乳腺导管原位癌浸润性进展相关基因的生物信息学研究

乳腺导管原位癌浸润性进展相关基因的生物信息学研究

论文摘要

目的筛选介导乳腺导管原位癌(DCIS)浸润性进展的相关基因。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)公共基因芯片(GEO)数据库下载含正常乳腺(NC)、DCIS和微小浸润乳腺癌(IBC)这3种类型样本的基因芯片;使用R软件包limma分析IBC与DCIS、DCIS与NC之间的差异表达基因;使用STEM软件对上述两组差异表达基因进行趋势分析,筛选出随着NC-DCISIBC的趋势表达水平逐渐变化的基因;对筛选出的差异表达的基因进行KEGG信号通路富集分析。结果通过对差异基因的趋势分析,筛选出12个随着NC-DCIS-IBC的趋势表达显著下调的基因,以及10个显著上调的基因,其中运动神经元和胰腺同源盒1(MNX1)、基质金属蛋白酶1(MMP-1)可能为介导DCIS浸润性进展的相关基因。信号通路富集分析结果显示,磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)、黏附和细胞外基质/受体相互作用3个信号通路分子异常在DCIS发生及浸润性进展中均存在显著异常调控。结论 MNX1、MMP-1可能为介导DCIS浸润性进展的相关基因,PI3K/AKT信号通路可能参与介导MNX1/MMP-1促进DCIS浸润性进展。

论文目录

  • 1 材料和方法
  •   1.1 数据收集
  •   1.2 方法
  •     1.2.1 差异表达基因分析
  •     1.2.2 差异基因表达趋势分析
  •     1.2.3 差异表达基因的信号通路富集分析
  • 2 结果
  •   2.1 IBC与DCIS、DCIS与NC差异表达基因筛选结果
  •   2.2 差异表达基因随DCIS浸润性进展的趋势分析
  •   2.3 差异表达基因的信号通路富集分析结果
  • 3 讨论
  • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 周军,麻怀露,丁晓飞,梁勇,陈光

    关键词: 乳腺癌,乳腺导管原位癌,浸润性癌,生物信息分析

    来源: 浙江医学 2019年12期

    年度: 2019

    分类: 医药卫生科技,基础科学

    专业: 生物学,肿瘤学

    单位: 台州学院医学院药理室

    基金: 国家自然科学基金资助项目(81802657)

    分类号: R737.9;Q811.4

    页码: 1249-1252+1233

    总页数: 5

    文件大小: 1545K

    下载量: 159

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