导读:本文包含了基因内间隔区论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:间隔,序列,基因,核糖体,叶绿体,转录,系统。
基因内间隔区论文文献综述
程波,杨伟俊,刘欢欢,何江[1]（2019）在《基于叶绿体psb A-trnH基因间隔区序列鉴别维吾尔药刺山柑》一文中研究指出目的通过比较分析刺山柑(Capparis spinosa L.)与山柑科或山柑属药用植物的叶绿体psb A-trnH基因间隔区序列,为刺山柑的分子生物学鉴别研究提供参考依据。方法提取植物样品基因组总DNA,扩增叶绿体psb A-trnH基因间隔区序列,运用MEGA7为工具对序列进行多重序列比对,以Kimura 2 parameter(K2P)为模型估算种内种间遗传距离,并以非加权组平均法(UPGMA)构建系统发生树。结果与刺山柑相比,其种间遗传距离在0. 045~0. 474,平均种间遗传距离为0. 238。最小种间遗传距离大于最大种内遗传距离。UPGMA聚类结果显示,各个种内平行样本相聚,刺山柑与8种同科或同属植物被有效区分。结论叶绿体psb A-trnH基因间隔区序列对于刺山柑的鉴别研究具有应用价值。(本文来源于《中国药学杂志》期刊2019年12期）
余兴华,王先宏,杨清辉[2]（2019）在《基于叶绿体基因间隔区ycf6-trnC序列的“甘蔗复合体”各属间亲缘关系初探》一文中研究指出甘蔗属及近缘属野生种质资源是甘蔗拓展亲本遗传背景的物质基础,在甘蔗新品种培育中扮演着重要的角色。探讨属种间的系统发育及亲缘关系,可为甘蔗种质创新、亲本选配提供理论依据。本研究应用叶绿体基因间隔区ycf6-trnC分析了甘蔗属(Saccharum)、河王八属(Narenga)、蔗茅属(Erianthus)、芒属(Miscanthus)系统发育关系;结果表明,所测叶绿体基因间隔区ycf6-trnC序列长度为814 bp,其中变异位点19个,简约信息位点11个,保守位点784个;属间的亲缘关系分析表明蔗茅属与河八王属的亲缘关系最近,遗传距离为0.001,亲缘关系最远的是斑茅(Erianthus arundinaceum Retz.)与割手密(Saccharum spontaneum L.),遗传距离为0.008;聚类结果表明甘蔗属及其近缘属间能得到清晰的区分,叶绿体基因及其间隔区序列适合于研究"甘蔗复合体"内各属、种的系统发育关系,研究结果能为甘蔗野生资源的开发利用提供理论依据。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年20期）
赵玉博,陈普成,胡玉珍,丁蕾蕾,王波[3]（2019）在《鸭瘟病毒疫苗株UL44.5和UL44基因间隔区作为复制非必需区的鉴定》一文中研究指出为探寻鸭瘟病毒(DEV)基因组中适合外源基因插入的复制非必需区,本研究利用本实验室前期建立的DEV疫苗株多片段拯救系统,结合E/T克隆技术、LR克隆技术将含有红色荧光蛋白(RFP)表达框架的目的片段,定向插入到含DEV基因组复制非必需区的粘粒中,该位点位于DEV基因组UL区的UL44.5和UL44之间,拯救获得了重组病毒(rDEV)。通过PCR和荧光显微镜鉴定该重组病毒。结果显示,经PCR扩增,r DEV可以扩增到预期目的片段,观察可见红色荧光,表明RFP基因能够在重组病毒中稳定存在并正确表达;生长动力学结果显示,重组病毒在CEF中的增殖效率与DEV疫苗株无显着差异。将r DEV以105 TCID50的剂量免疫SPF鸭后,DEV攻毒保护试验结果显示,r DEV和亲本株DEV活疫苗对SPF鸭的保护效率均为100%。本研究筛选到DEV基因组中的一个可供外源基因插入的位点,为以DEV为载体构建相关重组疫苗研制提供依据。(本文来源于《中国预防兽医学报》期刊2019年08期）
杨磊[4]（2019）在《一个CMV新寄主的鉴定及CMV-RNA3基因间隔区的功能研究》一文中研究指出萝藦是萝藦科萝藦属的多年生草质藤本植物,在中国具有广泛的分布,常见于南瓜、大豆和玉米等重要经济作物的种植区。萝藦作为中药食用,具有清热解毒、治疗劳损、蛇咬、咳嗽等作用,小分子提取物有抗肿瘤效果,多糖能改善机体的免疫力。黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)是雀麦花叶病毒科黄瓜花叶病毒属的模式种,具有广泛的寄主和极强的变异能力,由多种媒介昆虫传播,在世界范围内危害巨大。我们于2016年在南瓜地里发现了表现严重花叶症状的萝藦,疑似感染了病毒病,为防范病株萝藦可能带来的疾病传播,有必要对其病原进行鉴定。此外,学者在原生质体水平上发现CMV RNA3基因间隔区(Intergenic region,IGR)具有亚基因组RNA4的核心启动子及起始(+)RNA3合成的元件,但在植物体水平上还没有相关的研究,所以我们在植物体水平上,开展了病毒系统侵染过程中IGR相关功能的研究。1.一个黄瓜花叶病毒新寄主的鉴定首先提取萝藦病叶的双链RNA(dsRNA)和病叶粗汁液,分别进行PAGE电泳和生物学接种。结果显示,摩擦接种的本氏烟在接种后3天,叶片开始轻微地卷曲并表现斑驳,说明该病害具有传染性,而dsRNA的PAGE电泳图谱显示出大小约为4.0、3.5、2.7和1.7 kb的四条带,以上结果表明,萝藦最有可能感染了RNA病毒。为了得到该病原的核酸信息,进行简并寡核苷酸引物扩增、测序及核苷酸序列的BLASTx分析。结果显示,经DNA测序,获得分别与CMV的1a和2a基因高度同源的两个片段(95-97%),于是利用CMV的简并性引物进行反转录PCR(Reverse transcription PCR,RT-PCR)获得了黄瓜花叶病毒萝藦分离物(CMV-Met)的全基因组序列,RNA1、RNA2和RNA3核苷酸序列全长分别为3358nt,3023nt和2215nt。基于CP氨基酸序列和RNA3 5’UTR核苷酸序列构建的进化树表明CMV-Met聚类于亚组IB。2.CMV-RNA3基因间隔区的功能研究为了在植物体水平上探究RNA3基因间隔区的功能,以典型的CMV分离株CMV-Fny为材料,采用基因合成和双酶切的方法构建了RNA3基因间隔区3’UTR、5’UTR和全序列的缺失突变体侵染性克隆(简称Δ3’UTR,Δ5’UTR,和ΔAll)。通过农杆菌介导的瞬时表达使不同的CMV侵染性克隆感染本氏烟,结果显示,注射Δ3’UTR侵染性克隆的本氏烟表现出与野生型(Wild type,wt)相似的叶卷曲、黄化和生长迟缓等症状,但要比Wt晚3.5天,而注射Δ5’UTR、ΔAll组的本氏烟没有表现任何症状,直至死亡。Western blot结果显示,注射突变体的本氏烟中,只有注射Δ3’UTR的本氏烟在出现症状后可被检测到外壳蛋白(Coat protein,CP),但远低于Wt中的CP表达量,说明IGR 3’UTR缺失使CP的翻译显着降低,而注射Δ5’UTR、ΔAll组的本氏烟中始终没有CP的表达。Northern blot结果显示,也只有注射Δ3’UTR的本氏烟在出现症状后表达了RNA3和RNA4,但表达量明显地低于野生型。接种叶的半定量RT-PCR结果显示,注射Wt、Δ3’UTR组本氏烟的预期条带的亮度都很高,说明RNA3的表达量较高,且RNA3复制可能较为活跃,而Δ5’UTR、ΔAll组预期条带的亮度都很低,说明这两种侵染性克隆也能转录出RNA3,但完全丧失了复制能力。以上结果表明:IGR5’UTR含有RNA3复制的必要元件,其缺失将使病毒完全失去系统侵染能力;IGR3’UTR控制着RNA3复制的效率,其缺失导致RNA3的表达量显着降低。此外,Δ3’UTR组本氏烟的CP表达量始终较低,说明少量的CP便可使寄主产生严重的症状。CMV-Met的鉴定增加了CMV的多样性,表明萝藦等杂草可作为CMV的天然病毒库,铲除这些杂草将有利于CMV的防控,同时为高品质药用萝藦的生产提供了疾病预防方面的帮助。另外,本研究首次通过农杆菌介导的瞬时表达在植物体水平上研究了RNA3基因间隔区功能,这为IGR的不同区段用于不同功能载体的构建提供参考,IGR 5’UTR还可以作为基因工程手段培育抗病毒品种的新靶标,利用植物体的转录后基因沉默原理,开发出CMV抗性品种。(本文来源于《江苏科技大学》期刊2019-04-25）
王美美,张建中,李凤琴[5]（2018）在《基于内转录间隔区和β-微管蛋白部分基因及相关序列扩增多态性分子标记技术推断红曲霉系统发育关系》一文中研究指出目的基于内转录间隔区(ITS)、β-微管蛋白(β-tubulin)部分基因和相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术结合形态学鉴定方法 ,推断不同种红曲霉的系统发育关系,寻找快速、准确鉴定红曲霉的方法。方法以红曲霉基因组为模板,聚合酶链式反应(PCR)扩增红曲霉ITS、β-tubulin部分基因,利用Mega 7.0软件中最大似然树法构建进化树,扩增SRAP分子标记技术的特征结合序列,利用R软件phangorn包中的FigTree软件进行建树,使用除权配对(UPGMA)法进行聚类分析,通过分析不同种红曲霉系统发育关系,找寻快速、准确的鉴定方法。结果利用ITS和β-tubulin部分基因可将31株供试菌株分为两大类,而SRAP分子标记技术可将供试菌株分为四大类,结合表型分析和3种分子鉴定方法 ,参照15株红曲霉参考菌株将16株未鉴定到种的红曲霉分别鉴定为安卡红曲霉、橙色红曲霉和紫色红曲霉。结论 SRAP分子标记技术具有更多的分类依据,结合表型分析能够帮助更快、更精确的将红曲霉鉴定到种。(本文来源于《中国食品卫生杂志》期刊2018年06期）
孟子烨,雷朝亮,陈晓琴,江世宏[6]（2017）在《基于内转录间隔区基因片段对叩甲科昆虫的系统发育研究》一文中研究指出【目的】采用叩甲科昆虫的内转录间隔区(ITS-2)片段对叩甲科昆虫部分种类进行系统发育分析,明确各亚科类群间的亲缘关系并同传统分类系统进行比较,验证ITS-2片段是否能用于叩甲科昆虫的分子系统学研究。【方法】基于叩甲科昆虫的内转录间隔区(ITS-2)片段,对10个亚科69个种类的叩甲进行了系统发育分析。进行系统发育信号检测,计算各亚科之间的遗传距离,采用邻接法、似然法和简约法叁种模型构建系统发育树。【结果】3种方法构建系统发育树结构基本一致,各亚科都能被很好的聚类,且各亚科间遗传距离符合传统分类学观点。同时,分析结果也支持对传统分类系统进行修改:尖鞘叩甲亚科Oxynopterinae和异角叩甲亚科Pityobiinae被聚入齿胸叩甲亚科Denticollinae,建议将尖鞘叩甲亚科和异角叩甲亚科同齿胸叩甲亚科合并;槽缝叩甲亚科Agrypninae和单叶叩甲亚科Conoderinae并入萤叩甲亚科Pyrophorinae;梳爪叩甲类群Melanotinae被聚类到叩甲亚科Elaterinae内,建议将梳爪叩甲亚科并入叩甲亚科。【结论】分析结果显示,ITS-2片段适用于叩甲科昆虫低级分类阶元的系统发育分析,各亚科之间的亲缘关系符合传统的分类学观点,但聚类结果也有同传统分类系统有所不同,可为分类系统的修改提供依据。(本文来源于《应用昆虫学报》期刊2017年05期）
谢昌平,姚林建,夏宜林,黄爱军,易龙[7]（2017）在《赣南柑桔黄龙病菌16S rDNA、16S/23S rDNA间隔区和核糖体蛋白基因的遗传多样性》一文中研究指出为探究赣南地区柑桔黄龙病菌的遗传多样性,从赣南16个县(市、区)采集32份具典型柑桔黄龙病症状的脐橙叶片样品,运用PCR-RFLP(聚合酶链式反应-限制性长度多态性分析)技术研究柑桔黄龙病菌16SrDNA序列、16S/23SrDNA间隔区序列和核糖体蛋白基因的多态性,并对3个基因片段进行测序,分析序列的碱基含量、碱基转换率与颠换率、相似性、核苷酸遗传距离和系统进化特征。结果表明,供试赣南柑桔黄龙病菌样品在3个基因片段上的RFLP指纹图谱均一致,未表现出多态性,且序列相似性均在98%~100%;序列碱基中的GC含量以16SrDNA最大,序列碱基的转换率/颠换率以16SrDNA最小;赣南柑桔黄龙病菌样品与亚洲种Candidatus Liberibacter asiaticus之间的序列相似性最大、核苷酸遗传距离最小,在系统进化中归属亚洲种。(本文来源于《中国南方果树》期刊2017年02期）
司李真,时伟,杨敏,龚理,孔晓瑜[8]（2016）在《硬骨鱼类核糖体基因间隔区的序列特征分析》一文中研究指出真核生物核糖体DNA(ribosomal DNA,简称r DNA)是由几十个甚至上万个高度串联重复序列组成的多基因家族,每个重复单元都包括编码区(18S、5.8S和28S)和非编码区(ITS1和ITS2)。间隔区ITS1和ITS2常被用于属级及以下阶元水平的系统关系研究。然而,越来越多的研究发现,这些串联重复序列并非完全一致,有些甚至存在个体内差异,这种基因组内ITS多态性的发现,使我们对ITS用于物种系统发育重建的适用性产生了质疑。因此,我们对Gene Bank中硬骨鱼类的10目ITS序列的长度和保守位点比例进行了统计分析,结果显示:ITS1长度范围为272~918bp,保守位点比例在各分类单元之间具有明显的区别,并且这种区别可以作为判断物种之间关系的特征。当序列之间保守位点比例为89.51%~100%时,为种内关系;在61.53%~81.36%范围时,为种间关系;在32.47%~58.87%范围时,为属间关系;而在1.62%~30.46%时,达到科间水平。而一些物种的保守位点比例超出此范围时,依据此标准判断就会产生偏差。ITS2的长度范围为128~694bp,保守位点比例在各分类阶元之间互相重合,在各分类阶元之间不存在明显的差异,因此该特征不能用于区分各阶元之间的关系。(本文来源于《热带海洋学报》期刊2016年06期）
尹小平,王安东,罗丹,田延河,梁臻[9]（2016）在《阿拉山口地区凶小库蚊核糖体DNA第二转录间隔区基因多态性的分析》一文中研究指出为了探讨中哈边境阿拉山口口岸地区凶小库蚊核糖体DNA第二转录间隔区(r DNA-ITS2)基因序列特征,分析其遗传变异和亲缘关系,为口岸地区蚊的鉴定及疾病防治奠定基础。本研究提取中哈边境阿拉山口口岸地区凶小库蚊蚊虫DNA,PCR扩增凶小库蚊的r DNA-ITS2基因并测序。将测序结果进行Blast分析,使用Mage 6.0构建分子进化树。结果显示:PCR扩增获得凶小库蚊第二转录间隔区(r DNA-ITS2)323 bp左右的基因片段。Blast显示与Culex restuans(U22136)具有较高的同源性,与其他库蚊属蚊种序列间差异集中在24-323 bp,差异表现为插入/缺失、转换/颠换、简单重复单元拷贝数不同等。结论:本研究报道了凶小库蚊第二转录间隔区(r DNA-ITS2)基因序。阿拉山口口岸凶小库蚊第二转录间隔区(r DNA-ITS2)基因区显示存在遗传多态性,可能与蚊虫地理区域,生态环境和贸易往来有一定关系。(本文来源于《石河子大学学报(自然科学版)》期刊2016年03期）
彭小凤,何涛,淳泽,胡亚东,万闰兰[10]（2015）在《基于叶绿体psbA-trnH和核糖体5S rRNA基因间隔区序列的石斛种间和种内鉴别》一文中研究指出采用直接测序法对12种石斛叶绿体psb A-trn H基因间隔区序列和核糖体5S r RNA基因间隔区序列进行测序,用克隆测序法对迭鞘石斛dq-2品种和dq-5品系(各20份样品)psb A-trn H基因间隔区序列进行测序,所得序列采用Squencher4.14拼接后,采用Bioedit 7.0软件对获得的psb A-trn H基因间隔区序列和5S r RNA基因间隔区序列进行序列比对和排序,用Dnasp5.0软件分析序列核苷酸多态性,用MEGA 5.2计算种内和种间kimura2-parameter(K2P)遗传距离,并构建系统发育树(NJ树).结果显示,石斛叶绿体psb A-trn H基因间隔区序列平均长度为742.3 bp,有72个变异位点,其中信息位点33个;核糖体5S r RNA基因间隔区序列平均长度为336.4 bp,存在213个变异位点,其中信息位点139个;以上两个基因片段的组合序列,能对迭鞘石斛、铁皮石斛、球花石斛、细叶石斛、细茎石斛、齿瓣石斛、鼓槌石斛、尖刀唇石斛和金钗石斛等9种石斛进行有效鉴别,可揭示铁皮石斛不同居群间的差异,而且可根据该组合序列中存在的一个单核苷酸多态性位点(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)对迭鞘石斛dq-2品种和dq-5品系进行区分.本研究表明,psb A-trn H基因间隔区序列和5S r RNA基因间隔区序列组合后显示出多序列组合策略在石斛种间和种内的分子鉴别中的优势,可为石斛属植物及药材鉴别提供分子依据.(本文来源于《应用与环境生物学报》期刊2015年05期）
基因内间隔区论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
甘蔗属及近缘属野生种质资源是甘蔗拓展亲本遗传背景的物质基础,在甘蔗新品种培育中扮演着重要的角色。探讨属种间的系统发育及亲缘关系,可为甘蔗种质创新、亲本选配提供理论依据。本研究应用叶绿体基因间隔区ycf6-trnC分析了甘蔗属(Saccharum)、河王八属(Narenga)、蔗茅属(Erianthus)、芒属(Miscanthus)系统发育关系;结果表明,所测叶绿体基因间隔区ycf6-trnC序列长度为814 bp,其中变异位点19个,简约信息位点11个,保守位点784个;属间的亲缘关系分析表明蔗茅属与河八王属的亲缘关系最近,遗传距离为0.001,亲缘关系最远的是斑茅(Erianthus arundinaceum Retz.)与割手密(Saccharum spontaneum L.),遗传距离为0.008;聚类结果表明甘蔗属及其近缘属间能得到清晰的区分,叶绿体基因及其间隔区序列适合于研究"甘蔗复合体"内各属、种的系统发育关系,研究结果能为甘蔗野生资源的开发利用提供理论依据。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因内间隔区论文参考文献
[1].程波,杨伟俊,刘欢欢,何江.基于叶绿体psbA-trnH基因间隔区序列鉴别维吾尔药刺山柑[J].中国药学杂志.2019
[2].余兴华,王先宏,杨清辉.基于叶绿体基因间隔区ycf6-trnC序列的“甘蔗复合体”各属间亲缘关系初探[J].分子植物育种.2019
[3].赵玉博,陈普成,胡玉珍,丁蕾蕾,王波.鸭瘟病毒疫苗株UL44.5和UL44基因间隔区作为复制非必需区的鉴定[J].中国预防兽医学报.2019
[4].杨磊.一个CMV新寄主的鉴定及CMV-RNA3基因间隔区的功能研究[D].江苏科技大学.2019
[5].王美美,张建中,李凤琴.基于内转录间隔区和β-微管蛋白部分基因及相关序列扩增多态性分子标记技术推断红曲霉系统发育关系[J].中国食品卫生杂志.2018
[6].孟子烨,雷朝亮,陈晓琴,江世宏.基于内转录间隔区基因片段对叩甲科昆虫的系统发育研究[J].应用昆虫学报.2017
[7].谢昌平,姚林建,夏宜林,黄爱军,易龙.赣南柑桔黄龙病菌16SrDNA、16S/23SrDNA间隔区和核糖体蛋白基因的遗传多样性[J].中国南方果树.2017
[8].司李真,时伟,杨敏,龚理,孔晓瑜.硬骨鱼类核糖体基因间隔区的序列特征分析[J].热带海洋学报.2016
[9].尹小平,王安东,罗丹,田延河,梁臻.阿拉山口地区凶小库蚊核糖体DNA第二转录间隔区基因多态性的分析[J].石河子大学学报(自然科学版).2016
[10].彭小凤,何涛,淳泽,胡亚东,万闰兰.基于叶绿体psbA-trnH和核糖体5SrRNA基因间隔区序列的石斛种间和种内鉴别[J].应用与环境生物学报.2015
论文知识图
