高效固氮大豆根瘤菌SMH12的全基因组测序及比较基因组分析

论文摘要

费氏中华根瘤菌SMH12（Sinorhizobium fredii SMH12）,生长代时较短,属于快生型大豆根瘤菌. SMH12具有高效固氮、宿主范围广、匹配性强、遗传物质稳定等特点,为充分开发该菌应用潜力和研究价值,有必要解析SMH12的基因组序列.采用Illumina Hiseq与Pacbio测序技术相结合对SMH12菌株进行全基因组测序.进一步使用相关软件对测序数据进行基因组的组装、基因预测与功能注释、COG/GO聚类分析以及比较基因组分析.测序结果显示,SMH12基因组包含1条染色体和2个质粒,染色体大小为4 022 924 bp,质粒pSfSMH12a大小为2 394 395 bp,质粒pSfSMH12b大小为556 376bp,序列已提交至GenBank数据库,登录号为CP035038-CP035040.基因预测与rRNA、tRNA查找显示,SMH12基因组含有6 836个基因,有9个rRNA和55个tRNA.比较基因组分析的直系同源基因比对与共线性分析显示,SMH12与S. fredii HH103大部分基因相同,亲缘关系最密切;只有约17%的基因不同.COG分类比较分析显示,SMH12中转座因子和碳水化合物的转运与代谢这两类相关基因的占比明显高于Bradyrhizobium diazoefficiens USAD110.本研究首次报道SMH12基因组序列并分析了其基因组基本特征,与其他代表性大豆根瘤菌进行了比较基因组分析.结果丰富了根瘤菌基因组数据库,也为构建高效固氮的大豆根瘤菌工程菌提供了一定依据和基因资源.（图6表2参35）

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 成家龙,陈大松,李友国

关键词: 高效固氮,费氏中华根瘤菌,全基因组测序,比较基因组分析

来源: 应用与环境生物学报 2019年06期

年度: 2019

分类: 基础科学,工程科技Ⅰ辑

专业: 生物学

单位: 华中农业大学生命科学技术学院农业微生物学国家重点实验室

基金: 国家重点计划研发项目（2018YFD0201006）,国家自然科学基金项目（31670243）资助~~

分类号: Q943

DOI: 10.19675/j.cnki.1006-687x.2019.04011

页码: 1365-1374

总页数: 10

文件大小: 6236K

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• [1].大豆快生根瘤菌SMH12效应蛋白NopP在共生固氮过程中的功能[J]. 微生物学报 2020(10)

标签：高效固氮论文;  费氏中华根瘤菌论文;  全基因组测序论文;  比较基因组分析论文;