论文摘要
目的探讨皮肤鳞状细胞癌组织中的差异表达基因。方法从基因表达综合数据库(GEO)在线数据库中下载皮肤鳞状细胞癌(cSCC)组织相关的基因表达谱芯片数据集GSE42677和GSE53462,利用Limma包筛选肿瘤组织和正常皮肤组织之间的差异表达基因;利用DAVID工具对差异表达基因进行基因本体论(GO)和功能富集分析;利用STRING数据库分析差异表达基因之间的相互作用,并利用Cytoscape软件构建蛋白质之间相互作用网络,筛选核心基因和模块。结果两组芯片数据中共同上调表达基因43个,共同下调表达基因65个,这些差异基因主要富集在细胞增殖、皮肤发展、先天免疫反应、Toll样受体、趋化因子、转录调控、氨基酸代谢和p53信号通路;构建了这些基因之间的相互作用网络,获得cSCC相关前20核心基因,分别为CXCL8、 CCND1、 KIT、 PI3、 SPP1、 PLAU、 GATA3、 PLAUR、 CDKN2A、S100A7、KRT16、CXCL1、DEFB4A、ISG15、KRT2、S100A12、KRT6B、ISG20、OASL和IFI6。结论 cSCC组织与正常皮肤组织之间存在大量的差异表达基因,CXCL8、CCND1、KIT、PI3、SPP1、PLAU、GATA3、PLAUR、CDKN2A和S100A7等基因及其介导的信号通路在cSCC的发生过程中可能起着重要作用。
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文章来源
类型: 期刊论文
作者: 任秀玲,张江林,李伟,乔芳
关键词: 皮肤鳞状细胞癌,基因芯片,生物信息学,差异表达基因,信号通路
来源: 中国医学工程 2019年12期
年度: 2019
分类: 医药卫生科技,基础科学
专业: 生物学,肿瘤学,皮肤病与性病
单位: 中南大学湘雅公共卫生学院流行病与卫生统计学系,中南大学湘雅医院皮肤科,中南大学湘雅医院老年医学科
分类号: R739.5;Q811.4
DOI: 10.19338/j.issn.1672-2019.2019.12.002
页码: 5-10
总页数: 6
文件大小: 2482K
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