白纹伊蚊光周期性滞育的RNA-seq分析及其生物钟基因period的初步鉴定

论文摘要

背景:白纹伊蚊具有强大的生物入侵能力,光周期性滞育是其度过不利生境的一种生态学适应的可塑性表型,其以卵期滞育越冬,滞育卵抗逆性强,为其在全球的迅速播散以及登革热、寨卡病毒病等虫媒传染病的传播提供了重要的生物学基础。但白纹伊蚊光周期性滞育的分子调控机制目前仍不明晰,因而,本研究主要采用RNA-seq技术等探究白纹伊蚊光周期性滞育的分子调控通路。方法:实验蚊株有白纹伊蚊广州野生株（亚热带具有滞育性品系:GZ株）和海口野生株（热带不具有滞育性品系:HK株）,置于两种处置条件LD/SD（长/短光周期）,进行单只雌蚊滞育诱导及判定,在ZT4（光期）和ZT20（暗期）分别收集,共8组,挑选单只雌蚊所产卵滞育率符合纳入标准的白纹伊蚊雌蚊头部,每组采集25-30只雌蚊头部为1个标本池,设立3个重复,提取总RNA后进行高通量RNA-seq研究。转录组学数据库组装策略为参考基因组组装,进一步在基因及转录本水平分别筛选差异表达基因（DEGs）与差异表达转录本（DETs）,并就DEGs/DETs涉及的生物钟调控通路核心钟基因period进行了初步鉴定。结果:基于白纹伊蚊C6/36参考基因组组装共获得116892条转录本,38416条unigene,其中GZ株转录本数量显著多于HK株;在基因与转录本水平的分析发现,扣除HK株背景,GZ株特有的SD组仅出现在光期差异表达的DEGs 289条,DETs 678条;光期和暗期共有差异表达的DEGs 11条,DETs 47条;仅在暗期差异表达的DEGs 297条,DETs 1216条;光期-暗期振荡的差异表达DEGs 193条,DETs 617条。其中白纹伊蚊核心生物钟基因per等是重要的DEGs/DETs,per基因的差异表达主要表现在转录本水平,初步鉴定发现白纹伊蚊per基因存在较复杂的可变剪切模式,已鉴定per基因有5种不同形式的可变剪切亚型。结论:RNA-seq鉴定白纹伊蚊滞育的光周期调控相关DEGs、DETs分别为790和2358条,其中per等生物钟基因可能参与光周期性滞育调控,per基因的差异表达主要表现在转录本水平,初步鉴定其具有5种不同形式可变剪切亚型。本研究为白纹伊蚊滞育的光周期调控通路的进一步阐明奠定工作基础。

论文目录

文章来源

类型: 硕士论文

作者: 胡甜

导师: 周晓红

关键词: 白纹伊蚊,光周期性滞育,差异表达基因,差异表达转录本,生物钟基因

来源: 南方医科大学

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学,基础医学

单位: 南方医科大学

基金: 广州市健康医疗协同创新重大专项201803040006,201508020263,国家重点研发计划2016YFC1200500,广东省科技计划项目2016A020251001,广州市对外科技合作重点项目2012J5100026

分类号: R384.1

DOI: 10.27003/d.cnki.gojyu.2019.000176

总页数: 73

文件大小: 4839k

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