导读:本文包含了韭葱黄条病毒论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:Leek,yellow,stripe,virus,coat,protein,gene,sequence,analysis
韭葱黄条病毒论文文献综述
郑国华,彭德伟,明艳林[1]（2012）在《韭葱黄条病毒厦门分离物外壳蛋白基因序列分析及其分组》一文中研究指出韭葱黄条病毒(Leek yellow stripe virus,LYSV)是马铃薯Y病毒属(Potyvirus)成员之一,主要侵染韭葱和大蒜两种经济作物,通常与洋葱黄矮病毒(Onion yellow dwarf virus,OYDV)等病毒混合侵染,引起黄化扭曲等症状,严重影响作物的产量和品质。LYSV的基因组为正单链RNA,全长10 296(本文来源于《植物病理学报》期刊2012年06期）
田保华,王永勤,王婵[2]（2012）在《感染北京地区大葱的胡葱黄条病毒外壳蛋白基因的克隆及分析》一文中研究指出以感染胡葱黄条病毒(Shallot yellow stripe virus,SYSV)的大葱为材料,通过反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)获得包含SYSV-CP全部编码序列、NIb蛋白基因5′端的部分序列和3′UTR的2个基因片段,分别命名为SYSV-CP1和SYSV-CP2,它们的编码区碱基数均为774bp,均编码258个氨基酸;在该编码区内存在2个碱基的差异,编码的蛋白存在1个氨基酸的差异。系统进化树分析表明:SYSV分离物可以区分为两个主要群体,SYSV-CP1和SYSV-CP2位于第Ⅱ组内,它们与来自浙江的SYSV的分离物亲缘关系最近,表现出一定的地理分布相关性。(本文来源于《中国蔬菜》期刊2012年16期）
韦传宝,华俊雅,杨宇,隗洋洋,史利利[3]（2012）在《韭葱黄条病毒、洋葱黄矮病毒和胡葱黄条病毒六安分离物CP基因克隆及同源性分析》一文中研究指出设计特异性引物PCR扩增了六安大蒜病样中的韭葱黄条病毒(Leek yellow stripe virus,LYSV)、洋葱黄矮病毒(Onion yellow dwarf virus,OYDV)和胡葱黄条病毒(Shallot yellow stripe virus,SYSV)的全长CP基因,插入到pGEM-T载体并测序。分别比较3种病毒CP基因种内变异性和种间亲缘关系。结果表明LYSV六安分离物CP基因由864个碱基组成,与Genbank上已报道的68个LYSV不同分离物CP基因的核苷酸序列同源性为76.12%～84.31%;OYDV的CP基因由771个碱基组成,与Genbank上已报道的86个OYDV不同分离物同源性为81.06%～90.40%;SYSV的CP基因由774个碱基组成,与Genbank上已报道的11个SYSV不同分离物CP基因同源性为88.63%～94.32%;从分析结果来看,LYSV的CP基因不同分离物之间变异性较大,OYDV CP变异性不大,SYSV变异性很小;3种病毒都有1个以上的宿主,病毒种内不同宿主分离物之间CP序列差异很小。进化分析显示OYDV和SYSV的CP基因亲缘性较近并成簇,LYSV的CP基因与OYDV和LYSV的CP基因亲缘性较远。(本文来源于《广西植物》期刊2012年02期）
田保华,王永勤[4]（2011）在《北京地区侵染大葱的胡葱黄条病毒外壳蛋白基因的克隆与分析》一文中研究指出我国是葱的原产地,长期以来品种改良多以产量和品质为主要目标,加之栽培面积的扩大和连作栽培,葱病毒病发病日趋严重,田间发生率一般为20%～30%,严重的高达75%。大葱病毒病已成为葱高产优质栽培的主要限制因素之一。本研究中对北京地区胡葱黄条病毒SYSV病毒进行克隆和序列分析。(本文来源于《中国园艺学会2011年学术年会论文摘要集》期刊2011-10-19）
张威,白艳菊,张匀华,申宇,高艳玲[5]（2010）在《韭葱黄条病毒黑龙江分离物外壳蛋白基因克隆与序列分析》一文中研究指出韭葱黄条病毒(Leek yellow stripe virus,LYSV)是大蒜上的重要病毒病害,几乎分布于全国所有大蒜种植区域,严重影响大蒜的产量和品质。对其建立RT-PCR分子检测体系以及对其外壳蛋白(CP)基因进行序列分析尤为重要。根据已报道的LYSVCP基因的核苷酸序列设计合成1对引物,以带毒植株总RNA为模板,应用RT-PCR方法,克隆了LYSV黑龙江分离物(LYSV-HLJ)CP基因全长cDNA序列。结果表明,LYSV-HLJCP基因全长885bp,编码295个氨基酸残基;与GenBank中其他不同分离物的CP核苷酸序列同源性为79.7%～88.6%,氨基酸序列同源性为83.7%～93.1%。依据LYSVCP氨基酸序列建立系统进化树,将LYSV不同分离物划分为4个类群,LYSV-HLJ与韩国和巴西大蒜上的LYSV有较近的亲缘关系,同属于ⅳ类,表现出一定的寄主相关性。(本文来源于《东北农业大学学报》期刊2010年08期）
贾玉成,韦传宝[6]（2009）在《韭葱黄条病毒六安分离物CP基因原核表达与抗体制备》一文中研究指出根据已报道的韭葱黄条病毒(LYSV)序列设计引物,扩增LYSV六安分离物的外壳蛋白(CP)基因,序列同源性分析结果表明,与目前已报道的LYSV不同分离物CP基因核苷酸序列同源性为84.0%～95.8%,相应推测出的氨基酸序列同源性为86.8%～97.6%。将CP基因插入原核表达载体pSBET后在大肠杆菌BL21(DE3)PlysS中诱导表达。通过12%SDS-PAGE和5%～20%梯度SDS-PAGE两次制备电泳纯化诱导产物,免疫家兔获得抗CP血清,Western blot分析对CP具有高度特异性。硫酸铵沉淀法与Protein A-Red Sepharose亲和层析相结合提取IgG,获得效价达1∶3700的一抗,可用于田间LYSV病样检测。(本文来源于《湖南农业科学》期刊2009年08期）
林林[7]（2008）在《胡葱黄条病毒陕西洋葱分离物分子生物学研究》一文中研究指出葱属植物上病毒病发生普遍,严重影响产量和品质。开展病毒分子生物学研究是了解病害发生过程、制定有效防治策略的基础。本文中,我们首先对引起陕西洋葱黄条症状的病毒进行了鉴定,采用马铃薯Y病毒属(genus Potyvirus)简并引物结合该病毒特异引物扩增并测定了其基因组cDNA全序列(AM267479);在了解其基因组结构特点的基础上,利用酵母双杂交系统对该病毒及其同属病毒大豆花叶病毒半夏分离物(SMV-P)各编码产物间相互作用关系进行了细致分析;同时,对该病毒P3蛋白与寄主蛋白组分的互作关系也作了较为深入地研究。结果表明,该病毒基因组全序列由10427个核苷酸组成,含有一个编码3, 340氨基酸的开放阅读框。序列分析表明,该病毒与胡葱黄条病毒ZQ2分离物(SYSV-ZQ2)高度相似,核苷酸同一性为93.2%,多聚蛋白的同一性为97.5%,由此推测该病毒为SYSV的洋葱分离物,命名为SYSV-O。这是SYSV侵染洋葱的首次报道。蛋白裂解位点分析发现,除NIb/CP裂解位点外,SYSV-O与SYSV-ZQ2的裂解位点完全一致(NIb/CP裂解位点分别为VSYQ/A和VSYQ/V)。对SYSV分离物基因组3'-末端部分核苷酸序列的系统进化树分析表明,SYSV分离物形成4个明显的群体:印度尼西亚胡葱分离物成簇为一个群体,日本大葱、薤、分葱分离物和一个印度尼西亚大葱分离物成簇为一个群体,中国杭州分葱分离物和中国章丘大葱分离物(ZQ2)成簇为一个群体,中国杭州大葱分离物、章丘大葱分离物(ZQ1)和陕西洋葱分离物成簇为一个群体。分离物间的进化与其寄主植物及地理分布有显着相关性。酵母双杂交技术是研究蛋白质互作的有效工具,在目前Potyvirus属病毒的研究中,人们已经利用该技术发现了一些病毒编码蛋白的互作,然而对于Potyvirus属病毒编码的全部蛋白之间存在怎样的互作关系还不明确。本文对此开展了部分工作,绘制了两种Potyvirus属病毒(SYSV-O和SMV-P)编码蛋白间的互作图谱。结果表明,SYSV-O P1蛋白可以自身互作,同时与P3、6K1、CI、VPg、NIa-pro、CP存在互作;Hc-Pro可以自身互作,同时与P3、NIa-pro、VPg、CP互作;P3蛋白可以自身互作,还可与除CP之外的所有病毒蛋白互作;6K1和6K2都可以和P3、VPg、NIa-pro互作;CI存在自身互作,还与P1、P3、6K2、VPg、NIa-pro互作;VPg可以自身互作,同时与除NIa-pro和CP之外的其他蛋白都互作;NIa-pro可以自身互作,也和除了VPg之外的其他蛋白互作;NIb也可自身互作,同时还与VPg、NIa-pro和CP互作;CP蛋白可自身互作,还可与P1、Hc-Pro、CI、VPg、NIa-pro、NIb互作。SMV-P编码蛋白的互作与SYSV-O有相同之处,但也有其特有的互作。这些互作中很多都和以前在Potyvirus属成员中的研究结果相一致,但是6K1、6K2与其他蛋白的互作以及P1、P3、NIb的自身互作均为首次发现。病毒编码蛋白之间的互作有方向性,这种互作的方向性可能是不同载体在酵母细胞中有各自喜好的折迭方式或暴露的结合位点不同而造成的。其中两个病毒中都存在而且在不同的方向都能检测到的互作只有6K1/NIa-pro组合。检测到3组两个病毒的HC-Pro和对方病毒编码蛋白的互作:SMV-P-HC-Pro/ SYSV-O-NIa-pro, SYSV-O-HC-Pro/ SMV-P-NIa-pro, SYSV-O-HC-Pro/SMV-P-NIb,认为这种不可能的互作是由于两个病毒同类编码蛋白之间的同源性而产生的。SYSV-O与同属洋葱黄矮病毒(OYDV)基因组结构相似,也编码一个大的P3蛋白,然而目前对于其功能尚不清楚。本文利用酵母双杂交技术筛选到P3的寄主互作蛋白,初步分析了P3可能的功能及作用机制。结果表明,SYSV-O P3与洋葱1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶(Rubisco)大亚基(rbcL)具有强烈的互作反应,Rubisco是植物光合作用中的关键酶,说明P3蛋白可能通过影响寄主植物的光合作用参与症状表现过程。克隆洋葱rbcL全长基因后,利用酵母双杂交系统和免疫共沉淀试验进一步证实了两者间的互作。缺失突变体分析发现,rbcL N端结构域是与P3互作的关键区域,而P3的互作区域可能位于膜外部分的N端。在其他编码蛋白和其他病毒上的试验表明,OYDV-P3和SMV-P-P3也可与rbcL互作,并且SYSV-O的8个蛋白(除了6K1和CP)和SMV-P的7个蛋白(除了6K1, CI和CP)与rbcL也存在互作,表明potyvirus属成员的P3蛋白与rbcL的互作关系是普遍存在的;potyvirus属病毒的多种编码蛋白可能都不同程度地参与了寄主症状的表达。(本文来源于《西北农林科技大学》期刊2008-08-01）
罗朝鹏,林林,陈炯,吴云锋,陈剑平[8]（2007）在《胡葱黄条病毒外壳蛋白的原核表达与抗血清的制备》一文中研究指出设计特异性引物PCR扩增得到胡葱黄条病毒(SYSV-O)的全长外壳蛋白(CP)基因,构建原核表达载体pET32a-SYSV-O CP,转化大肠杆菌诱导表达。结果表明,SYSV-O CP基因在大肠杆菌中得到了高效表达,分子量约为46 kDa。用纯化表达产物免疫小鼠制备抗血清,Western blot检测结果表明,抗血清与SYSV-O的CP发生了强烈的特异性反应。使用该抗血清进行了田间样品的带毒检测。(本文来源于《浙江农业学报》期刊2007年03期）
罗朝鹏[9]（2007）在《胡葱黄条病毒陕西洋葱分离物基因组全序列及编码的P3蛋白与寄主互作的初步研究》一文中研究指出在陕西洋葱上发现了一种引起畸形黄条症状的病害,采用马铃薯Y病毒科简并引物结合基因特异引物的方法,扩增并测定了侵染陕西洋葱的病毒基因组cDNA全序列。该病毒基因组全序列由10 427个核苷酸组成,具有单一开读筐,编码一个由3 340个氨基酸组成的分子量379.7kD的多聚蛋白。序列分析表明该病毒与SYSV-ZQ2分离物同源性最高,核苷酸同源性为93.2%,多聚蛋白的同源性为97.5%,根据马铃薯Y病毒科病毒的分类标准,我们在陕西洋葱上发现的病毒为SYSV的一个分离物,命名为为SYSV-O。蛋白裂解位点分析发现,除NIb-CP裂解位点外,SYSV洋葱分离物O与大葱分离物ZQ2的裂解位点完全一致,该位点序列前者为VSYQ/A,而后者为VSYQ/V。编码的各蛋白均具有Potyvirus属成员特征性的保守基序和活性位点。SYSV-O的外壳蛋白蚜传保守基序DAG被DAA替换。与OYDV相似,SYSV也编码独特的大P3蛋白,但P3蛋白功能至今尚不清楚。SYSV-O与SYSV-ZQ2编码的6K1蛋白氨基酸序列完全相同,NIa-Pro、HC-Pro、P3和6K2蛋白也较保守,而NIa-VPg蛋白差异较大,氨基酸序列同源率为93.6%。SYSV-O与其它SYSV分离物CP基因的核苷酸序列同源率为87.3%~84.1%,编码的蛋白氨基酸序列同源率为89.2%-98.4%。对SYSV分离物基因组3'-末端部分核苷酸序列的系统进化树分析表明,SYSV分离物形成4个明显的群体。其中印度尼西亚胡葱分离物成簇为一个群体,日本大葱、薤、分葱分离物和一个印度尼西亚大葱分离物成簇为一个群体,中国杭州分葱分离物和中国章丘大葱分离物(ZQ2)成簇为一个群体,中国杭州大葱分离物、章丘大葱分离物(ZQ1)和陕西洋葱分离物成簇为一个群体。分离物间的进化相关性与其寄主植物及地理分布有关。构建了酵母双杂交载体pGBKT7-(SYSV-O) P3,并成功转入酵母菌AH109。Western blot分析表明SYSV-O的P3蛋白在酵母体内与BD蛋白融合表达,并排除了对宿主细胞的毒害和自激活作用,可用于酵母双杂交文库的筛选。用Trizol提取洋葱总RNA,应用SMART技术合成第一链cDNA,然后用5′和3′PCR引物进行LD-PCR扩增双链cDNA,与pGADT7-Rec、pGBKT7-(SYSV-O) P3共转化酵母菌AH109,根据对3个报告基因ADE2、HIS3、MEL1的检测筛选了9个阳性候选克隆。抽提阳性候选克隆的质粒,PCR检测,结果9个阳性候选克隆的插入片段大小约为700bp左右。对9个阳性克隆的质粒进行测序,序列经Blast比对分析后发现9个候选克隆的核苷酸序列相同,为洋葱1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶(Rubisco)大亚基3′端序列。(本文来源于《西北农林科技大学》期刊2007-05-01）
罗朝鹏,林林,陈炯,吴云锋,陈剑平[10]（2007）在《侵染陕西洋葱的胡葱黄条病毒基因组全序列分析》一文中研究指出The nucleotide sequence of shallot yellow stripe virus from onion(SYSV-O)in Shaanxi Province of China was described.It was 10427 nucleotides(nt)in length excluding the poly(A)tail and was predicted to encode a polyprotein of 3340 amino acids(aa)with a calculated molecular weight of 379.7kD.SYSV was most closely related to onion yellow dwarf virus(OYDV)and resembled it in having a much larger P3 protein than other species in the genus.SYSV-O shared 93.2% nt identity to the published sequence of a welsh onion isolate of SYSV(SYSV-ZQ2).The two isolates differed in NIb-CP cleavage site,that of SYSV-O was Q/V but Q/A in SYSV-ZQ2.Nucleotide identity of coat protein genes amongst all SYSV sequences ranged from 87.3%-84.1%.Phylogenetic tree analysis based on the 3'-terminal nucleotide sequences of SYSV isolates confirmed the existence of four distinct groups that were partially related to geographical origin and host plant species.(本文来源于《病毒学报》期刊2007年02期）
韭葱黄条病毒论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
以感染胡葱黄条病毒(Shallot yellow stripe virus,SYSV)的大葱为材料,通过反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)获得包含SYSV-CP全部编码序列、NIb蛋白基因5′端的部分序列和3′UTR的2个基因片段,分别命名为SYSV-CP1和SYSV-CP2,它们的编码区碱基数均为774bp,均编码258个氨基酸;在该编码区内存在2个碱基的差异,编码的蛋白存在1个氨基酸的差异。系统进化树分析表明:SYSV分离物可以区分为两个主要群体,SYSV-CP1和SYSV-CP2位于第Ⅱ组内,它们与来自浙江的SYSV的分离物亲缘关系最近,表现出一定的地理分布相关性。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
韭葱黄条病毒论文参考文献
[1].郑国华,彭德伟,明艳林.韭葱黄条病毒厦门分离物外壳蛋白基因序列分析及其分组[J].植物病理学报.2012
[2].田保华,王永勤,王婵.感染北京地区大葱的胡葱黄条病毒外壳蛋白基因的克隆及分析[J].中国蔬菜.2012
[3].韦传宝,华俊雅,杨宇,隗洋洋,史利利.韭葱黄条病毒、洋葱黄矮病毒和胡葱黄条病毒六安分离物CP基因克隆及同源性分析[J].广西植物.2012
[4].田保华,王永勤.北京地区侵染大葱的胡葱黄条病毒外壳蛋白基因的克隆与分析[C].中国园艺学会2011年学术年会论文摘要集.2011
[5].张威,白艳菊,张匀华,申宇,高艳玲.韭葱黄条病毒黑龙江分离物外壳蛋白基因克隆与序列分析[J].东北农业大学学报.2010
[6].贾玉成,韦传宝.韭葱黄条病毒六安分离物CP基因原核表达与抗体制备[J].湖南农业科学.2009
[7].林林.胡葱黄条病毒陕西洋葱分离物分子生物学研究[D].西北农林科技大学.2008
[8].罗朝鹏,林林,陈炯,吴云锋,陈剑平.胡葱黄条病毒外壳蛋白的原核表达与抗血清的制备[J].浙江农业学报.2007
[9].罗朝鹏.胡葱黄条病毒陕西洋葱分离物基因组全序列及编码的P3蛋白与寄主互作的初步研究[D].西北农林科技大学.2007
[10].罗朝鹏,林林,陈炯,吴云锋,陈剑平.侵染陕西洋葱的胡葱黄条病毒基因组全序列分析[J].病毒学报.2007
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