导读:本文包含了基因组分析论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因组,基因,宏基,叶绿体,脑脊液,线粒体,家族。
基因组分析论文文献综述
黄阿晶,周佳熠,李天泽,邢怡德,高飞[1]（2019）在《基于流式细胞术和K-mer分析的苦豆子基因组大小估测》一文中研究指出目的采用流式细胞术与K-mer分析方法对苦豆子基因组大小及杂合率进行估测,为其全基因组测序提供参考。方法以大豆为内标,通过流式细胞仪检测大豆与苦豆子细胞DNA含量的倍数关系,计算苦豆子的基因组大小。采用二代测序技术进行苦豆子基因组调查测序,使用K-mer分析估测苦豆子基因组大小与杂合率。结果采用流式细胞术测得苦豆子基因组大小约为1 749 Mb。K-mer分析结果表明,苦豆子基因组大小约为1 648 Mb,基因组杂合率为1.12%,杂合率较高。结论苦豆子基因组大小约为1.7 Gb,杂合率较高,后续研究可采用叁代PacBio进行80～100 X深度的测序开展全基因组测序研究。(本文来源于《中草药》期刊2019年24期）
陈青,于法明,刘月芬,刘传文,李慎柯[2]（2019）在《卡培他滨为基础的辅助化疗在结直肠癌中的疗效及相关药物基因组学分析》一文中研究指出[目的]探讨卡培他滨为基础的辅助化疗在结直肠癌患者中的疗效及相关药物基因组学分析。[方法]纳入176例术后接受卡培他滨为基础辅助化疗的结直肠癌患者,收集患者外周血及术后癌组织标本分别进行基因分型及表达测定。多态性位点的基因型和其他变量的相关性通过Logistic回归模型进行分析。不同基因型的激酶插入区受体(kinase insert domain receptor,KDR)表达通过非参检验分析,基因型和预后的单变量分析用Kaplan-Meier生存分析方法,并通过Cox风险比例模型对其他变量进行校正。[结果] 176例患者的中位无疾病生存期(median disease free survival,mDFS)为4.1年,中位总生存期(median overall survival,mOS)为5.2年。药物基因组学分析方面,在KDR的多态性位点中,只发现了4397T>C位点的临床意义。4397T>C位点的分布频率为:TT型95例(53.98%),TC型70例(39.77%),CC型11例(6.25%),最小等位基因频率为0.26,叁种基因型分布频率符合哈迪温伯格平衡(P=0.690)。不同基因型在患者基线临床资料中分布均衡。携带C等位基因的TC/CC型患者和野生型TT型患者的mDFS分别为4.4和3.2年,差异有统计学意义(P=0.012)。TC/CC型和TT基因型患者的mOS分别为5.2年和4.0年,差异有统计学意义(P=0.007)。对OS构建多变量的Cox模型校正后TC/CC基因型对OS的影响仍具有统计学意义(HR=0.55,P=0.011)。另外,进一步在79例术后癌组织标本的mRNA表达分析中发现,4397T>C位点TC/CC基因型患者相对于野生型TT型患者,癌组织标本中KDR mRNA表达水平显着降低(P<0.001)。[结论] KDR基因4397T>C位点可能通过影响KDR mRNA的表达影响结直肠癌患者的预后。(本文来源于《肿瘤学杂志》期刊2019年12期）
杨剑波,唐文,蒯冬灵,秦虎,吴井生[3]（2019）在《梅山猪线粒体基因组全序列测定与分析》一文中研究指出采用PCR测序技术对梅山猪线粒体基因组进行测序,并对其特征进行分析。结果表明,梅山猪线粒体基因组序列全长16 730 bp,包含13个蛋白编码基因,2个rRNA,22个tRNA和1个非编码控制区(D-loop);蛋白编码基因起始密码子分别为ATA(ND2、ND3和ND5),GTG(ND4L),剩余均为ATG,终止密码子分别为TAG(ND1、ND2)、AGA(CytB)、TAA(COX1、ATP8、ATP6、ND4L、ND5和ND6),其余为不完全密码子T;22个tRNA中除tRNA-Ser(AGY)缺少DHU臂外,其余tRNA均可形成典型叁叶草结构;线粒体控制区全长1 294 bp,包括26个串联重复序列(CGTGCGTACA),以及TAS-3、TAS、OH、CSB-1、CSB-2、CSB-3和LSP等保守框。采用MEGA X最大似然法基于线粒体全序列构建进化树,梅山猪(小型)与陆川猪最为相近。(本文来源于《畜牧与兽医》期刊2019年12期）
葛瑛,范思远,陈健华,申奥,窦洪涛[4]（2019）在《隐球菌脑膜炎患者脑脊液宏基因组二代测序结果分析》一文中研究指出目的评价脑脊液宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术在隐球菌脑膜炎诊断中的潜在应用价值。方法回顾性收集北京协和医院2014年1月至2016年12月采用脑脊液mNGS技术辅助确诊的6例隐球菌脑膜炎患者临床资料,包括脑脊液常规、生化、细胞学、培养、墨汁染色等实验室检测结果,应用BGISEQ-100测序平台进行脑脊液病原测序,综合分析患者的临床、实验室和辅助检查结果。结果 6例患者中,男性4例,女性2例,年龄26～53岁,中位年龄51岁。6例患者均无免疫缺陷性疾病,有头痛、脑膜刺激症状及颅内压增高表现,5例患者出现发热,2例患者出现复视。脑脊液常规检查示白细胞和蛋白轻度升高,糖正常或轻度降低; 5例患者脑脊液墨汁染色阳性,4例患者脑脊液隐球菌抗原检测阳性,2例患者脑脊液真菌培养阳性。脑脊液mNGS检测隐球菌核酸序数为108～25 361,基因覆盖率0. 19%～29. 00%; 5例提示新型隐球菌感染,其中3例经PCR检测证实为新型隐球菌感染; 1例提示格特隐球菌感染,经生物质谱仪检测证实为格特隐球菌感染。结论脑脊液mNGS技术可准确判断隐球菌感染,并对鉴别格特隐球菌具有一定优势,有助于降低免疫功能正常人群隐球菌脑膜炎的漏诊率。(本文来源于《协和医学杂志》期刊2019年06期）
颜君,苏培森,李雯,肖桂连,赵炎[5]（2019）在《小麦和粗山羊草Ⅲ类过氧化物酶(PRX)基因家族的全基因组分析》一文中研究指出[研究背景]过氧化物酶(peroxidases)是通过将过氧化氢还原为水来催化许多底物氧化的酶。它们可分为两大类:血红素过氧化物酶和非血红素过氧化物酶。血红素过氧化物酶可进一步分为两大类:动物过氧化物酶和非动物过氧化物酶。非动物过氧化物酶包括叁类过氧化物酶,即Ⅰ类、Ⅱ类和Ⅲ类过氧化物酶。Ⅲ类过氧化物酶(PRX)基因家族是过氧化物酶超家族的一个植物特有的成员,与细胞增长和细胞壁松弛、木质化和木栓化、水果生长和成熟、植物衰老、非生物胁迫应答、生物胁迫应答等多种生理过程密切相关。然而,在小麦和粗山羊草中,其分类、进化历史、基因表达模式尚不清楚。[材料与方法]普通小麦等11种植物的PRX基因家族进行鉴定,隐性马尔科夫模型(HMM)和邻接树(NJ)进行分类。内含子-外显子结构图由Perl和R脚本自动生成。MCScanX鉴定了普通小麦PRX的串联复制和全基因组复制事件。RMAexpress和Mev4.9,研究GEO公共基因芯片的普通小麦PRXs的压力应答表达模式;qRT-PCR验证干旱、激素处理、赤霉病胁迫下的表达模式。网站预测(WoLF PSORT和TargetP)和共焦显微镜研究亚细胞定位。网站预测(PlantCARE42)和启动子测序研究激素应答元件。用"苏麦3号"实验验证。[结果与分析]我们鉴定了普通小麦、乌拉图小麦、粗山羊草的PRXs,分别是374个、159个和169个。结合其他8种植物PRXs的检测结果,将其分为18个亚家族。在V~ⅩⅧ亚家族中,在PRX结构域发现了一个外显子相位组合为"001"的保守外显子-内含子结构。在此基础上,我们提出了一个系统发育模型来推断PRX亚家族的外显子-内含子结构的进化历史。比较基因组分析表明,Ⅶ亚家族可能是最古老的亚家族,且起源于绿藻。进一步综合分析普通小麦PRX基因的染色体位置和共线性关系表明,全基因组复制事件和串联复制事件均对小麦进化过程中普通小麦PRXs的扩增起了促进作用。为了验证这些PRX基因在调节各种生理过程中的功能,利用公共基因芯片数据研究了普通小麦PRXs在不同组织和不同胁迫条件下的表达模式。结果表明,普通小麦不同组织间的PRXs表达模式不同,PRXs可能参与了小麦的生物胁迫和非生物胁迫应答。采用qRT-PCR对干旱、植物激素处理、禾谷镰刀菌感染的样品进行检测,验证了基因芯片普通小麦PRXs表达模式的预测效果。部分TaePRXs亚细胞定位的预测结果与共聚焦显微镜结果一致。我们预测一些TaePRXs的启动子区域具有激素应答的顺式作用元件,并通过测序启动子验证了这些预测的顺式作用元件。[结论]本文对小麦及相关植物的Ⅲ类过氧化物酶基因家族进行了鉴定、分类、进化、表达模式的研究。本研究结果将为进一步研究小麦PRXs的进化和分子机制提供信息。(本文来源于《科技创新与绿色生产——2019年山东省作物学会学术年会论文集》期刊2019-11-29）
赵小波,苑翠玲,孙全喜,闫彩霞,王娟[6]（2019）在《基于全基因组花生VAMP基因鉴定与分析》一文中研究指出囊泡结合膜蛋白(VAMP)是植物定位在囊泡上的囊泡运输基因,其在植物发育以及响应生物和非生物胁迫中发挥重要作用。本研究对花生VAMP基因进行了全基因组鉴定与分析,并对它们在22个组织中的表达模式进行了分析。结果表明:花生VAMP基因家族有62个成员,其中二倍体野生种花生A.duranensis基因组有18个,A.ipaensis基因组有21个,栽培种有41个。表达模式分析表明AdVAMP17与AiVAMP1在大部分组织中均有表达,AdVAMP18与AiVAMP21在花与雌蕊中表达量最高,可能有特异性表达。本研究为进一步分析该家族成员,并深入探讨其在花生的生物学功能和进化模式奠定了基础。(本文来源于《科技创新与绿色生产——2019年山东省作物学会学术年会论文集》期刊2019-11-29）
曾建斌[7]（2019）在《大麦耐碱种质的发掘及碱胁迫相关性状的全基因组关联分析(GWAS)》一文中研究指出[研究背景]土壤盐碱化是作物生产上面临的主要非生物胁迫之一,严重威胁农业的可持续发展及粮食安全。全球近8.3亿公顷的土地受到盐碱胁迫的影响,其中4.34亿公顷是碱化土壤。对作物来说,碱性盐胁迫(碱胁迫)与中性盐胁迫(盐胁迫)是两种不同类型的非生物胁迫。由碱性盐(NaHCO_3和Na_2CO_3)主导的胁迫效应比中性盐(NaCl和Na_2SO_4)对作物造成的危害更大。作物的耐盐性研究已非常广泛和深入,而碱胁迫对作物生长和发育的相关研究却相对匮乏。因此,开展作物的耐碱生理与分子机理研究,培育耐碱作物品种,具有重要的理论与实践价值:[材料与方法]本研究以315份大麦种质为材料,利用水培体系,开展耐碱性评价,设置对照组(正常营养液培养)和处理组(碱胁迫,40 mM)。碱性盐组成和配比分别为:NaHCO_3:Na_2CO_3=49:1,pH=8.5～9.0。处理10d后,获取根系主要表型指标,结合这315份大麦材料的群体遗传结构及分子标记信息,开展全基因组关联分析(GWAS);[结果与分析]研究结果显示,碱胁迫处理抑制大麦根系的生长,根长平均下降超过一半(约56%),敏感的品种根长可下降大约75%,而耐性品种可维持约90%的相对根长比例,品种间差异较大。对照下根长(CK-R)、处理下根长(T-R)和相对根长(T/CK-R)的频次分布均符合正态分布,可用于GWAS分析。其中,与CK-R指标关联的分子标记共有5个,分布在大麦5H和7H染色体上;与T-R相关联的标记仅为1个,位于大麦6H染色体上;与T/CK-R相关联的标记共有8个,分别分布在5条不同的染色体上,其中位于4H染色体上的叁个标记之间的遗传距离非常近,且其中两个标记的效应值最大,可解释的表型变异分别为5.55%和5.32%。碱胁迫下,相对根长(T/CK-R)可作为衡量品种耐性的重要指标。因此,进一步对T/CK-R关联到的位点对应的候选区间(4 Mb跨度)进行候选基因的生物信息学预测。通过比对大麦基因组数据库信息,上述区间内共含有59个候选基因,包括了转录因子、蛋白激酶、钙调蛋白和转运体等一些重要的基因,如响应生长素和GA信号的基因,乙烯响应类转录因子,富含亮氨酸重复序列LRR类蛋白激酶等。通过分析,这些基因不仅参与逆境胁迫响应中信号传导过程,亦与根系的生长发育、离子转运等相关。[结论]本研究筛选到一批典型的耐碱和碱敏感的大麦种质,并鉴定到耐碱相关的遗传位点及候选基因,为揭示大麦的耐碱机理,培育大麦耐碱品种奠定了基础。(本文来源于《科技创新与绿色生产——2019年山东省作物学会学术年会论文集》期刊2019-11-29）
高亚芳,刘莹莹,杨从卫,李国栋,钱子刚[8]（2019）在《金铁锁叶绿体基因组序列及其系统发育分析》一文中研究指出目的解析金铁锁叶绿体基因组结构和确定其在石竹科的系统位置。方法基于二代测序技术IlluminaHiseq平台,对金铁锁叶绿体基因组进行测序,使用生物信息学分析软件进行组装和注释,并以苋科植物千穗谷为外类群,通过RAxM L 8.2.11软件构建ML系统发育树,分析石竹科属间的亲缘关系。结果金铁锁叶绿体基因组总长为153977bp。LSC和SSC区被2个反向重复区域IRs隔开,其大小分别为84 385、17 526、26 033 bp。除去重复后,共编码109个基因,包含75个PCGs,30个tR NA和4个rR NA基因。总的CG含量为36.5%,IR区(42.4%)GC含量明显高于LSC(34.2%)和SSC(30.1%)区。在系统进化树中,金铁锁与长萼瞿麦互为姊妹类群,且各节点的支持率较高,能够清晰反映属间的亲缘关系。结论本研究对金铁锁叶绿体基因组结构进行了解析,并探讨了石竹科属间系统发育关系,为金铁锁种质资源综合评价、系统进化等研究提供有效的科学数据。(本文来源于《中草药》期刊2019年22期）
杨光,孙兰英,段亚东,周双,张鹍[9]（2019）在《基于简化基因组测序的树莓(Rubus corchorifolius)遗传分析》一文中研究指出为了比较不同树莓种间的亲缘关系远近,分析群体的遗传进化关系,开发特异性SNP标记。本试验选用23份栽培种树莓利用简化基因组测序技术SLAF-seq测序,以黑树莓(Rubus occidentalis)基因组为参考基因组进行酶切预测,对照选择粳稻(Oryza sativa spp. japonica)品种日本晴的测序数据进行比对分析。本研究共获得59.93 Mb的读长数据,读长范围在1 960 847～5 046 748之间,对照数据的双端比对效率为95.60%,酶切效率为93.52%,测序质量值Q30平均为95.07%,所有样品GC含量均值为39.16%,共获得425 402个SLAF标签,其中多态性的SLAF标签共有121 610个。获得749 811个有效单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNP),利用这些SNP对23份树莓材料完成系统进化树,群体的PCA分析,从群体结构分析结果发现这23份树莓都来源于同一祖先,只是在生长发育过程中发生了遗传分化。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年22期）
邓雯文,李才武,赵思越,李仁贵,何永果[10]（2019）在《大熊猫源致病大肠杆菌CCHTP全基因组测序及耐药和毒力基因分析》一文中研究指出致病性大肠杆菌是引起动物泌尿系统感染的重要病原菌,本研究对泌尿生殖道感染出现潜血的大熊猫尿液中分离的一株致病性大肠杆菌(Escherichia coli CCHTP)进行全基因组测序,检测其中耐药基因和毒力因子的情况,同时对基因岛上耐药和毒力基因及其基因环境进行研究。研究发现,大肠杆菌CCHTP中存在多种类型的耐药基因,其中外排泵系统基因数量最多,包括mdf A、emr E和mdt N等介导多重耐药外排泵的基因。此外,该菌还携带166种毒力因子及563个相关毒力基因,其中属于黏附与侵袭类的毒力因子及相关基因数量最多。对19个基因岛分析发现,基因岛GIs011和GIs017中各有一段包含耐药和毒力基因的序列,两侧与可移动遗传元件(转座酶和插入序列)相连,这些结构可能介导耐药及毒力基因水平转移。本研究通过全基因组测序分析了大熊猫源致病性大肠杆菌中存在的耐药及毒力基因情况,对大熊猫相关疾病的科学治疗、合理用药有重要意义。(本文来源于《遗传》期刊2019年12期）
基因组分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
[目的]探讨卡培他滨为基础的辅助化疗在结直肠癌患者中的疗效及相关药物基因组学分析。[方法]纳入176例术后接受卡培他滨为基础辅助化疗的结直肠癌患者,收集患者外周血及术后癌组织标本分别进行基因分型及表达测定。多态性位点的基因型和其他变量的相关性通过Logistic回归模型进行分析。不同基因型的激酶插入区受体(kinase insert domain receptor,KDR)表达通过非参检验分析,基因型和预后的单变量分析用Kaplan-Meier生存分析方法,并通过Cox风险比例模型对其他变量进行校正。[结果] 176例患者的中位无疾病生存期(median disease free survival,mDFS)为4.1年,中位总生存期(median overall survival,mOS)为5.2年。药物基因组学分析方面,在KDR的多态性位点中,只发现了4397T>C位点的临床意义。4397T>C位点的分布频率为:TT型95例(53.98%),TC型70例(39.77%),CC型11例(6.25%),最小等位基因频率为0.26,叁种基因型分布频率符合哈迪温伯格平衡(P=0.690)。不同基因型在患者基线临床资料中分布均衡。携带C等位基因的TC/CC型患者和野生型TT型患者的mDFS分别为4.4和3.2年,差异有统计学意义(P=0.012)。TC/CC型和TT基因型患者的mOS分别为5.2年和4.0年,差异有统计学意义(P=0.007)。对OS构建多变量的Cox模型校正后TC/CC基因型对OS的影响仍具有统计学意义(HR=0.55,P=0.011)。另外,进一步在79例术后癌组织标本的mRNA表达分析中发现,4397T>C位点TC/CC基因型患者相对于野生型TT型患者,癌组织标本中KDR mRNA表达水平显着降低(P<0.001)。[结论] KDR基因4397T>C位点可能通过影响KDR mRNA的表达影响结直肠癌患者的预后。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因组分析论文参考文献
[1].黄阿晶,周佳熠,李天泽,邢怡德,高飞.基于流式细胞术和K-mer分析的苦豆子基因组大小估测[J].中草药.2019
[2].陈青,于法明,刘月芬,刘传文,李慎柯.卡培他滨为基础的辅助化疗在结直肠癌中的疗效及相关药物基因组学分析[J].肿瘤学杂志.2019
[3].杨剑波,唐文,蒯冬灵,秦虎,吴井生.梅山猪线粒体基因组全序列测定与分析[J].畜牧与兽医.2019
[4].葛瑛,范思远,陈健华,申奥,窦洪涛.隐球菌脑膜炎患者脑脊液宏基因组二代测序结果分析[J].协和医学杂志.2019
[5].颜君,苏培森,李雯,肖桂连,赵炎.小麦和粗山羊草Ⅲ类过氧化物酶(PRX)基因家族的全基因组分析[C].科技创新与绿色生产——2019年山东省作物学会学术年会论文集.2019
[6].赵小波,苑翠玲,孙全喜,闫彩霞,王娟.基于全基因组花生VAMP基因鉴定与分析[C].科技创新与绿色生产——2019年山东省作物学会学术年会论文集.2019
[7].曾建斌.大麦耐碱种质的发掘及碱胁迫相关性状的全基因组关联分析(GWAS)[C].科技创新与绿色生产——2019年山东省作物学会学术年会论文集.2019
[8].高亚芳,刘莹莹,杨从卫,李国栋,钱子刚.金铁锁叶绿体基因组序列及其系统发育分析[J].中草药.2019
[9].杨光,孙兰英,段亚东,周双,张鹍.基于简化基因组测序的树莓(Rubuscorchorifolius)遗传分析[J].分子植物育种.2019
[10].邓雯文,李才武,赵思越,李仁贵,何永果.大熊猫源致病大肠杆菌CCHTP全基因组测序及耐药和毒力基因分析[J].遗传.2019
论文知识图
