弓形虫乳酸脱氢酶2结构与功能的生物信息学分析

弓形虫乳酸脱氢酶2结构与功能的生物信息学分析

论文摘要

目的预测在NCBI Protein文库中登录号为AAC46863的弓形虫乳酸脱氢酶2(LDH2)蛋白序列的结构和功能特征及其在免疫诊断和疫苗研究方面的应用前景。方法利用NCBI和ExPaSy等生物信息学网站在线分析工具和MEGA7及Vector NTI等软件包,分析弓形虫LDH2的理化性质、结构与功能特征。结果在线软件ProParam分析该蛋白由326个氨基酸构成,平均亲水系数(GRAVY):0.095,可能为疏水性蛋白。SignalP 4.1 Server预测无信号肽,为非分泌型蛋白。NetPhos 3.1预测该蛋白有21个磷酸化位点,其中丝氨酸磷酸化位点14个,苏氨酸磷酸化位点6个,酪氨酸磷酸化位点1个。经Vector NTI软件包多序列比对,发现弓形虫有一段特异于人、鼠、牛等其他物种的氨基酸序列TGMPEGKALD。分别用ABCpred Prediction Server、SYFPEITHI软件预测该段特异序列很可能为线性B、T细胞表位。结论弓形虫LDH2存在较多的磷酸化位点以及一段特异的氨基酸序列,且该段特异氨基酸序列很可能为线性B、T细胞表位,提示LDH2在弓形虫病的免疫诊断和疫苗研究方面有较好的应用前景。

论文目录

  • 1 材料与方法
  •   1.1 材料
  •   1.2 方法
  •     1.2.1 序列获取
  •     1.2.2 蛋白相关分析
  •       1.2.2. 1 理化性质分析
  •       1.2.2. 2 亲水性分析
  •       1.2.2. 3 信号肽预测
  •       1.2.2. 4 跨膜区预测
  •       1.2.2. 5 空间结构预测
  •     1.2.3 磷酸化位点分析
  •     1.2.4 多序列比对
  •     1.2.5 B、T细胞表位预测
  • 2 结果
  •   2.1 理化性质分析
  •   2.2 疏水性预测及分析
  •   2.3 跨膜区预测及分析
  •   2.4 信号肽预测
  •   2.5 磷酸化位点预测
  •   2.6 多序列比对
  •   2.7 三级结构预测
  •   2.8 B细胞表位预测
  •   2.9 T细胞表位预测
  • 3 讨论
  • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 詹佳荣,黄舒静,陈聪,龙俊豪,黄章屏,李学荣

    关键词: 弓形虫,乳酸脱氢酶,生物信息学,免疫诊断,疫苗

    来源: 热带医学杂志 2019年07期

    年度: 2019

    分类: 医药卫生科技,基础科学

    专业: 生物学,基础医学

    单位: 中山大学中山医学院寄生虫学教研室,中山大学热带病防治研究教育部重点实验室,广东省媒介生物防控工程技术研究中心

    基金: 国家重点研究和发展项目(2016YFC1202005),国家自然科学基金(81641094),广东省自然科学基金(S2012010008504)

    分类号: R382.5;Q811.4

    页码: 809-812+804

    总页数: 5

    文件大小: 2695K

    下载量: 103

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