hepatocellular Carcinoma,HCC)。建立早期、敏感的方法对肝炎的诊断和预防将是目前控制肝炎继续发展的重要途径。乙型病毒性肝炎在我国是高流行区,已成为一个重要的健康问题,年发病率为158/10万,现患慢性肝炎的病人约为1800万人,其中40%的患者逐渐发展为更为严重的各种肝并发症,包括肝硬化和HCC等,而受乙型肝炎病毒(HBV)慢性感染的人群罹患HCC的相对危险性比正常人群至少增加300倍;丙型肝炎在我国整体人群流行率为1~3%,丙型肝炎病毒(HCV)感染约70%~80%会转为慢性,远远高于乙型肝炎的慢性化率(5%~10%),约20%会发展成肝硬化,其中约5%在20~30年内发展为HCC。到目前为此,没有十分有效的方法来防止和控制HCV的感染,也没有较为有效的疫苗,所以建立早期诊断HCV感染的方法十分重要。HCV有多种基因型,不同HCV基因型感染所致疾病的严重程度不同,1型及混合型较重,2型较轻,不同基因型对干扰素(IFN)应答及病毒血症水平存
孙朝晖,郑文岭,张宝,石嵘,马文丽[3](2003)在《乙型、丁型肝炎病毒诊断基因芯片制备的初步实验研究》文中指出目的 制备联合检测乙型、丁型肝炎病毒基因芯片并进行杂交验证。方法 利用Primer 5 .0软件分别针对乙型、丁型肝炎病毒基因保守区域设计多对PCR引物 ,纯化PCR扩增产物 ,扩增后的产物克隆至 pMD18 T载体 ,提取阳性克隆质粒进行测序分析及鉴定。用芯片点样仪将PCR产物点到玻片上制备成基因芯片。样品标记采用限制性显示技术 ,样品标记后进行杂交。结果 运用PCR技术 ,得到多个乙型、丁型肝炎病毒特异性基因片段。序列分析表明 ,所扩增的片段均属于HBV、HDV特异基因。杂交结果显示 ,样品和乙型、丁型肝炎诊断基因芯片杂交的敏感性和特异性均佳。结论 利用PCR扩增产物制备乙型、丁型诊断基因芯片是一种快速、简便的实用方法 ,有着广阔的应用前景。另外 ,利用限制性显示技术标记样品可为进一步更多种肝炎病毒的混和检测奠定基础。
高英堂[4](2003)在《肝炎病毒(HBV、HCV)基因诊断芯片的研制和新型肝炎病毒SENV的实验研究》文中指出HBV和HCV是临床上最常见、危害最大的两种肝炎病毒,其长期持续的慢性感染与肝硬化、肝癌的发生发展密切相关。随着人们对肝炎病毒认识的不断深入,尤其是肝炎病毒基因组学研究的进展,使临床上现有的血清免疫学方法和以单一PCR技术为主的检测方法其局限性越来越明显,由于不能真实、全面地反映患者体内病毒基因组的各种变异和动态变化,对患者个体的针对性诊断和治疗也受到很大限制。为及时将肝炎病毒的基因研究成果应用于临床实践,需要利用新的分子生物医学技术,研究和开发肝炎病毒的新型诊断方法和诊断试剂。据此,我们重点研究了HBV和HCV基因诊断芯片的制备、应用,以及新型肝炎病毒SENV的实验研究。本文涉及的实验方法包括生物信息学分析(即芯片上探针和PCR引物的设计、测序序列的检索和比对)、探针和PCR引物的合成、PCR产物直接测序、基因芯片上探针的点样制备方法、血清中病毒的提取方法、PCR扩增和地高辛标记、分子杂交及显色、芯片杂交结果的数据处理等。芯片制备过程中的优化环节包括:尼龙膜型号和探针固定照射剂量的选择,探针3′末端加尾碱基数的确定,利用探针的互补寡核苷酸序列和部分PCR产物的测序验证芯片杂交的特异性,利用PCR扩增直接参入地高辛信号分子,分析其长度、浓度及杂交时间对杂交信号的影响,比较了HBV标本的不同处理方法和不同PCR引物组合的扩增效率。经过二年多的反复实验研究,初步完成HBV基因芯片、HCV基因芯片和HBV、HCV联检芯片的制备。在HBV基因芯片的研制过程中,先后制备了HBV-450S、HBV-90S、HBV-120S、HBV-P/S区75S和HBV-C/X区25S等不同点阵数的基因芯片。最早的HBV-450S芯片包含的基因信息最丰富,理论上可检测HBV的7种基因型、4种血清亚型、4个P基因耐药相关的突变位点、2个S抗原突变位点、6个C区变异和X区的缺失突变,但部分探针特异性较差。在随后的改进中,HBV-P/S区75S是目前临床实验研究较好的芯片,对基因型、血清亚型和拉米夫定耐药突变均能特异检测。同时,利用制备的HBV基因芯片,对45例纳入葛兰素威康公司评价新药拉米夫定疗效临床研究的乙肝患者、270例三中心医院的门诊慢性乙型肝炎患者和466例来自6个
孙朝晖,郑文岭,毛向明,张宝,吕梁,马晓冬,石嵘,马文丽[5](2003)在《应用PCR快速制备乙型、丁型肝炎病毒诊断基因芯片探针》文中提出目的应用PCR技术扩增乙型、丁型肝炎病毒保守区域基因片段,并进行克隆、测序分析,制备联合诊断乙型、丁型肝炎病毒基因芯片探针。方法利用Oligo6.4软件分别针对乙型、丁型肝炎病毒基因保守区域设计PCR引物,纯化PCR扩增产物,扩增后的产物克隆至pMD18-T载体并进行快速鉴定,提取阳性克隆质粒进行测序分析及鉴定。结果获得多个乙型、丁型肝炎特异性基因片段。序列分析表明,所扩增的片段均属于乙型、丁型肝炎病毒特异基因。结论利用PCR扩增产物制备基因芯片探针是一种快速、简便的实用方法。
孙朝晖,郑文岭,张宝,石嵘,马文丽[6](2004)在《乙型肝炎、丁型肝炎病毒联合诊断芯片制备的初步研究》文中研究说明目的 制备联合检测乙型肝炎病毒 (HBV)、丁型肝炎病毒 (HDV)基因芯片并进行杂交验证。方法 利用PrimerPremier5 0分别针对HBV、HDV基因保守区域设计多对PCR引物 ,扩增后的产物克隆至pMD18 T载体 ,提取阳性克隆质粒进行测序分析鉴定。用PixSys 5 5 0 0芯片打印仪将PCR产物打印在氨基修饰的玻片上制备成检测芯片。样品荧光标记采用限制性显示 (RD)技术 ,标记后进行杂交验证分析。结果 序列分析表明 ,运用PCR技术得到的多个基因片段均属于HBV、HDV特异基因。杂交结果显示 ,敏感性、特异性、重复性等指标均佳。结论 利用PCR扩增产物作为探针制备HBV、HDV联合诊断芯片是一种快速、简便的实用方法 ,有着广阔的应用前景 ;利用RD技术标记样品可提高多种肝炎病毒混合检测的敏感性。
孙朝晖,郑文岭,张宝,石嵘,马文丽[7](2004)在《基因芯片技术检测丁型肝炎病毒的研究》文中提出目的制备检测丁型肝炎病毒(HDV) 基因芯片。方法针对HDV基因保守区域设计多对PCR引物。用芯片点样仪将PCR产物点到玻片上制成基因芯片。样品标记采用限制性显示技术,样品标记后进行杂交。结果运用PCR技术得到多个HDV特异性基因片段,序列分析表明,所扩增的片段均属于HDV特异基因。杂交结果显示,样品和HDV诊断基因芯片杂交的敏感性和特异性均佳。结论用基因芯片检测HDV具有敏感、高效、检测结果可靠的优点,有着较大的应用前景。
王铭杰[8](2018)在《乙肝相关肝纤维化宿主表达谱及病毒谱研究》文中提出背景和目的:乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)感染是严重的全球公共卫生问题,慢性HBV感染所致的肝纤维化(liver fibrosis,LF)是发病率和致死率较高的肝脏相关疾病。目前HBV相关肝纤维化(HBV-LF)的发病机制尚不明确。HBV-LF是病毒与宿主长期相互作用的结果,要全面地研究HBV-LF的发病机制,必须从宿主因素和病毒因素两个方面进行探索。本研究通过对HBV相关肝纤维化患者的肝组织基因表达谱和血清病毒准种进行大数据分析,深入探讨引起LF发生发展的宿主和病毒因素。内容及方法:共入组124例慢性HBV感染患者进行肝组织表达谱芯片检测,通过整合的生物信息学分析,筛选可能在LF中发挥重要作用的通路和关键基因。进而通过细胞实验证实特定基因的作用机制,并用血清学检测分析其对肝纤维化的无创诊断效能。为研究病毒因素的影响,本研究还入组107例HBV不同感染阶段的患者血清样本,利用二代测序(Next generation sequencing,NGS)检测HBV全长准种,通过开发一套完整的准种分析软件,深入分析病毒准种与LF的相关性,并利用机器学习算法建立肝纤维化诊断模型,分析其在LF无创诊断中的效能。结果:第一部分研究中,通过HBV-LF患者的表达谱研究,发现LF进展中的动态调控过程,筛选出TGFβ信号转导和上皮间质细胞转换为参与LF启动和进展的重要通路,鉴定出ITGBL1为调控HBV-LF的关键基因。第二部分细胞学实验证实ITGBL1通过上调TGFβ1促进LF进展,而且与肝纤维化程度显着相关。第三部分通过检测慢性HBV感染者血清中ITGBL1水平并构建诊断模型,结果发现其作为肝纤维化无创诊断模型的效能有限。第四部分构建了可用于病毒准种高通量测序数据分析的软件QAP,其具备多样化的分析工具和运行模式。第五部分中使用QAP软件,对HBV不同感染阶段患者的病毒准种构成进行定量比较,发现LF患者的病毒谱系与其他感染阶段存在显着差异,通过机器学习构建的无创诊断模型对肝纤维化的诊断准确率达到100%。结论:本研究通过大规模的表达谱分析了HBV-LF过程中的分子机制,鉴定并证实了关键基因ITGBL1在HBV-LF中的作用。研发了一款病毒准种高通量测序分析软件,并用于深入描述HBV-LF的病毒谱特征,在国际上首次建立了基于HBV准种特征的高效的HBV-LF新型无创诊断模型。
马超[9](2018)在《基于纳米磁分离和化学发光的肝炎分子检测新技术研究》文中研究指明随着纳米技术的迅速发展,纳米材料逐渐被应用到生命科学与医学领域中,从而为生命科学与医学的研究和发展提供了新的技术和手段。磁性纳米颗粒(magnetic nanoparticles,MNPs)作为纳米材料的一个重要组成部分,目前已被广泛应用于各种生物分子的检测等方面。化学发光具有安全、高灵敏度、线性范围宽等特点,为疾病的分子检测提供了一个良好的平台。本论文以肝炎为检测对象,结合化学发光和磁分离技术的优点,建立了几种快速、高通量、灵敏和实用的肝炎分子检测新技术。具体内容包括:1.功能化磁性纳米颗粒的制备及在核酸提取中应用为提高磁性纳米颗粒功能化结合分子检测探针量,本章在进行乙肝样本高灵敏检测研究前对传统功能化磁性纳米颗粒的制备方法进行了改进,首先采用软模板法制备Fe304磁性纳米颗粒,并进行包被SiO2实验。包被前平均直径为500 nm,且为圆颗粒,大小比较均一,具有超顺磁性,饱和磁化强度为1.7374emu/g,制备的包被SiO2复合Fe3O4颗粒大小,平均粒径为700nm,制备后的Fe3O4@SiO2具有明显的核壳结构,具有较好的分散性,颗粒为圆形,大小均一。将磁性纳米颗粒应用于细菌和全血样本核酸提取中均获得良好的提取效果,有望开发出磁珠分离法核酸提取试剂盒。2.基于功能化磁性纳米颗粒的肝炎核酸分子提取及扩增首先针对不同来源的两种乙肝核酸提取方法提取效果进行比较分析,并对提取出来的乙肝核酸样品进行验证性实验分析。结果发现,血清肝炎病毒核酸提取量虽少,但可以应用于PCR扩增,而应用于全基因组扩增效果较差。与此同时,全血中核酸提取量较高,一方面可以用于PCR扩增,还可应用于全基因组扩增技术,这样就起到了对肝炎核酸分子富集放大的作用。经过全基因组扩增的全血乙肝核酸DNA还可以进行PCR扩增。本章还对全血乙肝核酸DNA的全基因组扩增条件进行优化分析,这为今后利用化学发光的高通量多样本测定乙肝分子检测打下了基础。3.基于纳米磁分离和化学发光的乙肝PCR扩增检测方法的建立及优化本章以生物素标记的乙肝HBV DNA为目标分子,建立了一种乙肝核酸分子的化学发光杂交检测方法,结果表明,该方法的特异性较好。通过对检测体系中涉及到的多种实验条件进行优化处理,对整个检测方法有了更深入的了解,并得出了最优化的实验条件,有望提高该方法的检测灵敏度。优化的实验条件如下:最佳颗粒含量为100 μg;SA修饰MNPs的最佳浓度为0.1 mM;氨基化探针的最佳修饰浓度为2 μM;最佳杂交温度为45℃;最佳杂交时间为30 min;该方法在低浓度范围10-10000 copies/mL内,信号强度呈线性关系,检测灵敏度达 10copies/mL。4.基于纳米磁分离和化学发光的乙肝全基因扩增检测方法的建立及优化以磁珠法全血乙肝提取DNA做模板,同时以HBV基因探针为内标,进行生物素标记的包含乙肝HBV的全血全基因组扩增,从而建立了一种乙肝核酸全基因扩增标记的化学发光杂交检测方法。通过全基因组扩增技术进行乙肝HBV的化学发光检测,有利于进一步提高该方法的检测灵敏度。结果表明,该方法的特异性较好,化学发光的杂交效率有较大的提高,优化实验条件结果如下:最佳颗粒含量为80μg;SA修饰MNPs的最佳浓度为0.1 mM;氨基化探针的最佳修饰浓度为100 μM;最佳杂交时间为40 min。5.基于环介导等温扩增(LAMP)和化学发光的病毒检测方法目前临床上用于病毒检测的方法有很多,如聚合酶链式反应(PCR)、实时荧光定量PCR(real-time qPCR)、酶联免疫吸附(ELISA)以及化学发光(CL)检测等。在这些检测技术中,基于核酸杂交的化学发光检测技术已经被广泛应用于检测乙肝、丙肝和艾滋病毒的临床检测。然而传统化学发光检测不仅需要通过聚合酶链反应(PCR)来得到有效的目标DNA,以便用于杂交,也需要长时间复杂的热循环过程和昂贵的实验仪器,这些方面的不足使得这一方法并不适合于医疗条件相对较低的社区医院或现场检测等情况。环介导等温扩增技术(LAMP)能够让核酸在等温的条件下快速且高特异性地进行核酸扩增,避免了 PCR长时间复杂的热循环过程和昂贵的实验仪器。本论文探索了一种基于逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)和化学发光相结合的办法检测RNA病毒。在LAMP扩增中加入biotin-11-dUTP使扩增产物带上生物素标记,再经过与特异性探针杂交,最后利用ALP-AMPPD化学发光反应体系判断样本中是否含有病毒核酸,以达到病原体检测目的。本论文优化了 LAMP扩增和探针杂交的相关条件,如LAMP反应温度、杂交时间、杂交温度、探针浓度等。确定了反应温度为65℃和61℃时对HBV和HCV基因的扩增效率最佳;探针浓度为10 μM,杂交时间为50 min时,对于HBV和HCV探针杂交效果最佳;然而,HBV基因最佳杂交温度为45℃,HCV探针的最佳杂交温度也为45℃。最后,通过灵敏度检测实验,我们得到本方法可以检测出103拷贝/mL的HCV-DNA和HCV-RNA。本方法相比于传统的基于PCR的化学发光检测,检测时间缩短了近1 h。此方法因基于LAMP扩增和核酸杂交,故在核酸检测方面具有高度特异性。此方法简化了检测过程,更容易实现自动化,因此在临床和现场筛查上有着广泛的应用前景。6.功能化PS微球在乙型肝炎病毒表面抗原的分子检测应用探索研究制备了一种新型的、无皂乳液聚合技术,制备了粒径合理(约400 nm)的单分散氨基官能化聚合物微球。通过扫描电子显微镜(SEM)、Zeta电位和傅立叶变换红外光谱仪(FT-IR)等各种表征方法表明,氨基基团已成功地引入到聚苯乙烯的微球表面,而且所制备的氨基化微球具有均匀的尺寸和良好的分散性等特性。随后通过将这种功能化微球固定化单克隆抗体并富集成功,从而以制备的功能化微球作为载体建立了一种基于化学发光酶联免疫分析法(ELISA)方法应用于乙肝病毒表面抗原(HBsAg)的分子检测新技术。这种新的化学发光ELISA检测证明具有较好的特异性,且在使用ALP-AMPPD特定的化学发光系统中HBsAg的分子检测灵敏度较高。
薛斐[10](2014)在《CHIKV、SINV和JEV可视化基因芯片的建立及初步应用》文中指出基孔肯雅病毒(Chikungunya Virus, CHIKV)和辛德毕斯病毒(Sindbis Virus, SINV)是甲病毒属单链RNA病毒,经蚊虫传播,在世界范围内广泛分布,有致病快,传播迅速等特点,其流行对世界公共安全造成威胁。目前缺乏对两种病毒引起疾病的有效治疗药物,因此,对两种病毒快速有效地进行诊断是预防控制和减缓病毒传播的重要措施。乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus, JEV)是RNA病毒,能引发病毒性的脑炎,经库蚊等在动物与人之间传播。在亚洲的东部和南部及太平洋等地区广泛流行。目前已应用乙型脑炎疫苗防治,但尚缺乏特异性抗病毒药物,因此,对乙型脑炎的早期诊断显得极为重要。基因芯片技术(Gene Chip Technology)有较高的特异性和灵敏度及高通量等特点,在对环境和临床检测上有良好的应用。目前有多种基因芯片技术,以荧光、同位素、酶标标记在核酸检测中比较普遍。但有灵敏度较低,操作复杂,对条件和设备有着较高的要求等问题,限制了这类技术在检测病例中的应用。纳米金标记比荧光标记检测在敏感性上高100倍,简便快速,不需特殊的仪器,结果肉眼可看见。本文将纳米金标记技术应用在可视化基因芯片制备中,旨在建立对CHIKV、SINV和JEV进行快速、准确、价廉、操作简单的诊断研究的可视化基因芯片方法,分别探讨了CHIKV和SINV荧光检测基因芯片和可视化检测基因芯片的制备及两者的比较与JEV可视化分型基因芯片的制备。主要内容包括:一、CHIKV和SINV可视化检测基因芯片和荧光检测基因芯片的研制及两者之间的比较本实验室已初步建立了CHIKV和SINV荧光检测基因芯片,在此基础上,建立了两种病毒可视化检测基因芯片和荧光检测基因芯片。我们以已有CHIKV和SINV E基因序列为模板,重新设计检测探针和引物并对探针进行氨基修饰,对引物进行荧光素/生物素修饰。使用芯片点样仪对探针进行点样,在37℃的湿润环境下将检测探针固定到醛基玻片上,同时,以分别含CHIKV和SINV E基因的质粒为模板扩增待检测片段,变性后杂交到探针芯片,洗脱后荧光标记基因芯片通过特殊扫描仪扫描分析结果,而可视化基因芯片利用生物素与链霉亲和素高度亲和的特性在检测芯片上标记纳米金,银增强实现可视化。以酶切鉴定正确的CHIKV和SINV E基因序列为模板反向转录为RNA模拟真实的CHIKV和SINV RNA,将CHIKV和SINV RNA分别与提取的PRRSV,JEV-III,AIV RNA混合逆转录获得cDNA,PCR电泳鉴定各病毒cDNA的存在,使用CHIKV和SINV特异引物对各种病毒PCR扩增靶序列并与探针芯片杂交进行可视化基因芯片特异性实验,同时也进行灵敏度、重复性试验,结果显示,可视化基因芯片比荧光检测芯片方法对CHIKV和SINV的灵敏度检测结果分别为2.4×10-6ng/mL,2.0×10-8ng/mL和2.4×10-4ng/mL,2.0×10-5ng/mL,两者与PCR方法比较差异显着,可视化基因芯片比荧光检测芯片灵敏度可高出100倍,并且可视化基因芯片检测方法对两种病毒都具有良好的特异性和重复性。二、JEV可视化分型基因芯片的研制本实验室已初步建立了JEV荧光分型基因芯片,以此为基础建立了JEV可视化分型基因芯片。将已设计的氨基修饰检测探针点样并固定到醛基玻片上,同时,对已有引物序列5’末端进行生物素修饰,以已有的分别含乙型脑炎病毒I型(JEV-I)和乙型脑炎病毒III型(JEV-III)的PrM和E基因序列的质粒为模板扩增待检测目的片段,变性后杂交到检测探针芯片,利用生物素与链霉亲和素高度亲和的特性在检测芯片上标记纳米金,银增强实现可视化。进行灵敏度、特异性和重复性试验,结果显示,JEV分型可视化基因芯片检测到JEV-I和JEV-III的灵敏度分别为8.1×105拷贝数/mL和7.9×105拷贝数/mL,且具有良好的特异性和重复性。
二、乙型、丁型肝炎病毒诊断基因芯片制备的初步实验研究(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、乙型、丁型肝炎病毒诊断基因芯片制备的初步实验研究(论文提纲范文)
(1)暴发性乙型肝炎宿主遗传因素与遗传性肝病诊断研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
符号说明 |
绪论 |
1 暴发性乙型肝炎相关宿主遗传因素及其致病机制的研究 |
1.1 引言 |
1.1.1 影响HBV感染转归的宿主基因变异研究 |
1.1.2 HBV与宿主相互作用机制的研究 |
1.1.3 宿主基因变异研究、病毒与宿主相互作用研究中存在的问题 |
1.2 研究对象和方法 |
1.2.1 研究对象 |
1.2.2 材料与方法 |
1.3 结果 |
1.3.1 FHB发病相关的候选基因筛选结果 |
1.3.2 FHB发病相关候选基因功能与蛋白间相互作用分析结果 |
1.3.3 TLR2蛋白直系同源物进行多序列比对(MSA)结果 |
1.3.4 突变TLR2蛋白TIR结构域的空间构象预测结果 |
1.3.5 突变TLR2体外实验结果 |
1.3.6 FHB患者血浆HBV DNA基因型与突变分析结果 |
1.3.7 构建HBV质粒转染Tlr2基因敲除小鼠模型的实验结果 |
1.4 讨论 |
1.4.1 全外显子组测序在FHB发病相关基因筛选中的应用 |
1.4.2 候选基因功能和相关细胞信号通路的发现 |
1.4.3 TLR2基因突变(F6791)影响其编码蛋白的结构和功能 |
1.4.4 相关HBV病毒突变在FHB发病中的作用 |
1.4.5 Tlr2基因缺陷的小鼠转染HBV质粒后肝脏损伤情况 |
1.5 结论 |
2 基因突变分析在单基因遗传性肝病诊断中的应用 |
2.1 引言 |
2.1.1 Ⅰa型糖原累积症(Glycogen Storage Disease Type Ⅰa,GSD-Ⅰa) |
2.1.2 肝豆状核变性(Wilson's Disease,WD) |
2.2 研究对象与方法 |
2.2.1 研究对象 |
2.2.2 材料与方法 |
2.3 结果 |
2.3.1 GSD-Ⅰa分子遗传学分析结果 |
2.3.2 WD分子遗传学分析结果 |
2.4 讨论 |
2.4.1 基因突变分析在GSD-Ⅰa诊断中的应用 |
2.4.2 基因突变分析在WD诊断中的应用 |
2.5 结论 |
参考文献 |
致谢 |
攻读学位期间取得的主要成绩 |
(2)基因芯片在病毒性肝炎分子诊断及基因表达谱研究中的应用(论文提纲范文)
中文摘要 |
ABSTRACT |
前言 |
第一章 肝炎病毒联合诊断cDNA芯片的制备与应用 |
1.1 材料与方法 |
1.2 结果 |
1.3 讨论 |
第二章 肝炎病毒诊断分型寡核苷酸芯片的制备与应用 |
2.1 材料与方法 |
2.2 结果 |
2.3 讨论 |
第三章 利用寡核苷酸芯片对乙型肝炎基因表达谱的研究 |
3.1 材料与方法 |
3.2 结果 |
3.3 讨论 |
结论 |
参考文献 |
附录:英文缩写词表 |
攻读学位期间发表论文 |
致谢 |
原创性声明及版权使用授权说明 |
(3)乙型、丁型肝炎病毒诊断基因芯片制备的初步实验研究(论文提纲范文)
材料与方法 |
一、材料 |
二、方法 |
(一) 制备探针 |
(二) PCR产物的克隆、鉴定 |
(三) 芯片打印 |
(四) 样品标记 |
(五) 预杂交 |
(六) 杂交 |
(七) 检测分析 |
结果 |
一、PCR产物反应结果 (见图2, 图3) |
二、序列分析 |
三、基因芯片杂交信号扫描结果 |
讨论 |
(4)肝炎病毒(HBV、HCV)基因诊断芯片的研制和新型肝炎病毒SENV的实验研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
英文摘要 |
前言- 国内外研究进展综述 |
一、生物芯片 |
二、肝炎病毒基因诊断的研究进展 |
三、肝炎病毒诊断芯片的研究状况 |
四、SENV 的研究进展 |
材料和方法 |
一、实验材料 |
二、实验方法 |
实验结果 |
一、基因芯片实验体系的优化 |
二、HBV 基因芯片的制备和应用 |
三、HCV 基因分型芯片的研制及应用 |
四、HBV、HCV 联检基因芯片 |
五、SENV 的致病性研究 |
讨论 |
一、肝炎病毒基因芯片制备的方法学 |
二、肝炎病毒基因芯片的临床应用 |
三、SENV 的临床检测实验研究 |
结论 |
参考文献 |
附录 (材料和方法的图表) |
致谢 |
(6)乙型肝炎、丁型肝炎病毒联合诊断芯片制备的初步研究(论文提纲范文)
1 材料与方法 |
1.1 材料 |
1.2 方法 |
1.2.1 制备探针 |
1.2.2 芯片打印 |
1.2.3 限制性显示 (restriction display, RD) 技术[3, 4]标记样品 |
1.2.4 预杂交、杂交 |
1.2.5 检测分析 |
1.2.6 分子克隆、测序鉴定 |
2 结 果 |
2.1 HBV PCR产物反应结果 |
2.2 HBV PCR产物反应结果 |
2.3 序列分析 |
2.4 基因芯片杂交信号扫描结果分析 |
3 讨 论 |
(8)乙肝相关肝纤维化宿主表达谱及病毒谱研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
ABSTRACT |
简称及符号说明 |
绪论 |
1. 乙型肝炎病毒 |
2. 肝纤维化的发生机制 |
3. 乙型肝炎病毒与肝纤维化的潜在关联 |
4. 肝纤维化的评估 |
第一部分 HBV相关肝纤维化患者基因表达谱分析 |
引言 |
研究对象与方法 |
结果 |
讨论 |
小结 |
第二部分 ITGBL1在HBV相关肝纤维化中的作用机制 |
引言 |
研究对象与方法 |
结果 |
讨论 |
小结 |
第三部分 血清ITGBL1在HBV相关肝纤维化无创诊断中的应用价值 |
引言 |
研究对象与方法 |
结果 |
讨论 |
小结 |
第四部分 病毒准种高通量测序数据分析平台的建立 |
引言 |
研究对象与方法 |
结果 |
讨论 |
小结 |
第五部分 HBV相关肝纤维化患者的病毒准种研究 |
引言 |
研究对象与方法 |
结果 |
讨论 |
小结 |
结论 |
参考文献 |
致谢 |
附录:学术论文和科研成果目录 |
(9)基于纳米磁分离和化学发光的肝炎分子检测新技术研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
ABSTRACT |
第一章 绪论 |
1.1 磁性纳米颗粒 |
1.1.1 磁性纳米颗粒的性质 |
1.1.2 磁性纳米颗粒的制备方法 |
1.2 化学发光技术 |
1.2.1 化学发光免疫分析技术的基本原理 |
1.2.2 化学发光免疫分析法的类型 |
1.2.2.1 化学发光免疫分析 |
1.2.2.2 化学发光酶免疫分析 |
1.2.2.3 电化学发光免疫分析 |
1.2.3.4 其他化学发光体系 |
1.3 肝炎的分子生物学鉴定方法 |
1.3.1 实时荧光PCR技术 |
1.3.2 基因芯片技术 |
1.3.3 荧光显微镜检测 |
1.3.4 基于纳米材料的生物传感器技术 |
1.3.5 基于Luminol-H_2O_2-HRP化学发光体系的分子检测 |
1.4 磁性纳米颗粒在分子检测研究的研究进展 |
1.5 核酸体外扩增检测技术 |
1.5.1 PCR扩增技术 |
1.5.2 等温扩增技术 |
1.5.3 全基因组扩增技术 |
1.6 问题与展望 |
1.7 本研究的目的和意义 |
1.7.1 研究目的 |
1.7.2 研究意义 |
参考文献 |
第二章 Fe_3O_4磁性纳米颗粒的制备与性能表征 |
2.1 前言 |
2.2 实验材料与方法 |
2.2.1 实验试剂与仪器 |
2.2.1.1 实验试剂 |
2.2.1.2 实验仪器 |
2.2.2 实验方法 |
2.2.2.1 Fe_3O_4磁性纳米颗粒的制备 |
2.2.2.2 Fe_3O_4@SiO_2磁性纳米颗粒的制备 |
2.2.2.3 磁性纳米颗粒的表征 |
2.2.2.4 以Fe_3O_4@SiO_2纳米粒子为吸附剂从大肠杆菌中分离核酸 |
2.2.2.5 PCR验证实验 |
2.3 实验结果与讨论 |
2.3.1 TEM分析 |
2.3.2 扫描电镜分析(SEM) |
2.3.3 Fe_3O_4/SiO_2磁性纳米颗粒的FT-IR光谱图 |
2.3.4 Fe_3O_4/SiO_2磁性纳米颗粒的磁滞回归曲线 |
2.3.5 磁性纳米颗粒的粒径分析 |
2.3.6 核酸提取的初步尝试 |
2.3.7 PCR验证分析 |
2.4 本章小结 |
参考文献 |
第三章 FE3O4@SIO2磁性纳米颗粒在不同来源的DNA提取中的应用研究 |
3.1 前言 |
3.2 实验材料 |
3.2.1 实验试剂 |
3.2.2 实验仪器 |
3.3 实验方法 |
3.3.1 基于磁分离提取全血DNA基本步骤 |
3.3.2 基因组DNA的提取与测定 |
3.3.3 基于MNPs的不同来源DNA的PCR验证 |
3.3.3.1 从大肠杆菌JM 109中提取基因组DNA的16SrDNA基因PCR扩增 |
3.3.3.2 从酵母中提取基因组DNA的18SrDNA基因PCR扩增 |
3.3.3.3 全血基因组DNA GADPH基因的PCR扩增 |
3.3.3.4 HBV DNA的PCR扩增实验 |
3.3.4 限制性酶切鉴定分析 |
3.4 结果与分析 |
3.4.1 从不同来源提取基因组DNA |
3.4.2 PCR验证实验 |
3.4.3 限制性内切酶法分析提取的基因组核酸 |
3.5 本章小结 |
第四章 基于磁性复合颗粒的化学发光乙肝核酸检测方法研究 |
4.1 前言 |
4.2 实验材料与方法 |
4.2.1 实验试剂与仪器 |
4.2.1.1 实验试剂 |
4.2.1.2 实验仪器及耗材 |
4.2.2 实验方法 |
4.2.2.1 HBV-DNA的磁性颗粒提取法 |
4.2.2.2 化学发光检测 |
4.2.2.3 生物素MDNA片段的谓 |
4.2.2.4 最佳磁性复合颗粒用量 |
4.2.2.5 磁性颗粒的最佳羧基化浓度修饰实验 |
4.2.2.6 最佳探针修饰浓度实验 |
4.2.2.7 最佳杂交时间的实验 |
4.2.2.8 不同浓度扩增产物的检测 |
4.3 结果与分析 |
4.3.1 扩增序列的凝胶电泳图片 |
4.3.2 特异性检测 |
4.3.3 磁性纳米颗粒用量的影响 |
4.3.4 羧基化浓度的影响 |
4.3.5 探针浓度对化学发光强度的影响 |
4.3.6 杂交时间对化学发光的影响 |
4.3.7 梯度稀释的扩增产物的检测 |
4.4 本章小结 |
参考文献 |
第五章 基于磁性纳米颗粒和全基因组扩增的全血化学发光检测技术研究 |
5.1 前言 |
5.2 材料与方法 |
5.2.1 实验试剂与仪器 |
5.2.1.1 实验材料 |
5.2.1.2 实验仪器 |
5.2.2 实验方法 |
5.2.2.1 全血DNA提取实验 |
5.2.2.2 全基因组扩增(WGA)与生物素dUTP标记 |
5.2.2.3 WGA产物凝胶电泳 |
5.2.2.4 HBV基因探针与MNPs的结合 |
5.2.2.5 HBV基因的化学发光检测实验 |
5.3 结果与分析 |
5.3.1 全血基因组DNA的提取 |
5.3.2 序列特异性HBV DNA的检测实验 |
5.4 本章小结 |
参考文献 |
第六章 基于环介导等温扩增(LAMP)及化学发光技术的乙肝和丙肝的分子检测方法研究 |
6.1 引言 |
6.2 材料与方法 |
6.2.1 实验材料与仪器 |
6.2.2 实验方法 |
6.2.2.1 HBV-DNA和HCV-RNA提取 |
6.2.2.2 LAMP和RT-LAMP扩增及琼脂糖凝胶电泳验证 |
6.2.2.3 HBV和HCV基因化学发光检测 |
6.3 结果与分析 |
6.3.1 HBV-DNA和HCV-RNA提取 |
6.3.2 LAMP扩增温度优化 |
6.3.3 HBV和HCV基因化学发光检测 |
6.3.4 探针浓度对化学发光的影响 |
6.3.5 杂交温度对化学发光的影响 |
6.3.6 杂交时间对化学发光的影响 |
6.3.7 灵敏度检验 |
6.4 本章小结 |
参考文献 |
第七章 基于聚苯乙烯纳米颗粒和化学发光的乙肝表面抗原的分子检测方法研究 |
7.1 引言 |
7.2 材料与方法 |
7.2.1 化学试剂和材料 |
7.2.2 主要试剂 |
7.2.3 实验仪器 |
7.2.4 实验方法 |
7.2.4.1 氨基功能化聚苯乙烯微球的制备 |
7.2.4.2 醛基化聚苯乙烯微球的制备 |
7.2.4.3 免疫聚苯乙烯纳米颗粒的制备 |
7.2.4.4 免疫聚苯乙烯纳米颗粒的非特异性处理封闭 |
7.2.4.5 乙型肝炎表面抗原的免疫检测 |
7.2.4.6 灵敏性检测实验 |
7.3 表征 |
7.3.1 颗粒形态 |
7.3.2 表面化学分析 |
7.4 结果与讨论 |
7.4.1 氨基化PS微球的制备 |
7.4.2 PS微球的表面特性 |
7.4.3 功能化的PS微球和化学发光法检测乙型肝炎表面抗原 |
7.4.4 特异性实验 |
7.4.5 检测限的确定 |
7.5 本章小结 |
参考文献 |
第八章 总结与展望 |
8.1 论文总结 |
8.2 下一步工作需要解决的问题 |
博士期间的科研成果 |
致谢 |
(10)CHIKV、SINV和JEV可视化基因芯片的建立及初步应用(论文提纲范文)
目录 英文缩略词 摘要 Abstract 前言 第一章 CHIKV 和 SINV E 基因序列分析和已有质粒克隆及鉴定 |
1.1 材料 |
1.1.1 应用软件 |
1.1.2 菌株和质粒 |
1.1.3 主要仪器 |
1.1.4 主要试剂和工具酶 |
1.1.5 溶液配制 |
1.2 方法 |
1.2.1 CHIKV 和 SINV E 基因序列分析 |
1.2.2 CHIKV 和 SINV 质粒的酶切鉴定 |
1.2.3 CHIKV 和 SINV 酶切产物的回收纯化及测序 |
1.2.4 CHIKV 和 SINV 质粒的克隆 |
1.2.5 CHIKV 和 SINV 探针及引物设计 |
1.3 结果 |
1.3.1 CHIKV 和 SINV E 基因序列分析结果 |
1.3.2 分别含 CHIKV 和 SINV E 基因质粒的酶切鉴定结果 |
1.3.3 克隆分别含 CHIKV 和 SINV E 基因质粒的浓度测定 |
1.3.4 CHIKV 和 SINV E 基因片段的测序结果 |
1.3.5 CHIKV 和 SINV 引物探针设计结果 |
1.4 讨论 第二章 CHIKV 和 SINV 荧光基因芯片和可视化基因芯片的制备 |
2.1 材料 |
2.1.1 质粒和病毒 |
2.1.2 主要试剂和工具酶 |
2.1.3 主要仪器 |
2.1.4 主要溶液及配制 |
2.2 方法 |
2.2.1 探针点样、固定、洗脱 |
2.2.2 CHIKV 和 SINV 质粒扩增 |
2.2.3 CHIKV 和 SINV 质粒扩增产物杂交探针芯片 |
2.2.4 荧光检测基因芯片扫描 |
2.2.5 可视化检测基因芯片标记纳米金 |
2.2.6 银增强实现可视化 |
2.2.7 两种检测芯片灵敏度检测 |
2.2.8 两种检测芯片特异性检测 |
2.2.9 两种检测芯片重复性检测 |
2.3 结果 |
2.3.1 检测探针点样矩阵 |
2.3.2 CHIKV 和 SINV 质粒目的片段扩增电泳鉴定结果 |
2.3.3 荧光检测基因芯片结果 |
2.3.4 可视化检测芯片结果 |
2.3.5 两种检测芯片灵敏度检测结果 |
2.3.6 两种检测芯片特异性检测结果 |
2.3.7 可视化检测芯片重复性检测结果 |
2.4 讨论 |
2.4.1 芯片探针点样及固定优化 |
2.4.2 芯片杂交反应条件优化 |
2.4.3 纳米金标记及银增强优化 |
2.4.4 芯片检测结果的判定 第三章 JEV 已有质粒阳性克隆及鉴定 |
3.1 材料 |
3.1.1 菌株和质粒 |
3.1.2 主要试剂 |
3.1.3 主要仪器 |
3.1.4 溶液和培养基配制 |
3.2 方法 |
3.2.1 JEV-III 质粒酶切鉴定 |
3.2.2 JEV-III 酶切产物回收纯化及测序 |
3.2.3 JEV-I 和 JEV-III 已有质粒克隆 |
3.2.4 JEV 鉴别用检测探针、阳性坐标探针和扩增引物设计 |
3.3 结果 |
3.3.1 克隆质粒浓度测定 |
3.3.2 JEV-III 质粒酶切鉴定结果 |
3.3.3 JEV-III 测序结果和 JEV-I 合成序列 |
3.3.4 检测探针、阳性坐标探针及扩增引物设计结果 |
3.4 讨论 第四章 JEV 可视化分型检测基因芯片制备及初步应用 |
4.1 材料 |
4.1.1 病毒和质粒 |
4.1.2 主要试剂 |
4.1.3 主要仪器 |
4.1.4 溶液配制 |
4.2 方法 |
4.2.1 检测探针点样、固定、洗脱 |
4.2.2 JEV 待检测目的片段扩增 |
4.2.3 扩增产物杂交探针芯片 |
4.2.4 基因芯片标记纳米金 |
4.2.5 银增强实现可视化 |
4.2.6 灵敏度检测 |
4.2.7 特异性检测 |
4.2.8 重复性检测 |
4.2.9 JEV 分型可视化基因芯片初步应用 |
4.3 结果 |
4.3.1 JEV 质粒扩增结果 |
4.3.2 可视化检测基因芯片对乙型脑炎分型检测结果 |
4.3.3 灵敏度检测结果 |
4.3.4 特异性检测结果 |
4.3.5 重复性检测结果 |
4.3.6 初步应用检测结果 |
4.4 讨论 结论 参考文献 致谢 文献综述 |
一、CHIKV和SINV危害性及流行情况 |
二、CHIKV和SINV检测方法进展 |
三、JEV危害性及流行情况 |
四、JEV的检测方法研究进展 |
五、基因芯片技术研究进展及应用 |
参考文献 |
摘要 个人简历 参与课题 硕士生期间投稿文章 |
四、乙型、丁型肝炎病毒诊断基因芯片制备的初步实验研究(论文参考文献)
- [1]暴发性乙型肝炎宿主遗传因素与遗传性肝病诊断研究[D]. 谷雷雷. 上海交通大学, 2013
- [2]基因芯片在病毒性肝炎分子诊断及基因表达谱研究中的应用[D]. 孙朝晖. 第一军医大学, 2006(02)
- [3]乙型、丁型肝炎病毒诊断基因芯片制备的初步实验研究[J]. 孙朝晖,郑文岭,张宝,石嵘,马文丽. 肝脏, 2003(04)
- [4]肝炎病毒(HBV、HCV)基因诊断芯片的研制和新型肝炎病毒SENV的实验研究[D]. 高英堂. 南开大学, 2003(04)
- [5]应用PCR快速制备乙型、丁型肝炎病毒诊断基因芯片探针[J]. 孙朝晖,郑文岭,毛向明,张宝,吕梁,马晓冬,石嵘,马文丽. 第一军医大学学报, 2003(07)
- [6]乙型肝炎、丁型肝炎病毒联合诊断芯片制备的初步研究[J]. 孙朝晖,郑文岭,张宝,石嵘,马文丽. 解放军医学杂志, 2004(04)
- [7]基因芯片技术检测丁型肝炎病毒的研究[J]. 孙朝晖,郑文岭,张宝,石嵘,马文丽. 第一军医大学学报, 2004(01)
- [8]乙肝相关肝纤维化宿主表达谱及病毒谱研究[D]. 王铭杰. 上海交通大学, 2018
- [9]基于纳米磁分离和化学发光的肝炎分子检测新技术研究[D]. 马超. 东南大学, 2018(12)
- [10]CHIKV、SINV和JEV可视化基因芯片的建立及初步应用[D]. 薛斐. 中国人民解放军军事医学科学院, 2014(01)